ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48594

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.010, 0.042, 0.074, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.017, 0.061, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.061 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.033, 0.161, 0.289, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.161 std_dev=0.128
O4' A 0, 0.037, 0.184, 0.330, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.184 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.003, 0.171, 0.340, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.171 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.020, 0.271, 0.521, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.271 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.017, 0.284, 0.551, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.284 std_dev=0.267
OP2 B 0, 0.098, 0.375, 0.653, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.375 std_dev=0.278
P B 0, 0.031, 0.315, 0.599, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.315 std_dev=0.284
O5' A 0, 0.124, 0.440, 0.756, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.440 std_dev=0.316
O5' B 0, 0.124, 0.467, 0.811, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.467 std_dev=0.343
C5' A 0, 0.056, 0.444, 0.832, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.444 std_dev=0.388
O3' B 0, 0.103, 0.494, 0.886, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.494 std_dev=0.392
P A 0, 0.144, 0.537, 0.929, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.537 std_dev=0.392
O3' A 0, 0.031, 0.438, 0.845, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.438 std_dev=0.407
C3' B 0, 0.060, 0.468, 0.876, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.468 std_dev=0.408
C2' B 0, 0.142, 0.572, 1.003, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.572 std_dev=0.431
O4' B 0, 0.071, 0.506, 0.941, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.506 std_dev=0.435
C1' B 0, 0.151, 0.588, 1.025, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.588 std_dev=0.437
OP1 A 0, 0.149, 0.588, 1.026, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.588 std_dev=0.439
C5' B 0, -0.011, 0.429, 0.870, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.429 std_dev=0.441
C4' B 0, -0.046, 0.399, 0.845, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.399 std_dev=0.445
OP2 A 0, 0.162, 0.617, 1.072, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.617 std_dev=0.455
N9 B 0, 0.187, 0.655, 1.124, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.655 std_dev=0.468
O2' B 0, 0.189, 0.663, 1.136, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.663 std_dev=0.474
OP1 B 0, 0.125, 0.622, 1.119, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.622 std_dev=0.497
C4 B 0, 0.199, 0.703, 1.207, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.703 std_dev=0.504
C8 B 0, 0.177, 0.700, 1.223, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.700 std_dev=0.523
N7 B 0, 0.213, 0.739, 1.264, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.739 std_dev=0.526
C5 B 0, 0.200, 0.726, 1.252, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.726 std_dev=0.526
N3 B 0, 0.197, 0.760, 1.323, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.760 std_dev=0.563
C6 B 0, 0.153, 0.766, 1.378, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.766 std_dev=0.612
O6 B 0, 0.135, 0.775, 1.415, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.775 std_dev=0.640
C2 B 0, 0.176, 0.843, 1.510, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.843 std_dev=0.667
N1 B 0, 0.135, 0.826, 1.517, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.826 std_dev=0.691
N2 B 0, 0.217, 0.985, 1.753, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.985 std_dev=0.768

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.12 0.16 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.10 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03
N3 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04
O2 0.03 0.00 0.15 0.16 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.19 0.01 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.15 0.19 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.05
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.07 0.06 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.02 0.09 0.10 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.13 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.20 0.11 0.10 0.07 0.03 0.02 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08 0.06
C2 0.12 0.15 0.09 0.08 0.13 0.11 0.15 0.10 0.14 0.18 0.14 0.21 0.14 0.18 0.14 0.07 0.06 0.14 0.09 0.16 0.07 0.07 0.04
C2' 0.03 0.18 0.03 0.04 0.08 0.04 0.06 0.10 0.10 0.01 0.15 0.26 0.14 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.15 0.08 0.07 0.07 0.05
C3' 0.02 0.13 0.02 0.03 0.07 0.04 0.05 0.08 0.08 0.02 0.11 0.18 0.10 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.16 0.07 0.07 0.06 0.05
C4 0.13 0.16 0.10 0.08 0.13 0.11 0.16 0.12 0.14 0.23 0.14 0.24 0.14 0.21 0.15 0.08 0.05 0.15 0.07 0.17 0.12 0.11 0.06
C4' 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.11 0.09 0.06 0.05 0.01 0.01 0.06 0.18 0.07 0.06 0.07 0.06
C5 0.09 0.17 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.18 0.13 0.27 0.14 0.16 0.10 0.06 0.04 0.10 0.11 0.12 0.13 0.13 0.10
C5' 0.05 0.10 0.02 0.03 0.08 0.04 0.08 0.06 0.08 0.04 0.09 0.09 0.11 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.21 0.09 0.10 0.11 0.10
C6 0.07 0.17 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.13 0.13 0.26 0.15 0.12 0.08 0.04 0.05 0.08 0.13 0.10 0.11 0.12 0.10
N1 0.09 0.15 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.14 0.12 0.23 0.13 0.13 0.10 0.05 0.05 0.10 0.11 0.12 0.07 0.08 0.05
N3 0.14 0.16 0.10 0.08 0.14 0.12 0.17 0.11 0.16 0.22 0.15 0.22 0.15 0.21 0.16 0.08 0.06 0.16 0.07 0.18 0.09 0.09 0.05
O2 0.13 0.16 0.09 0.08 0.14 0.11 0.16 0.10 0.15 0.18 0.15 0.20 0.15 0.18 0.14 0.07 0.06 0.15 0.09 0.17 0.06 0.07 0.04
O2' 0.02 0.17 0.01 0.04 0.07 0.04 0.06 0.09 0.09 0.03 0.15 0.25 0.13 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.08 0.06 0.08 0.05
O3' 0.05 0.15 0.03 0.01 0.10 0.02 0.10 0.06 0.12 0.06 0.14 0.19 0.12 0.07 0.07 0.06 0.03 0.04 0.14 0.12 0.06 0.05 0.04
O4 0.15 0.16 0.12 0.09 0.15 0.13 0.19 0.14 0.17 0.27 0.15 0.23 0.14 0.26 0.18 0.10 0.06 0.17 0.07 0.21 0.16 0.13 0.08
O4' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.07 0.06 0.11 0.16 0.13 0.05 0.06 0.05
O5' 0.05 0.08 0.02 0.03 0.08 0.04 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.20 0.09 0.10 0.11 0.10
OP1 0.03 0.10 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.10 0.09 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.16 0.13 0.09 0.08 0.09
OP2 0.04 0.12 0.04 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.10 0.12 0.11 0.06 0.05 0.04 0.01 0.02 0.15 0.08 0.08 0.08 0.08
P 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.17 0.09 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.05 0.09 0.09 0.03 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.08 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.06 0.03 0.02
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.06 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.03 0.02 0.09 0.02 0.03
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.04 0.13 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03
C5 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.02 0.09 0.03 0.14 0.09 0.10
C5' 0.03 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.08 0.16 0.05 0.13 0.06 0.15 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.13 0.05 0.04 0.01
C6 0.03 0.02 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.10 0.07 0.02 0.09 0.00 0.13 0.07 0.09
C8 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.16 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.16 0.06 0.20 0.16 0.16
N1 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03
N2 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.16 0.03 0.12 0.17 0.14
N3 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.06 0.09 0.08 0.02 0.08 0.07 0.06
N7 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.15 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.16 0.06 0.21 0.16 0.16
N9 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.11 0.06 0.06
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.10 0.05 0.12 0.13 0.11 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.11 0.06 0.03 0.03
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.03 0.00 0.04 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.14 0.09 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03
O5' 0.03 0.09 0.08 0.11 0.03 0.00 0.09 0.01 0.09 0.16 0.06 0.16 0.08 0.16 0.06 0.10 0.12 0.04 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00
O6 0.05 0.03 0.10 0.09 0.02 0.07 0.03 0.13 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.11 0.09 0.04 0.14 0.00 0.19 0.14 0.15
OP1 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.04 0.14 0.05 0.13 0.20 0.07 0.12 0.08 0.21 0.11 0.06 0.08 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.04 0.07 0.16 0.02 0.17 0.07 0.16 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.10 0.01 0.09 0.16 0.03 0.14 0.06 0.16 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00