ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48595

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.006, 0.032, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.009, 0.040, 0.070, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.031
O2 A 0, -0.002, 0.032, 0.066, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.032 std_dev=0.034
C5 A 0, 0.010, 0.045, 0.081, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.017, 0.058, 0.099, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.058 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.025, 0.084, 0.144, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.084 std_dev=0.060
P B 0, 0.074, 0.272, 0.470, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.272 std_dev=0.198
O6 B 0, 0.111, 0.386, 0.661, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.386 std_dev=0.275
N7 B 0, 0.110, 0.413, 0.715, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.413 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.117, 0.456, 0.794, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.456 std_dev=0.338
OP2 B 0, 0.144, 0.495, 0.846, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.495 std_dev=0.351
C2' A 0, 0.155, 0.533, 0.911, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.533 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.154, 0.538, 0.923, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.538 std_dev=0.384
C6 B 0, 0.167, 0.572, 0.977, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.572 std_dev=0.405
O4' A 0, 0.178, 0.609, 1.039, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.609 std_dev=0.431
C5' B 0, 0.170, 0.602, 1.034, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.602 std_dev=0.432
O2' A 0, 0.179, 0.627, 1.074, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.627 std_dev=0.447
O5' B 0, 0.169, 0.633, 1.097, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.633 std_dev=0.464
N9 B 0, 0.185, 0.664, 1.143, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.664 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.203, 0.723, 1.243, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.723 std_dev=0.520
C4' B 0, 0.207, 0.733, 1.258, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.733 std_dev=0.526
O4' B 0, 0.217, 0.761, 1.306, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.761 std_dev=0.544
C4 B 0, 0.227, 0.784, 1.340, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.784 std_dev=0.556
C4' A 0, 0.244, 0.832, 1.421, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.832 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.235, 0.826, 1.417, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.826 std_dev=0.591
C3' A 0, 0.250, 0.855, 1.461, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.855 std_dev=0.605
N1 B 0, 0.262, 0.897, 1.533, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.897 std_dev=0.636
C2' B 0, 0.255, 0.892, 1.529, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.892 std_dev=0.637
O3' B 0, 0.257, 0.920, 1.583, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.920 std_dev=0.663
OP1 B 0, 0.290, 1.002, 1.715, 1.588 max_d=1.588 avg_d=1.002 std_dev=0.712
OP2 A 0, 0.310, 1.081, 1.853, 1.747 max_d=1.747 avg_d=1.081 std_dev=0.771
N3 B 0, 0.324, 1.108, 1.891, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.108 std_dev=0.784
O3' A 0, 0.330, 1.126, 1.922, 1.710 max_d=1.710 avg_d=1.126 std_dev=0.796
O2' B 0, 0.323, 1.121, 1.918, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.121 std_dev=0.798
C2 B 0, 0.339, 1.161, 1.983, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.161 std_dev=0.822
P A 0, 0.347, 1.208, 2.068, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.208 std_dev=0.861
O5' A 0, 0.376, 1.285, 2.194, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.285 std_dev=0.909
C5' A 0, 0.412, 1.409, 2.405, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.409 std_dev=0.996
N2 B 0, 0.435, 1.494, 2.553, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.494 std_dev=1.059
OP1 A 0, 0.509, 1.753, 2.997, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.753 std_dev=1.244

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.09 0.06 0.02
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.03 0.08 0.09 0.07 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.17 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.18 0.25 0.13
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.14 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.21 0.29 0.17
C4 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.11 0.14 0.19 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.11 0.09 0.02
C5 0.05 0.01 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.11 0.10 0.12 0.15 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.12 0.08 0.08 0.04 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.09 0.03 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
O2 0.04 0.01 0.17 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.19 0.02 0.07 0.09 0.12 0.07 0.09
O2' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.13 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.18 0.25 0.10
O3' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.09 0.19 0.05 0.00 0.07 0.02 0.10 0.31 0.41 0.25
O4 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.13 0.18 0.26 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.05 0.05 0.08
O5' 0.04 0.08 0.05 0.07 0.11 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.03 0.10 0.13 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.09 0.18 0.21 0.14 0.11 0.12 0.08 0.08 0.09 0.10 0.12 0.18 0.31 0.18 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.25 0.29 0.19 0.09 0.15 0.01 0.04 0.03 0.13 0.07 0.25 0.41 0.26 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.08 0.13 0.17 0.14 0.02 0.13 0.02 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.25 0.18 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.47 0.26 0.16 0.32 0.19 0.23 0.14 0.24 0.16 0.36 0.56 0.45 0.15 0.25 0.30 0.16 0.23 0.06 0.17 0.06 0.13 0.05
C2 0.16 0.40 0.17 0.10 0.24 0.10 0.18 0.07 0.22 0.07 0.35 0.45 0.34 0.07 0.16 0.19 0.11 0.14 0.05 0.15 0.19 0.14 0.09
C2' 0.17 0.49 0.16 0.04 0.28 0.06 0.21 0.05 0.27 0.08 0.41 0.62 0.42 0.10 0.18 0.20 0.05 0.12 0.25 0.22 0.13 0.05 0.18
C3' 0.07 0.32 0.06 0.03 0.16 0.03 0.11 0.07 0.16 0.06 0.26 0.42 0.27 0.07 0.08 0.09 0.05 0.03 0.31 0.13 0.06 0.05 0.16
C4 0.11 0.26 0.13 0.08 0.17 0.06 0.13 0.03 0.18 0.02 0.24 0.28 0.23 0.04 0.11 0.14 0.10 0.09 0.04 0.14 0.24 0.16 0.10
C4' 0.15 0.19 0.16 0.12 0.15 0.14 0.11 0.13 0.09 0.11 0.13 0.26 0.21 0.10 0.14 0.17 0.14 0.15 0.09 0.07 0.08 0.09 0.02
C5 0.16 0.29 0.17 0.11 0.22 0.09 0.17 0.05 0.19 0.09 0.25 0.32 0.28 0.11 0.16 0.17 0.12 0.13 0.05 0.15 0.18 0.12 0.09
C5' 0.08 0.02 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.10 0.09 0.13 0.05 0.08 0.03 0.13 0.11 0.03 0.11 0.06 0.12 0.11 0.15 0.06 0.04
C6 0.22 0.37 0.22 0.13 0.29 0.13 0.21 0.08 0.22 0.13 0.30 0.41 0.37 0.13 0.22 0.23 0.13 0.18 0.07 0.16 0.12 0.10 0.08
N1 0.21 0.42 0.21 0.12 0.28 0.13 0.20 0.09 0.23 0.10 0.34 0.48 0.39 0.10 0.20 0.23 0.12 0.17 0.06 0.15 0.13 0.12 0.07
N3 0.12 0.31 0.13 0.07 0.19 0.07 0.14 0.04 0.20 0.03 0.29 0.34 0.26 0.03 0.12 0.15 0.09 0.10 0.05 0.15 0.24 0.15 0.10
O2 0.16 0.41 0.17 0.10 0.23 0.11 0.16 0.07 0.21 0.07 0.35 0.49 0.33 0.06 0.15 0.19 0.11 0.14 0.04 0.14 0.19 0.14 0.08
O2' 0.29 0.61 0.26 0.12 0.38 0.15 0.28 0.07 0.33 0.16 0.50 0.78 0.54 0.16 0.28 0.32 0.10 0.22 0.18 0.26 0.11 0.05 0.14
O3' 0.06 0.36 0.05 0.07 0.17 0.06 0.13 0.11 0.19 0.07 0.30 0.48 0.29 0.07 0.09 0.07 0.10 0.01 0.39 0.17 0.07 0.09 0.21
O4 0.08 0.18 0.11 0.08 0.12 0.05 0.08 0.03 0.13 0.01 0.17 0.21 0.16 0.04 0.07 0.11 0.11 0.07 0.05 0.12 0.24 0.20 0.08
O4' 0.27 0.24 0.28 0.23 0.23 0.26 0.15 0.23 0.11 0.16 0.15 0.29 0.30 0.13 0.22 0.30 0.24 0.26 0.07 0.07 0.07 0.18 0.09
O5' 0.13 0.05 0.13 0.07 0.13 0.06 0.15 0.03 0.13 0.19 0.08 0.05 0.07 0.18 0.15 0.11 0.02 0.09 0.20 0.14 0.16 0.05 0.03
OP1 0.07 0.03 0.10 0.02 0.07 0.04 0.09 0.16 0.09 0.10 0.05 0.06 0.05 0.11 0.08 0.16 0.02 0.01 0.14 0.11 0.40 0.13 0.18
OP2 0.12 0.18 0.07 0.09 0.16 0.13 0.18 0.19 0.19 0.16 0.19 0.21 0.17 0.18 0.15 0.03 0.01 0.16 0.13 0.20 0.52 0.26 0.24
P 0.03 0.07 0.04 0.03 0.06 0.04 0.09 0.12 0.09 0.11 0.07 0.12 0.05 0.12 0.06 0.07 0.01 0.04 0.16 0.11 0.35 0.11 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.12 0.11 0.05
C2 0.06 0.00 0.11 0.09 0.02 0.08 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.12 0.05 0.17 0.01 0.16 0.10 0.07
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.17 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.16 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.07 0.08 0.01
C4 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.17 0.00 0.21 0.07 0.05
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.14 0.07 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.18 0.01
C5 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.18 0.00 0.28 0.07 0.04
C5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.15 0.09 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.03 0.09 0.24 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.18 0.00 0.26 0.12 0.03
C8 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.21 0.00 0.33 0.03 0.07
N1 0.03 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.12 0.09 0.03 0.18 0.00 0.20 0.12 0.02
N2 0.10 0.01 0.17 0.16 0.03 0.14 0.02 0.15 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.23 0.20 0.10 0.19 0.03 0.15 0.13 0.11
N3 0.05 0.01 0.10 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.14 0.11 0.05 0.17 0.01 0.16 0.08 0.07
N7 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04 0.20 0.00 0.36 0.05 0.08
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.01 0.22 0.07 0.05
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.12 0.23 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02
O3' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.09 0.20 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.18 0.06 0.20 0.06 0.04
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.10 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.21 0.02 0.08 0.15 0.04
O5' 0.16 0.17 0.05 0.09 0.17 0.03 0.18 0.00 0.18 0.21 0.18 0.19 0.17 0.20 0.18 0.03 0.18 0.21 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.19 0.00 0.29 0.15 0.06
OP1 0.12 0.16 0.04 0.07 0.21 0.03 0.28 0.09 0.26 0.33 0.20 0.15 0.16 0.36 0.22 0.03 0.20 0.08 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.10 0.08 0.08 0.07 0.18 0.07 0.24 0.12 0.03 0.12 0.13 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06 0.15 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.07 0.08 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00