Doublet Group distance statistics: 48596

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2	A	0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O2	A	0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O4	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O4'	A	0, 0.021, 0.075, 0.130, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.075 std_dev=0.054
C3'	A	0, 0.030, 0.104, 0.178, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.104 std_dev=0.074
C2'	A	0, 0.004, 0.130, 0.256, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.130 std_dev=0.126
C4'	A	0, 0.053, 0.181, 0.309, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.181 std_dev=0.128
O3'	A	0, 0.037, 0.183, 0.328, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.183 std_dev=0.146
O2'	A	0, 0.044, 0.240, 0.435, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.196
C5'	A	0, 0.100, 0.342, 0.584, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.342 std_dev=0.242
P	B	0, 0.102, 0.379, 0.656, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.379 std_dev=0.277
OP1	B	0, 0.283, 1.058, 1.832, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.058 std_dev=0.774
O5'	A	0, 0.279, 1.085, 1.891, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.085 std_dev=0.806
O5'	B	0, 0.320, 1.257, 2.193, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.257 std_dev=0.936
C1'	B	0, 0.297, 1.244, 2.191, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.244 std_dev=0.947
OP2	B	0, 0.406, 1.390, 2.373, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.390 std_dev=0.984
N9	B	0, 0.315, 1.327, 2.338, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.327 std_dev=1.011
C2'	B	0, 0.398, 1.420, 2.442, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.420 std_dev=1.022
P	A	0, 0.402, 1.433, 2.464, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.433 std_dev=1.031
OP2	A	0, 0.421, 1.457, 2.492, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.457 std_dev=1.035
O3'	B	0, 0.422, 1.487, 2.553, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.487 std_dev=1.065
C8	B	0, 0.394, 1.491, 2.588, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.491 std_dev=1.097
C4	B	0, 0.340, 1.452, 2.563, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.452 std_dev=1.112
C3'	B	0, 0.448, 1.562, 2.677, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.562 std_dev=1.115
C4'	B	0, 0.434, 1.555, 2.675, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.555 std_dev=1.120
O4'	B	0, 0.402, 1.528, 2.653, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.528 std_dev=1.126
C5	B	0, 0.394, 1.597, 2.800, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.597 std_dev=1.203
N3	B	0, 0.400, 1.610, 2.821, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.610 std_dev=1.210
OP1	A	0, 0.490, 1.738, 2.986, 2.873 max_d=2.873 avg_d=1.738 std_dev=1.248
N7	B	0, 0.461, 1.710, 2.958, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.710 std_dev=1.249
O2'	B	0, 0.513, 1.769, 3.026, 2.792 max_d=2.792 avg_d=1.769 std_dev=1.256
C2	B	0, 0.424, 1.724, 3.023, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.724 std_dev=1.299
N1	B	0, 0.396, 1.707, 3.017, 3.185 max_d=3.185 avg_d=1.707 std_dev=1.310
C6	B	0, 0.421, 1.736, 3.050, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.736 std_dev=1.314
C5'	B	0, 0.565, 1.963, 3.362, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.963 std_dev=1.399
O6	B	0, 0.507, 1.972, 3.437, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.972 std_dev=1.465
N2	B	0, 0.529, 1.994, 3.460, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.994 std_dev=1.466

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.16	0.22	0.19	0.16
C2	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.03	0.00	0.05	0.18	0.21	0.24	0.18
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.05	0.02	0.06	0.01	0.02	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01	0.31	0.40	0.33	0.33
C3'	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.21	0.32	0.19	0.22
C4	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.05	0.00	0.05	0.23	0.25	0.28	0.23
C4'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.05	0.03	0.04	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.01	0.12	0.13	0.04
C5	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.06	0.00	0.03	0.25	0.26	0.29	0.25
C5'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.10	0.00	0.11	0.00	0.10	0.06	0.08	0.03	0.02	0.01	0.10	0.00	0.00	0.14	0.21	0.02
C6	0.01	0.00	0.06	0.05	0.00	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.07	0.00	0.02	0.25	0.26	0.27	0.23
N1	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.03	0.20	0.22	0.23	0.19
N3	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.04	0.00	0.05	0.21	0.23	0.27	0.21
O2	0.01	0.00	0.06	0.03	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.03	0.00	0.05	0.15	0.19	0.22	0.15
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.05	0.01	0.06	0.02	0.06	0.04	0.07	0.12	0.00	0.02	0.06	0.01	0.32	0.44	0.41	0.37
O3'	0.05	0.03	0.01	0.01	0.05	0.02	0.06	0.01	0.07	0.05	0.04	0.03	0.02	0.00	0.04	0.04	0.11	0.23	0.16	0.14
O4	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.04	0.00	0.05	0.24	0.25	0.29	0.24
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.00	0.02	0.03	0.05	0.05	0.01	0.04	0.05	0.00	0.08	0.11	0.11	0.05
O5'	0.16	0.18	0.31	0.21	0.23	0.01	0.25	0.00	0.25	0.20	0.21	0.15	0.32	0.11	0.24	0.08	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.22	0.21	0.40	0.32	0.25	0.12	0.26	0.14	0.26	0.22	0.23	0.19	0.44	0.23	0.25	0.11	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.19	0.24	0.33	0.19	0.28	0.13	0.29	0.21	0.27	0.23	0.27	0.22	0.41	0.16	0.29	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.18	0.33	0.22	0.23	0.04	0.25	0.02	0.23	0.19	0.21	0.15	0.37	0.14	0.24	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.11	0.20	0.09	0.16	0.37	0.22	0.63	0.22	0.26	0.16	0.06	0.10	0.28	0.17	0.57	0.08	0.20	0.10	0.25	0.17	0.05	0.11
C2	0.08	0.07	0.14	0.14	0.06	0.45	0.08	0.72	0.07	0.09	0.06	0.08	0.08	0.11	0.07	0.50	0.07	0.35	0.23	0.09	0.04	0.13	0.11
C2'	0.23	0.22	0.33	0.10	0.25	0.21	0.29	0.47	0.29	0.32	0.25	0.19	0.21	0.33	0.27	0.67	0.25	0.07	0.06	0.30	0.17	0.06	0.07
C3'	0.24	0.22	0.28	0.05	0.27	0.22	0.33	0.46	0.32	0.36	0.27	0.17	0.21	0.38	0.29	0.61	0.19	0.04	0.06	0.35	0.27	0.05	0.11
C4	0.16	0.15	0.21	0.16	0.13	0.44	0.10	0.68	0.10	0.10	0.13	0.16	0.15	0.08	0.13	0.49	0.15	0.43	0.32	0.07	0.19	0.23	0.16
C4'	0.19	0.18	0.21	0.13	0.25	0.32	0.33	0.53	0.32	0.37	0.25	0.11	0.16	0.40	0.27	0.56	0.08	0.10	0.07	0.36	0.35	0.06	0.15
C5	0.11	0.11	0.26	0.14	0.08	0.40	0.05	0.65	0.06	0.03	0.08	0.13	0.11	0.03	0.08	0.54	0.17	0.37	0.25	0.04	0.07	0.15	0.12
C5'	0.27	0.26	0.29	0.07	0.32	0.24	0.38	0.42	0.38	0.42	0.32	0.20	0.25	0.43	0.34	0.63	0.14	0.02	0.05	0.41	0.46	0.05	0.19
C6	0.07	0.08	0.26	0.07	0.09	0.39	0.11	0.65	0.12	0.13	0.09	0.08	0.08	0.15	0.09	0.59	0.14	0.30	0.15	0.13	0.10	0.08	0.11
N1	0.05	0.06	0.19	0.09	0.08	0.41	0.13	0.68	0.13	0.16	0.09	0.05	0.06	0.18	0.09	0.55	0.07	0.29	0.16	0.16	0.10	0.08	0.11
N3	0.14	0.13	0.17	0.16	0.11	0.46	0.09	0.72	0.08	0.08	0.11	0.14	0.14	0.07	0.11	0.48	0.11	0.42	0.29	0.06	0.13	0.20	0.14
O2	0.07	0.06	0.10	0.17	0.06	0.46	0.08	0.73	0.08	0.11	0.05	0.08	0.07	0.13	0.07	0.46	0.03	0.35	0.23	0.11	0.04	0.13	0.11
O2'	0.21	0.20	0.32	0.11	0.23	0.20	0.26	0.46	0.26	0.29	0.23	0.18	0.20	0.30	0.24	0.65	0.27	0.08	0.07	0.28	0.08	0.10	0.05
O3'	0.18	0.15	0.18	0.08	0.22	0.28	0.29	0.52	0.29	0.34	0.22	0.09	0.14	0.36	0.24	0.51	0.11	0.08	0.02	0.33	0.23	0.02	0.10
O4	0.21	0.20	0.22	0.18	0.19	0.44	0.17	0.64	0.17	0.18	0.18	0.21	0.20	0.17	0.19	0.46	0.18	0.47	0.36	0.15	0.30	0.31	0.20
O4'	0.13	0.13	0.18	0.17	0.19	0.39	0.27	0.61	0.27	0.32	0.19	0.07	0.11	0.35	0.22	0.57	0.06	0.18	0.11	0.31	0.25	0.09	0.12
O5'	0.16	0.14	0.18	0.08	0.16	0.21	0.20	0.28	0.18	0.26	0.15	0.15	0.14	0.25	0.19	0.38	0.02	0.11	0.18	0.19	0.13	0.28	0.08
OP1	0.04	0.13	0.04	0.01	0.04	0.04	0.03	0.06	0.04	0.09	0.10	0.19	0.11	0.07	0.04	0.07	0.01	0.03	0.25	0.03	0.19	0.25	0.05
OP2	0.11	0.17	0.07	0.06	0.13	0.21	0.12	0.19	0.13	0.06	0.16	0.19	0.16	0.08	0.10	0.17	0.01	0.22	0.23	0.13	0.23	0.11	0.03
P	0.03	0.11	0.07	0.01	0.05	0.12	0.03	0.13	0.05	0.07	0.09	0.15	0.10	0.06	0.03	0.16	0.00	0.07	0.23	0.04	0.17	0.24	0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.00	0.15	0.38	0.03
C2	0.02	0.00	0.13	0.04	0.00	0.24	0.00	0.38	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.38	0.09	0.29	0.09	0.00	0.07	0.54	0.16
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.06	0.01	0.02	0.08	0.05	0.10	0.10	0.16	0.13	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.23	0.03	0.18	0.67	0.35
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.05	0.04	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.30	0.01	0.05	0.48	0.26
C4	0.01	0.00	0.06	0.02	0.00	0.12	0.00	0.23	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.04	0.14	0.08	0.00	0.07	0.49	0.09
C4'	0.00	0.24	0.01	0.00	0.12	0.00	0.07	0.00	0.12	0.09	0.19	0.30	0.23	0.05	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.09	0.32	0.16	0.06
C5	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.02	0.05	0.17	0.00	0.05	0.46	0.06
C5'	0.05	0.38	0.08	0.02	0.23	0.00	0.17	0.00	0.24	0.07	0.34	0.45	0.35	0.05	0.10	0.07	0.02	0.02	0.00	0.21	0.26	0.14	0.01
C6	0.00	0.00	0.05	0.02	0.00	0.12	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.16	0.03	0.11	0.14	0.00	0.04	0.48	0.09
C8	0.00	0.01	0.10	0.02	0.00	0.09	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.04	0.16	0.29	0.01	0.09	0.38	0.03
N1	0.01	0.00	0.10	0.03	0.01	0.19	0.01	0.34	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.29	0.07	0.21	0.08	0.00	0.05	0.52	0.14
N2	0.02	0.00	0.16	0.05	0.00	0.30	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.47	0.12	0.36	0.15	0.00	0.08	0.56	0.20
N3	0.02	0.00	0.13	0.04	0.00	0.23	0.00	0.35	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.36	0.08	0.30	0.08	0.01	0.07	0.52	0.15
N7	0.00	0.01	0.06	0.02	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.03	0.10	0.28	0.01	0.06	0.40	0.01
N9	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.01	0.09	0.44	0.05
O2'	0.01	0.38	0.00	0.01	0.18	0.01	0.08	0.07	0.16	0.20	0.29	0.47	0.36	0.12	0.01	0.00	0.03	0.00	0.29	0.11	0.28	0.77	0.42
O3'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.04	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.07	0.12	0.08	0.03	0.01	0.03	0.00	0.04	0.24	0.02	0.10	0.36	0.13
O4'	0.00	0.29	0.01	0.01	0.14	0.00	0.05	0.02	0.11	0.16	0.21	0.36	0.30	0.10	0.01	0.00	0.04	0.00	0.25	0.06	0.42	0.09	0.23
O5'	0.06	0.09	0.23	0.30	0.08	0.02	0.17	0.00	0.14	0.29	0.08	0.15	0.08	0.28	0.13	0.29	0.24	0.25	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00
O6	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00	0.09	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.02	0.06	0.18	0.00	0.03	0.46	0.06
OP1	0.15	0.07	0.18	0.05	0.07	0.32	0.05	0.26	0.04	0.09	0.05	0.08	0.07	0.06	0.09	0.28	0.10	0.42	0.01	0.03	0.00	0.00	0.00
OP2	0.38	0.54	0.67	0.48	0.49	0.16	0.46	0.14	0.48	0.38	0.52	0.56	0.52	0.40	0.44	0.77	0.36	0.09	0.01	0.46	0.00	0.00	0.00
P	0.03	0.16	0.35	0.26	0.09	0.06	0.06	0.01	0.09	0.03	0.14	0.20	0.15	0.01	0.05	0.42	0.13	0.23	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00