ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48597

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.003, 0.029, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.019, 0.069, 0.119, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.069 std_dev=0.050
O2 A 0, 0.022, 0.083, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.083 std_dev=0.061
O5' B 0, 0.071, 0.272, 0.473, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.272 std_dev=0.201
P B 0, 0.011, 0.241, 0.472, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.241 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.115, 0.395, 0.675, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.395 std_dev=0.280
OP1 B 0, 0.127, 0.443, 0.758, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.443 std_dev=0.315
C5' B 0, 0.088, 0.510, 0.933, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.510 std_dev=0.423
O4' A 0, -0.131, 0.413, 0.958, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.413 std_dev=0.544
C2' A 0, 0.034, 0.652, 1.270, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.652 std_dev=0.618
OP2 A 0, 0.052, 0.748, 1.444, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.748 std_dev=0.696
C8 B 0, -0.081, 0.627, 1.335, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.627 std_dev=0.708
C4' B 0, -0.028, 0.690, 1.408, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.690 std_dev=0.718
C3' B 0, -0.015, 0.704, 1.423, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.704 std_dev=0.719
N7 B 0, -0.102, 0.638, 1.379, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.638 std_dev=0.741
C3' A 0, 0.122, 0.883, 1.644, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.883 std_dev=0.761
C4' A 0, -0.036, 0.747, 1.529, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.747 std_dev=0.783
O5' A 0, 0.015, 0.836, 1.657, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.836 std_dev=0.821
O4' B 0, -0.112, 0.732, 1.575, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.732 std_dev=0.844
O3' A 0, 0.294, 1.144, 1.994, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.144 std_dev=0.850
N9 B 0, -0.165, 0.711, 1.587, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.711 std_dev=0.876
P A 0, -0.020, 0.883, 1.785, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.883 std_dev=0.902
O3' B 0, -0.015, 0.891, 1.797, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.891 std_dev=0.906
O2' A 0, -0.021, 0.910, 1.840, 2.188 max_d=2.188 avg_d=0.910 std_dev=0.931
C2' B 0, -0.119, 0.812, 1.744, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.812 std_dev=0.931
C1' B 0, -0.173, 0.776, 1.726, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.776 std_dev=0.950
C5 B 0, -0.219, 0.754, 1.727, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.754 std_dev=0.973
O6 B 0, -0.255, 0.771, 1.797, 2.221 max_d=2.221 avg_d=0.771 std_dev=1.026
C5' A 0, -0.012, 1.041, 2.094, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.041 std_dev=1.053
C6 B 0, -0.301, 0.854, 2.008, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.854 std_dev=1.154
C4 B 0, -0.280, 0.884, 2.048, 2.528 max_d=2.528 avg_d=0.884 std_dev=1.164
O2' B 0, -0.242, 1.023, 2.287, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.023 std_dev=1.264
OP1 A 0, -0.161, 1.155, 2.471, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.155 std_dev=1.316
N1 B 0, -0.401, 1.159, 2.719, 3.364 max_d=3.364 avg_d=1.159 std_dev=1.560
N3 B 0, -0.391, 1.186, 2.764, 3.415 max_d=3.415 avg_d=1.186 std_dev=1.577
C2 B 0, -0.438, 1.339, 3.117, 3.851 max_d=3.851 avg_d=1.339 std_dev=1.778
N2 B 0, -0.520, 1.712, 3.944, 4.864 max_d=4.864 avg_d=1.712 std_dev=2.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.31 0.04 0.01 0.15 0.14 0.16 0.13
C2 0.03 0.00 0.17 0.23 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.06 0.13 0.05 0.03 0.09 0.05
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.19 0.18 0.04 0.12 0.29 0.00 0.05 0.07 0.01 0.38 0.43 0.46 0.42
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.37 0.01 0.40 0.03 0.32 0.20 0.31 0.17 0.02 0.01 0.40 0.03 0.08 0.13 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.06 0.37 0.00 0.14 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.03 0.36 0.16 0.02 0.02 0.15 0.19 0.22 0.15
C4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.24 0.07 0.05 0.12 0.30 0.06 0.15 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02
C5 0.04 0.02 0.13 0.40 0.01 0.26 0.00 0.23 0.02 0.03 0.02 0.01 0.40 0.26 0.01 0.15 0.22 0.21 0.19 0.19
C5' 0.07 0.07 0.19 0.03 0.14 0.01 0.23 0.00 0.19 0.05 0.07 0.16 0.10 0.24 0.17 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
C6 0.03 0.00 0.18 0.32 0.02 0.24 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.16 0.02 0.18 0.11 0.09 0.09 0.08
N1 0.00 0.01 0.04 0.20 0.02 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.09 0.04 0.01 0.05 0.04 0.10 0.05
N3 0.03 0.01 0.12 0.31 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.22 0.08 0.05 0.10 0.06 0.09 0.14 0.06
O2 0.06 0.02 0.29 0.17 0.03 0.12 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.00 0.13 0.35 0.08 0.23 0.12 0.11 0.11 0.12
O2' 0.03 0.09 0.00 0.02 0.36 0.30 0.40 0.10 0.37 0.19 0.22 0.13 0.00 0.08 0.41 0.23 0.26 0.32 0.52 0.34
O3' 0.31 0.17 0.05 0.01 0.16 0.06 0.26 0.24 0.16 0.09 0.08 0.35 0.08 0.00 0.20 0.20 0.28 0.39 0.32 0.32
O4 0.04 0.06 0.07 0.40 0.02 0.15 0.01 0.17 0.02 0.04 0.05 0.08 0.41 0.20 0.00 0.02 0.21 0.29 0.33 0.24
O4' 0.01 0.13 0.01 0.03 0.02 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.10 0.23 0.23 0.20 0.02 0.00 0.07 0.05 0.14 0.09
O5' 0.15 0.05 0.38 0.08 0.15 0.03 0.22 0.02 0.11 0.05 0.06 0.12 0.26 0.28 0.21 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.14 0.03 0.43 0.13 0.19 0.03 0.21 0.01 0.09 0.04 0.09 0.11 0.32 0.39 0.29 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 0.09 0.46 0.10 0.22 0.07 0.19 0.04 0.09 0.10 0.14 0.11 0.52 0.32 0.33 0.14 0.03 0.03 0.00 0.03
P 0.13 0.05 0.42 0.09 0.15 0.02 0.19 0.01 0.08 0.05 0.06 0.12 0.34 0.32 0.24 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 1.47 0.19 0.04 0.75 0.05 0.62 0.15 0.96 0.08 1.38 1.71 1.16 0.13 0.28 0.25 0.06 0.08 0.27 0.85 0.12 0.22 0.20
C2 0.10 0.91 0.08 0.12 0.33 0.15 0.30 0.17 0.72 0.33 1.01 1.05 0.60 0.17 0.05 0.05 0.09 0.17 0.25 0.74 0.14 0.14 0.15
C2' 0.08 1.47 0.10 0.24 0.66 0.28 0.58 0.43 0.99 0.20 1.43 1.79 1.08 0.05 0.15 0.13 0.29 0.18 0.54 0.94 0.32 0.40 0.44
C3' 0.22 1.24 0.21 0.12 0.68 0.11 0.61 0.05 0.88 0.05 1.18 1.47 0.99 0.23 0.29 0.23 0.09 0.14 0.07 0.84 0.30 0.13 0.12
C4 0.15 0.54 0.08 0.05 0.19 0.11 0.20 0.10 0.49 0.36 0.62 0.61 0.35 0.17 0.11 0.07 0.05 0.22 0.18 0.59 0.19 0.09 0.08
C4' 0.14 1.03 0.14 0.05 0.52 0.04 0.41 0.03 0.63 0.07 0.91 1.26 0.84 0.08 0.17 0.20 0.04 0.08 0.14 0.56 0.25 0.06 0.06
C5 0.08 0.85 0.17 0.11 0.50 0.01 0.49 0.10 0.73 0.13 0.88 0.93 0.67 0.11 0.15 0.18 0.15 0.06 0.24 0.76 0.12 0.24 0.19
C5' 0.12 0.79 0.13 0.08 0.40 0.07 0.32 0.08 0.50 0.12 0.70 0.96 0.65 0.07 0.14 0.16 0.03 0.09 0.18 0.46 0.23 0.02 0.02
C6 0.19 1.14 0.25 0.11 0.70 0.05 0.63 0.13 0.89 0.06 1.12 1.24 0.94 0.18 0.28 0.27 0.12 0.05 0.27 0.85 0.13 0.25 0.22
N1 0.10 1.22 0.11 0.03 0.63 0.07 0.57 0.16 0.92 0.15 1.23 1.35 0.93 0.08 0.18 0.15 0.04 0.04 0.27 0.85 0.13 0.21 0.19
N3 0.20 0.58 0.13 0.11 0.13 0.16 0.13 0.14 0.49 0.42 0.68 0.68 0.34 0.28 0.17 0.12 0.04 0.25 0.20 0.59 0.18 0.09 0.09
O2 0.16 0.87 0.16 0.19 0.22 0.20 0.18 0.21 0.61 0.38 0.98 1.06 0.52 0.25 0.13 0.13 0.17 0.22 0.27 0.63 0.12 0.13 0.15
O2' 0.23 1.80 0.27 0.10 0.81 0.18 0.62 0.45 1.05 0.20 1.65 2.28 1.38 0.02 0.26 0.42 0.12 0.06 0.64 0.91 0.59 0.73 0.68
O3' 0.12 0.92 0.16 0.16 0.42 0.15 0.32 0.12 0.52 0.17 0.82 1.19 0.73 0.15 0.13 0.24 0.24 0.11 0.05 0.46 0.42 0.10 0.16
O4 0.23 0.26 0.11 0.06 0.02 0.10 0.00 0.04 0.23 0.40 0.33 0.32 0.12 0.28 0.21 0.10 0.11 0.27 0.08 0.35 0.31 0.12 0.08
O4' 0.20 1.16 0.21 0.11 0.60 0.11 0.45 0.12 0.66 0.10 0.99 1.37 0.97 0.09 0.22 0.27 0.12 0.13 0.18 0.55 0.24 0.15 0.14
O5' 0.08 0.79 0.09 0.05 0.44 0.04 0.39 0.09 0.57 0.06 0.75 0.92 0.65 0.11 0.14 0.11 0.01 0.05 0.20 0.57 0.22 0.01 0.01
OP1 0.03 0.58 0.03 0.02 0.35 0.02 0.35 0.04 0.49 0.04 0.58 0.67 0.47 0.18 0.13 0.03 0.01 0.02 0.11 0.52 0.29 0.09 0.11
OP2 0.10 0.69 0.12 0.09 0.47 0.04 0.49 0.06 0.64 0.14 0.71 0.75 0.57 0.30 0.23 0.09 0.05 0.04 0.13 0.70 0.24 0.09 0.08
P 0.06 0.63 0.07 0.03 0.40 0.01 0.39 0.05 0.53 0.05 0.63 0.72 0.52 0.19 0.15 0.07 0.01 0.01 0.14 0.56 0.25 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.19 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.23 0.34 0.00 0.14 0.03 0.20 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.43 0.03 0.27 0.02 0.61 0.42 0.35
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.17 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.20 0.25 0.22 0.07 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.20 0.25 0.03 0.04
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.25 0.00 0.25 0.01 0.32 0.04 0.33 0.36 0.30 0.14 0.10 0.01 0.01 0.00 0.07 0.35 0.25 0.03 0.05
C4 0.02 0.00 0.17 0.25 0.00 0.14 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.22 0.05 0.47 0.27 0.25
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.21 0.11 0.17 0.13 0.11 0.16 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.27 0.15 0.02 0.00
C5 0.05 0.03 0.15 0.25 0.02 0.18 0.00 0.24 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.10 0.28 0.06 0.30 0.05 0.52 0.36 0.33
C5' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.18 0.01 0.24 0.00 0.30 0.16 0.25 0.18 0.15 0.23 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.38 0.11 0.02 0.00
C6 0.05 0.03 0.19 0.32 0.02 0.21 0.02 0.30 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.11 0.37 0.06 0.37 0.01 0.65 0.50 0.44
C8 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.18 0.09 0.27 0.07 0.13
N1 0.00 0.00 0.20 0.33 0.01 0.17 0.01 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.41 0.01 0.33 0.00 0.67 0.51 0.42
N2 0.01 0.01 0.25 0.36 0.00 0.13 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.48 0.05 0.26 0.01 0.63 0.43 0.35
N3 0.01 0.00 0.22 0.30 0.01 0.11 0.03 0.15 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.36 0.04 0.20 0.04 0.50 0.30 0.25
N7 0.06 0.04 0.07 0.14 0.02 0.16 0.01 0.23 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.15 0.10 0.28 0.09 0.41 0.25 0.27
N9 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.08 0.04 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.11 0.03 0.13 0.09 0.30 0.10 0.12
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.09 0.13 0.11 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.13 0.22 0.02 0.03
O3' 0.03 0.43 0.03 0.01 0.29 0.01 0.28 0.03 0.37 0.05 0.41 0.48 0.36 0.15 0.11 0.03 0.00 0.02 0.10 0.40 0.25 0.03 0.05
O4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.04 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.12 0.09 0.08 0.06
O5' 0.02 0.27 0.03 0.07 0.22 0.03 0.30 0.00 0.37 0.18 0.33 0.26 0.20 0.28 0.13 0.04 0.10 0.01 0.00 0.46 0.07 0.03 0.00
O6 0.10 0.02 0.20 0.35 0.05 0.27 0.05 0.38 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.09 0.09 0.13 0.40 0.12 0.46 0.00 0.75 0.64 0.55
OP1 0.19 0.61 0.25 0.25 0.47 0.15 0.52 0.11 0.65 0.27 0.67 0.63 0.50 0.41 0.30 0.22 0.25 0.09 0.07 0.75 0.00 0.03 0.05
OP2 0.01 0.42 0.03 0.03 0.27 0.02 0.36 0.02 0.50 0.07 0.51 0.43 0.30 0.25 0.10 0.02 0.03 0.08 0.03 0.64 0.03 0.00 0.02
P 0.01 0.35 0.04 0.05 0.25 0.00 0.33 0.00 0.44 0.13 0.42 0.35 0.25 0.27 0.12 0.03 0.05 0.06 0.00 0.55 0.05 0.02 0.00