ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48598

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
OP2 B 0, 0.000, 0.543, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O3' A 0, 0.000, 0.697, 1.393, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.697 std_dev=0.697
P B 0, 0.000, 0.718, 1.436, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.718 std_dev=0.718
OP1 B 0, 0.000, 0.960, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.960 std_dev=0.960
C3' A 0, 0.000, 1.228, 2.455, 2.455 max_d=2.455 avg_d=1.228 std_dev=1.228
O4' A 0, 0.000, 1.325, 2.651, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.325 std_dev=1.325
C2' A 0, 0.000, 1.371, 2.743, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.371 std_dev=1.371
C4' A 0, 0.000, 1.591, 3.183, 3.183 max_d=3.183 avg_d=1.591 std_dev=1.591
O5' B 0, 0.000, 1.837, 3.673, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.837 std_dev=1.837
O3' B 0, 0.000, 1.981, 3.961, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.981 std_dev=1.981
C5' B 0, 0.000, 2.226, 4.451, 4.451 max_d=4.451 avg_d=2.226 std_dev=2.226
O2' A 0, 0.000, 2.310, 4.621, 4.621 max_d=4.621 avg_d=2.310 std_dev=2.310
C3' B 0, 0.000, 2.843, 5.686, 5.686 max_d=5.686 avg_d=2.843 std_dev=2.843
C5' A 0, 0.000, 3.041, 6.083, 6.083 max_d=6.083 avg_d=3.041 std_dev=3.041
C4' B 0, 0.000, 3.162, 6.324, 6.324 max_d=6.324 avg_d=3.162 std_dev=3.162
O5' A 0, 0.000, 3.499, 6.998, 6.998 max_d=6.998 avg_d=3.499 std_dev=3.499
C2' B 0, 0.000, 4.244, 8.487, 8.487 max_d=8.487 avg_d=4.244 std_dev=4.244
O4' B 0, 0.000, 4.298, 8.596, 8.596 max_d=8.596 avg_d=4.298 std_dev=4.298
O2' B 0, 0.000, 4.656, 9.311, 9.311 max_d=9.311 avg_d=4.656 std_dev=4.656
P A 0, 0.000, 4.976, 9.952, 9.952 max_d=9.952 avg_d=4.976 std_dev=4.976
C1' B 0, 0.000, 5.011, 10.023, 10.023 max_d=10.023 avg_d=5.011 std_dev=5.011
C8 B 0, 0.000, 5.023, 10.046, 10.046 max_d=10.046 avg_d=5.023 std_dev=5.023
OP1 A 0, 0.000, 5.395, 10.789, 10.789 max_d=10.789 avg_d=5.395 std_dev=5.395
N9 B 0, 0.000, 5.409, 10.818, 10.818 max_d=10.818 avg_d=5.409 std_dev=5.409
OP2 A 0, 0.000, 5.538, 11.077, 11.077 max_d=11.077 avg_d=5.538 std_dev=5.538
N7 B 0, 0.000, 5.926, 11.852, 11.852 max_d=11.852 avg_d=5.926 std_dev=5.926
C4 B 0, 0.000, 6.491, 12.981, 12.981 max_d=12.981 avg_d=6.491 std_dev=6.491
C5 B 0, 0.000, 6.835, 13.670, 13.670 max_d=13.670 avg_d=6.835 std_dev=6.835
N3 B 0, 0.000, 7.172, 14.345, 14.345 max_d=14.345 avg_d=7.172 std_dev=7.172
C6 B 0, 0.000, 8.092, 16.183, 16.183 max_d=16.183 avg_d=8.092 std_dev=8.092
C2 B 0, 0.000, 8.224, 16.448, 16.448 max_d=16.448 avg_d=8.224 std_dev=8.224
N1 B 0, 0.000, 8.685, 17.370, 17.370 max_d=17.370 avg_d=8.685 std_dev=8.685
O6 B 0, 0.000, 8.734, 17.468, 17.468 max_d=17.468 avg_d=8.734 std_dev=8.734
N2 B 0, 0.000, 9.006, 18.012, 18.012 max_d=18.012 avg_d=9.006 std_dev=9.006

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.32 0.26 0.01
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.24 0.02 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.18 0.43 1.33 0.16 0.66
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.06 0.25 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.15 0.28 0.01
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.20 0.01 0.10 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.69 0.78 0.14
C4' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.03 0.00 0.24 0.00 0.29 0.02 0.16 0.48 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01
C5 0.00 0.02 0.13 0.17 0.01 0.24 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01 0.15 0.76 0.03 1.42 0.80
C5' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.08 0.00 0.48 0.00 0.55 0.05 0.30 0.89 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.09 0.29 0.00
C6 0.00 0.00 0.16 0.20 0.02 0.29 0.00 0.55 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.05 0.02 0.20 0.82 0.18 1.33 0.83
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.17 0.50 0.49 0.07
N3 0.03 0.00 0.06 0.10 0.00 0.16 0.00 0.30 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.01 0.12 0.26 1.31 0.08 0.50
O2 0.04 0.00 0.25 0.32 0.02 0.48 0.02 0.89 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.05 0.03 0.33 1.05 2.01 0.91 1.38
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.13 0.34 0.03
O3' 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.16 0.04 0.01
O4 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.22 0.78 0.81 0.12
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.12 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.30 0.04 0.01
O5' 0.08 0.43 0.01 0.04 0.24 0.00 0.76 0.00 0.82 0.17 0.26 1.05 0.02 0.04 0.22 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.32 1.33 0.15 0.11 0.69 0.00 0.03 0.09 0.18 0.50 1.31 2.01 0.13 0.16 0.78 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.16 0.28 0.02 0.78 0.13 1.42 0.29 1.33 0.49 0.08 0.91 0.34 0.04 0.81 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.66 0.01 0.01 0.14 0.01 0.80 0.00 0.83 0.07 0.50 1.38 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.34 3.12 1.37 0.88 2.50 0.24 2.68 0.19 3.11 1.78 3.31 3.22 2.70 2.24 1.90 0.91 0.45 0.69 0.44 3.19 0.49 0.35 0.23
C2 1.45 3.47 1.40 0.94 2.86 0.27 3.28 0.15 3.85 2.20 3.89 3.48 2.93 2.86 2.18 0.86 0.48 0.76 0.54 4.09 0.35 0.29 0.27
C2' 1.52 3.06 1.61 1.22 2.51 0.58 2.66 0.19 3.04 1.88 3.22 3.18 2.69 2.28 1.99 1.19 0.87 0.95 0.78 3.13 0.19 0.79 0.62
C3' 1.58 3.03 1.69 1.29 2.46 0.69 2.54 0.30 2.89 1.82 3.11 3.19 2.69 2.16 1.97 1.33 1.00 1.02 0.84 2.94 0.12 0.93 0.70
C4 1.37 2.92 1.30 0.94 2.59 0.34 3.07 0.05 3.45 2.24 3.32 2.85 2.52 2.89 2.07 0.77 0.52 0.79 0.62 3.71 0.20 0.25 0.32
C4' 1.82 3.23 1.97 1.52 2.69 0.88 2.74 0.47 3.05 2.04 3.27 3.37 2.94 2.35 2.22 1.58 1.21 1.22 0.99 3.06 0.02 1.05 0.79
C5 1.34 2.57 1.29 0.97 2.35 0.38 2.67 0.03 2.90 2.04 2.84 2.51 2.28 2.50 1.94 0.80 0.55 0.79 0.63 3.02 0.32 0.29 0.32
C5' 2.42 3.42 2.67 2.34 3.07 1.66 3.07 1.25 3.28 2.54 3.44 3.49 3.24 2.77 2.72 2.31 2.17 1.89 1.69 3.27 0.64 1.79 1.45
C6 1.36 2.68 1.37 0.99 2.38 0.35 2.60 0.10 2.86 1.90 2.89 2.65 2.39 2.31 1.92 0.87 0.55 0.77 0.56 2.93 0.44 0.33 0.28
N1 1.42 3.15 1.41 0.96 2.65 0.30 2.92 0.14 3.34 2.00 3.43 3.16 2.74 2.52 2.05 0.90 0.50 0.76 0.52 3.45 0.42 0.34 0.27
N3 1.44 3.34 1.37 0.96 2.84 0.31 3.35 0.10 3.90 2.31 3.82 3.30 2.83 3.02 2.20 0.82 0.51 0.79 0.59 4.22 0.24 0.27 0.30
O2 1.46 3.73 1.41 0.92 2.95 0.24 3.39 0.18 4.07 2.22 4.20 3.80 3.09 2.91 2.21 0.86 0.46 0.75 0.52 4.37 0.36 0.30 0.26
O2' 1.14 2.79 1.19 0.77 2.16 0.19 2.34 0.21 2.78 1.50 2.99 2.96 2.36 1.93 1.61 0.83 0.40 0.58 0.39 2.91 0.54 0.37 0.26
O3' 1.04 2.68 1.09 0.63 1.98 0.10 2.07 0.27 2.48 1.28 2.76 2.92 2.27 1.65 1.45 0.79 0.27 0.49 0.27 2.55 0.60 0.35 0.16
O4 1.30 2.78 1.21 0.90 2.48 0.34 3.00 0.01 3.39 2.23 3.21 2.71 2.39 2.90 2.00 0.71 0.50 0.76 0.63 3.72 0.06 0.19 0.32
O4' 1.69 3.34 1.78 1.26 2.77 0.59 2.86 0.16 3.21 2.04 3.43 3.43 3.00 2.43 2.21 1.30 0.84 1.03 0.74 3.22 0.20 0.69 0.50
O5' 2.75 3.59 2.98 2.83 3.34 2.12 3.39 1.76 3.57 2.94 3.66 3.59 3.42 3.15 3.06 2.52 2.68 2.28 2.23 3.58 1.13 2.35 2.00
OP1 2.53 3.12 2.87 2.85 2.90 2.19 2.89 1.86 3.03 2.55 3.14 3.18 3.00 2.68 2.68 2.61 3.09 2.14 2.13 3.02 0.95 2.45 1.88
OP2 3.12 3.56 3.24 3.46 3.56 2.91 3.71 2.86 3.80 3.52 3.73 3.44 3.45 3.68 3.43 2.68 3.38 2.90 3.37 3.88 2.42 3.83 3.33
P 3.08 3.60 3.32 3.38 3.47 2.73 3.51 2.43 3.62 3.22 3.66 3.57 3.49 3.36 3.29 2.91 3.46 2.73 2.80 3.63 1.65 3.05 2.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.08 0.03
C2 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.32 0.29 0.06
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.16 0.11
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.11 0.05 0.01 0.02 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.11 0.10 0.05 0.29 0.17
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.31 0.33 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.25 0.00
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.43 0.49 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.48 0.52 0.05
C8 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.03 0.05 0.02 0.35 0.50 0.06
N1 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.02 0.03 0.01 0.42 0.41 0.07
N2 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.04 0.01 0.29 0.23 0.07
N3 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.25 0.24 0.04
N7 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.02 0.03 0.02 0.47 0.61 0.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.24 0.29 0.02
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.16 0.20 0.01
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.12 0.01 0.12 0.14 0.08 0.00 0.01 0.16 0.07 0.04 0.00 0.01 0.11 0.16 0.21 0.49 0.21
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.11
O5' 0.01 0.03 0.08 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O6 0.03 0.01 0.05 0.10 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.54 0.61 0.05
OP1 0.08 0.32 0.02 0.05 0.31 0.16 0.43 0.24 0.48 0.35 0.42 0.29 0.25 0.47 0.24 0.16 0.21 0.01 0.01 0.54 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.29 0.16 0.29 0.33 0.25 0.49 0.33 0.52 0.50 0.41 0.23 0.24 0.61 0.29 0.20 0.49 0.05 0.00 0.61 0.02 0.00 0.02
P 0.03 0.06 0.11 0.17 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.21 0.11 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00