ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48599

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.000, 0.098, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.098 std_dev=0.098
OP2 B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
N7 B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
P B 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O2' B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C8 B 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C3' B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O3' B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C4' B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C5' A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
N9 B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C1' B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O5' A 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
P A 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O4' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C6 B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
O6 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP2 A 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
OP1 A 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
N1 B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C2 B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
N2 B 0, 0.000, 0.481, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.481 std_dev=0.481

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.08 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
O2 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01
O3' 0.05 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.00 0.07 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.08 0.09 0.04
O4 0.04 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.05 0.03 0.06 0.12 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02
O5' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.09 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.07 0.04 0.05 0.02
C2 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.09 0.02 0.08 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.11 0.05 0.05 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.01
C3' 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01
C4 0.05 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.09 0.05 0.08 0.10 0.07 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.07 0.00 0.02
C5 0.05 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.04 0.10 0.08 0.03 0.05 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.04
C6 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.11 0.08 0.02 0.07 0.06
N1 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.09 0.03 0.06 0.05
N3 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.08 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.09 0.11 0.07 0.02 0.01
O2 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.10 0.03 0.10 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.10 0.12 0.05 0.05 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.06 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01
O4 0.09 0.00 0.09 0.09 0.03 0.06 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.08 0.12 0.09 0.04 0.09 0.10 0.03 0.03
O4' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.06 0.06 0.01 0.00
O5' 0.07 0.06 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.04 0.12 0.12 0.09 0.03 0.06 0.12 0.09 0.11 0.01 0.04 0.05 0.14 0.06 0.03 0.00
OP1 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05 0.14 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.04 0.07
OP2 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.11 0.01 0.19 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.11 0.02 0.14 0.07 0.12
P 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.11 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.03 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.11 0.05
C2 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.03
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02
C4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.04 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.04 0.06 0.03
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.12 0.16 0.07 0.02 0.00 0.17 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.03 0.04
C8 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.03 0.05 0.07 0.03
N1 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01
N2 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05
N7 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.05
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.11 0.03
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.03 0.12 0.07
O5' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.09 0.05 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.04 0.03 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03 0.16 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.08
OP1 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.08 0.09 0.05 0.09 0.05 0.06 0.02 0.03 0.07 0.05 0.09 0.10 0.04 0.11 0.06 0.05 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00