ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48600

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
OP2 B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
OP1 B 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
P B 0, 0.000, 0.422, 0.843, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.422 std_dev=0.422
O4' A 0, 0.000, 0.522, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C2' A 0, 0.000, 0.597, 1.195, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.597 std_dev=0.597
C4' A 0, 0.000, 0.814, 1.628, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.814 std_dev=0.814
O5' A 0, 0.000, 0.830, 1.661, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.830 std_dev=0.830
C3' A 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
P A 0, 0.000, 0.960, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.960 std_dev=0.960
C5' A 0, 0.000, 1.011, 2.023, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.011 std_dev=1.011
O2' A 0, 0.000, 1.019, 2.038, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.019 std_dev=1.019
OP1 A 0, 0.000, 1.089, 2.177, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.089 std_dev=1.089
OP2 A 0, 0.000, 1.154, 2.308, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.154 std_dev=1.154
O3' A 0, 0.000, 1.268, 2.536, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.268 std_dev=1.268
O5' B 0, 0.000, 1.337, 2.674, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.337 std_dev=1.337
C5' B 0, 0.000, 1.877, 3.754, 3.754 max_d=3.754 avg_d=1.877 std_dev=1.877
C3' B 0, 0.000, 1.902, 3.803, 3.803 max_d=3.803 avg_d=1.902 std_dev=1.902
O3' B 0, 0.000, 2.063, 4.126, 4.126 max_d=4.126 avg_d=2.063 std_dev=2.063
C4' B 0, 0.000, 2.389, 4.777, 4.777 max_d=4.777 avg_d=2.389 std_dev=2.389
C2' B 0, 0.000, 3.031, 6.062, 6.062 max_d=6.062 avg_d=3.031 std_dev=3.031
O4' B 0, 0.000, 3.530, 7.061, 7.061 max_d=7.061 avg_d=3.530 std_dev=3.530
O2' B 0, 0.000, 3.645, 7.290, 7.290 max_d=7.290 avg_d=3.645 std_dev=3.645
C1' B 0, 0.000, 3.920, 7.840, 7.840 max_d=7.840 avg_d=3.920 std_dev=3.920
C8 B 0, 0.000, 4.930, 9.861, 9.861 max_d=9.861 avg_d=4.930 std_dev=4.930
N9 B 0, 0.000, 4.941, 9.883, 9.883 max_d=9.883 avg_d=4.941 std_dev=4.941
N7 B 0, 0.000, 6.042, 12.084, 12.084 max_d=12.084 avg_d=6.042 std_dev=6.042
C4 B 0, 0.000, 6.169, 12.338, 12.338 max_d=12.338 avg_d=6.169 std_dev=6.169
N3 B 0, 0.000, 6.661, 13.322, 13.322 max_d=13.322 avg_d=6.661 std_dev=6.661
C5 B 0, 0.000, 6.803, 13.607, 13.607 max_d=13.607 avg_d=6.803 std_dev=6.803
C2 B 0, 0.000, 7.861, 15.723, 15.723 max_d=15.723 avg_d=7.861 std_dev=7.861
C6 B 0, 0.000, 8.101, 16.202, 16.202 max_d=16.202 avg_d=8.101 std_dev=8.101
N2 B 0, 0.000, 8.520, 17.041, 17.041 max_d=17.041 avg_d=8.520 std_dev=8.520
N1 B 0, 0.000, 8.540, 17.081, 17.081 max_d=17.081 avg_d=8.540 std_dev=8.540
O6 B 0, 0.000, 8.852, 17.703, 17.703 max_d=17.703 avg_d=8.852 std_dev=8.852

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.01 0.01 0.17 0.19 0.29 0.19
C2 0.01 0.00 0.15 0.16 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.01 0.10 0.09 0.01 0.37 0.10
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.20 0.15 0.00 0.11 0.26 0.00 0.02 0.00 0.02 0.41 0.64 0.50 0.48
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.24 0.00 0.22 0.01 0.17 0.14 0.21 0.11 0.01 0.00 0.25 0.01 0.02 0.41 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.00 0.24 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.50 0.01
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.02 0.05 0.20 0.01 0.06 0.00 0.01 0.18 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.22 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.05 0.00 0.04 0.00 0.25 0.55 0.02
C5' 0.08 0.08 0.20 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.10 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.17 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.00 0.00 0.07 0.06 0.13 0.50 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.00 0.02 0.11 0.02 0.39 0.12
N3 0.01 0.00 0.11 0.21 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.09 0.01 0.08 0.05 0.11 0.43 0.05
O2 0.01 0.00 0.26 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.28 0.01 0.15 0.12 0.10 0.31 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.27 0.20 0.34 0.01 0.31 0.16 0.15 0.12 0.00 0.02 0.30 0.13 0.33 0.63 0.51 0.46
O3' 0.29 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.13 0.09 0.28 0.02 0.00 0.03 0.20 0.17 0.20 0.57 0.23
O4 0.01 0.01 0.00 0.25 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.03 0.00 0.02 0.01 0.29 0.53 0.01
O4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.15 0.13 0.20 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
O5' 0.17 0.09 0.41 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.05 0.12 0.33 0.17 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.19 0.01 0.64 0.41 0.22 0.18 0.25 0.10 0.13 0.02 0.11 0.10 0.63 0.20 0.29 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.37 0.50 0.12 0.50 0.18 0.55 0.26 0.50 0.39 0.43 0.31 0.51 0.57 0.53 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.10 0.48 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.12 0.05 0.12 0.46 0.23 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.48 0.64 0.23 0.53 0.19 0.67 0.29 0.71 0.64 0.61 0.40 0.42 0.73 0.50 1.00 0.04 0.04 0.10 0.79 0.12 0.13 0.17
C2 0.09 0.19 0.52 0.07 0.31 0.47 0.51 0.56 0.54 0.53 0.38 0.05 0.12 0.64 0.31 0.92 0.17 0.35 0.20 0.67 0.17 0.17 0.17
C2' 0.33 0.28 0.66 0.39 0.40 0.02 0.52 0.07 0.51 0.57 0.40 0.17 0.27 0.61 0.44 0.95 0.20 0.05 0.10 0.58 0.15 0.10 0.05
C3' 0.03 0.09 0.30 0.02 0.14 0.34 0.23 0.39 0.24 0.23 0.18 0.03 0.06 0.27 0.14 0.61 0.13 0.24 0.24 0.30 0.19 0.21 0.29
C4 0.18 0.17 0.28 0.11 0.02 0.67 0.19 0.75 0.19 0.27 0.01 0.32 0.22 0.36 0.02 0.61 0.33 0.60 0.33 0.32 0.17 0.16 0.16
C4' 0.44 0.69 0.62 0.24 0.66 0.05 0.74 0.15 0.80 0.64 0.77 0.65 0.62 0.73 0.59 0.95 0.09 0.15 0.05 0.85 0.11 0.10 0.17
C5 0.13 0.12 0.26 0.09 0.00 0.58 0.18 0.65 0.18 0.25 0.03 0.24 0.16 0.32 0.04 0.54 0.29 0.50 0.33 0.28 0.14 0.15 0.20
C5' 0.57 0.76 0.65 0.35 0.73 0.17 0.76 0.07 0.79 0.67 0.79 0.74 0.72 0.72 0.66 0.88 0.25 0.36 0.08 0.81 0.02 0.04 0.06
C6 0.05 0.10 0.40 0.04 0.20 0.40 0.35 0.47 0.36 0.39 0.24 0.00 0.06 0.46 0.22 0.70 0.17 0.29 0.23 0.45 0.13 0.14 0.20
N1 0.16 0.25 0.53 0.11 0.35 0.37 0.51 0.45 0.54 0.53 0.41 0.14 0.20 0.61 0.35 0.89 0.11 0.23 0.18 0.64 0.15 0.15 0.18
N3 0.06 0.01 0.41 0.03 0.14 0.60 0.36 0.68 0.38 0.42 0.19 0.16 0.07 0.52 0.16 0.79 0.27 0.51 0.27 0.52 0.18 0.17 0.16
O2 0.16 0.30 0.59 0.11 0.40 0.44 0.62 0.54 0.67 0.62 0.50 0.16 0.22 0.74 0.39 1.02 0.13 0.31 0.17 0.81 0.18 0.17 0.16
O2' 0.32 0.22 0.64 0.40 0.37 0.05 0.49 0.03 0.46 0.57 0.33 0.09 0.22 0.60 0.42 0.87 0.21 0.09 0.16 0.53 0.27 0.22 0.14
O3' 0.18 0.17 0.13 0.15 0.08 0.49 0.03 0.48 0.04 0.07 0.06 0.26 0.20 0.11 0.06 0.42 0.36 0.43 0.28 0.11 0.17 0.14 0.25
O4 0.31 0.35 0.16 0.19 0.18 0.76 0.04 0.84 0.03 0.15 0.16 0.50 0.39 0.23 0.12 0.49 0.39 0.74 0.39 0.17 0.19 0.16 0.16
O4' 0.48 0.77 0.70 0.24 0.75 0.11 0.87 0.23 0.94 0.77 0.89 0.71 0.69 0.88 0.68 1.08 0.06 0.12 0.08 1.01 0.18 0.15 0.21
O5' 0.15 0.17 0.28 0.12 0.20 0.05 0.23 0.06 0.23 0.24 0.20 0.14 0.16 0.25 0.20 0.41 0.01 0.04 0.08 0.25 0.00 0.03 0.13
OP1 0.21 0.01 0.49 0.34 0.19 0.12 0.31 0.25 0.26 0.44 0.12 0.16 0.00 0.45 0.29 0.59 0.02 0.08 0.60 0.33 0.56 0.44 0.71
OP2 0.15 0.68 0.09 0.25 0.44 0.43 0.41 0.64 0.53 0.13 0.65 0.78 0.58 0.25 0.25 0.45 0.01 0.17 0.45 0.53 0.77 0.75 0.53
P 0.08 0.16 0.12 0.00 0.14 0.08 0.16 0.10 0.19 0.12 0.18 0.15 0.14 0.15 0.12 0.23 0.00 0.04 0.08 0.20 0.07 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.00 0.23 0.31 0.28
C2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.05 0.34 0.00 0.32 0.39 0.42
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.02 0.17 0.47 0.27
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.18 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.39 0.00 0.36 0.48 0.48
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03 0.09 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.15 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.48 0.00 0.45 0.62 0.62
C5' 0.06 0.02 0.09 0.03 0.09 0.01 0.16 0.00 0.14 0.24 0.08 0.03 0.01 0.23 0.13 0.08 0.01 0.03 0.01 0.18 0.19 0.12 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.48 0.00 0.46 0.63 0.64
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.53 0.00 0.47 0.67 0.66
N1 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.41 0.00 0.40 0.51 0.54
N2 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.07 0.28 0.01 0.27 0.30 0.35
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.31 0.00 0.29 0.35 0.37
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.55 0.00 0.52 0.73 0.72
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.40 0.00 0.35 0.49 0.48
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.14 0.10 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.15 0.56 0.28
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.18 0.01 0.21 0.09 0.17
O5' 0.25 0.34 0.19 0.02 0.39 0.02 0.48 0.01 0.48 0.53 0.41 0.28 0.31 0.55 0.40 0.17 0.05 0.18 0.00 0.52 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.52 0.00 0.52 0.71 0.71
OP1 0.23 0.32 0.17 0.07 0.36 0.15 0.45 0.19 0.46 0.47 0.40 0.27 0.29 0.52 0.35 0.15 0.05 0.21 0.02 0.52 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.39 0.47 0.18 0.48 0.03 0.62 0.12 0.63 0.67 0.51 0.30 0.35 0.73 0.49 0.56 0.03 0.09 0.01 0.71 0.00 0.00 0.00
P 0.28 0.42 0.27 0.02 0.48 0.02 0.62 0.01 0.64 0.66 0.54 0.35 0.37 0.72 0.48 0.28 0.07 0.17 0.00 0.71 0.00 0.00 0.00