ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48601

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
OP2 A 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O4' A 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C2' A 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
P B 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C4' A 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C5' A 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O5' A 0, 0.000, 0.634, 1.268, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.634 std_dev=0.634
C3' A 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
P A 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
OP1 B 0, 0.000, 0.840, 1.681, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.840 std_dev=0.840
O2' A 0, 0.000, 0.874, 1.748, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.874 std_dev=0.874
OP2 B 0, 0.000, 0.931, 1.863, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.931 std_dev=0.931
O3' A 0, 0.000, 1.174, 2.348, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.174 std_dev=1.174
OP1 A 0, 0.000, 1.667, 3.333, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.667 std_dev=1.667
O5' B 0, 0.000, 1.669, 3.338, 3.338 max_d=3.338 avg_d=1.669 std_dev=1.669
C5' B 0, 0.000, 1.754, 3.508, 3.508 max_d=3.508 avg_d=1.754 std_dev=1.754
C4' B 0, 0.000, 2.757, 5.515, 5.515 max_d=5.515 avg_d=2.757 std_dev=2.757
O3' B 0, 0.000, 2.860, 5.720, 5.720 max_d=5.720 avg_d=2.860 std_dev=2.860
C3' B 0, 0.000, 2.901, 5.803, 5.803 max_d=5.803 avg_d=2.901 std_dev=2.901
O4' B 0, 0.000, 3.990, 7.980, 7.980 max_d=7.980 avg_d=3.990 std_dev=3.990
C2' B 0, 0.000, 4.226, 8.452, 8.452 max_d=8.452 avg_d=4.226 std_dev=4.226
C1' B 0, 0.000, 4.785, 9.570, 9.570 max_d=9.570 avg_d=4.785 std_dev=4.785
C8 B 0, 0.000, 4.795, 9.590, 9.590 max_d=9.590 avg_d=4.795 std_dev=4.795
O2' B 0, 0.000, 4.904, 9.808, 9.808 max_d=9.808 avg_d=4.904 std_dev=4.904
N9 B 0, 0.000, 5.387, 10.774, 10.774 max_d=10.774 avg_d=5.387 std_dev=5.387
N7 B 0, 0.000, 5.637, 11.275, 11.275 max_d=11.275 avg_d=5.637 std_dev=5.637
C4 B 0, 0.000, 6.713, 13.426, 13.426 max_d=13.426 avg_d=6.713 std_dev=6.713
C5 B 0, 0.000, 6.837, 13.675, 13.675 max_d=13.675 avg_d=6.837 std_dev=6.837
N3 B 0, 0.000, 7.687, 15.374, 15.374 max_d=15.374 avg_d=7.687 std_dev=7.687
C6 B 0, 0.000, 8.111, 16.222, 16.222 max_d=16.222 avg_d=8.111 std_dev=8.111
O6 B 0, 0.000, 8.440, 16.880, 16.880 max_d=16.880 avg_d=8.440 std_dev=8.440
C2 B 0, 0.000, 8.872, 17.744, 17.744 max_d=17.744 avg_d=8.872 std_dev=8.872
N1 B 0, 0.000, 9.087, 18.174, 18.174 max_d=18.174 avg_d=9.087 std_dev=9.087
N2 B 0, 0.000, 9.962, 19.923, 19.923 max_d=19.923 avg_d=9.962 std_dev=9.962

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.20 0.03 0.00 0.03 0.41 0.04 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.11 0.07 0.48 0.05 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.13 0.21 0.14 0.03 0.02 0.15 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.27 0.35 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.19 0.00 0.20 0.03 0.17 0.11 0.15 0.04 0.00 0.01 0.20 0.01 0.03 0.43 0.13 0.13
C4 0.03 0.01 0.05 0.19 0.00 0.00 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.06 0.00 0.03 0.04 0.64 0.08 0.06
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.08 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.11 0.04
C5 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.12 0.00 0.04 0.01 0.70 0.10 0.12
C5' 0.11 0.18 0.21 0.03 0.17 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.18 0.19 0.02 0.14 0.17 0.01 0.00 0.13 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.08 0.01 0.06 0.03 0.64 0.10 0.13
N1 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.06 0.01 0.03 0.01 0.51 0.06 0.07
N3 0.04 0.00 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.04 0.01 0.08 0.07 0.55 0.06 0.03
O2 0.04 0.00 0.15 0.04 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.01 0.16 0.10 0.40 0.04 0.02
O2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.31 0.24 0.34 0.02 0.29 0.17 0.22 0.02 0.00 0.03 0.33 0.15 0.13 0.35 0.24 0.07
O3' 0.20 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02 0.12 0.14 0.08 0.06 0.04 0.24 0.03 0.00 0.09 0.17 0.06 0.49 0.07 0.19
O4 0.03 0.01 0.05 0.20 0.00 0.01 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.09 0.00 0.03 0.04 0.66 0.07 0.06
O4' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.16 0.15 0.17 0.03 0.00 0.09 0.38 0.11 0.15
O5' 0.03 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.10 0.13 0.06 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.41 0.48 0.27 0.43 0.64 0.22 0.70 0.13 0.64 0.51 0.55 0.40 0.35 0.49 0.66 0.38 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.35 0.13 0.08 0.11 0.10 0.28 0.10 0.06 0.06 0.04 0.24 0.07 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.02 0.08 0.13 0.06 0.04 0.12 0.01 0.13 0.07 0.03 0.02 0.07 0.19 0.06 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.91 3.09 2.13 1.61 2.80 0.78 3.02 0.17 3.29 2.42 3.31 3.06 2.82 2.79 2.40 2.26 1.66 1.11 0.66 3.39 0.03 0.30 0.31
C2 1.96 3.33 1.94 1.54 3.03 0.84 3.39 0.23 3.71 2.64 3.65 3.27 3.00 3.16 2.55 1.98 1.53 1.24 0.71 3.88 0.17 0.14 0.26
C2' 1.74 2.78 2.09 1.64 2.52 0.74 2.75 0.20 3.01 2.24 3.01 2.75 2.52 2.59 2.18 2.27 1.77 0.96 0.70 3.15 0.21 0.47 0.45
C3' 1.45 2.38 1.92 1.41 2.12 0.47 2.29 0.06 2.52 1.84 2.55 2.38 2.16 2.12 1.81 2.20 1.58 0.64 0.40 2.62 0.10 0.26 0.19
C4 1.21 2.13 1.16 1.07 2.00 0.46 2.37 0.00 2.56 1.95 2.41 2.04 1.89 2.40 1.71 1.15 1.11 0.71 0.48 2.77 0.32 0.00 0.16
C4' 1.76 2.59 2.21 1.63 2.38 0.75 2.49 0.19 2.68 2.08 2.71 2.57 2.41 2.32 2.10 2.49 1.78 0.97 0.64 2.74 0.02 0.49 0.38
C5 0.96 1.65 1.05 0.99 1.61 0.28 1.91 0.14 2.04 1.66 1.90 1.55 1.48 1.97 1.40 1.07 1.07 0.45 0.38 2.20 0.22 0.12 0.20
C5' 1.41 1.90 1.93 1.49 1.85 0.62 1.99 0.20 2.09 1.78 2.05 1.82 1.79 1.95 1.70 2.20 1.70 0.73 0.65 2.18 0.09 0.69 0.53
C6 1.26 2.02 1.44 1.23 1.95 0.43 2.22 0.05 2.37 1.91 2.26 1.93 1.84 2.21 1.72 1.48 1.31 0.64 0.48 2.50 0.11 0.23 0.26
N1 1.75 2.84 1.88 1.50 2.64 0.71 2.92 0.13 3.14 2.38 3.09 2.77 2.58 2.77 2.27 1.94 1.53 1.03 0.64 3.27 0.10 0.23 0.28
N3 1.69 2.94 1.59 1.34 2.70 0.72 3.12 0.17 3.41 2.44 3.28 2.87 2.63 3.01 2.27 1.60 1.34 1.09 0.64 3.63 0.26 0.04 0.21
O2 2.24 3.96 2.18 1.68 3.47 1.00 3.83 0.34 4.29 2.86 4.31 3.95 3.53 3.44 2.86 2.26 1.65 1.47 0.79 4.47 0.16 0.15 0.27
O2' 1.80 3.07 2.08 1.59 2.73 0.73 3.03 0.21 3.38 2.41 3.37 3.06 2.73 2.84 2.31 2.24 1.67 1.00 0.75 3.60 0.30 0.52 0.52
O3' 1.59 2.68 2.07 1.45 2.33 0.52 2.50 0.02 2.77 1.96 2.85 2.72 2.41 2.27 1.96 2.40 1.57 0.72 0.44 2.89 0.04 0.29 0.23
O4 0.95 1.81 0.84 0.85 1.68 0.34 2.04 0.05 2.25 1.64 2.10 1.74 1.59 2.09 1.40 0.81 0.91 0.56 0.37 2.48 0.42 0.13 0.08
O4' 1.96 2.94 2.26 1.65 2.71 0.82 2.84 0.20 3.03 2.33 3.08 2.91 2.74 2.61 2.37 2.43 1.69 1.15 0.66 3.08 0.08 0.37 0.31
O5' 1.46 1.81 1.95 1.52 1.78 0.70 1.86 0.24 1.93 1.69 1.91 1.74 1.74 1.81 1.67 2.24 1.78 0.83 0.62 1.97 0.10 0.64 0.44
OP1 0.31 0.29 0.90 0.75 0.36 0.03 0.42 0.30 0.42 0.46 0.35 0.22 0.29 0.47 0.37 1.35 1.31 0.18 0.06 0.45 0.52 0.32 0.03
OP2 0.46 0.69 0.75 0.68 0.76 0.02 0.93 0.22 0.97 0.91 0.85 0.58 0.62 1.02 0.72 0.90 1.03 0.09 0.24 1.07 0.29 0.52 0.29
P 0.82 0.92 1.29 1.12 1.00 0.36 1.10 0.06 1.11 1.09 1.03 0.82 0.89 1.15 0.98 1.57 1.55 0.36 0.41 1.17 0.18 0.65 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.15 0.00 0.05 0.38 0.17
C2 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.41 0.09 0.05 0.00 0.39 0.52 0.06
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.18 0.01 0.10 0.06 0.11 0.10 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.34 0.01 0.42 0.61 0.38
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.18 0.28 0.10 0.05 0.00 0.28 0.15 0.00 0.01 0.01 0.05 0.22 0.18 0.02 0.08
C4 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.23 0.02 0.02 0.00 0.38 0.53 0.05
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.07 0.19 0.00 0.11 0.06 0.17 0.07 0.22 0.02 0.00 0.00 0.10 0.22 0.16 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.09 0.02 0.06 0.00 0.62 0.58 0.03
C5' 0.06 0.04 0.18 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.15 0.02 0.09 0.06 0.16 0.03 0.03 0.19 0.01 0.00 0.11 0.33 0.33 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.14 0.00 0.07 0.00 0.70 0.59 0.05
C8 0.01 0.00 0.10 0.28 0.00 0.19 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.11 0.12 0.09 0.00 0.51 0.56 0.01
N1 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.29 0.05 0.02 0.00 0.58 0.56 0.00
N2 0.02 0.00 0.11 0.05 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.53 0.12 0.09 0.00 0.32 0.51 0.09
N3 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.41 0.09 0.08 0.00 0.27 0.49 0.10
N7 0.00 0.00 0.08 0.28 0.00 0.17 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.09 0.09 0.14 0.00 0.73 0.60 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.12 0.03 0.04 0.00 0.27 0.50 0.08
O2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.22 0.22 0.33 0.03 0.34 0.33 0.25 0.08 0.10 0.38 0.21 0.00 0.01 0.14 0.25 0.38 0.46 0.58 0.34
O3' 0.26 0.41 0.02 0.01 0.23 0.02 0.09 0.19 0.14 0.11 0.29 0.53 0.41 0.09 0.12 0.01 0.00 0.16 0.20 0.07 0.02 0.36 0.33
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.05 0.12 0.09 0.09 0.03 0.14 0.16 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.05
O5' 0.15 0.05 0.34 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.09 0.02 0.09 0.08 0.14 0.04 0.25 0.20 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.07 0.02 0.12 0.00 0.85 0.60 0.11
OP1 0.05 0.39 0.42 0.18 0.38 0.22 0.62 0.33 0.70 0.51 0.58 0.32 0.27 0.73 0.27 0.46 0.02 0.01 0.00 0.85 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.52 0.61 0.02 0.53 0.16 0.58 0.33 0.59 0.56 0.56 0.51 0.49 0.60 0.50 0.58 0.36 0.06 0.01 0.60 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.06 0.38 0.08 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.09 0.10 0.08 0.08 0.34 0.33 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00