ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48602

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4' B 0, 0.000, 0.186, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C8 B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C1' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
N7 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O6 B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C3' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
P B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
OP2 B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.000, 0.358, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.358 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.000, 0.379, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O4' A 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.000, 0.414, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C2' A 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
O5' B 0, 0.000, 0.461, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.461 std_dev=0.461
O2' B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
OP1 B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
N2 B 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O5' A 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
P A 0, 0.000, 0.615, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.615 std_dev=0.615
OP2 A 0, 0.000, 0.621, 1.243, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.621 std_dev=0.621
C4' A 0, 0.000, 0.705, 1.410, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.705 std_dev=0.705
C5' A 0, 0.000, 0.800, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.800 std_dev=0.800
C3' A 0, 0.000, 0.805, 1.609, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.805 std_dev=0.805
OP1 A 0, 0.000, 0.850, 1.699, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.850 std_dev=0.850
O2' A 0, 0.000, 0.869, 1.737, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.869 std_dev=0.869
O3' A 0, 0.000, 1.388, 2.776, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.388 std_dev=1.388

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.23 0.01 0.00 0.10 0.10 0.15 0.09
C2 0.00 0.00 0.11 0.22 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.15 0.11 0.00 0.07 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00 0.33 0.36 0.45 0.36
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.31 0.00 0.30 0.01 0.24 0.20 0.28 0.15 0.02 0.00 0.33 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.00 0.31 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.16 0.00 0.00 0.18 0.18 0.18 0.17
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.13 0.07 0.08 0.00 0.26 0.02 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.08 0.30 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.20 0.00 0.05 0.19 0.18 0.15 0.17
C5' 0.05 0.03 0.15 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.10 0.03 0.07 0.01 0.10 0.15 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.11 0.24 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.12 0.00 0.06 0.11 0.09 0.02 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.20 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.07 0.28 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.05 0.01 0.03 0.12 0.12 0.12 0.12
O2 0.00 0.00 0.20 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.29 0.26 0.28 0.10 0.23 0.16 0.24 0.07 0.00 0.03 0.31 0.20 0.21 0.25 0.49 0.28
O3' 0.23 0.05 0.02 0.00 0.16 0.02 0.20 0.15 0.12 0.02 0.05 0.18 0.03 0.00 0.20 0.17 0.16 0.24 0.21 0.21
O4 0.01 0.02 0.00 0.33 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.20 0.00 0.00 0.20 0.23 0.24 0.21
O4' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.03 0.09 0.20 0.17 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
O5' 0.10 0.06 0.33 0.01 0.18 0.00 0.19 0.00 0.11 0.03 0.12 0.01 0.21 0.16 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.05 0.36 0.07 0.18 0.00 0.18 0.03 0.09 0.02 0.12 0.01 0.25 0.24 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.03 0.45 0.01 0.18 0.01 0.15 0.00 0.02 0.03 0.12 0.00 0.49 0.21 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.05 0.36 0.01 0.17 0.00 0.17 0.00 0.08 0.02 0.12 0.01 0.28 0.21 0.21 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.27 0.10 0.05 0.06 0.04 0.04 0.13 0.01 0.12 0.17 0.40 0.22 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.27 0.05 0.29 0.08 0.16
C2 0.05 0.25 0.12 0.01 0.07 0.06 0.03 0.15 0.03 0.12 0.19 0.32 0.19 0.15 0.01 0.20 0.04 0.05 0.27 0.04 0.31 0.12 0.20
C2' 0.07 0.30 0.07 0.26 0.02 0.24 0.03 0.35 0.08 0.20 0.25 0.47 0.18 0.17 0.10 0.06 0.25 0.17 0.49 0.05 0.41 0.27 0.34
C3' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.14 0.00 0.03 0.20 0.09
C4 0.06 0.25 0.16 0.04 0.14 0.06 0.07 0.16 0.13 0.07 0.22 0.29 0.22 0.08 0.05 0.19 0.10 0.05 0.27 0.07 0.31 0.17 0.23
C4' 0.12 0.11 0.07 0.07 0.18 0.07 0.20 0.07 0.18 0.21 0.14 0.04 0.13 0.22 0.18 0.02 0.01 0.10 0.20 0.19 0.17 0.12 0.01
C5 0.09 0.27 0.19 0.05 0.16 0.05 0.08 0.16 0.12 0.07 0.22 0.31 0.25 0.08 0.08 0.21 0.11 0.03 0.30 0.06 0.29 0.14 0.21
C5' 0.18 0.13 0.16 0.12 0.20 0.10 0.20 0.08 0.17 0.22 0.14 0.07 0.16 0.22 0.21 0.10 0.03 0.15 0.20 0.17 0.14 0.16 0.03
C6 0.09 0.28 0.18 0.02 0.14 0.04 0.03 0.15 0.08 0.10 0.21 0.34 0.26 0.11 0.05 0.24 0.07 0.02 0.30 0.02 0.28 0.10 0.18
N1 0.06 0.27 0.13 0.02 0.09 0.05 0.02 0.14 0.04 0.12 0.19 0.36 0.23 0.15 0.00 0.22 0.03 0.03 0.28 0.03 0.30 0.10 0.18
N3 0.05 0.24 0.13 0.01 0.10 0.06 0.02 0.15 0.08 0.10 0.21 0.29 0.19 0.13 0.02 0.18 0.07 0.06 0.26 0.01 0.32 0.15 0.22
O2 0.03 0.21 0.09 0.03 0.03 0.06 0.06 0.15 0.02 0.13 0.15 0.30 0.14 0.16 0.03 0.18 0.02 0.05 0.26 0.09 0.32 0.12 0.20
O2' 0.13 0.50 0.15 0.11 0.14 0.09 0.02 0.27 0.06 0.18 0.32 0.76 0.39 0.21 0.01 0.38 0.09 0.00 0.49 0.05 0.51 0.35 0.43
O3' 0.14 0.36 0.06 0.01 0.29 0.01 0.32 0.03 0.36 0.23 0.38 0.37 0.31 0.28 0.23 0.00 0.14 0.09 0.11 0.37 0.04 0.31 0.14
O4 0.06 0.23 0.16 0.06 0.14 0.06 0.10 0.16 0.15 0.03 0.22 0.27 0.20 0.03 0.07 0.17 0.12 0.06 0.24 0.11 0.30 0.20 0.24
O4' 0.02 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.20 0.06 0.19 0.21 0.10 0.10 0.02 0.24 0.13 0.21 0.06 0.03 0.20 0.21 0.25 0.03 0.08
O5' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.03 0.08 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.14 0.02 0.01 0.22 0.11
OP1 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.41 0.27
OP2 0.08 0.15 0.07 0.05 0.12 0.03 0.12 0.04 0.13 0.09 0.14 0.16 0.13 0.09 0.11 0.03 0.01 0.07 0.05 0.12 0.23 0.35 0.27
P 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.10 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.11 0.31 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.20 0.04 0.02
C2 0.05 0.00 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.19 0.07 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.12 0.08
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.15 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.03 0.01
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.02 0.04
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.22 0.02 0.05
C8 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.23 0.05 0.06
N1 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.20 0.03 0.01
N2 0.07 0.00 0.11 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.16 0.11 0.06 0.05 0.01 0.17 0.11 0.06
N3 0.05 0.01 0.07 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.04 0.04 0.01 0.18 0.08 0.04
N7 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.01 0.24 0.08 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.19 0.03 0.01
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.11 0.16 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.14 0.11 0.06
O3' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.22 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.24 0.01 0.02
O5' 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.22 0.05 0.07
OP1 0.20 0.19 0.12 0.07 0.20 0.15 0.22 0.11 0.22 0.23 0.20 0.17 0.18 0.24 0.19 0.14 0.00 0.24 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.12 0.15 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.11 0.08 0.08 0.03 0.11 0.22 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.08 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.04 0.09 0.01 0.06 0.14 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00