ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48603

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O2 A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' B 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
O2' B 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C4 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N7 B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C8 B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
OP1 A 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C3' B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
N2 B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O6 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
P A 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
OP2 B 0, 0.000, 0.299, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.299 std_dev=0.299
O5' B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
P B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
OP2 A 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O5' A 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
OP1 B 0, 0.000, 0.493, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.21 0.06
C2 0.05 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.07 0.00 0.21 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.20 0.07
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.16 0.07
C4 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.14 0.03
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.19 0.02 0.15 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.07 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.16 0.02 0.20 0.03
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.22 0.06
N3 0.04 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02
O2 0.08 0.00 0.12 0.10 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.07 0.01 0.02 0.23 0.10
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.08 0.19 0.06
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.13 0.05
O4 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.19 0.05
O5' 0.05 0.07 0.02 0.07 0.16 0.01 0.19 0.01 0.16 0.08 0.12 0.01 0.04 0.12 0.18 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00
OP1 0.05 0.00 0.06 0.07 0.01 0.12 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.10 0.02 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.21 0.20 0.16 0.14 0.14 0.15 0.07 0.20 0.22 0.17 0.23 0.19 0.13 0.09 0.19 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.06 0.06 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.10 0.06 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.03 0.01 0.30 0.10 0.11
C2 0.05 0.09 0.00 0.02 0.08 0.03 0.07 0.12 0.07 0.06 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.33 0.15 0.16
C2' 0.04 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.04 0.01 0.32 0.09 0.12
C3' 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.33 0.08 0.12
C4 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.05 0.20 0.03 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.34 0.18 0.21
C4' 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.32 0.10 0.12
C5 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.15 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.32 0.13 0.16
C5' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.11 0.00 0.00 0.02 0.32 0.11 0.13
C6 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.30 0.09 0.12
N1 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.08 0.07 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.02 0.02 0.30 0.10 0.12
N3 0.06 0.09 0.03 0.02 0.09 0.08 0.08 0.19 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.35 0.18 0.20
O2 0.04 0.10 0.03 0.05 0.08 0.01 0.09 0.11 0.11 0.07 0.12 0.11 0.09 0.08 0.07 0.05 0.13 0.02 0.00 0.13 0.33 0.15 0.16
O2' 0.05 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.04 0.00 0.32 0.09 0.11
O3' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.04 0.01 0.33 0.08 0.12
O4 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.13 0.05 0.25 0.02 0.08 0.03 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05 0.06 0.11 0.01 0.34 0.21 0.24
O4' 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00 0.29 0.10 0.11
O5' 0.20 0.14 0.19 0.13 0.19 0.11 0.18 0.09 0.17 0.21 0.14 0.12 0.17 0.20 0.21 0.15 0.01 0.14 0.11 0.16 0.41 0.23 0.25
OP1 0.02 0.04 0.08 0.02 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.13 0.00 0.06 0.16 0.01 0.06 0.08 0.07
OP2 0.12 0.19 0.09 0.09 0.17 0.07 0.18 0.07 0.19 0.14 0.20 0.19 0.18 0.15 0.14 0.05 0.02 0.13 0.02 0.19 0.33 0.04 0.10
P 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.25 0.04 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.00 0.01 0.04 0.22 0.11 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.17 0.06 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.07 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.01
C5 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.15 0.09 0.06
C5' 0.05 0.10 0.02 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.08 0.08 0.20 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.04 0.13 0.01
C6 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.19 0.10 0.08
C8 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00
N1 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.00 0.04 0.22 0.11 0.09
N2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.11 0.00 0.01 0.06 0.24 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.01 0.03 0.19 0.10 0.06
N7 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.04
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.11 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.06 0.03
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.24 0.09 0.12
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.10
O5' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.17 0.09 0.08
OP1 0.07 0.22 0.17 0.18 0.16 0.05 0.15 0.04 0.19 0.06 0.22 0.24 0.19 0.09 0.10 0.16 0.24 0.05 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.11 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.13 0.10 0.04 0.11 0.12 0.10 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.06 0.04 0.01 0.03 0.12 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00