ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48604

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
OP1 A 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O3' B 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
P A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
OP2 A 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.000, 0.200, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.000, 0.204, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C4' B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O3' A 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
P B 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
C5' B 0, 0.000, 0.761, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.761 std_dev=0.761
O4' B 0, 0.000, 0.893, 1.786, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.893 std_dev=0.893
OP1 B 0, 0.000, 0.915, 1.829, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.915 std_dev=0.915
C1' B 0, 0.000, 1.150, 2.299, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.150 std_dev=1.150
N9 B 0, 0.000, 2.028, 4.056, 4.056 max_d=4.056 avg_d=2.028 std_dev=2.028
N3 B 0, 0.000, 2.033, 4.066, 4.066 max_d=4.066 avg_d=2.033 std_dev=2.033
C4 B 0, 0.000, 2.247, 4.493, 4.493 max_d=4.493 avg_d=2.247 std_dev=2.247
C2 B 0, 0.000, 2.736, 5.472, 5.472 max_d=5.472 avg_d=2.736 std_dev=2.736
C8 B 0, 0.000, 3.146, 6.292, 6.292 max_d=6.292 avg_d=3.146 std_dev=3.146
N2 B 0, 0.000, 3.169, 6.339, 6.339 max_d=6.339 avg_d=3.169 std_dev=3.169
C5 B 0, 0.000, 3.297, 6.595, 6.595 max_d=6.595 avg_d=3.297 std_dev=3.297
N1 B 0, 0.000, 3.436, 6.873, 6.873 max_d=6.873 avg_d=3.436 std_dev=3.436
C6 B 0, 0.000, 3.858, 7.717, 7.717 max_d=7.717 avg_d=3.858 std_dev=3.858
N7 B 0, 0.000, 3.865, 7.729, 7.729 max_d=7.729 avg_d=3.865 std_dev=3.865
O6 B 0, 0.000, 4.822, 9.645, 9.645 max_d=9.645 avg_d=4.822 std_dev=4.822

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01
C4 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.10 0.07 0.01 0.04
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.02 0.13 0.08 0.02 0.05
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.11 0.07 0.01 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.00
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.02 0.07 0.05 0.02 0.01
O2 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.06 0.01 0.04 0.09 0.13 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.11 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.04 0.09 0.03 0.02
O4 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.02 0.12 0.08 0.04 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04
O5' 0.01 0.04 0.03 0.03 0.10 0.01 0.13 0.00 0.11 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.11 0.09 0.08 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.54 1.59 0.27 0.13 1.36 0.12 1.71 0.02 2.01 1.23 1.96 1.42 1.25 1.58 1.04 0.24 0.09 0.41 0.04 2.19 0.30 0.18 0.13
C2 0.67 1.39 0.24 0.11 1.52 0.08 2.15 0.09 2.47 1.76 2.06 0.95 1.08 2.23 1.30 0.20 0.07 0.51 0.01 2.88 0.32 0.22 0.12
C2' 0.43 1.60 0.25 0.12 1.28 0.10 1.63 0.05 1.98 1.10 1.96 1.52 1.22 1.48 0.93 0.25 0.08 0.33 0.06 2.20 0.37 0.13 0.14
C3' 0.27 1.37 0.21 0.08 1.04 0.04 1.31 0.06 1.61 0.82 1.63 1.36 1.04 1.15 0.71 0.24 0.05 0.19 0.02 1.78 0.30 0.02 0.07
C4 0.67 0.79 0.18 0.07 1.34 0.04 2.09 0.12 2.17 2.02 1.50 0.17 0.65 2.48 1.34 0.14 0.03 0.53 0.04 2.63 0.29 0.25 0.09
C4' 0.25 1.33 0.22 0.10 0.94 0.09 1.08 0.05 1.34 0.61 1.45 1.38 1.05 0.87 0.60 0.24 0.07 0.19 0.05 1.43 0.25 0.05 0.09
C5 0.62 0.70 0.17 0.07 1.23 0.04 1.86 0.09 1.86 1.86 1.29 0.14 0.59 2.20 1.25 0.13 0.02 0.50 0.02 2.18 0.27 0.22 0.10
C5' 0.04 0.93 0.14 0.04 0.60 0.04 0.68 0.08 0.89 0.28 0.99 1.00 0.72 0.49 0.31 0.23 0.04 0.03 0.03 0.94 0.18 0.04 0.04
C6 0.60 0.99 0.22 0.10 1.30 0.08 1.79 0.05 1.88 1.60 1.48 0.55 0.83 1.93 1.19 0.17 0.05 0.47 0.02 2.10 0.28 0.18 0.12
N1 0.62 1.36 0.25 0.12 1.44 0.10 1.95 0.05 2.19 1.56 1.89 0.98 1.09 1.96 1.21 0.21 0.07 0.47 0.02 2.44 0.30 0.20 0.12
N3 0.69 1.11 0.21 0.09 1.48 0.06 2.21 0.11 2.45 1.96 1.86 0.55 0.88 2.46 1.36 0.17 0.05 0.54 0.03 2.95 0.31 0.24 0.10
O2 0.67 1.57 0.26 0.12 1.56 0.09 2.16 0.08 2.56 1.70 2.25 1.21 1.20 2.19 1.29 0.21 0.08 0.51 0.00 3.01 0.34 0.22 0.12
O2' 0.38 1.75 0.20 0.08 1.25 0.07 1.55 0.00 1.97 0.94 2.07 1.81 1.30 1.33 0.84 0.33 0.03 0.28 0.04 2.19 0.34 0.15 0.13
O3' 0.18 1.41 0.20 0.06 0.97 0.03 1.19 0.09 1.54 0.64 1.63 1.50 1.05 0.97 0.59 0.22 0.03 0.11 0.01 1.70 0.28 0.08 0.04
O4 0.67 0.58 0.15 0.05 1.26 0.01 2.05 0.14 2.10 2.13 1.33 0.10 0.49 2.58 1.34 0.11 0.01 0.54 0.07 2.62 0.26 0.25 0.07
O4' 0.45 1.42 0.27 0.14 1.16 0.14 1.35 0.01 1.57 0.91 1.60 1.34 1.17 1.18 0.85 0.24 0.10 0.35 0.07 1.64 0.27 0.17 0.14
O5' 0.02 0.66 0.04 0.03 0.52 0.06 0.71 0.07 0.87 0.43 0.84 0.61 0.47 0.64 0.32 0.24 0.01 0.04 0.03 0.98 0.18 0.13 0.01
OP1 0.31 0.36 0.01 0.01 0.12 0.02 0.20 0.31 0.36 0.10 0.43 0.42 0.20 0.07 0.09 0.06 0.01 0.24 0.10 0.43 0.21 0.17 0.06
OP2 0.07 0.26 0.03 0.00 0.35 0.07 0.62 0.30 0.69 0.55 0.52 0.10 0.13 0.72 0.29 0.04 0.01 0.08 0.09 0.86 0.27 0.20 0.06
P 0.17 0.35 0.02 0.01 0.26 0.04 0.42 0.24 0.54 0.23 0.50 0.31 0.21 0.39 0.12 0.07 0.01 0.14 0.07 0.64 0.18 0.15 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.30 0.01 0.07 0.49 0.26
C2 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.41 0.01 0.95 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.34 0.42 0.00 0.62 0.09 0.43
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.13 0.00
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.26 0.02 0.25 0.32 0.13 0.11 0.05 0.35 0.17 0.03 0.00 0.00 0.05 0.31 0.02 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.03 0.17 0.24 0.00 0.05 0.79 0.28
C4' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.07 0.32 0.25 0.55 0.41 0.25 0.06 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.05 0.08
C5 0.00 0.01 0.02 0.26 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.11 0.06 0.63 0.00 0.36 1.40 0.76
C5' 0.07 0.95 0.19 0.02 0.40 0.01 0.12 0.00 0.31 0.44 0.68 1.24 0.89 0.31 0.01 0.06 0.20 0.01 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.25 0.00 0.07 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.18 0.13 0.44 0.00 0.23 1.28 0.58
C8 0.01 0.01 0.01 0.32 0.00 0.32 0.00 0.44 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.02 0.23 1.17 0.00 0.80 1.81 1.31
N1 0.02 0.00 0.03 0.13 0.01 0.25 0.01 0.68 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.25 0.03 0.00 0.23 0.65 0.02
N2 0.03 0.00 0.01 0.11 0.01 0.55 0.01 1.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.41 0.84 0.00 1.02 0.47 0.93
N3 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.41 0.00 0.89 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.34 0.38 0.00 0.59 0.08 0.38
N7 0.00 0.01 0.01 0.35 0.00 0.25 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.08 0.13 1.13 0.00 0.85 2.00 1.34
N9 0.00 0.01 0.00 0.17 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.01 0.59 0.00 0.22 1.03 0.62
O2' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.26 0.25 0.06 0.22 0.30 0.11 0.10 0.03 0.33 0.18 0.00 0.04 0.18 0.08 0.26 0.02 0.08 0.07
O3' 0.26 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.20 0.18 0.02 0.18 0.11 0.03 0.08 0.07 0.04 0.00 0.20 0.09 0.23 0.04 0.06 0.03
O4' 0.00 0.34 0.01 0.00 0.17 0.00 0.06 0.01 0.13 0.23 0.25 0.41 0.34 0.13 0.01 0.18 0.20 0.00 0.33 0.07 0.15 0.40 0.23
O5' 0.30 0.42 0.01 0.05 0.24 0.01 0.63 0.00 0.44 1.17 0.03 0.84 0.38 1.13 0.59 0.08 0.09 0.33 0.00 0.64 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.31 0.00 0.01 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.23 0.07 0.64 0.00 0.48 1.63 0.85
OP1 0.07 0.62 0.11 0.02 0.05 0.25 0.36 0.01 0.23 0.80 0.23 1.02 0.59 0.85 0.22 0.02 0.04 0.15 0.02 0.48 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.09 0.13 0.03 0.79 0.05 1.40 0.00 1.28 1.81 0.65 0.47 0.08 2.00 1.03 0.08 0.06 0.40 0.00 1.63 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.43 0.00 0.02 0.28 0.08 0.76 0.01 0.58 1.31 0.02 0.93 0.38 1.34 0.62 0.07 0.03 0.23 0.00 0.85 0.00 0.00 0.00