ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48605

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O3' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C2 B 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C5' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
N2 B 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
N1 B 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N3 B 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O4 A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O6 B 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C6 B 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C5 B 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C4 B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O2' A 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C8 B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N9 B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP1 A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
P A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O4' B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O3' B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C3' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C4' B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
P B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
OP2 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03
C4 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
N3 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03
O2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04
O4 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05
O4' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.08 0.06
O5' 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.06 0.01 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.03 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.16 0.08
C2 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.07 0.15 0.09
C2' 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.11 0.04
C3' 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.12 0.04
C4 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.09 0.16 0.10
C4' 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.15 0.06
C5 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.07 0.08 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.16 0.07
C5' 0.08 0.02 0.09 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.12 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.16 0.06
C6 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.16 0.07
N1 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.16 0.08
N3 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.15 0.10
O2 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.14 0.09
O2' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.13 0.06
O3' 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.12 0.04
O4 0.04 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.02 0.03 0.02 0.07 0.10 0.13 0.17 0.13
O4' 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.19 0.10
O5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.04
OP1 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.07
OP2 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.15 0.07
P 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.13 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.04
C2 0.05 0.00 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.05 0.12 0.01 0.07 0.16 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.03
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.04 0.12 0.07
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.05 0.11 0.08
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.05 0.11 0.08
C8 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.08 0.06
N1 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.10 0.02 0.06 0.14 0.09
N2 0.06 0.00 0.08 0.09 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.09 0.06 0.12 0.02 0.08 0.18 0.12
N3 0.04 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.10 0.02 0.05 0.15 0.09
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.04 0.09 0.07
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.10 0.06
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.03
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.07 0.02
O5' 0.06 0.12 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.00 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.05 0.10 0.08
OP1 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.16 0.09 0.09 0.12 0.07 0.11 0.05 0.11 0.08 0.14 0.18 0.15 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.09 0.12 0.09 0.07 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00