Doublet Group distance statistics: 48613

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 8, 5, 12, 6, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2	A	0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.035 std_dev=0.027
O4	A	0, 0.012, 0.066, 0.121, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.066 std_dev=0.054
C2'	A	0, 0.020, 0.088, 0.156, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.088 std_dev=0.068
O2'	A	0, 0.060, 0.133, 0.207, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.133 std_dev=0.073
O4'	A	0, 0.006, 0.095, 0.184, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.095 std_dev=0.089
C3'	A	0, 0.020, 0.153, 0.286, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.153 std_dev=0.133
C4'	A	0, 0.007, 0.149, 0.291, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.149 std_dev=0.142
OP2	B	0, 0.272, 0.451, 0.629, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.451 std_dev=0.178
P	B	0, 0.200, 0.384, 0.569, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.384 std_dev=0.185
O3'	A	0, 0.038, 0.227, 0.415, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.227 std_dev=0.189
C5'	A	0, 0.015, 0.242, 0.470, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.242 std_dev=0.228
O5'	A	0, 0.016, 0.274, 0.532, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.274 std_dev=0.258
OP1	B	0, 0.136, 0.396, 0.655, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.396 std_dev=0.259
OP2	A	0, 0.051, 0.367, 0.682, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.367 std_dev=0.316
O5'	B	0, 0.167, 0.490, 0.814, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.490 std_dev=0.323
P	A	0, -0.086, 0.353, 0.792, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.353 std_dev=0.439
C3'	B	0, -0.078, 0.457, 0.993, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.457 std_dev=0.536
O3'	B	0, -0.113, 0.451, 1.016, 2.849 max_d=2.849 avg_d=0.451 std_dev=0.564
C5'	B	0, -0.027, 0.561, 1.149, 2.911 max_d=2.911 avg_d=0.561 std_dev=0.588
OP1	A	0, -0.154, 0.566, 1.287, 3.503 max_d=3.503 avg_d=0.566 std_dev=0.721
C4'	B	0, -0.134, 0.593, 1.320, 3.418 max_d=3.418 avg_d=0.593 std_dev=0.727
C2'	B	0, -0.194, 0.553, 1.299, 3.738 max_d=3.738 avg_d=0.553 std_dev=0.747
N3	B	0, -0.322, 0.528, 1.379, 3.969 max_d=3.969 avg_d=0.528 std_dev=0.851
O4'	B	0, -0.202, 0.675, 1.552, 4.054 max_d=4.054 avg_d=0.675 std_dev=0.877
C2	B	0, -0.357, 0.524, 1.405, 3.975 max_d=3.975 avg_d=0.524 std_dev=0.881
O2'	B	0, -0.298, 0.670, 1.637, 4.864 max_d=4.864 avg_d=0.670 std_dev=0.967
C1'	B	0, -0.302, 0.666, 1.634, 4.590 max_d=4.590 avg_d=0.666 std_dev=0.968
C4	B	0, -0.375, 0.613, 1.601, 4.552 max_d=4.552 avg_d=0.613 std_dev=0.988
N9	B	0, -0.382, 0.677, 1.737, 4.862 max_d=4.862 avg_d=0.677 std_dev=1.059
N1	B	0, -0.462, 0.610, 1.681, 4.781 max_d=4.781 avg_d=0.610 std_dev=1.072
C5	B	0, -0.562, 0.737, 2.036, 5.845 max_d=5.845 avg_d=0.737 std_dev=1.299
C6	B	0, -0.603, 0.737, 2.078, 6.015 max_d=6.015 avg_d=0.737 std_dev=1.341
C8	B	0, -0.587, 0.832, 2.250, 6.306 max_d=6.306 avg_d=0.832 std_dev=1.419
N7	B	0, -0.724, 0.887, 2.498, 7.126 max_d=7.126 avg_d=0.887 std_dev=1.611
N6	B	0, -0.809, 0.901, 2.610, 7.639 max_d=7.639 avg_d=0.901 std_dev=1.709

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.09	0.07	0.03
C2	0.01	0.00	0.04	0.06	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.07	0.01	0.02	0.10	0.18	0.15	0.09
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.06	0.00	0.02	0.04	0.00	0.05	0.17	0.07	0.06
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.07	0.07	0.01	0.00	0.08	0.01	0.06	0.19	0.07	0.08
C4	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.07	0.00	0.02	0.13	0.22	0.20	0.14
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.05	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.04	0.03	0.01	0.06	0.00	0.01	0.08	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.12	0.16	0.16	0.11
C5'	0.02	0.06	0.01	0.01	0.08	0.01	0.08	0.00	0.06	0.05	0.07	0.05	0.03	0.02	0.10	0.01	0.01	0.06	0.03	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.09	0.12	0.11	0.07
N1	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.08	0.13	0.11	0.06
N3	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.08	0.01	0.01	0.13	0.22	0.19	0.13
O2	0.03	0.01	0.06	0.07	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.08	0.01	0.04	0.09	0.18	0.14	0.09
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.03	0.02	0.01	0.04	0.06	0.00	0.04	0.04	0.03	0.03	0.15	0.05	0.04
O3'	0.01	0.07	0.02	0.00	0.07	0.01	0.05	0.02	0.05	0.03	0.08	0.08	0.04	0.00	0.09	0.01	0.07	0.23	0.08	0.10
O4	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.02	0.15	0.25	0.23	0.16
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.00	0.04	0.06	0.07	0.06
O5'	0.04	0.10	0.05	0.06	0.13	0.01	0.12	0.01	0.09	0.08	0.13	0.09	0.03	0.07	0.15	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.09	0.18	0.17	0.19	0.22	0.08	0.16	0.06	0.12	0.13	0.22	0.18	0.15	0.23	0.25	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.07	0.15	0.07	0.07	0.20	0.03	0.16	0.03	0.11	0.11	0.19	0.14	0.05	0.08	0.23	0.07	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.03	0.09	0.06	0.08	0.14	0.02	0.11	0.01	0.07	0.06	0.13	0.09	0.04	0.10	0.16	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.46	0.21	0.38	0.24	0.46	0.26	0.63	0.17	0.50	0.80	0.25	0.24	0.60	0.83	0.58	0.36	0.17	0.35	0.17	0.07	0.16	0.07
C2	0.62	0.34	0.47	0.29	0.76	0.33	1.04	0.23	0.99	1.08	0.63	0.40	1.13	1.20	0.83	0.42	0.16	0.49	0.24	0.09	0.15	0.09
C2'	0.37	0.21	0.29	0.17	0.42	0.18	0.62	0.12	0.54	0.76	0.30	0.20	0.68	0.82	0.52	0.24	0.11	0.28	0.15	0.07	0.16	0.07
C3'	0.23	0.17	0.17	0.09	0.26	0.09	0.45	0.08	0.38	0.60	0.16	0.14	0.51	0.65	0.36	0.13	0.08	0.15	0.11	0.07	0.18	0.08
C4	0.59	0.34	0.42	0.28	0.71	0.32	1.02	0.24	0.92	1.15	0.55	0.35	1.10	1.29	0.82	0.37	0.14	0.48	0.27	0.12	0.17	0.12
C4'	0.18	0.29	0.16	0.08	0.13	0.09	0.27	0.07	0.18	0.47	0.16	0.23	0.28	0.47	0.26	0.15	0.10	0.12	0.09	0.07	0.20	0.10
C5	0.50	0.24	0.37	0.26	0.53	0.28	0.78	0.21	0.62	0.99	0.30	0.23	0.74	1.05	0.69	0.32	0.14	0.40	0.25	0.09	0.14	0.10
C5'	0.09	0.41	0.09	0.08	0.15	0.08	0.15	0.10	0.16	0.28	0.28	0.37	0.18	0.28	0.12	0.11	0.09	0.08	0.09	0.09	0.23	0.14
C6	0.47	0.15	0.37	0.26	0.47	0.27	0.66	0.19	0.50	0.86	0.19	0.12	0.60	0.88	0.63	0.32	0.15	0.37	0.21	0.07	0.14	0.07
N1	0.53	0.13	0.42	0.27	0.59	0.29	0.81	0.20	0.68	0.93	0.35	0.23	0.78	0.99	0.70	0.38	0.16	0.41	0.21	0.07	0.14	0.07
N3	0.64	0.38	0.47	0.29	0.81	0.34	1.13	0.24	1.09	1.18	0.70	0.42	1.28	1.33	0.88	0.41	0.15	0.51	0.26	0.11	0.16	0.11
O2	0.65	0.47	0.49	0.30	0.80	0.34	1.06	0.24	1.06	1.09	0.75	0.49	1.23	1.22	0.85	0.46	0.17	0.51	0.24	0.09	0.15	0.09
O2'	0.36	0.29	0.28	0.16	0.39	0.18	0.57	0.12	0.49	0.73	0.32	0.27	0.63	0.79	0.48	0.25	0.11	0.27	0.15	0.07	0.17	0.07
O3'	0.15	0.19	0.10	0.06	0.20	0.06	0.40	0.08	0.35	0.53	0.17	0.17	0.50	0.59	0.29	0.10	0.10	0.09	0.10	0.07	0.17	0.08
O4	0.60	0.42	0.41	0.27	0.72	0.32	1.05	0.25	0.96	1.21	0.61	0.40	1.18	1.37	0.83	0.36	0.14	0.49	0.29	0.14	0.19	0.15
O4'	0.36	0.27	0.33	0.21	0.25	0.22	0.36	0.15	0.22	0.61	0.14	0.19	0.30	0.58	0.42	0.33	0.18	0.27	0.13	0.07	0.17	0.09
O5'	0.12	0.40	0.12	0.06	0.13	0.04	0.19	0.06	0.15	0.36	0.25	0.36	0.20	0.35	0.17	0.12	0.02	0.08	0.10	0.11	0.23	0.14
OP1	0.06	0.34	0.10	0.02	0.10	0.05	0.13	0.13	0.12	0.30	0.22	0.31	0.16	0.29	0.12	0.13	0.02	0.02	0.12	0.13	0.23	0.12
OP2	0.10	0.40	0.05	0.07	0.10	0.14	0.18	0.20	0.12	0.42	0.23	0.36	0.19	0.40	0.18	0.05	0.03	0.13	0.17	0.14	0.24	0.16
P	0.03	0.36	0.05	0.01	0.08	0.05	0.13	0.11	0.10	0.31	0.22	0.33	0.15	0.29	0.11	0.07	0.01	0.03	0.11	0.10	0.23	0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.06	0.12	0.12	0.08
C2	0.02	0.00	0.14	0.25	0.02	0.25	0.01	0.38	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.15	0.25	0.22	0.46	0.51	0.52	0.52
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.07	0.01	0.02	0.02	0.05	0.09	0.10	0.15	0.03	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.07	0.15	0.05
C3'	0.01	0.25	0.00	0.00	0.08	0.00	0.05	0.01	0.07	0.20	0.17	0.26	0.06	0.16	0.06	0.02	0.01	0.01	0.05	0.07	0.17	0.06
C4	0.01	0.02	0.07	0.08	0.00	0.10	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.07	0.11	0.12	0.14	0.13	0.10
C4'	0.01	0.25	0.01	0.00	0.10	0.00	0.04	0.01	0.08	0.19	0.18	0.25	0.05	0.14	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.09	0.13	0.03
C5	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.05	0.10	0.15	0.19	0.15
C5'	0.02	0.38	0.02	0.01	0.12	0.01	0.06	0.00	0.10	0.32	0.26	0.36	0.08	0.26	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.09	0.11	0.02
C6	0.01	0.00	0.05	0.07	0.01	0.08	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.07	0.10	0.10	0.14	0.11	0.08
C8	0.01	0.02	0.09	0.20	0.00	0.19	0.01	0.32	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.09	0.19	0.14	0.45	0.51	0.54	0.54
N1	0.02	0.00	0.10	0.17	0.01	0.18	0.01	0.26	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.11	0.16	0.17	0.31	0.37	0.33	0.35
N3	0.02	0.00	0.15	0.26	0.00	0.25	0.01	0.36	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.24	0.23	0.42	0.44	0.46	0.45
N6	0.02	0.01	0.03	0.06	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.04	0.08	0.07	0.10	0.16	0.20	0.14
N7	0.01	0.02	0.06	0.16	0.01	0.14	0.00	0.26	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.07	0.17	0.08	0.38	0.46	0.52	0.50
N9	0.01	0.02	0.02	0.06	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.06	0.01	0.14	0.18	0.19	0.18
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.07	0.04	0.03	0.04	0.06	0.09	0.11	0.15	0.04	0.07	0.02	0.00	0.04	0.05	0.04	0.10	0.17	0.06
O3'	0.02	0.25	0.02	0.01	0.07	0.02	0.07	0.02	0.07	0.19	0.16	0.24	0.08	0.17	0.06	0.04	0.00	0.02	0.08	0.12	0.22	0.11
O4'	0.00	0.22	0.01	0.01	0.11	0.00	0.05	0.01	0.10	0.14	0.17	0.23	0.07	0.08	0.01	0.05	0.02	0.00	0.06	0.13	0.10	0.06
O5'	0.06	0.46	0.04	0.05	0.12	0.01	0.10	0.01	0.10	0.45	0.31	0.42	0.10	0.38	0.14	0.04	0.08	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.12	0.51	0.07	0.07	0.14	0.09	0.15	0.09	0.14	0.51	0.37	0.44	0.16	0.46	0.18	0.10	0.12	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.52	0.15	0.17	0.13	0.13	0.19	0.11	0.11	0.54	0.33	0.46	0.20	0.52	0.19	0.17	0.22	0.10	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.52	0.05	0.06	0.10	0.03	0.15	0.02	0.08	0.54	0.35	0.45	0.14	0.50	0.18	0.06	0.11	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00