ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48615

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 3, 7, 7, 5, 7, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.005, 0.010, 0.026, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.010 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.029 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.017, 0.054, 0.091, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.054 std_dev=0.037
P B 0, 0.161, 0.365, 0.569, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.365 std_dev=0.204
O4' A 0, -0.072, 0.150, 0.372, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.150 std_dev=0.222
C2' A 0, -0.019, 0.206, 0.431, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.206 std_dev=0.225
OP2 B 0, 0.079, 0.362, 0.645, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.362 std_dev=0.283
C3' A 0, -0.086, 0.241, 0.568, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.241 std_dev=0.327
O3' A 0, -0.059, 0.280, 0.620, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.280 std_dev=0.339
O2' A 0, 0.032, 0.391, 0.750, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.391 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.132, 0.507, 0.882, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.507 std_dev=0.375
C4' A 0, -0.137, 0.251, 0.638, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.251 std_dev=0.387
O5' B 0, -0.017, 0.531, 1.078, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.531 std_dev=0.547
C5' A 0, -0.259, 0.437, 1.132, 3.542 max_d=3.542 avg_d=0.437 std_dev=0.695
C5' B 0, -0.314, 0.535, 1.384, 5.410 max_d=5.410 avg_d=0.535 std_dev=0.849
O5' A 0, -0.474, 0.587, 1.648, 5.903 max_d=5.903 avg_d=0.587 std_dev=1.061
C4' B 0, -0.654, 0.664, 1.982, 7.811 max_d=7.811 avg_d=0.664 std_dev=1.318
P A 0, -0.788, 0.723, 2.234, 8.443 max_d=8.443 avg_d=0.723 std_dev=1.511
OP2 A 0, -0.844, 0.694, 2.233, 9.230 max_d=9.230 avg_d=0.694 std_dev=1.538
C3' B 0, -0.787, 0.784, 2.354, 9.166 max_d=9.166 avg_d=0.784 std_dev=1.571
O4' B 0, -0.882, 0.719, 2.321, 7.374 max_d=7.374 avg_d=0.719 std_dev=1.602
OP1 A 0, -0.971, 0.834, 2.639, 9.873 max_d=9.873 avg_d=0.834 std_dev=1.805
C8 B 0, -0.963, 0.855, 2.673, 7.982 max_d=7.982 avg_d=0.855 std_dev=1.818
O3' B 0, -1.055, 0.800, 2.656, 11.516 max_d=11.516 avg_d=0.800 std_dev=1.855
C2' B 0, -1.053, 0.918, 2.889, 9.552 max_d=9.552 avg_d=0.918 std_dev=1.971
C1' B 0, -1.137, 0.859, 2.854, 8.521 max_d=8.521 avg_d=0.859 std_dev=1.995
N7 B 0, -1.134, 0.950, 3.034, 9.579 max_d=9.579 avg_d=0.950 std_dev=2.084
N9 B 0, -1.193, 0.900, 2.994, 8.755 max_d=8.755 avg_d=0.900 std_dev=2.093
O2' B 0, -1.354, 1.067, 3.488, 11.890 max_d=11.890 avg_d=1.067 std_dev=2.421
C5 B 0, -1.483, 1.054, 3.591, 11.364 max_d=11.364 avg_d=1.054 std_dev=2.537
C4 B 0, -1.520, 1.042, 3.604, 10.997 max_d=10.997 avg_d=1.042 std_dev=2.562
C6 B 0, -1.791, 1.201, 4.193, 13.571 max_d=13.571 avg_d=1.201 std_dev=2.992
N3 B 0, -1.804, 1.191, 4.185, 12.545 max_d=12.545 avg_d=1.191 std_dev=2.995
N6 B 0, -1.821, 1.255, 4.331, 14.378 max_d=14.378 avg_d=1.255 std_dev=3.076
C2 B 0, -2.060, 1.318, 4.695, 14.516 max_d=14.516 avg_d=1.318 std_dev=3.378
N1 B 0, -2.083, 1.320, 4.724, 15.093 max_d=15.093 avg_d=1.320 std_dev=3.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.14 0.14 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.22 0.25 0.43 0.28
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.05 0.15 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.22 0.13 0.14
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.06 0.07 0.13 0.13 0.02 0.00 0.12 0.02 0.13 0.28 0.09 0.15
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.00 0.03 0.40 0.49 0.68 0.51
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.04 0.05 0.08 0.07 0.02 0.09 0.00 0.01 0.12 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.01 0.06 0.47 0.57 0.67 0.57
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.20 0.00 0.24 0.00 0.21 0.10 0.13 0.07 0.06 0.03 0.22 0.01 0.01 0.15 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.07 0.41 0.47 0.51 0.47
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01 0.25 0.28 0.37 0.29
N3 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.02 0.30 0.34 0.57 0.39
O2 0.04 0.00 0.15 0.13 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.09 0.18 0.24 0.35 0.23
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.12 0.07 0.13 0.06 0.11 0.06 0.08 0.07 0.00 0.04 0.13 0.07 0.11 0.21 0.08 0.12
O3' 0.03 0.09 0.02 0.00 0.09 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.10 0.11 0.04 0.00 0.10 0.02 0.07 0.29 0.07 0.10
O4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.00 0.04 0.43 0.54 0.76 0.57
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.09 0.07 0.02 0.04 0.00 0.06 0.11 0.05 0.06
O5' 0.10 0.22 0.12 0.13 0.40 0.01 0.47 0.01 0.41 0.25 0.30 0.18 0.11 0.07 0.43 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.25 0.22 0.28 0.49 0.12 0.57 0.15 0.47 0.28 0.34 0.24 0.21 0.29 0.54 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.43 0.13 0.09 0.68 0.08 0.67 0.17 0.51 0.37 0.57 0.35 0.08 0.07 0.76 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.28 0.14 0.15 0.51 0.02 0.57 0.01 0.47 0.29 0.39 0.23 0.12 0.10 0.57 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 0.98 0.88 0.90 0.90 0.36 1.09 0.23 1.23 0.89 1.15 0.86 1.42 1.09 0.79 0.97 1.02 0.27 0.34 0.16 0.18 0.11
C2 0.60 1.23 0.77 0.68 1.10 0.13 1.32 0.20 1.49 1.01 1.41 1.06 1.64 1.28 0.89 0.80 0.70 0.22 0.26 0.15 0.15 0.12
C2' 0.71 1.26 0.88 0.89 1.09 0.37 1.30 0.21 1.51 0.98 1.46 1.09 1.75 1.24 0.90 0.99 1.06 0.35 0.28 0.27 0.22 0.18
C3' 0.83 1.09 1.05 1.13 1.00 0.65 1.14 0.41 1.28 0.94 1.23 0.99 1.47 1.11 0.90 1.19 1.36 0.53 0.47 0.14 0.17 0.12
C4 0.47 0.86 0.57 0.52 0.83 0.21 0.98 0.31 1.02 0.84 0.96 0.78 1.07 1.01 0.72 0.57 0.51 0.29 0.24 0.16 0.14 0.12
C4' 0.88 0.83 1.19 1.26 0.85 0.75 0.93 0.51 0.98 0.89 0.91 0.82 1.11 0.96 0.86 1.34 1.47 0.59 0.58 0.17 0.25 0.25
C5 0.31 0.56 0.45 0.55 0.56 0.10 0.70 0.17 0.73 0.64 0.65 0.49 0.80 0.78 0.49 0.47 0.60 0.08 0.24 0.15 0.17 0.10
C5' 1.06 0.73 1.40 1.52 0.83 1.03 0.78 0.77 0.73 0.89 0.69 0.83 0.77 0.84 0.93 1.56 1.76 0.83 0.80 0.35 0.40 0.46
C6 0.45 0.65 0.65 0.74 0.64 0.27 0.80 0.19 0.85 0.71 0.76 0.58 0.96 0.87 0.58 0.69 0.82 0.18 0.30 0.15 0.18 0.10
N1 0.54 0.96 0.75 0.77 0.89 0.23 1.09 0.17 1.21 0.88 1.12 0.83 1.37 1.11 0.75 0.80 0.84 0.18 0.30 0.15 0.17 0.11
N3 0.61 1.19 0.73 0.61 1.10 0.21 1.29 0.29 1.40 1.00 1.33 1.06 1.48 1.25 0.90 0.75 0.58 0.31 0.25 0.16 0.14 0.13
O2 0.69 1.47 0.86 0.72 1.25 0.15 1.49 0.21 1.73 1.09 1.68 1.25 1.92 1.38 1.00 0.91 0.73 0.27 0.27 0.15 0.14 0.12
O2' 0.73 1.43 0.91 0.85 1.19 0.33 1.41 0.26 1.68 1.02 1.65 1.20 1.95 1.30 0.96 1.04 1.01 0.32 0.23 0.34 0.28 0.26
O3' 0.91 1.24 1.13 1.18 1.10 0.71 1.24 0.45 1.41 0.99 1.38 1.12 1.61 1.18 0.98 1.30 1.45 0.60 0.48 0.14 0.17 0.12
O4 0.57 0.85 0.64 0.56 0.83 0.43 0.91 0.47 0.92 0.81 0.89 0.81 0.93 0.91 0.75 0.63 0.52 0.47 0.28 0.20 0.15 0.15
O4' 0.70 0.68 1.01 1.07 0.71 0.56 0.82 0.36 0.87 0.80 0.78 0.66 1.00 0.88 0.72 1.11 1.21 0.41 0.46 0.16 0.21 0.17
O5' 1.19 0.63 1.55 1.74 0.82 1.27 0.70 1.07 0.55 0.95 0.51 0.80 0.52 0.79 0.99 1.66 1.96 1.02 1.09 0.68 0.62 0.76
OP1 1.41 0.72 1.79 2.00 0.92 1.59 0.70 1.41 0.48 1.02 0.49 0.94 0.34 0.79 1.13 1.99 2.35 1.26 1.37 1.08 0.93 1.09
OP2 1.37 0.69 1.64 1.94 0.87 1.64 0.64 1.54 0.44 0.94 0.47 0.90 0.31 0.69 1.07 1.75 2.21 1.32 1.42 1.01 0.95 1.09
P 1.38 0.69 1.73 1.98 0.89 1.59 0.67 1.41 0.46 0.99 0.48 0.91 0.32 0.75 1.10 1.87 2.30 1.27 1.35 0.96 0.86 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.08 0.23 0.26 0.13
C2 0.04 0.00 0.15 0.11 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.20 0.15 0.08 0.32 0.33 0.12
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.12 0.07 0.10 0.12 0.15 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.43 0.29 0.31
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.09 0.16 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05 0.06
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.08 0.09 0.35 0.32 0.14
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.08 0.05 0.07 0.03 0.16 0.02 0.00 0.02 0.13 0.17 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.06 0.12 0.44 0.37 0.18
C5' 0.04 0.12 0.12 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.07 0.05 0.11 0.01 0.01 0.23 0.19 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.10 0.09 0.12 0.44 0.39 0.17
C8 0.01 0.02 0.10 0.13 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.05 0.07 0.16 0.49 0.35 0.22
N1 0.04 0.00 0.12 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.13 0.09 0.38 0.37 0.14
N3 0.03 0.00 0.15 0.09 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.21 0.14 0.07 0.29 0.31 0.11
N6 0.03 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.08 0.08 0.14 0.50 0.42 0.20
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.06 0.03 0.16 0.53 0.40 0.23
N9 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.09 0.35 0.30 0.15
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.16 0.14 0.05 0.11 0.21 0.07 0.08 0.14 0.21 0.11 0.00 0.03 0.10 0.21 0.40 0.26 0.26
O3' 0.18 0.20 0.02 0.01 0.13 0.02 0.08 0.11 0.10 0.05 0.15 0.21 0.08 0.06 0.09 0.03 0.00 0.14 0.08 0.25 0.12 0.13
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.09 0.07 0.13 0.14 0.08 0.03 0.01 0.10 0.14 0.00 0.08 0.10 0.25 0.06
O5' 0.08 0.08 0.27 0.06 0.09 0.02 0.12 0.01 0.12 0.16 0.09 0.07 0.14 0.16 0.09 0.21 0.08 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.32 0.43 0.09 0.35 0.13 0.44 0.23 0.44 0.49 0.38 0.29 0.50 0.53 0.35 0.40 0.25 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.33 0.29 0.05 0.32 0.17 0.37 0.19 0.39 0.35 0.37 0.31 0.42 0.40 0.30 0.26 0.12 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.31 0.06 0.14 0.02 0.18 0.01 0.17 0.22 0.14 0.11 0.20 0.23 0.15 0.26 0.13 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00