ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48616

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 9, 2, 8, 6, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.043 std_dev=0.029
O3' A 0, 0.037, 0.075, 0.114, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.075 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.048, 0.138, 0.227, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.138 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.045, 0.137, 0.229, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.137 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.044, 0.140, 0.236, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.140 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.066, 0.194, 0.323, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.194 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.084, 0.227, 0.369, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.227 std_dev=0.143
OP2 B 0, 0.141, 0.286, 0.431, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.286 std_dev=0.145
P B 0, 0.169, 0.359, 0.550, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.359 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.105, 0.302, 0.499, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.302 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.095, 0.301, 0.508, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.301 std_dev=0.206
O2' B 0, 0.117, 0.333, 0.549, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.333 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.147, 0.365, 0.583, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.365 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.201, 0.430, 0.660, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.430 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.111, 0.340, 0.570, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.340 std_dev=0.230
C3' B 0, 0.120, 0.370, 0.621, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.370 std_dev=0.250
C5' B 0, 0.171, 0.443, 0.714, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.443 std_dev=0.271
OP2 A 0, 0.169, 0.443, 0.717, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.443 std_dev=0.274
P A 0, 0.140, 0.416, 0.693, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.416 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.179, 0.461, 0.744, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.461 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.143, 0.434, 0.725, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.434 std_dev=0.291
O3' B 0, 0.127, 0.420, 0.713, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.420 std_dev=0.293
C4' B 0, 0.148, 0.444, 0.740, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.444 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.169, 0.466, 0.763, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.466 std_dev=0.297
N7 B 0, 0.225, 0.531, 0.837, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.531 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.152, 0.466, 0.781, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.466 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.209, 0.542, 0.876, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.542 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.247, 0.582, 0.916, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.582 std_dev=0.335
OP1 A 0, 0.184, 0.532, 0.880, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.532 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.220, 0.593, 0.965, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.593 std_dev=0.373
C6 B 0, 0.302, 0.680, 1.058, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.680 std_dev=0.378
N6 B 0, 0.342, 0.742, 1.143, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.742 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.276, 0.681, 1.086, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.681 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.316, 0.726, 1.135, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.726 std_dev=0.409

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.07 0.11 0.08
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
O5' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.06 0.04 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.11 0.09 0.09 0.05 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.11 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.06 0.09 0.07 0.11 0.10 0.10 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.10 0.08 0.06
C2 0.04 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.11 0.08 0.07
C2' 0.04 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.11 0.09 0.07
C3' 0.06 0.13 0.06 0.04 0.09 0.04 0.09 0.05 0.11 0.07 0.13 0.11 0.11 0.08 0.07 0.08 0.03 0.04 0.05 0.09 0.08 0.06
C4 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08
C4' 0.07 0.14 0.07 0.04 0.10 0.04 0.11 0.04 0.12 0.09 0.14 0.12 0.12 0.09 0.08 0.09 0.03 0.05 0.05 0.08 0.08 0.06
C5 0.06 0.10 0.06 0.06 0.09 0.06 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07
C5' 0.07 0.12 0.07 0.04 0.10 0.04 0.10 0.04 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09 0.08 0.10 0.03 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06
C6 0.05 0.10 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.08 0.08 0.06 0.04 0.06 0.10 0.07 0.06
N1 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.10 0.07 0.06
N3 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.08
O2 0.05 0.11 0.04 0.04 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.05 0.11 0.10 0.10 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.12 0.08 0.08
O2' 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.13 0.11 0.10
O3' 0.06 0.16 0.05 0.04 0.11 0.04 0.11 0.05 0.13 0.07 0.16 0.14 0.13 0.09 0.08 0.08 0.04 0.05 0.05 0.10 0.08 0.06
O4 0.07 0.12 0.07 0.06 0.10 0.07 0.12 0.08 0.14 0.10 0.13 0.11 0.16 0.13 0.09 0.10 0.07 0.08 0.09 0.12 0.09 0.09
O4' 0.06 0.12 0.06 0.05 0.10 0.05 0.10 0.06 0.11 0.08 0.12 0.11 0.12 0.09 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06
O5' 0.04 0.08 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.01 0.03 0.03 0.08 0.09 0.06
OP1 0.04 0.11 0.02 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.10 0.09 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.05 0.04 0.10 0.11 0.08
OP2 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.07 0.11 0.14 0.10
P 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.09 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.10 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.10 0.14 0.12
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.10 0.10 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.11 0.12 0.15 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.08 0.08 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.12 0.12 0.18 0.14
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.12 0.13 0.17 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.13 0.09
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
O5' 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.05 0.12 0.12 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.05 0.10 0.03 0.10 0.12 0.08 0.06 0.12 0.13 0.08 0.10 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.04 0.14 0.02 0.15 0.15 0.13 0.09 0.18 0.17 0.10 0.13 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.03 0.12 0.01 0.12 0.12 0.09 0.06 0.14 0.14 0.08 0.09 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00