ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48617

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 7, 6, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.019, 0.033, 0.048, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.014, 0.046, 0.077, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.046 std_dev=0.032
O3' A 0, 0.144, 0.214, 0.284, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.214 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.095, 0.190, 0.285, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.190 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.111, 0.208, 0.305, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.208 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.027, 0.125, 0.224, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.125 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.039, 0.144, 0.249, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.144 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.034, 0.183, 0.332, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.183 std_dev=0.149
C5' A 0, 0.262, 0.441, 0.620, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.441 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.338, 0.533, 0.728, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.533 std_dev=0.195
P B 0, 0.330, 0.541, 0.752, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.541 std_dev=0.211
P A 0, 0.253, 0.482, 0.710, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.482 std_dev=0.229
OP1 B 0, 0.213, 0.456, 0.699, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.456 std_dev=0.243
OP2 A 0, 0.408, 0.715, 1.023, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.715 std_dev=0.307
OP1 A 0, 0.254, 0.624, 0.995, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.624 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.610, 0.986, 1.362, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.986 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.475, 0.861, 1.248, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.861 std_dev=0.386
O5' B 0, 0.559, 0.973, 1.387, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.973 std_dev=0.414
C4' B 0, 0.664, 1.181, 1.697, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.181 std_dev=0.517
O4' B 0, 0.796, 1.324, 1.851, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.324 std_dev=0.527
C8 B 0, 0.837, 1.434, 2.031, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.434 std_dev=0.597
C3' B 0, 0.769, 1.374, 1.980, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.374 std_dev=0.606
C1' B 0, 0.941, 1.572, 2.203, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.572 std_dev=0.631
N7 B 0, 0.838, 1.472, 2.106, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.472 std_dev=0.634
N9 B 0, 0.893, 1.541, 2.189, 2.366 max_d=2.366 avg_d=1.541 std_dev=0.648
O3' B 0, 0.872, 1.570, 2.267, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.570 std_dev=0.697
C2' B 0, 0.991, 1.690, 2.388, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.690 std_dev=0.699
C4 B 0, 0.932, 1.655, 2.378, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.655 std_dev=0.723
O2' B 0, 1.172, 1.900, 2.628, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.900 std_dev=0.728
C5 B 0, 0.859, 1.596, 2.332, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.596 std_dev=0.737
N3 B 0, 1.052, 1.816, 2.579, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.816 std_dev=0.763
N6 B 0, 0.866, 1.675, 2.485, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.675 std_dev=0.809
C6 B 0, 0.867, 1.685, 2.502, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.685 std_dev=0.817
C2 B 0, 1.070, 1.893, 2.717, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.893 std_dev=0.823
N1 B 0, 0.979, 1.837, 2.696, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.837 std_dev=0.858

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.26 0.23 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.02 0.10 0.22 0.16 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.23 0.30 0.20 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.20 0.31 0.25 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.14 0.13 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.30 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.15 0.13 0.16 0.12
C5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.24 0.29 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.13 0.16 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.22 0.16 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.12 0.18 0.12 0.09
O2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01 0.04 0.08 0.26 0.19 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.14 0.00 0.03 0.06 0.01 0.26 0.30 0.18 0.07
O3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.15 0.31 0.27 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.15 0.13 0.15 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.25 0.30 0.08
O5' 0.07 0.10 0.23 0.20 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.10 0.12 0.08 0.26 0.15 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.26 0.22 0.30 0.31 0.14 0.27 0.13 0.24 0.16 0.22 0.18 0.26 0.30 0.31 0.13 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.16 0.20 0.25 0.13 0.30 0.16 0.29 0.13 0.16 0.12 0.19 0.18 0.27 0.15 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.06 0.05 0.11 0.03 0.12 0.01 0.11 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.18 0.16 0.14 0.15 0.13 0.16 0.08 0.18 0.12 0.19 0.17 0.19 0.14 0.13 0.21 0.18 0.12 0.11 0.16 0.21 0.13
C2 0.26 0.30 0.32 0.30 0.27 0.26 0.25 0.15 0.27 0.21 0.29 0.29 0.27 0.22 0.24 0.38 0.36 0.22 0.08 0.15 0.15 0.09
C2' 0.09 0.15 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.16 0.13 0.18 0.12 0.09 0.14 0.12 0.08 0.16 0.21 0.25 0.18
C3' 0.08 0.13 0.09 0.08 0.11 0.09 0.12 0.08 0.14 0.09 0.14 0.11 0.17 0.11 0.08 0.12 0.10 0.08 0.16 0.18 0.25 0.17
C4 0.28 0.31 0.34 0.33 0.28 0.30 0.27 0.19 0.28 0.23 0.30 0.30 0.28 0.23 0.26 0.40 0.40 0.25 0.11 0.17 0.13 0.10
C4' 0.10 0.15 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.09 0.15 0.10 0.15 0.13 0.17 0.12 0.10 0.14 0.12 0.10 0.12 0.13 0.22 0.12
C5 0.17 0.22 0.21 0.21 0.19 0.19 0.19 0.12 0.21 0.15 0.22 0.20 0.22 0.17 0.17 0.25 0.25 0.15 0.09 0.17 0.16 0.11
C5' 0.10 0.15 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.09 0.16 0.10 0.16 0.13 0.18 0.12 0.10 0.14 0.11 0.10 0.10 0.15 0.21 0.12
C6 0.13 0.18 0.16 0.15 0.15 0.14 0.16 0.09 0.18 0.12 0.19 0.17 0.20 0.14 0.13 0.19 0.19 0.12 0.11 0.16 0.19 0.12
N1 0.17 0.22 0.21 0.20 0.19 0.17 0.19 0.10 0.21 0.15 0.22 0.21 0.22 0.17 0.17 0.26 0.24 0.15 0.09 0.15 0.18 0.11
N3 0.31 0.34 0.38 0.36 0.30 0.31 0.28 0.19 0.30 0.24 0.32 0.33 0.29 0.25 0.28 0.45 0.43 0.27 0.11 0.16 0.13 0.09
O2 0.28 0.33 0.35 0.32 0.29 0.27 0.27 0.15 0.29 0.23 0.31 0.32 0.29 0.23 0.26 0.42 0.39 0.24 0.09 0.15 0.15 0.09
O2' 0.10 0.16 0.12 0.11 0.13 0.09 0.14 0.10 0.17 0.11 0.17 0.14 0.19 0.13 0.10 0.15 0.14 0.09 0.17 0.24 0.26 0.20
O3' 0.09 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.15 0.12 0.17 0.11 0.09 0.14 0.12 0.09 0.15 0.19 0.25 0.17
O4 0.35 0.36 0.42 0.41 0.33 0.38 0.31 0.26 0.32 0.28 0.34 0.36 0.31 0.27 0.32 0.48 0.47 0.32 0.17 0.17 0.11 0.10
O4' 0.14 0.17 0.14 0.14 0.15 0.15 0.16 0.12 0.17 0.13 0.18 0.16 0.18 0.14 0.13 0.19 0.16 0.13 0.14 0.12 0.22 0.12
O5' 0.11 0.11 0.17 0.17 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.13 0.09 0.09 0.17 0.21 0.09 0.14 0.14 0.21 0.11
OP1 0.18 0.15 0.18 0.18 0.17 0.14 0.17 0.15 0.16 0.20 0.15 0.16 0.16 0.19 0.18 0.16 0.16 0.17 0.32 0.39 0.52 0.40
OP2 0.39 0.47 0.38 0.38 0.45 0.40 0.47 0.40 0.49 0.43 0.49 0.44 0.52 0.46 0.42 0.39 0.35 0.39 0.35 0.27 0.27 0.27
P 0.12 0.15 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.11 0.16 0.14 0.18 0.13 0.12 0.16 0.15 0.13 0.13 0.13 0.21 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.15 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.15 0.10 0.13 0.11
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.05 0.03 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.20 0.15 0.19 0.15
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.14 0.12 0.12 0.07 0.17 0.15 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.03 0.21 0.17 0.22 0.17
C8 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.19 0.12 0.15 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.19 0.15 0.19 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.12 0.09 0.12 0.10
N6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.04 0.24 0.21 0.27 0.20
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.22 0.16 0.21 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.09 0.10 0.09
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.10 0.10 0.16 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.07
O5' 0.05 0.15 0.02 0.06 0.15 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.19 0.12 0.24 0.22 0.12 0.03 0.10 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.06 0.12 0.03 0.06 0.10 0.04 0.15 0.04 0.17 0.12 0.15 0.09 0.21 0.16 0.09 0.03 0.10 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.15 0.10 0.12 0.13 0.05 0.19 0.02 0.22 0.15 0.19 0.12 0.27 0.21 0.10 0.09 0.16 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.05 0.07 0.11 0.03 0.15 0.01 0.17 0.13 0.15 0.10 0.20 0.16 0.09 0.05 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00