ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48618

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 8, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.018, 0.082, 0.146, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.082 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.042, 0.108, 0.173, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.108 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.009, 0.080, 0.152, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.080 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.025, 0.131, 0.236, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.131 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.029, 0.137, 0.245, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.137 std_dev=0.108
O5' A 0, 0.065, 0.203, 0.342, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.203 std_dev=0.139
P A 0, 0.053, 0.195, 0.338, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.195 std_dev=0.143
OP1 A 0, 0.080, 0.229, 0.377, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.229 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.080, 0.229, 0.378, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.229 std_dev=0.149
OP2 B 0, 0.095, 0.252, 0.409, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.252 std_dev=0.157
OP1 B 0, 0.093, 0.252, 0.411, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.252 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.038, 0.200, 0.361, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.200 std_dev=0.161
P B 0, 0.054, 0.220, 0.386, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.220 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.042, 0.209, 0.376, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.209 std_dev=0.167
O5' B 0, 0.016, 0.222, 0.428, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.222 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.032, 0.264, 0.497, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.264 std_dev=0.233
C4' B 0, 0.034, 0.305, 0.577, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.305 std_dev=0.272
O4' B 0, 0.022, 0.302, 0.581, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.302 std_dev=0.279
N7 B 0, 0.040, 0.320, 0.600, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.320 std_dev=0.280
C8 B 0, 0.023, 0.306, 0.589, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.306 std_dev=0.283
C3' B 0, 0.035, 0.339, 0.643, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.339 std_dev=0.304
C5 B 0, 0.041, 0.345, 0.649, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.345 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.015, 0.320, 0.626, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.320 std_dev=0.306
N6 B 0, 0.085, 0.392, 0.700, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.392 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.024, 0.333, 0.641, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.333 std_dev=0.308
O3' B 0, 0.060, 0.378, 0.696, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.378 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.061, 0.380, 0.700, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.380 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.021, 0.348, 0.674, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.348 std_dev=0.327
C2' B 0, 0.035, 0.369, 0.703, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.369 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.054, 0.414, 0.773, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.414 std_dev=0.359
N1 B 0, 0.058, 0.419, 0.780, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.419 std_dev=0.361
N3 B 0, 0.024, 0.390, 0.755, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.390 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.043, 0.424, 0.805, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.424 std_dev=0.381

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.07 0.10 0.07 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.08 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.09 0.11 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.11 0.08 0.05
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.10 0.07 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.08 0.11 0.07 0.05
O2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.07 0.10 0.07 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.10 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.09 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.09 0.12 0.10 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.13 0.07
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.03 0.04 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.06 0.05 0.11 0.03 0.11 0.01 0.10 0.10 0.11 0.10 0.05 0.08 0.12 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.06 0.10 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06
C2 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06
C2' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05
C3' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.06 0.08 0.05
C4 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07
C4' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.05
C5 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07
C5' 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.09 0.11 0.08
C6 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08
N1 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06
N3 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07
O2 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06
O2' 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06
O3' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.06 0.08 0.05
O4 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09
O4' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05
O5' 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.11 0.08
OP1 0.09 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.07 0.11 0.11 0.12 0.08 0.07 0.10 0.15 0.10 0.15 0.16 0.16 0.15
OP2 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.12 0.06 0.12 0.10 0.15 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.10 0.06
P 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.04 0.10 0.08 0.11 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.05
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02 0.05 0.07 0.07 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.08 0.06
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.05 0.08 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05 0.06
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.05 0.02 0.07 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00