ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48619

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 8, 7, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.018, 0.024, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.018, 0.026, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.020, 0.028, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.026, 0.037, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.037 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.036 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.028, 0.040, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.028, 0.041, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.041 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.072, 0.100, 0.127, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.100 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.101, 0.148, 0.195, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.148 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.101, 0.155, 0.208, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.155 std_dev=0.053
O4 A 0, 0.041, 0.097, 0.154, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.097 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.619, 0.810, 1.002, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.810 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.627, 0.831, 1.035, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.831 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.605, 0.832, 1.058, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.832 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.578, 0.807, 1.037, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.807 std_dev=0.230
C8 B 0, 0.582, 0.820, 1.058, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.820 std_dev=0.238
N7 B 0, 0.621, 0.859, 1.098, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.859 std_dev=0.239
N9 B 0, 0.641, 0.900, 1.160, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.900 std_dev=0.259
O2' A 0, 0.885, 1.146, 1.406, 1.362 max_d=1.362 avg_d=1.146 std_dev=0.260
P B 0, 0.708, 0.970, 1.232, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.970 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.613, 0.876, 1.139, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.876 std_dev=0.263
C5 B 0, 0.690, 0.963, 1.235, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.963 std_dev=0.272
C1' B 0, 0.670, 0.946, 1.223, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.946 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.702, 0.984, 1.266, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.984 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.789, 1.075, 1.360, 1.308 max_d=1.308 avg_d=1.075 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.968, 1.255, 1.541, 1.479 max_d=1.479 avg_d=1.255 std_dev=0.286
N6 B 0, 0.765, 1.060, 1.355, 1.294 max_d=1.294 avg_d=1.060 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.750, 1.053, 1.356, 1.317 max_d=1.317 avg_d=1.053 std_dev=0.303
O5' A 0, 1.029, 1.336, 1.642, 1.573 max_d=1.573 avg_d=1.336 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.770, 1.084, 1.397, 1.371 max_d=1.371 avg_d=1.084 std_dev=0.313
C3' B 0, 0.784, 1.111, 1.438, 1.470 max_d=1.470 avg_d=1.111 std_dev=0.327
C2 B 0, 0.817, 1.158, 1.499, 1.449 max_d=1.449 avg_d=1.158 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.845, 1.188, 1.531, 1.578 max_d=1.578 avg_d=1.188 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.812, 1.155, 1.499, 1.443 max_d=1.443 avg_d=1.155 std_dev=0.343
OP2 B 0, 1.017, 1.369, 1.722, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.369 std_dev=0.352
O3' A 0, 1.118, 1.480, 1.842, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.480 std_dev=0.362
OP2 A 0, 1.121, 1.488, 1.855, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.488 std_dev=0.367
P A 0, 1.132, 1.511, 1.891, 1.871 max_d=1.871 avg_d=1.511 std_dev=0.379
O5' B 0, 1.099, 1.540, 1.981, 1.881 max_d=1.881 avg_d=1.540 std_dev=0.441
O3' B 0, 1.206, 1.664, 2.122, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.664 std_dev=0.458
O2' B 0, 1.258, 1.738, 2.217, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.738 std_dev=0.480
OP1 A 0, 1.409, 1.911, 2.412, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.911 std_dev=0.502

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.08 0.08 0.09 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.10 0.08 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03 0.12 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.11 0.10 0.11 0.08
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.12 0.10 0.10 0.08
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.11 0.08 0.09 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.07 0.09 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.03 0.10 0.09 0.10 0.06
O2 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.04 0.07 0.08 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.08 0.00 0.05 0.06 0.03 0.03 0.09 0.06 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.05 0.00 0.12 0.02 0.05 0.13 0.06 0.04
O4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.04 0.11 0.10 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.07 0.10 0.09
O5' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.03 0.05 0.11 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.06 0.08 0.10 0.12 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.13 0.10 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.08 0.05 0.11 0.04 0.10 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.11 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.03 0.08 0.03 0.08 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.11 0.16 0.05 0.15 0.08 0.21 0.11 0.07 0.14 0.08 0.13 0.08 0.06 0.13 0.18 0.10 0.30 0.27 0.14 0.08
C2 0.12 0.11 0.13 0.13 0.09 0.15 0.08 0.22 0.07 0.11 0.07 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.13 0.13 0.31 0.22 0.19 0.11
C2' 0.07 0.10 0.08 0.12 0.05 0.12 0.06 0.20 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.05 0.12 0.13 0.08 0.31 0.25 0.16 0.09
C3' 0.07 0.13 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.18 0.09 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.06 0.14 0.09 0.06 0.31 0.24 0.15 0.11
C4 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.13 0.06 0.21 0.07 0.11 0.11 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.06 0.12 0.30 0.17 0.23 0.13
C4' 0.11 0.20 0.10 0.08 0.13 0.08 0.12 0.14 0.15 0.09 0.18 0.17 0.14 0.10 0.10 0.16 0.13 0.07 0.24 0.30 0.12 0.08
C5 0.06 0.09 0.07 0.07 0.04 0.12 0.05 0.21 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.32 0.22 0.20 0.10
C5' 0.18 0.24 0.19 0.06 0.20 0.07 0.18 0.07 0.20 0.15 0.22 0.23 0.18 0.16 0.17 0.24 0.05 0.12 0.17 0.35 0.13 0.11
C6 0.06 0.10 0.07 0.09 0.04 0.13 0.07 0.21 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.05 0.09 0.08 0.09 0.32 0.26 0.16 0.08
N1 0.08 0.09 0.10 0.13 0.04 0.14 0.06 0.21 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.09 0.07 0.12 0.13 0.11 0.31 0.25 0.17 0.09
N3 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.14 0.09 0.21 0.07 0.12 0.11 0.13 0.07 0.12 0.12 0.12 0.09 0.13 0.30 0.19 0.22 0.13
O2 0.14 0.13 0.16 0.16 0.12 0.17 0.10 0.22 0.10 0.12 0.09 0.15 0.14 0.12 0.13 0.17 0.16 0.14 0.31 0.22 0.19 0.11
O2' 0.09 0.12 0.11 0.15 0.06 0.14 0.08 0.20 0.11 0.08 0.13 0.09 0.14 0.08 0.07 0.15 0.18 0.11 0.30 0.26 0.15 0.09
O3' 0.09 0.16 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.18 0.09 0.07 0.13 0.14 0.09 0.08 0.06 0.18 0.09 0.06 0.32 0.22 0.15 0.14
O4 0.10 0.14 0.10 0.08 0.10 0.13 0.09 0.20 0.11 0.10 0.14 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.07 0.12 0.27 0.14 0.27 0.16
O4' 0.07 0.21 0.08 0.16 0.12 0.13 0.12 0.19 0.16 0.07 0.20 0.17 0.16 0.09 0.07 0.11 0.20 0.08 0.27 0.29 0.12 0.08
O5' 0.16 0.24 0.18 0.06 0.20 0.04 0.20 0.10 0.21 0.15 0.23 0.23 0.21 0.17 0.17 0.20 0.01 0.09 0.20 0.35 0.15 0.11
OP1 0.04 0.15 0.08 0.02 0.09 0.09 0.10 0.15 0.12 0.07 0.15 0.12 0.13 0.09 0.06 0.10 0.02 0.06 0.21 0.33 0.12 0.15
OP2 0.06 0.11 0.05 0.05 0.08 0.16 0.11 0.25 0.12 0.11 0.13 0.09 0.14 0.12 0.07 0.06 0.02 0.12 0.31 0.31 0.14 0.15
P 0.04 0.12 0.08 0.01 0.09 0.07 0.10 0.13 0.12 0.08 0.13 0.11 0.12 0.10 0.06 0.09 0.01 0.03 0.21 0.36 0.11 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.32 0.05 0.08
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.10 0.33 0.17 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.40 0.08 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.41 0.09 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.32 0.14 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.26 0.09 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.10 0.29 0.18 0.07
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.11 0.29 0.21 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.27 0.13 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.11 0.31 0.20 0.07
N3 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.09 0.34 0.14 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.11 0.27 0.24 0.08
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.09 0.27 0.18 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.31 0.10 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.40 0.04 0.14
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.08 0.43 0.10 0.18
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.25 0.09 0.06
O5' 0.04 0.10 0.05 0.07 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.06 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.32 0.33 0.40 0.41 0.32 0.26 0.29 0.14 0.29 0.27 0.31 0.34 0.27 0.27 0.31 0.40 0.43 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.17 0.08 0.09 0.14 0.09 0.18 0.17 0.21 0.13 0.20 0.14 0.24 0.18 0.10 0.04 0.10 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.07 0.13 0.16 0.07 0.06 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.14 0.18 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00