ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48620

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 7, 1, 2, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.002, 0.027, 0.051, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.004, 0.055, 0.105, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.055 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.020, 0.089, 0.158, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.089 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.022, 0.092, 0.163, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.092 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.042, 0.116, 0.189, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.116 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.032, 0.115, 0.198, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.115 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.046, 0.137, 0.229, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.137 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.042, 0.156, 0.271, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.156 std_dev=0.115
O5' A 0, 0.065, 0.202, 0.340, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.202 std_dev=0.137
C5' A 0, 0.071, 0.215, 0.360, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.215 std_dev=0.145
OP1 B 0, 0.138, 0.289, 0.440, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.289 std_dev=0.151
O4' B 0, 0.095, 0.273, 0.451, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.273 std_dev=0.178
P B 0, 0.117, 0.302, 0.488, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.302 std_dev=0.186
P A 0, 0.069, 0.261, 0.453, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.261 std_dev=0.192
O5' B 0, 0.081, 0.275, 0.468, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.275 std_dev=0.193
C4' B 0, 0.075, 0.274, 0.474, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.274 std_dev=0.199
O3' B 0, 0.089, 0.290, 0.490, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.290 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.082, 0.297, 0.511, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.297 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.114, 0.331, 0.548, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.331 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.095, 0.314, 0.533, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.314 std_dev=0.219
OP1 A 0, 0.118, 0.338, 0.559, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.338 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.136, 0.360, 0.584, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.360 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.090, 0.322, 0.554, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.322 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.087, 0.319, 0.551, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.319 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.091, 0.328, 0.566, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.328 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.148, 0.387, 0.626, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.387 std_dev=0.239
C5' B 0, 0.073, 0.317, 0.562, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.317 std_dev=0.245
C8 B 0, 0.098, 0.348, 0.597, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.348 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.136, 0.389, 0.642, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.389 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.107, 0.363, 0.619, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.363 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.097, 0.360, 0.624, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.360 std_dev=0.263
O2' B 0, 0.142, 0.411, 0.681, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.411 std_dev=0.270
N7 B 0, 0.100, 0.373, 0.646, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.373 std_dev=0.273
C6 B 0, 0.115, 0.390, 0.665, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.390 std_dev=0.275
N6 B 0, 0.123, 0.433, 0.743, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.433 std_dev=0.310

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.12 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.06 0.12 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.09 0.10 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.10 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.08 0.12 0.05 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.09 0.13 0.06 0.06
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.09 0.15 0.07 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.13 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.12 0.06 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.06 0.12 0.09 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.13 0.08
O3' 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.10 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.12 0.06 0.04
O5' 0.05 0.06 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.03 0.08 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.12 0.09 0.05 0.12 0.06 0.13 0.04 0.15 0.13 0.12 0.12 0.09 0.05 0.11 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.10 0.10 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.13 0.10 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.04 0.06 0.05 0.05
C2 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06
C2' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.04 0.06 0.06 0.05
C3' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.05
C4 0.11 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.13 0.09 0.07 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08
C4' 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05
C5 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.14 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.08 0.06 0.07 0.06
C5' 0.04 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.01 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05
C6 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05
N1 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05
N3 0.10 0.13 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08
O2 0.11 0.14 0.10 0.08 0.12 0.07 0.12 0.06 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.09 0.10 0.06 0.06 0.07 0.06
O2' 0.09 0.06 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07
O3' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.04
O4 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.14 0.10 0.07 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11
O4' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04
O5' 0.04 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.01 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07
OP1 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.12 0.15 0.10 0.11
OP2 0.05 0.14 0.05 0.04 0.09 0.04 0.09 0.07 0.11 0.06 0.13 0.12 0.11 0.07 0.07 0.08 0.01 0.04 0.09 0.12 0.12 0.10
P 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.09 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.04
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.08 0.06 0.07 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05
N6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.08 0.08 0.07 0.06
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.05 0.06 0.03
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.03 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02
O4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00