ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48621

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 3, 2, 5, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.025, 0.045, 0.065, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.035, 0.058, 0.081, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.058 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.028, 0.057, 0.087, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.057 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.056, 0.098, 0.140, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.098 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.038, 0.082, 0.127, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.082 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.041, 0.087, 0.133, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.087 std_dev=0.046
C5' A 0, 0.071, 0.143, 0.215, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.143 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.058, 0.132, 0.205, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.132 std_dev=0.073
O5' A 0, 0.067, 0.148, 0.230, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.148 std_dev=0.081
N7 B 0, 0.101, 0.201, 0.301, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.201 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.087, 0.189, 0.291, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.189 std_dev=0.102
C8 B 0, 0.115, 0.218, 0.320, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.218 std_dev=0.103
N6 B 0, 0.096, 0.198, 0.301, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.198 std_dev=0.103
N9 B 0, 0.114, 0.220, 0.325, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.220 std_dev=0.105
C4 B 0, 0.100, 0.206, 0.311, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.206 std_dev=0.106
C6 B 0, 0.077, 0.187, 0.297, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.187 std_dev=0.110
C2' B 0, 0.096, 0.209, 0.322, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.209 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.098, 0.211, 0.325, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.211 std_dev=0.113
N3 B 0, 0.105, 0.223, 0.341, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.118
C1' B 0, 0.123, 0.242, 0.362, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.242 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.080, 0.202, 0.323, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.202 std_dev=0.121
P A 0, 0.064, 0.187, 0.310, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.187 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.096, 0.220, 0.344, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.220 std_dev=0.124
O2' B 0, 0.117, 0.244, 0.370, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.244 std_dev=0.127
O3' B 0, 0.082, 0.209, 0.337, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.209 std_dev=0.128
C4' B 0, 0.128, 0.260, 0.392, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.260 std_dev=0.132
O4' B 0, 0.136, 0.272, 0.409, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.272 std_dev=0.137
OP2 A 0, 0.068, 0.208, 0.347, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.208 std_dev=0.139
OP1 A 0, 0.083, 0.229, 0.375, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.229 std_dev=0.146
C5' B 0, 0.140, 0.290, 0.440, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.290 std_dev=0.150
O5' B 0, 0.122, 0.302, 0.482, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.302 std_dev=0.180
P B 0, 0.140, 0.328, 0.517, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.328 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.171, 0.418, 0.664, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.418 std_dev=0.246
OP2 B 0, 0.160, 0.420, 0.679, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.420 std_dev=0.259

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.09 0.10 0.12 0.10
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.10 0.12 0.15 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
O5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.03 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.03 0.03 0.10 0.03 0.10 0.03 0.07 0.04 0.08 0.04 0.03 0.05 0.12 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.03 0.03 0.13 0.01 0.12 0.01 0.08 0.06 0.11 0.07 0.02 0.05 0.15 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.07 0.04 0.08 0.04 0.01 0.04 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05 0.08 0.09 0.12 0.15 0.09
C2 0.06 0.09 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.14 0.11 0.07
C2' 0.07 0.09 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.04 0.06 0.08 0.11 0.15 0.08
C3' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.04 0.07 0.09 0.16 0.07
C4 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.15 0.10 0.07
C4' 0.07 0.08 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.04 0.06 0.07 0.08 0.16 0.08
C5 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.07
C5' 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.16 0.07
C6 0.07 0.11 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.11 0.14 0.08
N1 0.06 0.09 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.12 0.13 0.08
N3 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.15 0.10 0.06
O2 0.08 0.10 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.04 0.07 0.07 0.15 0.11 0.07
O2' 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.05 0.08 0.08 0.12 0.15 0.09
O3' 0.05 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.04 0.07 0.08 0.17 0.06
O4 0.14 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.12 0.11 0.15 0.13 0.19 0.11 0.11
O4' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.04 0.08 0.05 0.09 0.04 0.10 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.10 0.11 0.16 0.11
O5' 0.04 0.10 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.17 0.07
OP1 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.09 0.22 0.11
OP2 0.04 0.10 0.03 0.03 0.08 0.04 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.06 0.02 0.01 0.04 0.09 0.09 0.22 0.11
P 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.19 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.14 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.14 0.05 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.15 0.07 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.16 0.07 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.14 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.15 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.13 0.04 0.05
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.17 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.16 0.07 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.12 0.04 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.14 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.14 0.06 0.03 0.14 0.05 0.15 0.05 0.16 0.14 0.15 0.13 0.17 0.16 0.12 0.06 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.06 0.08 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.04 0.09 0.07 0.04 0.06 0.14 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00