ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48622

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 2, 2, 2, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.022 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.014, 0.050, 0.087, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.024, 0.085, 0.146, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.085 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.021, 0.085, 0.149, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.085 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.048, 0.121, 0.194, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.121 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.048, 0.132, 0.216, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.132 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.040, 0.132, 0.224, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.132 std_dev=0.092
O3' A 0, 0.066, 0.169, 0.272, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.169 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.083, 0.218, 0.352, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.218 std_dev=0.135
N7 B 0, 0.090, 0.235, 0.380, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.235 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.080, 0.232, 0.385, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.232 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.089, 0.245, 0.401, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.245 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.094, 0.261, 0.427, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.261 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.078, 0.246, 0.414, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.246 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.076, 0.245, 0.414, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.245 std_dev=0.169
N9 B 0, 0.090, 0.271, 0.451, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.271 std_dev=0.181
N6 B 0, 0.085, 0.267, 0.448, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.267 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.068, 0.255, 0.441, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.255 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.072, 0.261, 0.451, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.261 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.067, 0.259, 0.451, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.259 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.102, 0.295, 0.488, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.295 std_dev=0.193
OP2 A 0, 0.105, 0.300, 0.496, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.300 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.110, 0.312, 0.515, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.312 std_dev=0.203
C3' B 0, 0.104, 0.307, 0.510, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.307 std_dev=0.203
P A 0, 0.101, 0.313, 0.526, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.313 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.101, 0.328, 0.555, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.328 std_dev=0.227
O3' B 0, 0.116, 0.343, 0.570, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.343 std_dev=0.227
P B 0, 0.121, 0.354, 0.588, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.354 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.126, 0.377, 0.628, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.377 std_dev=0.251
O2' B 0, 0.143, 0.395, 0.646, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.395 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.112, 0.366, 0.619, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.366 std_dev=0.253
C4' B 0, 0.118, 0.372, 0.627, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.372 std_dev=0.254
OP2 B 0, 0.142, 0.402, 0.662, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.402 std_dev=0.260
O5' B 0, 0.128, 0.389, 0.650, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.389 std_dev=0.261
OP1 A 0, 0.122, 0.388, 0.654, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.388 std_dev=0.266

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.09 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.09 0.09 0.10 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.03 0.08 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.03 0.09 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.12 0.07 0.06 0.08 0.10 0.09 0.07
C2 0.09 0.13 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.12 0.06 0.08 0.08 0.13 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06
C2' 0.05 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.09 0.08 0.05 0.12 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.07
C3' 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.09 0.05 0.11 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.05
C4 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.12 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06
C4' 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.11 0.07 0.06
C5 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.12 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.04
C5' 0.06 0.08 0.06 0.03 0.08 0.03 0.08 0.03 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.04 0.04 0.03 0.11 0.06 0.06
C6 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05
N1 0.05 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.06
N3 0.08 0.13 0.10 0.06 0.10 0.06 0.09 0.11 0.09 0.08 0.12 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06
O2 0.12 0.18 0.13 0.08 0.13 0.08 0.11 0.09 0.12 0.09 0.16 0.17 0.11 0.10 0.11 0.17 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07
O2' 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06
O3' 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.09 0.09 0.06 0.11 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05
O4 0.09 0.12 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08
O4' 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.05 0.09 0.10 0.06 0.12 0.09 0.06 0.09 0.11 0.09 0.08
O5' 0.06 0.10 0.06 0.03 0.09 0.03 0.10 0.04 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.01 0.04 0.03 0.10 0.05 0.04
OP1 0.02 0.08 0.03 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01 0.03 0.08 0.13 0.09 0.10
OP2 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.05 0.07 0.12 0.08 0.08
P 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.05 0.12 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.12 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.07 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.11 0.10 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.09 0.11 0.07
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.07 0.05 0.10 0.10 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.09 0.11 0.07
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.10 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.12 0.09 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.09 0.08 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.08 0.11 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.14 0.07 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.13 0.07 0.06
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.12 0.15 0.14 0.11 0.09 0.09 0.03 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.08 0.12 0.14 0.12 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.10 0.07 0.06 0.10 0.04 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.07 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00