ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48623

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 1, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.024, 0.051, 0.077, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.051 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.034, 0.082, 0.130, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.082 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.064, 0.147, 0.230, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.147 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.107, 0.200, 0.292, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.200 std_dev=0.093
O4 A 0, 0.018, 0.121, 0.223, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.121 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.053, 0.157, 0.262, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.157 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.095, 0.234, 0.374, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.234 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.054, 0.217, 0.379, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.217 std_dev=0.163
O5' A 0, 0.109, 0.295, 0.481, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.295 std_dev=0.186
P A 0, 0.134, 0.329, 0.525, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.329 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.200, 0.408, 0.617, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.408 std_dev=0.209
O3' A 0, 0.026, 0.285, 0.545, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.285 std_dev=0.260
OP1 B 0, 0.084, 0.450, 0.816, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.450 std_dev=0.366
P B 0, 0.068, 0.546, 1.024, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.546 std_dev=0.478
OP2 A 0, -0.190, 0.756, 1.701, 2.846 max_d=2.846 avg_d=0.756 std_dev=0.946
OP1 A 0, -0.202, 0.787, 1.776, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.787 std_dev=0.989
O5' B 0, -0.420, 0.984, 2.389, 4.111 max_d=4.111 avg_d=0.984 std_dev=1.404
C5' B 0, -0.870, 1.337, 3.544, 6.058 max_d=6.058 avg_d=1.337 std_dev=2.207
C4' B 0, -1.237, 1.842, 4.921, 8.397 max_d=8.397 avg_d=1.842 std_dev=3.079
C8 B 0, -1.146, 1.939, 5.023, 8.533 max_d=8.533 avg_d=1.939 std_dev=3.084
C3' B 0, -1.240, 1.975, 5.191, 8.838 max_d=8.838 avg_d=1.975 std_dev=3.215
O4' B 0, -1.316, 1.981, 5.278, 8.948 max_d=8.948 avg_d=1.981 std_dev=3.297
O3' B 0, -1.315, 2.083, 5.481, 9.307 max_d=9.307 avg_d=2.083 std_dev=3.398
N7 B 0, -1.322, 2.158, 5.638, 9.560 max_d=9.560 avg_d=2.158 std_dev=3.480
N9 B 0, -1.490, 2.308, 6.106, 10.331 max_d=10.331 avg_d=2.308 std_dev=3.798
C1' B 0, -1.587, 2.379, 6.345, 10.753 max_d=10.753 avg_d=2.379 std_dev=3.966
C2' B 0, -1.649, 2.487, 6.623, 11.228 max_d=11.228 avg_d=2.487 std_dev=4.136
C5 B 0, -1.758, 2.639, 7.035, 11.892 max_d=11.892 avg_d=2.639 std_dev=4.397
C4 B 0, -1.839, 2.719, 7.276, 12.279 max_d=12.279 avg_d=2.719 std_dev=4.557
O2' B 0, -2.050, 2.898, 7.845, 13.336 max_d=13.336 avg_d=2.898 std_dev=4.947
C6 B 0, -2.158, 3.097, 8.351, 14.111 max_d=14.111 avg_d=3.097 std_dev=5.255
N3 B 0, -2.233, 3.177, 8.586, 14.474 max_d=14.474 avg_d=3.177 std_dev=5.409
N6 B 0, -2.253, 3.210, 8.674, 14.724 max_d=14.724 avg_d=3.210 std_dev=5.463
N1 B 0, -2.517, 3.511, 9.538, 16.075 max_d=16.075 avg_d=3.511 std_dev=6.027
C2 B 0, -2.517, 3.512, 9.540, 16.109 max_d=16.109 avg_d=3.512 std_dev=6.029

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.39 0.33 0.17
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.03 0.11 0.66 0.33 0.20
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.35 0.12 0.13
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.14 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.16 0.87 0.23 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.16 0.36 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.18 0.87 0.22 0.20
C5' 0.03 0.06 0.04 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.06 0.03 0.03 0.11 0.02 0.01 0.34 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.16 0.75 0.26 0.20
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.62 0.32 0.20
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.02 0.14 0.78 0.29 0.20
O2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.18 0.02 0.06 0.09 0.59 0.36 0.20
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.43 0.16 0.15
O3' 0.08 0.12 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.11 0.18 0.04 0.00 0.06 0.06 0.03 0.19 0.13 0.05
O4 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.18 0.91 0.20 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.04 0.18 0.54 0.16
O5' 0.06 0.11 0.07 0.03 0.16 0.01 0.18 0.01 0.16 0.11 0.14 0.09 0.08 0.03 0.18 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.39 0.66 0.35 0.14 0.87 0.16 0.87 0.34 0.75 0.62 0.78 0.59 0.43 0.19 0.91 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.33 0.12 0.09 0.23 0.36 0.22 0.34 0.26 0.32 0.29 0.36 0.16 0.13 0.20 0.54 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.20 0.13 0.06 0.20 0.05 0.20 0.01 0.20 0.20 0.20 0.20 0.15 0.05 0.19 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.04 3.97 2.33 1.68 3.08 0.91 3.03 0.22 3.50 2.04 3.94 3.56 3.43 2.40 2.41 2.15 1.41 1.26 0.37 0.11 0.13 0.20
C2 1.61 4.05 1.75 1.11 3.08 0.33 3.30 0.32 3.93 2.07 4.29 3.44 4.01 2.66 2.27 1.39 0.68 0.78 0.18 0.14 0.15 0.08
C2' 1.67 3.31 1.92 1.42 2.56 0.74 2.54 0.18 2.95 1.70 3.31 2.95 2.92 2.02 2.00 1.75 1.18 1.03 0.29 0.13 0.11 0.28
C3' 2.05 3.53 2.37 1.84 2.76 1.17 2.63 0.52 3.00 1.84 3.43 3.23 2.89 2.07 2.24 2.34 1.73 1.40 0.49 0.13 0.10 0.39
C4 1.16 3.17 1.20 0.68 2.60 0.11 2.98 0.58 3.45 1.89 3.50 2.69 3.59 2.53 1.90 0.77 0.26 0.42 0.12 0.18 0.17 0.12
C4' 2.54 3.94 2.94 2.31 3.15 1.59 2.90 0.79 3.24 2.10 3.73 3.71 3.04 2.28 2.63 3.03 2.27 1.82 0.66 0.09 0.09 0.36
C5 1.45 2.98 1.55 1.07 2.56 0.39 2.71 0.22 3.00 1.88 3.13 2.68 3.01 2.30 2.01 1.19 0.66 0.78 0.22 0.16 0.15 0.08
C5' 2.67 3.59 3.11 2.58 2.98 1.93 2.64 1.11 2.86 2.03 3.31 3.49 2.59 2.07 2.59 3.31 2.69 2.06 0.82 0.12 0.08 0.45
C6 1.79 3.33 2.00 1.47 2.78 0.74 2.78 0.10 3.11 1.94 3.37 3.05 3.04 2.27 2.22 1.70 1.10 1.08 0.33 0.13 0.14 0.14
N1 1.84 3.84 2.06 1.43 3.03 0.65 3.08 0.08 3.55 2.04 3.91 3.41 3.52 2.47 2.33 1.77 1.06 1.05 0.28 0.13 0.14 0.13
N3 1.31 3.72 1.38 0.79 2.89 0.11 3.25 0.55 3.90 1.99 4.10 3.10 4.08 2.68 2.07 0.95 0.35 0.50 0.12 0.16 0.16 0.11
O2 1.62 4.30 1.76 1.09 3.17 0.30 3.41 0.35 4.14 2.10 4.58 3.58 4.28 2.72 2.30 1.41 0.67 0.76 0.16 0.14 0.15 0.08
O2' 1.22 3.05 1.40 0.93 2.26 0.28 2.36 0.24 2.84 1.47 3.17 2.60 2.92 1.88 1.66 1.13 0.61 0.60 0.13 0.16 0.16 0.22
O3' 2.01 3.75 2.32 1.75 2.85 1.05 2.75 0.40 3.20 1.86 3.68 3.37 3.13 2.15 2.26 2.30 1.62 1.32 0.41 0.09 0.10 0.32
O4 0.72 2.71 0.73 0.31 2.21 0.43 2.74 0.85 3.23 1.67 3.16 2.20 3.54 2.43 1.53 0.30 0.18 0.12 0.18 0.20 0.18 0.21
O4' 2.56 4.24 2.94 2.23 3.38 1.44 3.16 0.62 3.55 2.24 4.06 3.95 3.37 2.49 2.76 2.92 2.06 1.75 0.60 0.15 0.13 0.25
O5' 2.32 3.02 2.69 2.33 2.56 1.73 2.29 1.03 2.45 1.79 2.80 2.96 2.22 1.82 2.26 2.76 2.40 1.81 0.75 0.18 0.09 0.49
OP1 1.18 1.38 1.53 1.32 1.05 0.98 0.69 0.38 0.76 0.42 1.09 1.42 0.50 0.32 0.90 1.86 1.73 0.88 0.24 1.00 0.90 0.49
OP2 2.11 2.40 2.43 2.39 2.13 1.95 1.86 1.48 1.92 1.57 2.19 2.41 1.69 1.51 1.98 2.47 2.53 1.82 1.09 0.21 0.38 0.77
P 2.12 2.39 2.48 2.32 2.07 1.84 1.73 1.20 1.80 1.42 2.12 2.42 1.53 1.33 1.90 2.64 2.61 1.76 0.72 0.21 0.13 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.25 0.21 0.09
C2 0.02 0.00 0.13 0.14 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.02 0.13 0.80 0.41 0.12
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.10 0.14 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.29 0.23 0.04
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.13 0.09 0.14 0.06 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.20 0.20 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.11 0.67 0.40 0.07
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.09 0.05 0.08 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.12 0.77 0.51 0.06
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.28 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03 0.12 0.88 0.54 0.06
C8 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.14 0.03 0.12 0.51 0.46 0.15
N1 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02 0.12 0.89 0.49 0.10
N3 0.02 0.00 0.14 0.14 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.02 0.12 0.69 0.36 0.11
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.05 0.13 0.93 0.62 0.07
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.13 0.70 0.56 0.12
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.49 0.35 0.08
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.11 0.12 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.15 0.15 0.04
O3' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.08 0.14 0.13 0.17 0.09 0.13 0.04 0.06 0.00 0.02 0.19 0.15 0.17 0.11
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.10 0.10 0.15
O5' 0.07 0.13 0.04 0.12 0.11 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.09 0.04 0.19 0.11 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.25 0.80 0.29 0.20 0.67 0.09 0.77 0.28 0.88 0.51 0.89 0.69 0.93 0.70 0.49 0.15 0.15 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.41 0.23 0.20 0.40 0.05 0.51 0.19 0.54 0.46 0.49 0.36 0.62 0.56 0.35 0.15 0.17 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.04 0.08 0.07 0.03 0.06 0.01 0.06 0.15 0.10 0.11 0.07 0.12 0.08 0.04 0.11 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00