ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48624

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 4, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.027, 0.037, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.037 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.025, 0.035, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.035 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.019, 0.030, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.030 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.056, 0.078, 0.101, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.078 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.074, 0.118, 0.162, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.118 std_dev=0.044
P B 0, 0.254, 0.505, 0.756, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.505 std_dev=0.251
OP2 B 0, 0.323, 0.588, 0.852, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.588 std_dev=0.265
O5' B 0, 0.347, 0.628, 0.909, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.628 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.343, 0.700, 1.056, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.700 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.504, 0.872, 1.240, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.872 std_dev=0.368
C4' B 0, 0.682, 1.059, 1.436, 1.603 max_d=1.603 avg_d=1.059 std_dev=0.377
C2' A 0, 0.203, 0.631, 1.060, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.631 std_dev=0.428
O4' A 0, 0.188, 0.633, 1.077, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.633 std_dev=0.444
C3' A 0, 0.221, 0.729, 1.237, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.729 std_dev=0.508
C5' B 0, 0.771, 1.315, 1.858, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.315 std_dev=0.543
C4' A 0, 0.286, 0.928, 1.570, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.928 std_dev=0.642
O5' A 0, 0.267, 0.910, 1.553, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.910 std_dev=0.643
O3' A 0, -0.129, 0.516, 1.161, 2.894 max_d=2.894 avg_d=0.516 std_dev=0.645
O2' A 0, 0.332, 1.024, 1.717, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.024 std_dev=0.692
O3' B 0, 0.435, 1.200, 1.965, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.200 std_dev=0.765
O2' B 0, 0.652, 1.438, 2.224, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.438 std_dev=0.786
OP2 A 0, 0.530, 1.338, 2.145, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.338 std_dev=0.807
P A 0, 0.393, 1.210, 2.027, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.210 std_dev=0.817
C2' B 0, 0.567, 1.397, 2.226, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.397 std_dev=0.830
O4' B 0, 0.823, 1.817, 2.811, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.817 std_dev=0.994
C5' A 0, 0.411, 1.469, 2.528, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.469 std_dev=1.059
C1' B 0, 0.674, 1.924, 3.174, 3.516 max_d=3.516 avg_d=1.924 std_dev=1.250
OP1 A 0, 0.493, 1.746, 3.000, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.746 std_dev=1.254
N9 B 0, 0.875, 2.955, 5.034, 5.308 max_d=5.308 avg_d=2.955 std_dev=2.080
C8 B 0, 0.789, 3.183, 5.576, 7.076 max_d=7.076 avg_d=3.183 std_dev=2.393
C4 B 0, 1.116, 4.011, 6.905, 7.098 max_d=7.098 avg_d=4.011 std_dev=2.894
N7 B 0, 1.023, 4.180, 7.336, 8.554 max_d=8.554 avg_d=4.180 std_dev=3.156
N3 B 0, 1.276, 4.438, 7.600, 7.874 max_d=7.874 avg_d=4.438 std_dev=3.162
C5 B 0, 1.202, 4.699, 8.196, 8.128 max_d=8.128 avg_d=4.699 std_dev=3.497
C2 B 0, 1.506, 5.597, 9.689, 9.833 max_d=9.833 avg_d=5.597 std_dev=4.091
C6 B 0, 1.432, 5.854, 10.276, 10.207 max_d=10.207 avg_d=5.854 std_dev=4.422
N1 B 0, 1.576, 6.285, 10.994, 11.033 max_d=11.033 avg_d=6.285 std_dev=4.709
N6 B 0, 1.548, 6.618, 11.688, 11.407 max_d=11.407 avg_d=6.618 std_dev=5.070

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.23 0.03 0.01 0.22 0.16 0.43 0.15
C2 0.02 0.00 0.13 0.10 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.21 0.02 0.14 0.24 0.11 0.52 0.18
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.03 0.14 0.14 0.17 0.03 0.10 0.22 0.01 0.05 0.07 0.02 0.52 0.45 0.38 0.37
C3' 0.03 0.10 0.00 0.00 0.19 0.01 0.22 0.07 0.20 0.12 0.14 0.07 0.02 0.01 0.19 0.01 0.32 0.39 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.18 0.01 0.04 0.24 0.29 0.60 0.31
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.17 0.05 0.05 0.17 0.18 0.04 0.09 0.01 0.03 0.15 0.40 0.06
C5 0.02 0.02 0.14 0.22 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.02 0.11 0.24 0.35 0.60 0.36
C5' 0.06 0.08 0.14 0.07 0.14 0.01 0.22 0.00 0.22 0.09 0.07 0.15 0.10 0.13 0.15 0.01 0.01 0.14 0.44 0.04
C6 0.02 0.01 0.17 0.20 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.19 0.02 0.15 0.23 0.24 0.55 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.17 0.02 0.02 0.22 0.11 0.50 0.19
N3 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.18 0.02 0.10 0.23 0.17 0.57 0.23
O2 0.05 0.01 0.22 0.07 0.02 0.17 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.40 0.29 0.02 0.25 0.26 0.14 0.49 0.15
O2' 0.03 0.22 0.01 0.02 0.25 0.18 0.35 0.10 0.34 0.14 0.22 0.40 0.00 0.03 0.28 0.13 0.54 0.53 0.42 0.42
O3' 0.23 0.21 0.05 0.01 0.18 0.04 0.21 0.13 0.19 0.17 0.18 0.29 0.03 0.00 0.19 0.15 0.25 0.45 0.31 0.27
O4 0.03 0.02 0.07 0.19 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.19 0.00 0.05 0.24 0.35 0.62 0.34
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.10 0.25 0.13 0.15 0.05 0.00 0.09 0.06 0.52 0.21
O5' 0.22 0.24 0.52 0.32 0.24 0.03 0.24 0.01 0.23 0.22 0.23 0.26 0.54 0.25 0.24 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.16 0.11 0.45 0.39 0.29 0.15 0.35 0.14 0.24 0.11 0.17 0.14 0.53 0.45 0.35 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.52 0.38 0.23 0.60 0.40 0.60 0.44 0.55 0.50 0.57 0.49 0.42 0.31 0.62 0.52 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.15 0.18 0.37 0.21 0.31 0.06 0.36 0.04 0.29 0.19 0.23 0.15 0.42 0.27 0.34 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.16 3.23 0.93 0.33 2.56 0.31 2.87 0.55 3.33 1.95 3.49 2.72 3.46 2.50 1.90 0.67 0.22 0.67 0.24 0.36 0.18 0.13
C2 1.21 3.58 0.75 0.31 2.83 0.35 3.29 0.65 3.93 2.07 4.04 2.94 4.16 2.79 2.03 0.49 0.23 0.80 0.32 0.38 0.17 0.17
C2' 0.68 2.75 0.63 0.25 2.06 0.51 2.41 0.75 2.91 1.52 3.06 2.22 3.12 2.08 1.41 0.48 0.36 0.25 0.37 0.48 0.21 0.28
C3' 0.78 2.52 0.78 0.24 1.93 0.33 2.25 0.50 2.64 1.59 2.76 2.07 2.83 2.05 1.43 0.60 0.28 0.34 0.22 0.30 0.35 0.20
C4 1.02 3.02 0.58 0.33 2.37 0.26 2.81 0.57 3.27 1.91 3.35 2.49 3.47 2.55 1.74 0.43 0.35 0.69 0.38 0.35 0.19 0.20
C4' 0.92 2.30 0.90 0.30 1.85 0.25 2.07 0.36 2.34 1.60 2.44 1.98 2.44 1.92 1.46 0.68 0.20 0.52 0.26 0.25 0.45 0.25
C5 0.91 2.67 0.62 0.38 2.13 0.22 2.42 0.55 2.76 1.68 2.87 2.26 2.85 2.16 1.57 0.49 0.41 0.55 0.33 0.34 0.16 0.15
C5' 0.46 1.40 0.58 0.26 1.13 0.31 1.30 0.35 1.49 0.97 1.53 1.18 1.59 1.22 0.85 0.48 0.30 0.27 0.23 0.23 0.55 0.31
C6 0.98 2.76 0.76 0.37 2.26 0.26 2.51 0.56 2.87 1.64 2.98 2.37 2.94 2.14 1.66 0.57 0.35 0.55 0.27 0.35 0.17 0.13
N1 1.14 3.23 0.82 0.33 2.61 0.32 2.94 0.61 3.42 1.90 3.55 2.73 3.54 2.50 1.90 0.57 0.25 0.69 0.28 0.37 0.17 0.14
N3 1.16 3.43 0.65 0.31 2.72 0.32 3.23 0.63 3.86 2.05 3.92 2.81 4.14 2.79 1.95 0.44 0.27 0.80 0.36 0.37 0.19 0.19
O2 1.27 3.83 0.76 0.31 2.95 0.38 3.46 0.67 4.22 2.19 4.38 3.09 4.54 2.96 2.11 0.48 0.21 0.86 0.32 0.39 0.18 0.18
O2' 0.74 3.11 0.65 0.24 2.25 0.58 2.67 0.88 3.28 1.65 3.48 2.46 3.57 2.31 1.53 0.53 0.36 0.26 0.51 0.67 0.45 0.51
O3' 0.98 2.88 0.92 0.27 2.17 0.25 2.49 0.46 2.93 1.83 3.12 2.37 3.14 2.29 1.63 0.75 0.28 0.47 0.24 0.33 0.41 0.24
O4 0.95 2.88 0.50 0.33 2.18 0.24 2.62 0.52 3.07 1.89 3.17 2.32 3.34 2.51 1.62 0.40 0.38 0.69 0.41 0.35 0.25 0.25
O4' 1.23 2.79 1.05 0.43 2.31 0.38 2.49 0.46 2.78 1.87 2.92 2.46 2.84 2.24 1.82 0.76 0.26 0.80 0.35 0.30 0.41 0.26
O5' 0.43 1.29 0.63 0.17 1.05 0.29 1.19 0.36 1.36 0.84 1.40 1.10 1.42 1.06 0.79 0.58 0.06 0.20 0.15 0.29 0.46 0.24
OP1 0.34 0.23 0.21 0.03 0.17 0.23 0.29 0.23 0.37 0.19 0.33 0.17 0.47 0.32 0.12 0.30 0.03 0.43 0.42 0.45 1.00 0.67
OP2 0.27 0.86 0.18 0.11 0.55 0.66 0.73 0.50 0.93 0.42 0.98 0.63 1.03 0.65 0.27 0.18 0.03 0.63 0.30 0.38 0.69 0.48
P 0.16 0.61 0.26 0.02 0.45 0.32 0.59 0.19 0.71 0.34 0.72 0.46 0.79 0.53 0.25 0.28 0.01 0.35 0.28 0.31 0.75 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.32 0.18 0.39 0.24
C2 0.03 0.00 0.23 0.55 0.01 0.73 0.01 1.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.57 0.33 0.57 0.79 1.40 0.90 1.11
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.21 0.11 0.11 0.18 0.23 0.08 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.27 0.27 0.31 0.20
C3' 0.02 0.55 0.01 0.00 0.37 0.01 0.37 0.04 0.44 0.29 0.52 0.50 0.43 0.33 0.22 0.03 0.01 0.02 0.32 0.18 0.53 0.35
C4 0.02 0.01 0.12 0.37 0.00 0.35 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.15 0.30 0.22 0.43 0.25 0.29
C4' 0.01 0.73 0.02 0.01 0.35 0.00 0.18 0.01 0.33 0.31 0.57 0.70 0.24 0.18 0.05 0.29 0.03 0.01 0.04 0.24 0.24 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.37 0.01 0.18 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.17 0.12 0.45 0.46 0.57 0.41
C5' 0.11 1.19 0.21 0.04 0.50 0.01 0.26 0.00 0.51 0.54 0.92 1.09 0.36 0.35 0.13 0.11 0.23 0.02 0.01 0.39 0.43 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.44 0.01 0.33 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.24 0.24 0.28 0.54 0.36 0.36
C8 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.31 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.20 0.16 0.29 1.13 1.11 1.31 1.12
N1 0.03 0.01 0.18 0.52 0.01 0.57 0.01 0.92 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.50 0.30 0.43 0.50 1.05 0.58 0.78
N3 0.03 0.01 0.23 0.50 0.01 0.70 0.01 1.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.54 0.28 0.59 0.68 1.13 0.71 0.91
N6 0.02 0.01 0.08 0.43 0.02 0.24 0.02 0.36 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.37 0.27 0.16 0.41 0.56 0.56 0.43
N7 0.01 0.01 0.06 0.33 0.01 0.18 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.22 0.19 0.16 1.00 1.06 1.23 1.02
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.05 0.02 0.53 0.40 0.61 0.45
O2' 0.03 0.57 0.01 0.03 0.35 0.29 0.31 0.11 0.39 0.20 0.50 0.54 0.37 0.22 0.17 0.00 0.11 0.20 0.26 0.23 0.38 0.24
O3' 0.26 0.33 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.23 0.24 0.16 0.30 0.28 0.27 0.19 0.05 0.11 0.00 0.23 0.47 0.44 0.85 0.63
O4' 0.01 0.57 0.01 0.02 0.30 0.01 0.12 0.02 0.24 0.29 0.43 0.59 0.16 0.16 0.02 0.20 0.23 0.00 0.31 0.24 0.38 0.23
O5' 0.32 0.79 0.27 0.32 0.22 0.04 0.45 0.01 0.28 1.13 0.50 0.68 0.41 1.00 0.53 0.26 0.47 0.31 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.18 1.40 0.27 0.18 0.43 0.24 0.46 0.39 0.54 1.11 1.05 1.13 0.56 1.06 0.40 0.23 0.44 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.90 0.31 0.53 0.25 0.24 0.57 0.43 0.36 1.31 0.58 0.71 0.56 1.23 0.61 0.38 0.85 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 1.11 0.20 0.35 0.29 0.07 0.41 0.03 0.36 1.12 0.78 0.91 0.43 1.02 0.45 0.24 0.63 0.23 0.02 0.01 0.01 0.00