ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48625

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 4, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.012, 0.088, 0.165, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.088 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.016, 0.100, 0.185, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.100 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.013, 0.140, 0.268, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.140 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.022, 0.161, 0.300, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.161 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.014, 0.158, 0.302, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.158 std_dev=0.144
O4' B 0, 0.279, 0.487, 0.695, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.487 std_dev=0.208
O3' A 0, 0.003, 0.215, 0.427, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.215 std_dev=0.212
OP1 B 0, 0.364, 0.595, 0.827, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.595 std_dev=0.232
C4' B 0, 0.284, 0.519, 0.754, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.519 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.252, 0.493, 0.735, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.493 std_dev=0.241
P B 0, 0.297, 0.552, 0.807, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.552 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.323, 0.586, 0.849, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.586 std_dev=0.263
C5' A 0, 0.050, 0.314, 0.578, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.314 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.060, 0.340, 0.620, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.340 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.244, 0.527, 0.811, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.527 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.277, 0.571, 0.866, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.571 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.227, 0.527, 0.828, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.527 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.278, 0.592, 0.907, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.592 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.262, 0.601, 0.941, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.601 std_dev=0.339
O3' B 0, 0.233, 0.586, 0.940, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.586 std_dev=0.354
P A 0, 0.163, 0.527, 0.891, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.527 std_dev=0.364
OP2 A 0, 0.229, 0.599, 0.969, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.599 std_dev=0.370
N9 B 0, 0.140, 0.537, 0.934, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.537 std_dev=0.397
OP1 A 0, 0.200, 0.658, 1.116, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.658 std_dev=0.458
C8 B 0, 0.025, 0.631, 1.238, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.631 std_dev=0.606
C4 B 0, 0.020, 0.651, 1.281, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.651 std_dev=0.630
C5 B 0, -0.083, 0.679, 1.441, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.679 std_dev=0.762
N7 B 0, -0.108, 0.697, 1.502, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.697 std_dev=0.805
N3 B 0, -0.050, 0.837, 1.723, 2.607 max_d=2.607 avg_d=0.837 std_dev=0.886
C6 B 0, -0.167, 0.822, 1.812, 2.715 max_d=2.715 avg_d=0.822 std_dev=0.989
C2 B 0, -0.152, 0.988, 2.128, 3.232 max_d=3.232 avg_d=0.988 std_dev=1.140
N1 B 0, -0.184, 0.971, 2.125, 3.198 max_d=3.198 avg_d=0.971 std_dev=1.154
N6 B 0, -0.257, 0.902, 2.060, 3.125 max_d=3.125 avg_d=0.902 std_dev=1.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.14 0.15 0.20 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.12 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.21 0.27 0.32 0.26
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.02 0.22 0.27 0.30 0.25
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.05 0.02 0.02 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02 0.18 0.19 0.20 0.19
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.13 0.15 0.13
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.18 0.22 0.27 0.21
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.02 0.11 0.12 0.17 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.05 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.12 0.15 0.10
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.22 0.31 0.36 0.29
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06
O5' 0.05 0.14 0.05 0.07 0.21 0.01 0.22 0.01 0.18 0.13 0.18 0.11 0.04 0.09 0.22 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.15 0.06 0.08 0.27 0.02 0.27 0.02 0.19 0.13 0.22 0.12 0.04 0.12 0.31 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.20 0.09 0.12 0.32 0.03 0.30 0.02 0.20 0.15 0.27 0.17 0.07 0.15 0.36 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.05 0.07 0.26 0.01 0.25 0.01 0.19 0.13 0.21 0.12 0.03 0.10 0.29 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 1.05 0.22 0.07 0.41 0.07 0.11 0.17 0.32 0.49 0.78 0.93 0.17 0.51 0.07 0.38 0.09 0.06 0.29 0.15 0.18 0.17
C2 0.23 1.26 0.27 0.09 0.61 0.07 0.38 0.17 0.74 0.34 1.17 1.03 0.51 0.30 0.20 0.37 0.11 0.09 0.28 0.18 0.24 0.23
C2' 0.16 1.07 0.20 0.06 0.39 0.07 0.12 0.19 0.35 0.48 0.82 0.91 0.21 0.48 0.06 0.37 0.05 0.07 0.33 0.17 0.21 0.19
C3' 0.14 0.88 0.18 0.08 0.31 0.09 0.09 0.19 0.28 0.45 0.67 0.75 0.17 0.42 0.08 0.33 0.04 0.09 0.33 0.22 0.20 0.15
C4 0.26 1.10 0.31 0.16 0.70 0.09 0.69 0.18 0.96 0.08 1.14 0.91 0.91 0.23 0.34 0.34 0.20 0.09 0.27 0.22 0.27 0.25
C4' 0.12 0.64 0.15 0.07 0.18 0.05 0.13 0.14 0.13 0.48 0.41 0.59 0.19 0.48 0.11 0.33 0.07 0.07 0.27 0.24 0.15 0.08
C5 0.25 0.99 0.32 0.16 0.66 0.09 0.61 0.19 0.81 0.09 0.98 0.86 0.73 0.22 0.33 0.34 0.20 0.09 0.31 0.18 0.22 0.22
C5' 0.15 0.45 0.17 0.09 0.12 0.07 0.09 0.10 0.08 0.39 0.29 0.41 0.12 0.36 0.14 0.29 0.04 0.11 0.21 0.34 0.20 0.10
C6 0.23 1.00 0.31 0.12 0.60 0.09 0.44 0.20 0.64 0.22 0.90 0.89 0.50 0.14 0.25 0.36 0.15 0.09 0.33 0.16 0.19 0.19
N1 0.22 1.14 0.28 0.08 0.57 0.07 0.31 0.18 0.58 0.37 0.98 0.98 0.37 0.33 0.17 0.38 0.10 0.07 0.30 0.16 0.21 0.20
N3 0.25 1.22 0.30 0.13 0.68 0.09 0.58 0.17 0.94 0.18 1.23 0.98 0.83 0.07 0.28 0.36 0.15 0.10 0.27 0.21 0.27 0.25
O2 0.22 1.31 0.25 0.07 0.53 0.08 0.24 0.17 0.62 0.41 1.19 1.02 0.34 0.44 0.16 0.37 0.09 0.11 0.28 0.18 0.25 0.24
O2' 0.15 1.02 0.17 0.07 0.31 0.05 0.15 0.16 0.23 0.52 0.71 0.87 0.28 0.59 0.06 0.37 0.08 0.05 0.30 0.17 0.21 0.17
O3' 0.13 0.84 0.16 0.09 0.26 0.09 0.09 0.18 0.24 0.46 0.62 0.71 0.18 0.45 0.08 0.31 0.05 0.09 0.33 0.24 0.21 0.14
O4 0.26 1.07 0.32 0.19 0.71 0.10 0.77 0.17 1.03 0.17 1.15 0.87 1.07 0.41 0.38 0.33 0.23 0.09 0.23 0.25 0.27 0.25
O4' 0.14 0.73 0.19 0.08 0.25 0.06 0.12 0.16 0.14 0.51 0.47 0.70 0.18 0.52 0.08 0.38 0.10 0.06 0.28 0.17 0.14 0.13
O5' 0.11 0.60 0.15 0.03 0.29 0.05 0.17 0.15 0.30 0.23 0.50 0.53 0.22 0.16 0.09 0.21 0.01 0.04 0.23 0.32 0.23 0.10
OP1 0.03 0.36 0.06 0.02 0.18 0.06 0.14 0.10 0.23 0.11 0.33 0.30 0.21 0.08 0.04 0.11 0.02 0.04 0.11 0.54 0.40 0.29
OP2 0.10 0.59 0.11 0.05 0.41 0.15 0.42 0.25 0.52 0.15 0.60 0.51 0.52 0.27 0.23 0.06 0.02 0.10 0.21 0.39 0.40 0.21
P 0.04 0.46 0.08 0.01 0.26 0.07 0.22 0.13 0.31 0.09 0.42 0.40 0.28 0.09 0.10 0.08 0.00 0.03 0.15 0.45 0.35 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.19 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.19 0.23 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.27 0.10 0.23 0.41 0.46 0.28
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.12 0.13 0.20 0.04 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.32 0.22 0.13
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.14 0.00 0.11 0.01 0.15 0.06 0.20 0.21 0.13 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.36 0.24 0.16
C4 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.05 0.23 0.37 0.40 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.30 0.44 0.50 0.36
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.17 0.20 0.13 0.07 0.20 0.23 0.11 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.15 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.03 0.32 0.49 0.56 0.39
C8 0.00 0.01 0.12 0.06 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.08 0.29 0.35 0.36 0.31
N1 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.24 0.07 0.28 0.47 0.53 0.35
N3 0.02 0.00 0.20 0.21 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.24 0.10 0.20 0.35 0.38 0.22
N6 0.02 0.00 0.04 0.13 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.35 0.54 0.61 0.45
N7 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.06 0.34 0.44 0.49 0.40
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.20 0.30 0.29 0.21
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.10 0.06 0.10 0.07 0.10 0.04 0.00 0.06 0.04 0.03 0.29 0.19 0.10
O3' 0.02 0.27 0.02 0.00 0.15 0.01 0.11 0.01 0.17 0.07 0.24 0.24 0.14 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.06 0.47 0.31 0.23
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.09
O5' 0.09 0.23 0.04 0.04 0.23 0.01 0.30 0.01 0.32 0.29 0.28 0.20 0.35 0.34 0.20 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 0.41 0.32 0.36 0.37 0.16 0.44 0.06 0.49 0.35 0.47 0.35 0.54 0.44 0.30 0.29 0.47 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.46 0.22 0.24 0.40 0.08 0.50 0.02 0.56 0.36 0.53 0.38 0.61 0.49 0.29 0.19 0.31 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.28 0.13 0.16 0.26 0.02 0.36 0.01 0.39 0.31 0.35 0.22 0.45 0.40 0.21 0.10 0.23 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00