ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48626

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.013, 0.049, 0.084, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.049 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.037, 0.107, 0.177, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.107 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.038, 0.120, 0.202, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.120 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.077, 0.179, 0.281, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.179 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.079, 0.194, 0.308, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.194 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.030, 0.148, 0.266, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.148 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.127, 0.291, 0.454, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.291 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.108, 0.281, 0.454, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.281 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.093, 0.280, 0.467, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.280 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.120, 0.312, 0.504, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.312 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.116, 0.340, 0.564, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.340 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.121, 0.357, 0.592, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.357 std_dev=0.236
O4' B 0, 0.120, 0.357, 0.594, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.357 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.128, 0.367, 0.606, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.367 std_dev=0.239
C8 B 0, 0.082, 0.322, 0.562, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.322 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.101, 0.342, 0.583, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.342 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.062, 0.304, 0.546, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.304 std_dev=0.242
P A 0, 0.075, 0.326, 0.577, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.326 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.112, 0.365, 0.617, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.365 std_dev=0.253
O5' B 0, 0.075, 0.331, 0.588, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.331 std_dev=0.256
P B 0, 0.089, 0.348, 0.608, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.348 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.086, 0.352, 0.619, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.352 std_dev=0.266
C4 B 0, 0.038, 0.313, 0.587, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.313 std_dev=0.274
N7 B 0, 0.065, 0.343, 0.621, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.343 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.079, 0.362, 0.645, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.362 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.095, 0.382, 0.668, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.382 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.037, 0.332, 0.627, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.332 std_dev=0.295
O2' B 0, 0.121, 0.435, 0.749, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.435 std_dev=0.314
C2 B 0, 0.075, 0.396, 0.718, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.396 std_dev=0.321
OP1 A 0, 0.072, 0.401, 0.729, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.401 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.044, 0.382, 0.719, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.382 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.045, 0.403, 0.760, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.403 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.129, 0.488, 0.848, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.488 std_dev=0.359
N6 B 0, 0.070, 0.444, 0.819, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.444 std_dev=0.375

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.10 0.13 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.09 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.09 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.12 0.13 0.16 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.12 0.12 0.13 0.12
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.10 0.09 0.10 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.11 0.12 0.15 0.12
O2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03 0.08 0.09 0.13 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.10 0.09 0.06
O4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.12 0.14 0.17 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
O5' 0.06 0.09 0.04 0.03 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.11 0.08 0.03 0.04 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.10 0.08 0.09 0.13 0.06 0.12 0.05 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.10 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.13 0.09 0.07 0.16 0.03 0.13 0.02 0.10 0.11 0.15 0.13 0.07 0.09 0.17 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.06 0.05 0.13 0.02 0.12 0.02 0.09 0.08 0.12 0.09 0.04 0.06 0.14 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.14 0.17 0.12 0.18 0.13 0.22 0.10 0.19 0.26 0.13 0.15 0.21 0.27 0.21 0.23 0.10 0.18 0.10 0.18 0.26 0.15
C2 0.12 0.25 0.12 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.09 0.20 0.20 0.19 0.12 0.22 0.12 0.16 0.07 0.13 0.11 0.22 0.29 0.18
C2' 0.17 0.17 0.16 0.08 0.17 0.09 0.20 0.08 0.20 0.22 0.17 0.16 0.23 0.24 0.18 0.23 0.06 0.15 0.11 0.25 0.29 0.20
C3' 0.15 0.15 0.15 0.07 0.14 0.07 0.16 0.08 0.15 0.20 0.13 0.14 0.18 0.21 0.16 0.23 0.04 0.12 0.10 0.27 0.29 0.20
C4 0.11 0.32 0.14 0.09 0.19 0.08 0.19 0.11 0.27 0.14 0.33 0.26 0.26 0.15 0.11 0.15 0.11 0.12 0.13 0.25 0.28 0.21
C4' 0.17 0.15 0.17 0.10 0.15 0.11 0.17 0.08 0.15 0.20 0.14 0.15 0.17 0.20 0.17 0.25 0.08 0.14 0.08 0.20 0.23 0.14
C5 0.12 0.27 0.15 0.10 0.16 0.07 0.14 0.07 0.20 0.15 0.26 0.23 0.19 0.14 0.10 0.16 0.11 0.13 0.10 0.21 0.28 0.18
C5' 0.14 0.14 0.15 0.07 0.11 0.07 0.12 0.06 0.12 0.16 0.12 0.13 0.13 0.16 0.13 0.22 0.06 0.10 0.07 0.20 0.19 0.12
C6 0.13 0.21 0.15 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.11 0.19 0.18 0.17 0.11 0.18 0.12 0.17 0.08 0.15 0.09 0.19 0.27 0.15
N1 0.14 0.18 0.14 0.08 0.09 0.09 0.13 0.07 0.08 0.22 0.13 0.14 0.12 0.22 0.14 0.18 0.07 0.15 0.10 0.19 0.28 0.16
N3 0.10 0.31 0.12 0.07 0.14 0.07 0.12 0.10 0.21 0.16 0.31 0.24 0.19 0.17 0.10 0.14 0.08 0.12 0.13 0.25 0.29 0.20
O2 0.14 0.24 0.13 0.08 0.13 0.09 0.16 0.09 0.13 0.21 0.18 0.19 0.19 0.24 0.15 0.18 0.07 0.14 0.12 0.22 0.29 0.18
O2' 0.23 0.27 0.21 0.12 0.26 0.14 0.28 0.09 0.29 0.27 0.28 0.25 0.31 0.29 0.25 0.29 0.10 0.20 0.10 0.21 0.28 0.17
O3' 0.15 0.18 0.16 0.07 0.15 0.07 0.17 0.07 0.17 0.19 0.17 0.16 0.20 0.20 0.15 0.24 0.04 0.11 0.11 0.30 0.30 0.22
O4 0.13 0.34 0.15 0.12 0.23 0.12 0.25 0.15 0.34 0.16 0.37 0.28 0.36 0.20 0.15 0.16 0.13 0.14 0.16 0.29 0.27 0.23
O4' 0.20 0.13 0.19 0.14 0.17 0.15 0.19 0.12 0.16 0.23 0.13 0.14 0.17 0.23 0.20 0.24 0.12 0.18 0.10 0.16 0.23 0.12
O5' 0.09 0.19 0.12 0.04 0.12 0.03 0.14 0.06 0.15 0.15 0.17 0.17 0.16 0.16 0.11 0.16 0.01 0.06 0.12 0.24 0.19 0.16
OP1 0.04 0.16 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.08 0.13 0.10 0.15 0.13 0.14 0.12 0.06 0.10 0.01 0.02 0.14 0.26 0.16 0.13
OP2 0.04 0.16 0.04 0.04 0.09 0.11 0.10 0.16 0.13 0.12 0.16 0.14 0.14 0.12 0.06 0.04 0.02 0.08 0.17 0.35 0.19 0.19
P 0.03 0.15 0.06 0.01 0.08 0.04 0.10 0.08 0.12 0.11 0.15 0.13 0.13 0.11 0.06 0.08 0.00 0.01 0.13 0.25 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.02 0.26 0.35 0.34 0.30
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.09 0.08 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.06 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.24 0.32 0.29 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.30 0.41 0.37 0.32
C5' 0.04 0.16 0.02 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.21 0.20 0.13 0.26 0.24 0.14 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.09 0.04 0.32 0.45 0.41 0.37
C8 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04 0.27 0.35 0.29 0.23
N1 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.11 0.03 0.30 0.42 0.40 0.35
N3 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.02 0.22 0.29 0.28 0.24
N6 0.03 0.01 0.05 0.09 0.02 0.11 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.10 0.05 0.35 0.51 0.46 0.41
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.31 0.44 0.37 0.32
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.27 0.22 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.02 0.12 0.12 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.09 0.05
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.12 0.09 0.06
O5' 0.08 0.26 0.06 0.06 0.24 0.02 0.30 0.01 0.32 0.27 0.30 0.22 0.35 0.31 0.19 0.06 0.09 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.35 0.09 0.08 0.32 0.05 0.41 0.03 0.45 0.35 0.42 0.29 0.51 0.44 0.27 0.09 0.12 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.34 0.08 0.06 0.29 0.04 0.37 0.06 0.41 0.29 0.40 0.28 0.46 0.37 0.22 0.08 0.09 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.30 0.07 0.06 0.25 0.02 0.32 0.02 0.37 0.23 0.35 0.24 0.41 0.32 0.17 0.06 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00