ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48627

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.050, 0.083, 0.117, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.083 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.007, 0.060, 0.112, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.060 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.078, 0.192, 0.307, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.192 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.010, 0.138, 0.266, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.138 std_dev=0.128
O4' A 0, 0.036, 0.191, 0.345, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.191 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.012, 0.257, 0.502, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.257 std_dev=0.245
P B 0, 0.108, 0.354, 0.601, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.354 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.011, 0.266, 0.521, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.266 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.154, 0.446, 0.739, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.446 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.040, 0.355, 0.671, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.355 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.094, 0.412, 0.730, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.412 std_dev=0.318
O5' A 0, -0.022, 0.364, 0.750, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.364 std_dev=0.386
OP1 B 0, -0.026, 0.375, 0.776, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.375 std_dev=0.401
C5' A 0, -0.008, 0.422, 0.853, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.422 std_dev=0.431
OP2 A 0, -0.090, 0.458, 1.006, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.458 std_dev=0.548
P A 0, -0.199, 0.503, 1.206, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.503 std_dev=0.703
C3' B 0, -0.209, 0.560, 1.330, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.560 std_dev=0.769
C5' B 0, -0.016, 0.788, 1.591, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.788 std_dev=0.804
O3' B 0, -0.268, 0.602, 1.471, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.602 std_dev=0.869
C4' B 0, -0.202, 0.817, 1.837, 2.791 max_d=2.791 avg_d=0.817 std_dev=1.019
C2' B 0, -0.348, 0.823, 1.995, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.823 std_dev=1.172
OP1 A 0, -0.379, 0.795, 1.968, 3.189 max_d=3.189 avg_d=0.795 std_dev=1.173
O4' B 0, -0.277, 0.958, 2.193, 3.353 max_d=3.353 avg_d=0.958 std_dev=1.235
N3 B 0, -0.284, 0.992, 2.268, 3.533 max_d=3.533 avg_d=0.992 std_dev=1.276
C2 B 0, -0.271, 1.037, 2.345, 3.617 max_d=3.617 avg_d=1.037 std_dev=1.308
C1' B 0, -0.430, 1.055, 2.541, 3.984 max_d=3.984 avg_d=1.055 std_dev=1.486
C4 B 0, -0.455, 1.069, 2.593, 4.145 max_d=4.145 avg_d=1.069 std_dev=1.524
O2' B 0, -0.468, 1.065, 2.597, 4.105 max_d=4.105 avg_d=1.065 std_dev=1.533
N1 B 0, -0.424, 1.175, 2.775, 4.388 max_d=4.388 avg_d=1.175 std_dev=1.599
N9 B 0, -0.542, 1.124, 2.791, 4.435 max_d=4.435 avg_d=1.124 std_dev=1.666
C5 B 0, -0.729, 1.325, 3.379, 5.420 max_d=5.420 avg_d=1.325 std_dev=2.054
C6 B 0, -0.711, 1.371, 3.453, 5.543 max_d=5.543 avg_d=1.371 std_dev=2.082
C8 B 0, -0.877, 1.423, 3.723, 6.101 max_d=6.101 avg_d=1.423 std_dev=2.300
N7 B 0, -1.028, 1.582, 4.192, 6.896 max_d=6.896 avg_d=1.582 std_dev=2.610
N6 B 0, -1.015, 1.681, 4.376, 7.097 max_d=7.097 avg_d=1.681 std_dev=2.696

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.16 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.01 0.21 0.38 0.25 0.20
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.25 0.09 0.07
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.12 0.14 0.02 0.00 0.11 0.01 0.04 0.27 0.05 0.08
C4 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.25 0.39 0.31 0.23
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.20 0.24 0.22 0.14
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.14 0.01 0.10 0.00 0.07 0.08 0.14 0.11 0.04 0.02 0.17 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.15 0.16 0.14 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.16 0.25 0.16 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.01 0.25 0.44 0.31 0.25
O2 0.03 0.00 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.16 0.02 0.03 0.20 0.41 0.25 0.21
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.21 0.06 0.05
O3' 0.02 0.12 0.02 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.13 0.16 0.01 0.00 0.12 0.01 0.07 0.31 0.05 0.10
O4 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.03 0.28 0.45 0.37 0.29
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.08 0.07 0.06
O5' 0.08 0.21 0.04 0.04 0.25 0.01 0.20 0.01 0.15 0.16 0.25 0.20 0.03 0.07 0.28 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.38 0.25 0.27 0.39 0.10 0.24 0.06 0.16 0.25 0.44 0.41 0.21 0.31 0.45 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.25 0.09 0.05 0.31 0.03 0.22 0.01 0.14 0.16 0.31 0.25 0.06 0.05 0.37 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.20 0.07 0.08 0.23 0.01 0.14 0.01 0.08 0.11 0.25 0.21 0.05 0.10 0.29 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 0.42 0.56 0.30 0.67 0.31 0.75 0.21 0.67 0.83 0.51 0.47 0.69 0.84 0.73 0.58 0.22 0.40 0.17 0.09 0.30 0.14
C2 0.88 0.60 0.69 0.37 1.11 0.39 1.47 0.27 1.43 1.50 1.00 0.64 1.61 1.66 1.18 0.64 0.16 0.57 0.26 0.10 0.22 0.10
C2' 0.51 0.42 0.44 0.23 0.60 0.23 0.75 0.18 0.73 0.78 0.58 0.40 0.81 0.84 0.64 0.41 0.12 0.32 0.19 0.11 0.29 0.15
C3' 0.33 0.21 0.30 0.13 0.37 0.12 0.53 0.15 0.50 0.60 0.35 0.15 0.59 0.65 0.45 0.29 0.06 0.18 0.13 0.09 0.34 0.16
C4 0.92 0.23 0.68 0.39 1.08 0.43 1.62 0.31 1.41 1.88 0.66 0.34 1.71 2.10 1.31 0.60 0.13 0.63 0.33 0.11 0.15 0.11
C4' 0.28 0.14 0.29 0.11 0.18 0.10 0.23 0.10 0.17 0.35 0.14 0.05 0.20 0.32 0.29 0.32 0.10 0.18 0.09 0.12 0.41 0.22
C5 0.81 0.34 0.64 0.40 0.83 0.42 1.23 0.31 0.92 1.62 0.34 0.22 1.09 1.69 1.13 0.57 0.19 0.55 0.29 0.09 0.20 0.11
C5' 0.24 0.35 0.26 0.14 0.16 0.12 0.11 0.13 0.12 0.24 0.26 0.31 0.08 0.19 0.20 0.27 0.06 0.20 0.15 0.19 0.52 0.31
C6 0.73 0.29 0.63 0.39 0.72 0.38 0.96 0.27 0.71 1.25 0.30 0.22 0.80 1.26 0.95 0.58 0.23 0.47 0.22 0.09 0.26 0.12
N1 0.76 0.36 0.64 0.36 0.88 0.36 1.10 0.25 0.97 1.22 0.61 0.46 1.05 1.28 0.98 0.61 0.20 0.49 0.22 0.09 0.26 0.12
N3 0.94 0.47 0.71 0.38 1.19 0.42 1.69 0.29 1.62 1.78 0.98 0.56 1.93 2.02 1.31 0.63 0.13 0.63 0.30 0.10 0.17 0.10
O2 0.88 0.81 0.69 0.36 1.14 0.38 1.47 0.26 1.51 1.44 1.20 0.78 1.70 1.61 1.16 0.65 0.15 0.58 0.25 0.10 0.22 0.10
O2' 0.44 0.53 0.38 0.18 0.53 0.19 0.60 0.15 0.62 0.58 0.60 0.47 0.65 0.61 0.52 0.39 0.12 0.28 0.14 0.09 0.31 0.15
O3' 0.24 0.21 0.24 0.08 0.28 0.06 0.43 0.14 0.45 0.46 0.35 0.11 0.55 0.52 0.33 0.28 0.09 0.13 0.11 0.10 0.35 0.17
O4 0.95 0.22 0.67 0.38 1.10 0.43 1.73 0.32 1.50 2.07 0.67 0.32 1.92 2.34 1.38 0.59 0.09 0.67 0.36 0.12 0.11 0.14
O4' 0.48 0.17 0.48 0.25 0.36 0.25 0.37 0.16 0.25 0.52 0.16 0.22 0.24 0.46 0.48 0.54 0.24 0.30 0.11 0.10 0.36 0.18
O5' 0.12 0.57 0.16 0.06 0.12 0.08 0.08 0.17 0.11 0.34 0.37 0.50 0.11 0.31 0.13 0.17 0.02 0.11 0.10 0.20 0.53 0.33
OP1 0.01 0.54 0.05 0.02 0.14 0.10 0.10 0.17 0.14 0.34 0.37 0.47 0.13 0.31 0.09 0.07 0.01 0.07 0.11 0.15 0.62 0.30
OP2 0.11 0.74 0.07 0.08 0.18 0.20 0.24 0.29 0.17 0.65 0.47 0.65 0.25 0.62 0.25 0.05 0.02 0.17 0.09 0.22 0.61 0.34
P 0.02 0.59 0.05 0.02 0.14 0.11 0.13 0.18 0.14 0.42 0.39 0.53 0.15 0.39 0.13 0.04 0.01 0.08 0.09 0.16 0.59 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.36 0.10 0.26
C2 0.02 0.00 0.14 0.48 0.01 0.49 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.47 0.41 0.86 0.85 0.91 0.89
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.12 0.15 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.20 0.14 0.09
C3' 0.01 0.48 0.01 0.00 0.18 0.00 0.10 0.01 0.15 0.33 0.34 0.48 0.12 0.27 0.11 0.02 0.01 0.03 0.08 0.08 0.26 0.09
C4 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.18 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.21 0.24 0.20 0.13 0.16
C4' 0.01 0.49 0.01 0.00 0.18 0.00 0.06 0.01 0.14 0.36 0.35 0.47 0.07 0.27 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.16 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.10 0.25 0.37 0.50 0.44
C5' 0.04 0.68 0.02 0.01 0.18 0.01 0.13 0.00 0.15 0.64 0.47 0.63 0.13 0.53 0.19 0.03 0.04 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.19 0.22 0.17 0.25 0.18
C8 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.36 0.01 0.64 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.30 0.22 0.85 1.13 1.15 1.20
N1 0.03 0.00 0.12 0.34 0.02 0.35 0.02 0.47 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.34 0.33 0.59 0.58 0.49 0.55
N3 0.02 0.01 0.15 0.48 0.01 0.47 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.44 0.40 0.78 0.69 0.80 0.74
N6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.15 0.13 0.23 0.27 0.56 0.39
N7 0.02 0.01 0.04 0.27 0.01 0.27 0.01 0.53 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.26 0.11 0.74 1.01 1.18 1.12
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.31 0.50 0.41 0.49
O2' 0.03 0.21 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.06 0.14 0.15 0.21 0.04 0.10 0.03 0.00 0.03 0.08 0.06 0.23 0.21 0.06
O3' 0.02 0.47 0.02 0.01 0.17 0.02 0.12 0.04 0.17 0.30 0.34 0.44 0.15 0.26 0.10 0.03 0.00 0.02 0.14 0.09 0.48 0.22
O4' 0.00 0.41 0.01 0.03 0.21 0.00 0.10 0.01 0.19 0.22 0.33 0.40 0.13 0.11 0.01 0.08 0.02 0.00 0.13 0.34 0.17 0.22
O5' 0.13 0.86 0.07 0.08 0.24 0.02 0.25 0.01 0.22 0.85 0.59 0.78 0.23 0.74 0.31 0.06 0.14 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.85 0.20 0.08 0.20 0.16 0.37 0.10 0.17 1.13 0.58 0.69 0.27 1.01 0.50 0.23 0.09 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.91 0.14 0.26 0.13 0.19 0.50 0.19 0.25 1.15 0.49 0.80 0.56 1.18 0.41 0.21 0.48 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.89 0.09 0.09 0.16 0.05 0.44 0.01 0.18 1.20 0.55 0.74 0.39 1.12 0.49 0.06 0.22 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00