ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48628

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.032, 0.063, 0.095, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.063 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.065, 0.115, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.115 std_dev=0.049
P B 0, 0.363, 0.644, 0.925, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.644 std_dev=0.281
C2' A 0, 0.156, 0.483, 0.811, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.483 std_dev=0.328
O5' B 0, 0.390, 0.722, 1.054, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.722 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.012, 0.352, 0.692, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.352 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.440, 0.828, 1.216, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.828 std_dev=0.388
O2' B 0, 0.583, 0.980, 1.378, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.980 std_dev=0.398
C3' B 0, 0.342, 0.767, 1.191, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.767 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.246, 0.682, 1.118, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.682 std_dev=0.436
C5' B 0, 0.273, 0.714, 1.156, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.714 std_dev=0.442
OP1 B 0, 0.666, 1.109, 1.553, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.109 std_dev=0.443
C2' B 0, 0.436, 0.922, 1.407, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.922 std_dev=0.486
C4' A 0, 0.248, 0.798, 1.348, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.798 std_dev=0.550
O3' B 0, 0.397, 0.961, 1.524, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.961 std_dev=0.564
O4' B 0, 0.324, 0.954, 1.583, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.954 std_dev=0.629
C3' A 0, 0.369, 1.007, 1.645, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.007 std_dev=0.638
O2' A 0, 0.260, 0.935, 1.611, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.935 std_dev=0.676
C5' A 0, 0.381, 1.092, 1.803, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.092 std_dev=0.711
C1' B 0, 0.312, 1.141, 1.969, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.141 std_dev=0.828
P A 0, 0.370, 1.220, 2.070, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.220 std_dev=0.850
OP2 A 0, 0.532, 1.424, 2.316, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.424 std_dev=0.892
O5' A 0, 0.441, 1.354, 2.268, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.354 std_dev=0.914
O3' A 0, 0.576, 1.700, 2.825, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.700 std_dev=1.125
OP1 A 0, 0.246, 1.376, 2.505, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.376 std_dev=1.129
N9 B 0, 0.064, 1.546, 3.027, 4.502 max_d=4.502 avg_d=1.546 std_dev=1.481
C8 B 0, 0.091, 1.627, 3.163, 4.723 max_d=4.723 avg_d=1.627 std_dev=1.536
N7 B 0, -0.097, 2.117, 4.330, 6.626 max_d=6.626 avg_d=2.117 std_dev=2.213
C4 B 0, -0.184, 2.071, 4.326, 6.613 max_d=6.613 avg_d=2.071 std_dev=2.255
N3 B 0, -0.297, 2.339, 4.975, 7.624 max_d=7.624 avg_d=2.339 std_dev=2.636
C5 B 0, -0.276, 2.376, 5.029, 7.766 max_d=7.766 avg_d=2.376 std_dev=2.652
C2 B 0, -0.527, 2.887, 6.301, 9.749 max_d=9.749 avg_d=2.887 std_dev=3.414
C6 B 0, -0.507, 2.955, 6.417, 9.987 max_d=9.987 avg_d=2.955 std_dev=3.462
N1 B 0, -0.638, 3.188, 7.014, 10.922 max_d=10.922 avg_d=3.188 std_dev=3.826
N6 B 0, -0.596, 3.322, 7.240, 11.324 max_d=11.324 avg_d=3.322 std_dev=3.918

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.25 0.02 0.01 0.16 0.16 0.57 0.21
C2 0.02 0.00 0.16 0.22 0.01 0.05 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.15 0.02 0.11 0.31 0.19 0.54 0.24
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.20 0.14 0.23 0.05 0.11 0.31 0.00 0.03 0.10 0.03 0.52 0.55 0.55 0.46
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.35 0.01 0.35 0.03 0.30 0.21 0.29 0.15 0.02 0.01 0.38 0.02 0.37 0.45 0.27 0.26
C4 0.02 0.01 0.09 0.35 0.00 0.16 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.27 0.00 0.03 0.47 0.39 0.63 0.41
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.19 0.09 0.09 0.09 0.25 0.02 0.16 0.01 0.02 0.17 0.46 0.10
C5 0.02 0.02 0.20 0.35 0.01 0.20 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.32 0.01 0.08 0.52 0.42 0.63 0.44
C5' 0.04 0.15 0.14 0.03 0.31 0.01 0.36 0.00 0.31 0.17 0.22 0.11 0.14 0.18 0.34 0.02 0.01 0.17 0.37 0.02
C6 0.02 0.02 0.23 0.30 0.01 0.19 0.00 0.31 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.26 0.01 0.11 0.46 0.31 0.57 0.34
N1 0.01 0.01 0.05 0.21 0.02 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.16 0.02 0.01 0.31 0.19 0.55 0.24
N3 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.02 0.08 0.39 0.28 0.58 0.32
O2 0.05 0.00 0.31 0.15 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.35 0.23 0.03 0.19 0.25 0.17 0.52 0.19
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.32 0.25 0.40 0.14 0.37 0.19 0.23 0.35 0.00 0.10 0.34 0.18 0.37 0.49 0.57 0.37
O3' 0.25 0.15 0.03 0.01 0.27 0.02 0.32 0.18 0.26 0.16 0.17 0.23 0.10 0.00 0.31 0.16 0.32 0.52 0.24 0.30
O4 0.02 0.02 0.10 0.38 0.00 0.16 0.01 0.34 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.31 0.00 0.03 0.49 0.44 0.67 0.45
O4' 0.01 0.11 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.08 0.19 0.18 0.16 0.03 0.00 0.12 0.18 0.75 0.35
O5' 0.16 0.31 0.52 0.37 0.47 0.02 0.52 0.01 0.46 0.31 0.39 0.25 0.37 0.32 0.49 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.16 0.19 0.55 0.45 0.39 0.17 0.42 0.17 0.31 0.19 0.28 0.17 0.49 0.52 0.44 0.18 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.57 0.54 0.55 0.27 0.63 0.46 0.63 0.37 0.57 0.55 0.58 0.52 0.57 0.24 0.67 0.75 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.21 0.24 0.46 0.26 0.41 0.10 0.44 0.02 0.34 0.24 0.32 0.19 0.37 0.30 0.45 0.35 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.91 2.79 0.64 0.29 2.03 0.29 2.12 0.14 2.56 1.20 2.87 2.38 2.55 1.62 1.39 0.43 0.26 0.66 0.29 0.46 0.37 0.20
C2 1.06 3.28 0.61 0.33 2.43 0.33 2.71 0.14 3.31 1.53 3.56 2.73 3.43 2.15 1.67 0.43 0.30 0.79 0.32 0.49 0.32 0.19
C2' 0.53 2.47 0.39 0.24 1.68 0.23 1.86 0.39 2.36 0.93 2.64 1.99 2.45 1.41 1.04 0.44 0.38 0.26 0.36 0.72 0.43 0.49
C3' 0.38 1.88 0.35 0.20 1.28 0.20 1.43 0.30 1.79 0.74 2.00 1.52 1.87 1.11 0.80 0.40 0.32 0.25 0.37 0.57 0.43 0.36
C4 1.06 2.91 0.58 0.40 2.37 0.34 2.76 0.12 3.22 1.77 3.25 2.46 3.42 2.43 1.74 0.39 0.39 0.81 0.34 0.46 0.32 0.18
C4' 0.40 1.63 0.38 0.16 1.09 0.18 1.11 0.13 1.39 0.53 1.63 1.38 1.38 0.79 0.67 0.40 0.22 0.30 0.23 0.43 0.41 0.16
C5 0.98 2.52 0.59 0.41 2.13 0.30 2.44 0.09 2.74 1.67 2.76 2.18 2.86 2.19 1.62 0.38 0.42 0.73 0.30 0.46 0.31 0.18
C5' 0.30 0.84 0.30 0.32 0.53 0.35 0.57 0.34 0.73 0.31 0.86 0.69 0.76 0.43 0.32 0.54 0.36 0.32 0.35 0.49 0.45 0.27
C6 0.95 2.51 0.63 0.37 2.07 0.28 2.28 0.09 2.59 1.49 2.69 2.19 2.63 1.94 1.54 0.39 0.38 0.69 0.29 0.47 0.34 0.19
N1 0.99 2.91 0.64 0.33 2.23 0.30 2.42 0.12 2.87 1.43 3.08 2.48 2.90 1.94 1.57 0.41 0.31 0.72 0.30 0.48 0.34 0.19
N3 1.10 3.26 0.61 0.37 2.50 0.36 2.87 0.14 3.47 1.69 3.61 2.71 3.68 2.38 1.76 0.43 0.35 0.83 0.35 0.47 0.31 0.18
O2 1.04 3.46 0.58 0.30 2.43 0.33 2.67 0.15 3.38 1.42 3.75 2.81 3.52 2.04 1.62 0.43 0.26 0.78 0.32 0.49 0.32 0.19
O2' 0.79 3.01 0.56 0.12 2.04 0.10 2.20 0.32 2.78 1.16 3.17 2.44 2.87 1.66 1.32 0.42 0.26 0.46 0.37 0.81 0.56 0.61
O3' 0.43 1.91 0.40 0.23 1.24 0.23 1.33 0.32 1.71 0.65 1.98 1.55 1.77 0.98 0.76 0.40 0.35 0.30 0.42 0.61 0.54 0.44
O4 1.07 2.88 0.56 0.41 2.36 0.36 2.82 0.14 3.29 1.84 3.27 2.42 3.58 2.54 1.75 0.39 0.41 0.84 0.36 0.43 0.34 0.18
O4' 0.74 2.16 0.58 0.32 1.57 0.33 1.54 0.16 1.84 0.83 2.12 1.91 1.77 1.11 1.06 0.40 0.32 0.56 0.33 0.39 0.51 0.20
O5' 0.19 0.81 0.26 0.14 0.57 0.11 0.65 0.22 0.81 0.36 0.88 0.65 0.85 0.52 0.35 0.46 0.02 0.12 0.42 0.55 0.42 0.37
OP1 0.40 0.39 0.15 0.02 0.27 0.06 0.18 0.33 0.23 0.10 0.31 0.41 0.24 0.12 0.23 0.32 0.01 0.23 0.37 0.32 0.95 0.47
OP2 0.16 0.66 0.31 0.12 0.63 0.20 0.86 0.44 0.95 0.71 0.85 0.52 1.09 0.91 0.50 0.27 0.02 0.15 0.50 0.50 0.76 0.53
P 0.17 0.29 0.15 0.01 0.23 0.07 0.38 0.25 0.45 0.27 0.41 0.19 0.54 0.39 0.14 0.25 0.00 0.11 0.36 0.29 0.68 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.00 0.36 0.30 0.38 0.31
C2 0.04 0.00 0.36 0.33 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.25 0.18 0.69 0.69 0.70 0.78
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.18 0.01 0.07 0.18 0.15 0.22 0.28 0.36 0.11 0.14 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.36 0.31 0.11
C3' 0.02 0.33 0.00 0.00 0.28 0.01 0.32 0.02 0.36 0.23 0.37 0.28 0.38 0.29 0.20 0.02 0.00 0.01 0.17 0.22 0.43 0.16
C4 0.01 0.01 0.18 0.28 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.15 0.09 0.76 0.68 0.73 0.80
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.20 0.08 0.07 0.15 0.19 0.10 0.26 0.02 0.01 0.02 0.22 0.25 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.12 0.03 0.98 0.92 0.96 1.06
C5' 0.04 0.10 0.18 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.18 0.25 0.14 0.09 0.23 0.26 0.12 0.09 0.19 0.01 0.01 0.25 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.36 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.17 0.07 0.98 0.99 1.01 1.12
C8 0.01 0.02 0.22 0.23 0.01 0.20 0.01 0.25 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.46 0.08 0.14 1.03 0.84 0.95 1.01
N1 0.03 0.00 0.28 0.37 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.13 0.85 0.87 0.87 0.98
N3 0.03 0.00 0.36 0.28 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.25 0.18 0.59 0.57 0.59 0.65
N6 0.03 0.02 0.11 0.38 0.02 0.15 0.03 0.23 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.33 0.20 0.05 1.09 1.14 1.16 1.27
N7 0.01 0.01 0.14 0.29 0.01 0.19 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.47 0.11 0.08 1.12 1.04 1.10 1.19
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.22 0.11 0.01 0.73 0.58 0.68 0.71
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.12 0.26 0.30 0.09 0.24 0.46 0.07 0.14 0.33 0.47 0.22 0.00 0.05 0.19 0.17 0.32 0.40 0.08
O3' 0.29 0.25 0.03 0.00 0.15 0.02 0.12 0.19 0.17 0.08 0.21 0.25 0.20 0.11 0.11 0.05 0.00 0.19 0.25 0.18 0.64 0.27
O4' 0.00 0.18 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.14 0.13 0.18 0.05 0.08 0.01 0.19 0.19 0.00 0.32 0.30 0.30 0.26
O5' 0.36 0.69 0.12 0.17 0.76 0.02 0.98 0.01 0.98 1.03 0.85 0.59 1.09 1.12 0.73 0.17 0.25 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.69 0.36 0.22 0.68 0.22 0.92 0.25 0.99 0.84 0.87 0.57 1.14 1.04 0.58 0.32 0.18 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.70 0.31 0.43 0.73 0.25 0.96 0.29 1.01 0.95 0.87 0.59 1.16 1.10 0.68 0.40 0.64 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.78 0.11 0.16 0.80 0.03 1.06 0.02 1.12 1.01 0.98 0.65 1.27 1.19 0.71 0.08 0.27 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00