ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48629

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.002, 0.028, 0.054, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.028 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.004, 0.050, 0.096, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.050 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.025, 0.096, 0.167, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.096 std_dev=0.071
P B 0, 0.162, 0.473, 0.784, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.473 std_dev=0.311
O4' A 0, 0.097, 0.492, 0.887, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.492 std_dev=0.395
C2' A 0, 0.175, 0.611, 1.047, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.611 std_dev=0.436
OP2 B 0, 0.118, 0.586, 1.054, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.586 std_dev=0.468
C3' A 0, 0.195, 0.671, 1.146, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.671 std_dev=0.475
C4' A 0, 0.213, 0.702, 1.192, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.702 std_dev=0.489
OP1 B 0, 0.290, 0.784, 1.279, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.784 std_dev=0.495
O5' A 0, 0.292, 0.843, 1.395, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.843 std_dev=0.551
P A 0, 0.540, 1.096, 1.651, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.096 std_dev=0.555
OP2 A 0, 0.683, 1.276, 1.870, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.276 std_dev=0.593
C5' A 0, 0.407, 1.094, 1.782, 1.975 max_d=1.975 avg_d=1.094 std_dev=0.687
O3' A 0, 0.112, 0.815, 1.519, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.815 std_dev=0.704
O2' A 0, 0.321, 1.116, 1.911, 2.287 max_d=2.287 avg_d=1.116 std_dev=0.795
O5' B 0, 0.301, 1.138, 1.975, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.138 std_dev=0.837
OP1 A 0, 0.745, 1.690, 2.635, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.690 std_dev=0.945
C5' B 0, 0.220, 1.486, 2.751, 4.835 max_d=4.835 avg_d=1.486 std_dev=1.266
C4' B 0, -0.063, 1.865, 3.792, 7.338 max_d=7.338 avg_d=1.865 std_dev=1.927
O4' B 0, 0.264, 2.390, 4.517, 7.859 max_d=7.859 avg_d=2.390 std_dev=2.126
C3' B 0, -0.589, 1.663, 3.916, 8.302 max_d=8.302 avg_d=1.663 std_dev=2.252
O3' B 0, -0.535, 1.860, 4.254, 8.878 max_d=8.878 avg_d=1.860 std_dev=2.394
C8 B 0, 0.231, 2.948, 5.666, 8.466 max_d=8.466 avg_d=2.948 std_dev=2.718
C1' B 0, -0.096, 2.647, 5.390, 10.027 max_d=10.027 avg_d=2.647 std_dev=2.743
C2' B 0, -0.691, 2.213, 5.117, 10.732 max_d=10.732 avg_d=2.213 std_dev=2.904
N9 B 0, 0.054, 3.066, 6.078, 10.028 max_d=10.028 avg_d=3.066 std_dev=3.012
O2' B 0, -1.147, 2.348, 5.842, 12.689 max_d=12.689 avg_d=2.348 std_dev=3.494
N7 B 0, 0.105, 3.639, 7.174, 10.012 max_d=10.012 avg_d=3.639 std_dev=3.535
C4 B 0, -0.121, 3.827, 7.775, 12.300 max_d=12.300 avg_d=3.827 std_dev=3.948
C5 B 0, -0.098, 4.180, 8.459, 12.257 max_d=12.257 avg_d=4.180 std_dev=4.279
N3 B 0, -0.324, 4.220, 8.763, 14.478 max_d=14.478 avg_d=4.220 std_dev=4.544
C6 B 0, -0.295, 5.041, 10.378, 14.679 max_d=14.679 avg_d=5.041 std_dev=5.336
C2 B 0, -0.447, 4.973, 10.392, 16.308 max_d=16.308 avg_d=4.973 std_dev=5.420
N1 B 0, -0.459, 5.400, 11.259, 16.543 max_d=16.543 avg_d=5.400 std_dev=5.859
N6 B 0, -0.336, 5.574, 11.484, 15.523 max_d=15.523 avg_d=5.574 std_dev=5.910

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.29 0.04 0.01 0.23 0.46 0.58 0.19
C2 0.04 0.00 0.17 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.30 0.01 0.14 0.27 0.73 0.59 0.23
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.06 0.03 0.16 0.19 0.19 0.04 0.12 0.32 0.00 0.05 0.06 0.04 0.54 0.52 0.75 0.44
C3' 0.03 0.15 0.01 0.00 0.23 0.01 0.24 0.02 0.21 0.14 0.20 0.16 0.02 0.01 0.25 0.01 0.29 0.25 0.48 0.15
C4 0.04 0.01 0.06 0.23 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.21 0.01 0.05 0.36 1.03 0.64 0.41
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.18 0.06 0.05 0.16 0.22 0.07 0.11 0.01 0.01 0.13 0.45 0.12
C5 0.02 0.01 0.16 0.24 0.01 0.18 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.19 0.01 0.14 0.39 1.06 0.62 0.45
C5' 0.08 0.12 0.19 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.24 0.13 0.15 0.16 0.10 0.22 0.23 0.02 0.01 0.14 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.21 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.37 0.17 0.02 0.17 0.34 0.88 0.58 0.35
N1 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.18 0.21 0.03 0.02 0.28 0.69 0.58 0.24
N3 0.04 0.01 0.12 0.20 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.26 0.01 0.10 0.31 0.89 0.62 0.32
O2 0.07 0.01 0.32 0.16 0.01 0.16 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.38 0.42 0.01 0.24 0.25 0.62 0.58 0.16
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.33 0.22 0.40 0.10 0.37 0.18 0.26 0.38 0.00 0.05 0.36 0.15 0.46 0.48 0.82 0.43
O3' 0.29 0.30 0.05 0.01 0.21 0.07 0.19 0.22 0.17 0.21 0.26 0.42 0.05 0.00 0.21 0.17 0.25 0.26 0.42 0.21
O4 0.04 0.01 0.06 0.25 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.03 0.01 0.01 0.36 0.21 0.00 0.05 0.38 1.11 0.67 0.47
O4' 0.01 0.14 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.17 0.02 0.10 0.24 0.15 0.17 0.05 0.00 0.09 0.42 0.64 0.31
O5' 0.23 0.27 0.54 0.29 0.36 0.01 0.39 0.01 0.34 0.28 0.31 0.25 0.46 0.25 0.38 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.46 0.73 0.52 0.25 1.03 0.13 1.06 0.14 0.88 0.69 0.89 0.62 0.48 0.26 1.11 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 0.59 0.75 0.48 0.64 0.45 0.62 0.27 0.58 0.58 0.62 0.58 0.82 0.42 0.67 0.64 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.23 0.44 0.15 0.41 0.12 0.45 0.02 0.35 0.24 0.32 0.16 0.43 0.21 0.47 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.71 3.90 1.72 1.19 3.08 0.65 3.25 0.46 3.78 2.14 4.09 3.39 3.84 2.67 2.32 1.48 0.88 1.03 0.56 0.37 0.33 0.38
C2 1.33 3.84 1.04 0.57 3.04 0.23 3.54 0.46 4.22 2.22 4.33 3.17 4.50 3.00 2.20 0.64 0.22 0.77 0.46 0.29 0.27 0.35
C2' 1.46 3.54 1.55 1.15 2.70 0.74 2.91 0.67 3.47 1.85 3.76 3.00 3.59 2.38 1.99 1.37 0.92 0.87 0.76 0.31 0.65 0.64
C3' 1.63 3.34 1.79 1.34 2.61 0.87 2.71 0.58 3.15 1.81 3.45 2.93 3.21 2.22 2.01 1.72 1.18 1.07 0.51 0.45 0.22 0.21
C4 1.02 2.86 0.54 0.35 2.44 0.56 3.02 0.68 3.46 2.03 3.33 2.38 3.81 2.80 1.82 0.37 0.57 0.77 0.43 0.28 0.24 0.30
C4' 1.91 3.37 2.13 1.60 2.70 1.07 2.65 0.60 3.01 1.85 3.34 3.08 2.95 2.15 2.16 2.13 1.47 1.31 0.53 0.50 0.23 0.20
C5 1.07 2.64 0.79 0.51 2.34 0.24 2.74 0.45 3.03 1.96 2.96 2.28 3.21 2.53 1.82 0.47 0.40 0.66 0.42 0.30 0.30 0.36
C5' 1.92 2.74 2.20 1.77 2.29 1.29 2.15 0.75 2.36 1.61 2.63 2.61 2.25 1.74 1.95 2.32 1.77 1.43 0.59 0.51 0.34 0.21
C6 1.37 3.03 1.26 0.88 2.63 0.40 2.90 0.40 3.23 2.03 3.28 2.67 3.32 2.54 2.05 0.94 0.56 0.82 0.50 0.34 0.33 0.39
N1 1.48 3.64 1.36 0.88 2.98 0.38 3.30 0.41 3.80 2.16 3.95 3.13 3.92 2.78 2.23 1.02 0.52 0.86 0.51 0.33 0.31 0.38
N3 1.14 3.43 0.68 0.32 2.80 0.44 3.41 0.61 4.06 2.16 4.00 2.81 4.47 3.01 2.02 0.34 0.40 0.77 0.44 0.27 0.24 0.31
O2 1.37 4.17 1.08 0.58 3.16 0.25 3.66 0.47 4.49 2.25 4.72 3.38 4.82 3.05 2.24 0.68 0.19 0.79 0.47 0.29 0.27 0.35
O2' 1.51 4.00 1.57 1.11 2.94 0.70 3.18 0.74 3.87 1.97 4.26 3.33 4.03 2.57 2.13 1.35 0.86 0.86 0.85 0.44 0.84 0.82
O3' 1.73 3.59 1.89 1.41 2.72 0.92 2.79 0.63 3.29 1.85 3.67 3.12 3.34 2.26 2.09 1.86 1.27 1.14 0.52 0.44 0.22 0.23
O4 1.03 2.53 0.57 0.62 2.17 0.97 2.76 0.93 3.19 1.87 3.01 2.09 3.63 2.65 1.62 0.78 0.97 1.00 0.49 0.30 0.22 0.25
O4' 1.95 3.67 2.08 1.52 2.98 0.97 2.97 0.60 3.35 2.05 3.68 3.34 3.29 2.42 2.35 1.94 1.28 1.29 0.56 0.53 0.28 0.31
O5' 1.76 2.39 2.07 1.77 2.04 1.30 1.93 0.78 2.10 1.46 2.32 2.29 2.02 1.58 1.76 2.17 1.82 1.35 0.60 0.57 0.36 0.22
OP1 0.85 0.96 1.02 0.83 0.74 0.53 0.59 0.32 0.67 0.37 0.83 0.98 0.65 0.45 0.61 1.24 1.11 0.61 0.32 1.42 0.90 0.81
OP2 1.53 1.69 1.72 1.64 1.51 1.44 1.42 1.06 1.50 1.17 1.62 1.67 1.46 1.22 1.39 1.78 1.75 1.37 0.64 0.75 0.42 0.36
P 1.52 1.67 1.74 1.60 1.48 1.26 1.31 0.74 1.38 1.06 1.54 1.68 1.29 1.07 1.35 1.87 1.79 1.27 0.45 0.79 0.47 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.23 0.01 0.07 0.38 0.16 0.10
C2 0.04 0.00 0.24 0.35 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.15 0.08 0.23 0.74 0.35 0.30
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.14 0.01 0.08 0.16 0.13 0.10 0.20 0.24 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.30 0.26 0.28 0.22
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.33 0.01 0.39 0.05 0.43 0.29 0.41 0.30 0.46 0.37 0.25 0.03 0.01 0.02 0.27 0.22 0.39 0.28
C4 0.01 0.01 0.14 0.33 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.11 0.05 0.23 0.70 0.33 0.27
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.11 0.12 0.08 0.16 0.13 0.08 0.28 0.02 0.01 0.02 0.29 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.39 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.22 0.04 0.29 0.85 0.43 0.35
C5' 0.09 0.20 0.16 0.05 0.17 0.01 0.21 0.00 0.23 0.18 0.22 0.17 0.25 0.21 0.14 0.16 0.20 0.01 0.00 0.39 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.43 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.26 0.05 0.30 0.91 0.48 0.39
C8 0.01 0.02 0.10 0.29 0.01 0.11 0.00 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.21 0.16 0.04 0.26 0.72 0.37 0.28
N1 0.02 0.00 0.20 0.41 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.22 0.06 0.28 0.85 0.43 0.36
N3 0.04 0.01 0.24 0.30 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.12 0.08 0.20 0.65 0.28 0.24
N6 0.03 0.01 0.11 0.46 0.02 0.16 0.02 0.25 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.31 0.33 0.06 0.34 1.00 0.56 0.45
N7 0.02 0.02 0.05 0.37 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.25 0.25 0.03 0.31 0.88 0.48 0.36
N9 0.00 0.02 0.02 0.25 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.04 0.02 0.19 0.59 0.27 0.21
O2' 0.01 0.28 0.00 0.03 0.23 0.28 0.27 0.16 0.30 0.21 0.30 0.24 0.31 0.25 0.17 0.00 0.07 0.20 0.18 0.24 0.21 0.17
O3' 0.23 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.22 0.20 0.26 0.16 0.22 0.12 0.33 0.25 0.04 0.07 0.00 0.19 0.25 0.42 0.54 0.40
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.20 0.19 0.00 0.13 0.40 0.17 0.18
O5' 0.07 0.23 0.30 0.27 0.23 0.02 0.29 0.00 0.30 0.26 0.28 0.20 0.34 0.31 0.19 0.18 0.25 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.38 0.74 0.26 0.22 0.70 0.29 0.85 0.39 0.91 0.72 0.85 0.65 1.00 0.88 0.59 0.24 0.42 0.40 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.35 0.28 0.39 0.33 0.19 0.43 0.37 0.48 0.37 0.43 0.28 0.56 0.48 0.27 0.21 0.54 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.30 0.22 0.28 0.27 0.04 0.35 0.01 0.39 0.28 0.36 0.24 0.45 0.36 0.21 0.17 0.40 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00