ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48630

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.029, 0.049, 0.069, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.049 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.032, 0.058, 0.083, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.058 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.046, 0.073, 0.101, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.073 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.041, 0.069, 0.097, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.069 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.040, 0.072, 0.103, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.072 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.067, 0.135, 0.203, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.135 std_dev=0.068
O4 A 0, 0.045, 0.124, 0.203, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.124 std_dev=0.079
OP2 B 0, 0.300, 0.592, 0.884, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.592 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.337, 0.732, 1.127, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.732 std_dev=0.395
P B 0, 0.387, 0.897, 1.407, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.897 std_dev=0.510
O4' A 0, 1.284, 2.145, 3.006, 2.709 max_d=2.709 avg_d=2.145 std_dev=0.861
C2' A 0, 1.207, 2.077, 2.946, 2.747 max_d=2.747 avg_d=2.077 std_dev=0.870
C4' A 0, 1.809, 2.900, 3.992, 3.789 max_d=3.789 avg_d=2.900 std_dev=1.091
C3' A 0, 1.828, 3.038, 4.249, 4.365 max_d=4.365 avg_d=3.038 std_dev=1.210
O5' B 0, 1.295, 2.603, 3.912, 3.968 max_d=3.968 avg_d=2.603 std_dev=1.309
O2' A 0, 1.272, 2.631, 3.990, 3.792 max_d=3.792 avg_d=2.631 std_dev=1.359
O3' A 0, 2.005, 3.697, 5.388, 6.351 max_d=6.351 avg_d=3.697 std_dev=1.691
C5' B 0, 1.943, 3.886, 5.828, 5.594 max_d=5.594 avg_d=3.886 std_dev=1.943
C5' A 0, 3.236, 5.269, 7.302, 6.660 max_d=6.660 avg_d=5.269 std_dev=2.033
C8 B 0, 4.223, 6.613, 9.002, 8.071 max_d=8.071 avg_d=6.613 std_dev=2.389
O5' A 0, 3.514, 5.974, 8.434, 7.631 max_d=7.631 avg_d=5.974 std_dev=2.460
N7 B 0, 4.642, 7.238, 9.835, 9.063 max_d=9.063 avg_d=7.238 std_dev=2.597
C4' B 0, 3.384, 5.994, 8.604, 8.355 max_d=8.355 avg_d=5.994 std_dev=2.610
C3' B 0, 3.642, 6.503, 9.365, 9.377 max_d=9.377 avg_d=6.503 std_dev=2.862
O4' B 0, 4.140, 7.038, 9.936, 9.525 max_d=9.525 avg_d=7.038 std_dev=2.898
N9 B 0, 4.853, 7.868, 10.883, 10.149 max_d=10.149 avg_d=7.868 std_dev=3.015
C5 B 0, 5.673, 8.808, 11.943, 10.568 max_d=10.568 avg_d=8.808 std_dev=3.135
O3' B 0, 4.186, 7.359, 10.532, 10.704 max_d=10.704 avg_d=7.359 std_dev=3.173
C1' B 0, 4.767, 8.133, 11.499, 11.032 max_d=11.032 avg_d=8.133 std_dev=3.366
C4 B 0, 5.903, 9.316, 12.730, 11.478 max_d=11.478 avg_d=9.316 std_dev=3.414
P A 0, 4.826, 8.322, 11.818, 10.663 max_d=10.663 avg_d=8.322 std_dev=3.496
C6 B 0, 6.459, 10.143, 13.826, 13.086 max_d=13.086 avg_d=10.143 std_dev=3.684
C2' B 0, 4.084, 7.831, 11.579, 11.500 max_d=11.500 avg_d=7.831 std_dev=3.747
OP1 A 0, 5.685, 9.482, 13.278, 12.379 max_d=12.379 avg_d=9.482 std_dev=3.797
N6 B 0, 6.125, 10.116, 14.107, 14.553 max_d=14.553 avg_d=10.116 std_dev=3.991
OP2 A 0, 5.032, 9.041, 13.050, 12.013 max_d=12.013 avg_d=9.041 std_dev=4.009
N3 B 0, 6.947, 11.072, 15.197, 13.851 max_d=13.851 avg_d=11.072 std_dev=4.125
N1 B 0, 7.530, 11.738, 15.945, 14.482 max_d=14.482 avg_d=11.738 std_dev=4.208
C2 B 0, 7.724, 12.102, 16.479, 14.530 max_d=14.530 avg_d=12.102 std_dev=4.377
O2' B 0, 4.876, 9.432, 13.988, 13.822 max_d=13.822 avg_d=9.432 std_dev=4.556

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.14 0.02 0.40 0.03 0.01 0.16 0.35 0.36 0.18
C2 0.06 0.00 0.13 0.44 0.02 0.14 0.03 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.30 0.04 0.29 0.40 0.64 0.96 0.33
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.16 0.18 0.17 0.01 0.06 0.25 0.01 0.08 0.07 0.02 0.37 0.48 0.18 0.40
C3' 0.04 0.44 0.00 0.00 0.43 0.01 0.30 0.02 0.21 0.27 0.48 0.45 0.02 0.02 0.48 0.02 0.08 0.19 0.08 0.06
C4 0.03 0.02 0.07 0.43 0.00 0.28 0.01 0.54 0.02 0.02 0.01 0.05 0.46 0.16 0.01 0.06 0.89 0.76 1.97 1.08
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.28 0.00 0.36 0.01 0.34 0.17 0.18 0.33 0.31 0.07 0.31 0.01 0.02 0.09 0.19 0.03
C5 0.01 0.03 0.16 0.30 0.01 0.36 0.00 0.71 0.01 0.02 0.02 0.03 0.55 0.17 0.02 0.26 1.05 0.91 2.00 1.31
C5' 0.07 0.20 0.18 0.02 0.54 0.01 0.71 0.00 0.63 0.30 0.31 0.51 0.13 0.19 0.58 0.03 0.01 0.18 0.39 0.02
C6 0.02 0.02 0.17 0.21 0.02 0.34 0.01 0.63 0.00 0.01 0.02 0.03 0.49 0.31 0.03 0.31 0.92 0.75 1.57 1.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.27 0.02 0.17 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01 0.03 0.26 0.16 0.03 0.02 0.52 0.46 0.98 0.53
N3 0.04 0.01 0.06 0.48 0.01 0.18 0.02 0.31 0.02 0.01 0.00 0.05 0.34 0.33 0.04 0.17 0.60 0.64 1.48 0.61
O2 0.14 0.01 0.25 0.45 0.05 0.33 0.03 0.51 0.03 0.03 0.05 0.00 0.27 0.50 0.09 0.61 0.60 1.09 0.73 0.66
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.46 0.31 0.55 0.13 0.49 0.26 0.34 0.27 0.00 0.10 0.47 0.27 0.29 0.34 0.20 0.35
O3' 0.40 0.30 0.08 0.02 0.16 0.07 0.17 0.19 0.31 0.16 0.33 0.50 0.10 0.00 0.24 0.27 0.17 0.63 0.24 0.29
O4 0.03 0.04 0.07 0.48 0.01 0.31 0.02 0.58 0.03 0.03 0.04 0.09 0.47 0.24 0.00 0.06 0.94 0.85 2.20 1.18
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.06 0.01 0.26 0.03 0.31 0.02 0.17 0.61 0.27 0.27 0.06 0.00 0.18 0.26 0.18 0.14
O5' 0.16 0.40 0.37 0.08 0.89 0.02 1.05 0.01 0.92 0.52 0.60 0.60 0.29 0.17 0.94 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.64 0.48 0.19 0.76 0.09 0.91 0.18 0.75 0.46 0.64 1.09 0.34 0.63 0.85 0.26 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.36 0.96 0.18 0.08 1.97 0.19 2.00 0.39 1.57 0.98 1.48 0.73 0.20 0.24 2.20 0.18 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.40 0.06 1.08 0.03 1.31 0.02 1.09 0.53 0.61 0.66 0.35 0.29 1.18 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.47 1.17 2.32 2.03 0.96 1.26 0.99 0.72 1.32 0.64 1.31 1.11 1.67 0.80 0.98 3.13 2.43 0.97 0.51 0.28 0.31 0.18
C2 0.66 1.06 1.46 1.64 0.77 1.02 1.45 0.65 1.90 0.75 1.64 0.60 2.50 1.52 0.33 2.09 2.07 0.46 0.35 0.23 0.28 0.23
C2' 1.51 1.25 2.28 1.98 1.01 1.27 1.01 0.74 1.35 0.68 1.38 1.19 1.70 0.79 1.02 3.15 2.46 1.07 0.52 0.41 0.46 0.30
C3' 1.97 1.11 2.79 2.65 1.05 1.85 0.78 1.18 1.04 0.81 1.07 1.26 1.44 0.57 1.28 3.66 3.29 1.46 0.86 0.25 0.29 0.22
C4 0.33 1.20 0.85 1.21 1.02 0.83 1.62 0.64 1.92 1.12 1.66 0.84 2.37 1.76 0.66 1.23 1.47 0.40 0.41 0.18 0.26 0.25
C4' 2.26 1.05 3.07 2.97 1.13 2.15 0.66 1.46 0.84 0.99 0.91 1.34 1.28 0.44 1.49 4.00 3.66 1.73 1.09 0.57 0.36 0.52
C5 0.67 0.49 1.39 1.34 0.44 0.84 0.90 0.56 1.11 0.61 0.86 0.32 1.50 1.09 0.32 1.76 1.46 0.43 0.36 0.23 0.30 0.19
C5' 2.80 1.05 3.53 3.64 1.36 2.90 0.58 2.18 0.43 1.26 0.51 1.59 1.02 0.45 1.87 4.36 4.48 2.39 1.68 1.15 0.76 1.06
C6 1.13 0.78 1.94 1.70 0.70 1.04 0.84 0.62 1.04 0.54 0.93 0.78 1.37 0.86 0.71 2.46 1.87 0.75 0.45 0.28 0.33 0.18
N1 1.05 0.82 1.90 1.79 0.63 1.08 1.01 0.63 1.36 0.48 1.18 0.65 1.83 1.03 0.54 2.57 2.14 0.67 0.39 0.27 0.32 0.21
N3 0.43 1.43 1.02 1.41 1.14 0.94 1.82 0.68 2.24 1.13 1.98 0.98 2.81 1.90 0.69 1.51 1.79 0.45 0.40 0.19 0.25 0.25
O2 0.65 1.29 1.43 1.68 0.91 1.06 1.64 0.68 2.17 0.82 1.93 0.76 2.86 1.66 0.40 2.12 2.20 0.47 0.35 0.22 0.27 0.24
O2' 1.48 1.67 2.14 1.66 1.28 0.99 1.20 0.51 1.54 0.78 1.72 1.53 1.70 0.82 1.15 3.05 2.09 1.03 0.36 0.96 0.89 0.73
O3' 1.67 0.97 2.47 2.37 0.78 1.49 0.58 0.76 0.96 0.48 1.00 1.05 1.41 0.38 0.97 3.37 3.10 1.08 0.46 0.65 0.50 0.46
O4 0.62 1.77 0.46 1.05 1.57 0.84 2.10 0.70 2.39 1.57 2.18 1.44 2.76 2.16 1.20 0.59 1.33 0.68 0.56 0.13 0.25 0.29
O4' 1.94 0.91 2.82 2.62 0.93 1.82 0.64 1.21 0.93 0.82 0.92 1.09 1.37 0.44 1.25 3.72 3.13 1.42 0.93 0.51 0.31 0.48
O5' 2.95 1.06 3.68 3.93 1.43 3.26 0.62 2.60 0.36 1.33 0.41 1.67 1.01 0.53 1.96 4.36 4.70 2.68 2.05 1.48 1.10 1.41
OP1 3.08 1.50 3.47 4.07 1.65 3.67 1.08 2.99 1.22 1.36 1.21 1.97 1.82 0.94 2.04 3.94 5.09 3.04 2.24 1.87 1.23 1.65
OP2 3.55 1.57 4.17 4.76 1.92 4.41 0.96 3.95 0.41 1.74 0.75 2.24 0.74 0.84 2.46 4.53 5.43 3.62 3.26 2.88 2.38 2.68
P 3.42 1.44 3.99 4.51 1.79 4.03 0.84 3.38 0.39 1.58 0.67 2.11 0.89 0.68 2.32 4.46 5.42 3.37 2.67 2.17 1.58 2.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.17 0.40 0.34 0.23
C2 0.08 0.00 0.50 0.36 0.01 0.37 0.01 0.52 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.42 0.12 0.62 0.28 0.77 0.34 0.33
C2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.27 0.01 0.12 0.20 0.23 0.28 0.39 0.50 0.16 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.43 0.75 0.60 0.58
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.34 0.01 0.41 0.01 0.45 0.32 0.42 0.30 0.49 0.40 0.26 0.04 0.01 0.03 0.11 0.52 0.21 0.15
C4 0.04 0.01 0.27 0.34 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.31 0.15 0.39 0.48 0.11
C4' 0.01 0.37 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.41 0.25 0.37 0.17 0.35 0.13 0.35 0.02 0.01 0.01 0.20 0.15 0.05
C5 0.03 0.01 0.12 0.41 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.14 0.12 0.31 0.24 0.79 0.25
C5' 0.06 0.52 0.20 0.01 0.20 0.01 0.21 0.00 0.21 0.54 0.36 0.50 0.27 0.49 0.15 0.13 0.24 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02
C6 0.04 0.01 0.23 0.45 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.17 0.25 0.28 0.40 0.81 0.25
C8 0.03 0.02 0.28 0.32 0.01 0.41 0.02 0.54 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.67 0.16 0.36 0.54 0.38 0.88 0.48
N1 0.07 0.00 0.39 0.42 0.02 0.25 0.01 0.36 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.21 0.14 0.47 0.22 0.65 0.58 0.24
N3 0.08 0.01 0.50 0.30 0.00 0.37 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.13 0.63 0.29 0.69 0.25 0.33
N6 0.03 0.02 0.16 0.49 0.01 0.17 0.02 0.27 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.28 0.24 0.15 0.41 0.36 1.03 0.41
N7 0.02 0.01 0.16 0.40 0.00 0.35 0.01 0.49 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.60 0.19 0.21 0.56 0.29 1.03 0.53
N9 0.01 0.02 0.02 0.26 0.01 0.13 0.01 0.15 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.09 0.01 0.20 0.27 0.51 0.15
O2' 0.02 0.42 0.01 0.04 0.10 0.35 0.26 0.13 0.16 0.67 0.21 0.44 0.28 0.60 0.23 0.00 0.02 0.26 0.30 0.75 0.69 0.52
O3' 0.32 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.14 0.24 0.17 0.16 0.14 0.13 0.24 0.19 0.09 0.02 0.00 0.20 0.33 0.74 0.44 0.41
O4' 0.01 0.62 0.02 0.03 0.31 0.01 0.12 0.01 0.25 0.36 0.47 0.63 0.15 0.21 0.01 0.26 0.20 0.00 0.14 0.20 0.23 0.12
O5' 0.17 0.28 0.43 0.11 0.15 0.01 0.31 0.01 0.28 0.54 0.22 0.29 0.41 0.56 0.20 0.30 0.33 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.77 0.75 0.52 0.39 0.20 0.24 0.09 0.40 0.38 0.65 0.69 0.36 0.29 0.27 0.75 0.74 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.34 0.60 0.21 0.48 0.15 0.79 0.18 0.81 0.88 0.58 0.25 1.03 1.03 0.51 0.69 0.44 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.33 0.58 0.15 0.11 0.05 0.25 0.02 0.25 0.48 0.24 0.33 0.41 0.53 0.15 0.52 0.41 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00