ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48632

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.027, 0.052, 0.077, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.052 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.018, 0.050, 0.081, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.050 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.024, 0.065, 0.106, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.065 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.045, 0.116, 0.186, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.116 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.156, 0.353, 0.549, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.353 std_dev=0.197
O4' A 0, 0.005, 0.230, 0.455, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.230 std_dev=0.225
P B 0, 0.235, 0.479, 0.724, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.479 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.297, 0.675, 1.053, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.675 std_dev=0.378
OP2 B 0, 0.382, 0.792, 1.202, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.792 std_dev=0.410
OP1 B 0, 0.435, 0.920, 1.405, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.920 std_dev=0.485
O5' B 0, 0.406, 0.895, 1.383, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.895 std_dev=0.488
O2' A 0, 0.414, 0.915, 1.415, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.915 std_dev=0.500
C3' A 0, 0.468, 0.980, 1.491, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.980 std_dev=0.511
C5' A 0, 0.366, 0.947, 1.528, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.947 std_dev=0.581
O5' A 0, 0.447, 1.047, 1.646, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.047 std_dev=0.600
P A 0, 0.352, 1.208, 2.063, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.208 std_dev=0.855
O3' A 0, 0.838, 1.788, 2.738, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.788 std_dev=0.950
C3' B 0, 0.105, 1.080, 2.055, 3.383 max_d=3.383 avg_d=1.080 std_dev=0.975
OP2 A 0, 0.934, 2.038, 3.142, 3.418 max_d=3.418 avg_d=2.038 std_dev=1.104
O3' B 0, 0.182, 1.287, 2.393, 3.760 max_d=3.760 avg_d=1.287 std_dev=1.106
C5' B 0, 0.615, 1.792, 2.968, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.792 std_dev=1.177
OP1 A 0, 0.638, 1.837, 3.037, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.837 std_dev=1.199
C2' B 0, 0.278, 1.587, 2.896, 4.533 max_d=4.533 avg_d=1.587 std_dev=1.309
C4' B 0, 0.507, 1.869, 3.232, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.869 std_dev=1.362
O2' B 0, 0.199, 1.817, 3.435, 5.375 max_d=5.375 avg_d=1.817 std_dev=1.618
O4' B 0, 0.636, 2.328, 4.020, 5.650 max_d=5.650 avg_d=2.328 std_dev=1.692
C1' B 0, 0.548, 2.417, 4.285, 6.265 max_d=6.265 avg_d=2.417 std_dev=1.869
C8 B 0, 0.700, 2.780, 4.860, 6.761 max_d=6.761 avg_d=2.780 std_dev=2.080
N9 B 0, 0.711, 2.934, 5.158, 7.169 max_d=7.169 avg_d=2.934 std_dev=2.223
N7 B 0, 0.985, 3.858, 6.731, 8.850 max_d=8.850 avg_d=3.858 std_dev=2.873
C4 B 0, 1.001, 4.086, 7.172, 9.388 max_d=9.388 avg_d=4.086 std_dev=3.085
C5 B 0, 1.178, 4.698, 8.219, 10.456 max_d=10.456 avg_d=4.698 std_dev=3.520
N3 B 0, 1.107, 4.660, 8.213, 10.596 max_d=10.596 avg_d=4.660 std_dev=3.553
C2 B 0, 1.449, 5.899, 10.350, 12.818 max_d=12.818 avg_d=5.899 std_dev=4.450
C6 B 0, 1.512, 6.074, 10.637, 13.057 max_d=13.057 avg_d=6.074 std_dev=4.562
N1 B 0, 1.651, 6.644, 11.636, 14.124 max_d=14.124 avg_d=6.644 std_dev=4.992
N6 B 0, 1.707, 6.881, 12.056, 14.627 max_d=14.627 avg_d=6.881 std_dev=5.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.18 0.07 0.01 0.14 0.29 0.72 0.25
C2 0.04 0.00 0.13 0.26 0.02 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.05 0.05 0.34 0.28 0.84 0.20
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.03 0.11 0.13 0.11 0.06 0.12 0.21 0.01 0.06 0.12 0.02 0.35 0.27 0.64 0.28
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.38 0.01 0.36 0.03 0.30 0.23 0.33 0.20 0.03 0.01 0.40 0.02 0.25 0.32 0.44 0.18
C4 0.05 0.02 0.10 0.38 0.00 0.19 0.01 0.31 0.02 0.04 0.01 0.03 0.21 0.29 0.01 0.04 0.54 0.32 0.95 0.29
C4' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.19 0.00 0.20 0.02 0.18 0.10 0.13 0.05 0.22 0.02 0.19 0.01 0.03 0.18 0.50 0.12
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.20 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.31 0.01 0.05 0.55 0.28 0.90 0.26
C5' 0.05 0.16 0.13 0.03 0.31 0.02 0.34 0.00 0.28 0.17 0.24 0.09 0.16 0.16 0.33 0.04 0.01 0.16 0.31 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.30 0.02 0.18 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.24 0.03 0.06 0.46 0.24 0.84 0.19
N1 0.01 0.01 0.06 0.23 0.04 0.10 0.01 0.17 0.00 0.00 0.03 0.02 0.13 0.13 0.05 0.01 0.32 0.25 0.80 0.18
N3 0.05 0.01 0.12 0.33 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.03 0.00 0.03 0.22 0.22 0.04 0.04 0.45 0.31 0.92 0.26
O2 0.04 0.01 0.21 0.20 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.30 0.21 0.07 0.09 0.26 0.28 0.81 0.19
O2' 0.04 0.21 0.01 0.03 0.21 0.22 0.21 0.16 0.18 0.13 0.22 0.30 0.00 0.13 0.23 0.16 0.28 0.33 0.66 0.24
O3' 0.18 0.16 0.06 0.01 0.29 0.02 0.31 0.16 0.24 0.13 0.22 0.21 0.13 0.00 0.32 0.11 0.25 0.61 0.50 0.37
O4 0.07 0.05 0.12 0.40 0.01 0.19 0.01 0.33 0.03 0.05 0.04 0.07 0.23 0.32 0.00 0.05 0.57 0.34 0.99 0.32
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.09 0.16 0.11 0.05 0.00 0.11 0.43 0.77 0.39
O5' 0.14 0.34 0.35 0.25 0.54 0.03 0.55 0.01 0.46 0.32 0.45 0.26 0.28 0.25 0.57 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.29 0.28 0.27 0.32 0.32 0.18 0.28 0.16 0.24 0.25 0.31 0.28 0.33 0.61 0.34 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.72 0.84 0.64 0.44 0.95 0.50 0.90 0.31 0.84 0.80 0.92 0.81 0.66 0.50 0.99 0.77 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.20 0.28 0.18 0.29 0.12 0.26 0.03 0.19 0.18 0.26 0.19 0.24 0.37 0.32 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.05 2.67 0.88 0.41 2.08 0.35 2.22 0.29 2.60 1.43 2.80 2.30 2.64 1.82 1.53 0.92 0.66 0.68 0.27 0.39 0.27 0.22
C2 1.15 3.10 0.88 0.37 2.47 0.28 2.85 0.34 3.37 1.81 3.46 2.58 3.55 2.42 1.80 0.94 0.63 0.74 0.31 0.33 0.28 0.18
C2' 0.92 2.61 0.81 0.35 1.96 0.23 2.17 0.25 2.61 1.35 2.81 2.17 2.74 1.79 1.40 0.89 0.58 0.52 0.26 0.48 0.29 0.26
C3' 0.69 2.02 0.64 0.25 1.53 0.20 1.69 0.28 2.03 1.07 2.18 1.69 2.13 1.41 1.09 0.72 0.37 0.38 0.19 0.69 0.42 0.40
C4 0.84 2.34 0.64 0.21 1.99 0.18 2.44 0.43 2.79 1.66 2.70 1.95 3.04 2.27 1.48 0.72 0.54 0.53 0.31 0.31 0.24 0.15
C4' 0.70 1.73 0.66 0.25 1.33 0.22 1.39 0.17 1.62 0.90 1.78 1.51 1.65 1.13 0.98 0.79 0.34 0.44 0.14 0.52 0.31 0.30
C5 0.67 1.88 0.57 0.18 1.64 0.15 1.96 0.42 2.19 1.38 2.13 1.59 2.33 1.82 1.24 0.66 0.55 0.39 0.26 0.43 0.21 0.19
C5' 0.48 0.99 0.46 0.30 0.78 0.28 0.83 0.25 0.97 0.57 1.04 0.87 1.01 0.71 0.59 0.65 0.23 0.35 0.31 0.67 0.42 0.43
C6 0.78 2.02 0.66 0.27 1.73 0.18 1.96 0.34 2.20 1.35 2.22 1.74 2.28 1.73 1.31 0.74 0.64 0.45 0.24 0.43 0.23 0.21
N1 1.02 2.64 0.82 0.36 2.16 0.27 2.40 0.32 2.76 1.57 2.86 2.25 2.85 2.03 1.59 0.88 0.66 0.64 0.27 0.39 0.26 0.20
N3 1.05 2.90 0.78 0.30 2.37 0.24 2.85 0.39 3.35 1.84 3.32 2.39 3.64 2.52 1.74 0.85 0.59 0.68 0.32 0.29 0.27 0.15
O2 1.27 3.49 0.96 0.41 2.66 0.34 3.04 0.32 3.70 1.89 3.90 2.85 3.93 2.53 1.92 1.03 0.64 0.84 0.31 0.32 0.31 0.18
O2' 1.04 2.98 0.86 0.34 2.16 0.25 2.37 0.24 2.89 1.45 3.19 2.45 3.02 1.92 1.53 0.90 0.47 0.64 0.32 0.40 0.28 0.28
O3' 0.72 2.05 0.66 0.31 1.50 0.30 1.65 0.35 2.01 1.03 2.19 1.69 2.12 1.36 1.07 0.73 0.34 0.44 0.23 0.66 0.42 0.41
O4 0.74 2.21 0.56 0.15 1.86 0.21 2.35 0.48 2.72 1.59 2.60 1.80 3.05 2.24 1.37 0.66 0.49 0.49 0.34 0.22 0.23 0.12
O4' 0.91 2.06 0.82 0.43 1.64 0.39 1.67 0.32 1.91 1.11 2.09 1.85 1.90 1.36 1.23 0.89 0.65 0.62 0.26 0.38 0.24 0.23
O5' 0.41 0.97 0.45 0.35 0.81 0.21 0.90 0.31 1.03 0.65 1.05 0.84 1.08 0.80 0.63 0.44 0.02 0.27 0.42 0.83 0.50 0.54
OP1 0.84 0.91 0.81 0.38 0.84 0.49 0.80 0.30 0.83 0.71 0.87 0.92 0.82 0.75 0.78 1.02 0.05 0.72 0.36 0.39 0.46 0.45
OP2 0.18 0.75 0.29 0.26 0.66 0.40 0.88 0.51 0.98 0.73 0.91 0.60 1.11 0.92 0.51 0.51 0.01 0.30 0.78 1.21 0.57 0.89
P 0.19 0.37 0.21 0.03 0.31 0.24 0.44 0.17 0.50 0.35 0.46 0.29 0.58 0.46 0.23 0.38 0.01 0.24 0.34 0.61 0.21 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.12 0.40 0.59 0.27
C2 0.04 0.00 0.19 0.23 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.35 0.08 0.21 0.88 0.61 0.36
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.03 0.08 0.11 0.11 0.10 0.16 0.19 0.10 0.09 0.04 0.00 0.06 0.03 0.26 0.55 0.52 0.38
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.21 0.01 0.27 0.02 0.29 0.26 0.27 0.19 0.32 0.29 0.18 0.03 0.01 0.02 0.13 0.30 0.23 0.15
C4 0.02 0.02 0.10 0.21 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.05 0.19 0.79 0.60 0.32
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.19 0.10 0.05 0.16 0.19 0.10 0.23 0.03 0.00 0.02 0.17 0.37 0.12
C5 0.01 0.02 0.08 0.27 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.22 0.03 0.29 0.97 0.59 0.40
C5' 0.03 0.12 0.11 0.02 0.13 0.01 0.22 0.00 0.23 0.25 0.18 0.08 0.27 0.28 0.13 0.13 0.15 0.02 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.26 0.05 0.32 1.07 0.58 0.44
C8 0.02 0.03 0.10 0.26 0.01 0.19 0.01 0.25 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.21 0.18 0.08 0.26 0.76 0.59 0.32
N1 0.04 0.01 0.16 0.27 0.03 0.10 0.03 0.18 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.29 0.31 0.07 0.28 1.02 0.60 0.42
N3 0.03 0.01 0.19 0.19 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.35 0.08 0.15 0.75 0.61 0.31
N6 0.03 0.01 0.10 0.32 0.01 0.16 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.34 0.27 0.04 0.37 1.17 0.54 0.48
N7 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.19 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.21 0.05 0.33 0.99 0.57 0.41
N9 0.01 0.03 0.04 0.18 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.16 0.15 0.03 0.15 0.63 0.61 0.28
O2' 0.01 0.26 0.00 0.03 0.23 0.23 0.29 0.13 0.31 0.21 0.29 0.22 0.34 0.27 0.16 0.00 0.12 0.16 0.18 0.60 0.47 0.35
O3' 0.23 0.35 0.06 0.01 0.23 0.03 0.22 0.15 0.26 0.18 0.31 0.35 0.27 0.21 0.15 0.12 0.00 0.14 0.28 0.35 0.25 0.28
O4' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.08 0.04 0.05 0.03 0.16 0.14 0.00 0.19 0.30 0.60 0.31
O5' 0.12 0.21 0.26 0.13 0.19 0.02 0.29 0.01 0.32 0.26 0.28 0.15 0.37 0.33 0.15 0.18 0.28 0.19 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.40 0.88 0.55 0.30 0.79 0.17 0.97 0.22 1.07 0.76 1.02 0.75 1.17 0.99 0.63 0.60 0.35 0.30 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.59 0.61 0.52 0.23 0.60 0.37 0.59 0.29 0.58 0.59 0.60 0.61 0.54 0.57 0.61 0.47 0.25 0.60 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.36 0.38 0.15 0.32 0.12 0.40 0.02 0.44 0.32 0.42 0.31 0.48 0.41 0.28 0.35 0.28 0.31 0.00 0.02 0.01 0.00