ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48633

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O4 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.034, 0.062, 0.090, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.062 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.019, 0.051, 0.084, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.051 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.016, 0.049, 0.082, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.038, 0.084, 0.130, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.084 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.039, 0.085, 0.131, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.085 std_dev=0.046
O5' A 0, 0.057, 0.110, 0.163, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.110 std_dev=0.053
C5' A 0, 0.058, 0.116, 0.175, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.116 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.046, 0.130, 0.214, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.130 std_dev=0.084
P A 0, 0.065, 0.160, 0.256, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.160 std_dev=0.095
O3' B 0, 0.067, 0.165, 0.263, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.165 std_dev=0.098
OP1 A 0, 0.092, 0.218, 0.345, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.218 std_dev=0.127
N6 B 0, 0.100, 0.246, 0.392, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.246 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.081, 0.236, 0.391, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.155
C3' B 0, 0.033, 0.190, 0.348, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.190 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.043, 0.205, 0.366, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.205 std_dev=0.162
C2' B 0, 0.023, 0.185, 0.347, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.185 std_dev=0.162
P B 0, 0.082, 0.251, 0.419, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.251 std_dev=0.168
OP2 A 0, 0.049, 0.219, 0.389, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.219 std_dev=0.170
O2' B 0, 0.040, 0.216, 0.392, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.216 std_dev=0.176
N7 B 0, 0.040, 0.218, 0.396, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.218 std_dev=0.178
C4' B 0, 0.051, 0.242, 0.433, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.242 std_dev=0.191
C8 B 0, 0.024, 0.217, 0.409, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.217 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.009, 0.205, 0.401, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.205 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.089, 0.289, 0.488, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.289 std_dev=0.200
N9 B 0, -0.007, 0.194, 0.395, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.194 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.005, 0.228, 0.451, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.228 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.012, 0.254, 0.496, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.254 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.054, 0.297, 0.540, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.297 std_dev=0.243
O4' B 0, 0.027, 0.276, 0.524, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.276 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.048, 0.302, 0.556, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.302 std_dev=0.254
O5' B 0, -0.018, 0.355, 0.728, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.355 std_dev=0.373
OP2 B 0, -0.009, 0.460, 0.928, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.460 std_dev=0.468
OP1 B 0, -0.080, 0.455, 0.989, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.455 std_dev=0.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.10 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.08 0.13 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.13 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.06 0.12 0.07
O2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.09 0.14 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.10 0.05 0.04 0.13 0.02 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.09 0.05 0.05 0.14 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.20 0.02 0.04 0.03 0.04 0.10 0.06 0.05 0.18 0.12 0.14 0.09 0.19 0.08 0.03 0.05 0.04 0.07 0.49 0.21 0.10
C2 0.05 0.23 0.07 0.07 0.08 0.06 0.04 0.06 0.07 0.11 0.18 0.19 0.06 0.14 0.03 0.07 0.06 0.06 0.07 0.51 0.11 0.13
C2' 0.05 0.18 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.05 0.17 0.12 0.13 0.08 0.18 0.08 0.04 0.04 0.03 0.07 0.45 0.26 0.08
C3' 0.05 0.17 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.07 0.04 0.17 0.11 0.13 0.07 0.17 0.08 0.05 0.04 0.02 0.11 0.41 0.30 0.07
C4 0.14 0.24 0.13 0.11 0.17 0.10 0.10 0.08 0.14 0.03 0.21 0.23 0.10 0.04 0.11 0.12 0.08 0.14 0.08 0.44 0.09 0.14
C4' 0.11 0.13 0.09 0.06 0.07 0.06 0.12 0.07 0.07 0.22 0.07 0.09 0.10 0.21 0.13 0.09 0.06 0.08 0.09 0.40 0.33 0.09
C5 0.16 0.26 0.15 0.13 0.18 0.12 0.10 0.09 0.12 0.03 0.20 0.26 0.08 0.07 0.12 0.15 0.08 0.16 0.09 0.44 0.12 0.12
C5' 0.09 0.13 0.09 0.07 0.05 0.06 0.11 0.08 0.06 0.21 0.07 0.10 0.09 0.20 0.12 0.07 0.06 0.07 0.11 0.33 0.39 0.10
C6 0.11 0.26 0.12 0.10 0.14 0.08 0.04 0.06 0.08 0.10 0.18 0.25 0.05 0.12 0.06 0.12 0.07 0.10 0.07 0.46 0.18 0.10
N1 0.04 0.24 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.05 0.05 0.13 0.17 0.21 0.06 0.16 0.02 0.07 0.06 0.04 0.07 0.49 0.16 0.11
N3 0.09 0.23 0.10 0.09 0.13 0.08 0.06 0.07 0.11 0.06 0.20 0.20 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.48 0.09 0.14
O2 0.04 0.20 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.12 0.16 0.15 0.10 0.15 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.52 0.11 0.14
O2' 0.08 0.13 0.04 0.03 0.05 0.03 0.12 0.04 0.08 0.18 0.07 0.08 0.13 0.20 0.10 0.05 0.04 0.05 0.06 0.47 0.25 0.08
O3' 0.07 0.16 0.06 0.04 0.04 0.04 0.08 0.09 0.05 0.17 0.11 0.11 0.06 0.16 0.09 0.09 0.06 0.04 0.14 0.38 0.34 0.07
O4 0.16 0.22 0.14 0.12 0.17 0.12 0.12 0.10 0.15 0.06 0.20 0.22 0.12 0.04 0.13 0.14 0.08 0.16 0.09 0.38 0.11 0.15
O4' 0.09 0.15 0.06 0.06 0.06 0.06 0.13 0.08 0.07 0.22 0.08 0.11 0.10 0.22 0.13 0.04 0.06 0.08 0.09 0.45 0.27 0.10
O5' 0.04 0.19 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.16 0.12 0.18 0.06 0.16 0.05 0.06 0.02 0.04 0.14 0.31 0.39 0.08
OP1 0.02 0.18 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.10 0.04 0.16 0.11 0.16 0.07 0.16 0.05 0.06 0.01 0.03 0.15 0.11 0.56 0.17
OP2 0.03 0.12 0.03 0.03 0.04 0.06 0.11 0.13 0.08 0.21 0.07 0.11 0.12 0.22 0.08 0.06 0.02 0.07 0.18 0.09 0.52 0.18
P 0.01 0.15 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.10 0.05 0.18 0.09 0.14 0.08 0.17 0.06 0.06 0.00 0.04 0.15 0.17 0.48 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.66 0.15 0.25
C2 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.02 0.05 0.72 0.16 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.07 0.10 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.54 0.09 0.15
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.11 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.38 0.18 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.72 0.17 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.34 0.08 0.11
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.14 0.70 0.19 0.25
C5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.03 0.02 0.09 0.12 0.05 0.05 0.06 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.13 0.68 0.19 0.25
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.22 0.71 0.20 0.24
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.08 0.70 0.18 0.27
N3 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.02 0.04 0.72 0.15 0.27
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.16 0.64 0.21 0.24
N7 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04 0.22 0.67 0.21 0.23
N9 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.71 0.17 0.25
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.52 0.09 0.15
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.12 0.09 0.13 0.06 0.11 0.03 0.05 0.00 0.03 0.11 0.25 0.35 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.60 0.22 0.27
O5' 0.04 0.05 0.03 0.07 0.08 0.02 0.14 0.01 0.13 0.22 0.08 0.04 0.16 0.22 0.11 0.06 0.11 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.66 0.72 0.54 0.38 0.72 0.34 0.70 0.08 0.68 0.71 0.70 0.72 0.64 0.67 0.71 0.52 0.25 0.60 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.16 0.09 0.18 0.17 0.08 0.19 0.08 0.19 0.20 0.18 0.15 0.21 0.21 0.17 0.09 0.35 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.28 0.15 0.08 0.26 0.11 0.25 0.01 0.25 0.24 0.27 0.27 0.24 0.23 0.25 0.15 0.04 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00