ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48634

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.023, 0.060, 0.097, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.060 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.077, 0.151, 0.224, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.151 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.031, 0.134, 0.238, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.134 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.076, 0.212, 0.347, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.212 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.061, 0.202, 0.342, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.202 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.076, 0.254, 0.432, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.254 std_dev=0.178
C3' A 0, 0.081, 0.279, 0.478, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.279 std_dev=0.198
P B 0, 0.166, 0.364, 0.563, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.364 std_dev=0.199
C5' A 0, 0.119, 0.416, 0.712, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.416 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.101, 0.401, 0.701, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.401 std_dev=0.300
O5' A 0, 0.193, 0.587, 0.981, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.587 std_dev=0.394
OP1 B 0, 0.197, 0.592, 0.986, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.592 std_dev=0.394
O5' B 0, 0.140, 0.550, 0.961, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.550 std_dev=0.410
OP2 B 0, 0.256, 0.745, 1.234, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.745 std_dev=0.489
C3' B 0, 0.190, 0.691, 1.191, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.691 std_dev=0.500
P A 0, 0.172, 0.707, 1.241, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.707 std_dev=0.534
O3' B 0, 0.230, 0.794, 1.358, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.794 std_dev=0.564
OP2 A 0, 0.240, 0.841, 1.442, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.841 std_dev=0.601
C5' B 0, 0.195, 0.805, 1.415, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.805 std_dev=0.610
OP1 A 0, 0.113, 0.824, 1.535, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.824 std_dev=0.711
C4' B 0, 0.102, 0.922, 1.742, 2.609 max_d=2.609 avg_d=0.922 std_dev=0.820
C2' B 0, 0.038, 0.888, 1.737, 2.666 max_d=2.666 avg_d=0.888 std_dev=0.850
O2' B 0, 0.114, 1.044, 1.974, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.044 std_dev=0.930
O4' B 0, -0.154, 1.107, 2.368, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.107 std_dev=1.261
C1' B 0, -0.314, 1.136, 2.585, 4.542 max_d=4.542 avg_d=1.136 std_dev=1.449
C8 B 0, -0.667, 1.224, 3.115, 5.828 max_d=5.828 avg_d=1.224 std_dev=1.891
N9 B 0, -0.699, 1.234, 3.166, 5.924 max_d=5.924 avg_d=1.234 std_dev=1.933
N7 B 0, -1.028, 1.569, 4.167, 7.904 max_d=7.904 avg_d=1.569 std_dev=2.598
C4 B 0, -1.086, 1.664, 4.413, 8.368 max_d=8.368 avg_d=1.664 std_dev=2.749
C5 B 0, -1.393, 1.747, 4.887, 9.421 max_d=9.421 avg_d=1.747 std_dev=3.140
N3 B 0, -1.059, 2.115, 5.288, 9.836 max_d=9.836 avg_d=2.115 std_dev=3.174
C2 B 0, -1.472, 2.520, 6.513, 12.256 max_d=12.256 avg_d=2.520 std_dev=3.992
C6 B 0, -1.824, 2.202, 6.227, 12.037 max_d=12.037 avg_d=2.202 std_dev=4.026
N1 B 0, -1.886, 2.547, 6.980, 13.370 max_d=13.370 avg_d=2.547 std_dev=4.433
N6 B 0, -2.018, 2.482, 6.983, 13.473 max_d=13.473 avg_d=2.482 std_dev=4.501

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.15 0.11 0.07 0.06
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.22 0.15 0.18 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.14 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.09 0.16 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.06 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.23 0.13
C4 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.26 0.16 0.25 0.16
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03
C5 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.28 0.12 0.27 0.14
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06 0.02 0.10 0.01 0.00 0.11 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.28 0.12 0.21 0.12
N1 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.22 0.12 0.14 0.10
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.24 0.16 0.22 0.15
O2 0.04 0.01 0.14 0.14 0.01 0.08 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.17 0.01 0.03 0.20 0.16 0.19 0.14
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.11 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.12 0.15 0.06
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.09 0.03 0.07 0.17 0.03 0.00 0.06 0.02 0.20 0.10 0.33 0.19
O4 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.26 0.17 0.27 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.17 0.12 0.11 0.09
O5' 0.15 0.22 0.05 0.08 0.26 0.01 0.28 0.00 0.28 0.22 0.24 0.20 0.05 0.20 0.26 0.17 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.15 0.09 0.09 0.16 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.16 0.16 0.12 0.10 0.17 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.18 0.16 0.23 0.25 0.08 0.27 0.03 0.21 0.14 0.22 0.19 0.15 0.33 0.27 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.08 0.13 0.16 0.03 0.14 0.01 0.12 0.10 0.15 0.14 0.06 0.19 0.17 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.90 2.84 0.64 0.31 1.99 0.33 1.98 0.20 2.43 0.96 2.84 2.44 2.36 1.36 1.29 0.38 0.15 0.66 0.35 0.23 0.42 0.16
C2 1.09 3.22 0.70 0.33 2.42 0.37 2.68 0.23 3.26 1.53 3.50 2.68 3.36 2.11 1.68 0.40 0.27 0.81 0.45 0.24 0.40 0.20
C2' 0.67 2.66 0.48 0.21 1.77 0.17 1.83 0.11 2.33 0.84 2.72 2.19 2.34 1.27 1.09 0.22 0.23 0.46 0.34 0.35 0.45 0.24
C3' 0.37 1.99 0.29 0.12 1.28 0.08 1.33 0.12 1.72 0.52 2.03 1.62 1.74 0.88 0.73 0.23 0.25 0.21 0.31 0.44 0.46 0.29
C4 1.00 2.54 0.59 0.28 2.15 0.33 2.56 0.21 2.93 1.73 2.89 2.14 3.15 2.32 1.62 0.31 0.37 0.76 0.47 0.23 0.38 0.22
C4' 0.37 1.77 0.31 0.14 1.10 0.11 1.02 0.05 1.34 0.32 1.69 1.51 1.27 0.56 0.59 0.23 0.11 0.25 0.20 0.28 0.43 0.18
C5 0.88 2.11 0.54 0.28 1.84 0.32 2.11 0.21 2.34 1.47 2.33 1.83 2.44 1.90 1.42 0.28 0.36 0.68 0.45 0.25 0.41 0.21
C5' 0.19 0.98 0.19 0.07 0.52 0.13 0.46 0.07 0.67 0.23 0.92 0.81 0.63 0.20 0.20 0.41 0.07 0.15 0.11 0.28 0.40 0.17
C6 0.88 2.25 0.60 0.31 1.85 0.33 1.98 0.21 2.25 1.23 2.37 1.98 2.25 1.61 1.35 0.32 0.29 0.66 0.41 0.26 0.43 0.19
N1 0.98 2.83 0.67 0.32 2.16 0.35 2.28 0.21 2.70 1.27 2.96 2.43 2.70 1.74 1.48 0.37 0.25 0.72 0.41 0.24 0.42 0.19
N3 1.10 3.05 0.68 0.31 2.41 0.36 2.81 0.22 3.35 1.73 3.42 2.53 3.57 2.37 1.74 0.37 0.33 0.82 0.47 0.23 0.38 0.22
O2 1.13 3.53 0.73 0.34 2.52 0.38 2.76 0.23 3.46 1.50 3.83 2.88 3.59 2.11 1.70 0.43 0.25 0.83 0.45 0.23 0.40 0.20
O2' 0.73 2.86 0.53 0.25 1.82 0.23 1.82 0.14 2.37 0.77 2.88 2.34 2.35 1.19 1.10 0.29 0.14 0.52 0.33 0.31 0.44 0.20
O3' 0.22 1.78 0.19 0.07 1.06 0.14 1.12 0.16 1.52 0.35 1.83 1.40 1.55 0.69 0.53 0.36 0.23 0.11 0.30 0.52 0.48 0.34
O4 0.97 2.40 0.55 0.25 2.07 0.31 2.56 0.20 2.92 1.82 2.80 2.01 3.25 2.43 1.60 0.29 0.39 0.75 0.46 0.21 0.34 0.23
O4' 0.74 2.26 0.58 0.29 1.57 0.32 1.43 0.19 1.77 0.60 2.15 2.02 1.64 0.88 0.99 0.37 0.07 0.55 0.28 0.21 0.42 0.13
O5' 0.12 0.96 0.15 0.18 0.67 0.03 0.73 0.12 0.91 0.32 1.01 0.79 0.93 0.53 0.37 0.38 0.02 0.07 0.41 0.52 0.18 0.31
OP1 0.83 0.46 0.59 0.30 0.53 0.59 0.43 0.31 0.37 0.52 0.38 0.55 0.31 0.42 0.62 0.89 0.04 0.77 0.10 0.36 0.26 0.15
OP2 0.10 0.52 0.10 0.22 0.51 0.10 0.71 0.22 0.79 0.59 0.70 0.40 0.91 0.76 0.40 0.30 0.04 0.09 0.63 0.76 0.25 0.54
P 0.24 0.30 0.16 0.01 0.18 0.21 0.29 0.06 0.38 0.12 0.38 0.19 0.44 0.24 0.06 0.47 0.00 0.23 0.27 0.45 0.15 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.18 0.09
C2 0.03 0.00 0.40 0.27 0.01 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.36 0.39 0.23 0.36 0.62 0.25
C2' 0.00 0.40 0.00 0.01 0.22 0.01 0.11 0.03 0.19 0.19 0.32 0.40 0.13 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.28 0.10
C3' 0.00 0.27 0.01 0.00 0.20 0.01 0.21 0.03 0.25 0.09 0.28 0.24 0.24 0.15 0.11 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.36 0.14
C4 0.02 0.01 0.22 0.20 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.21 0.20 0.15 0.62 0.30
C4' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.06 0.24 0.12 0.20 0.08 0.20 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.21 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.23 0.09 0.31 0.29 0.92 0.51
C5' 0.03 0.31 0.03 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.17 0.43 0.22 0.30 0.22 0.40 0.15 0.04 0.07 0.02 0.01 0.08 0.25 0.03
C6 0.02 0.01 0.19 0.25 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.30 0.17 0.29 0.26 0.99 0.49
C8 0.01 0.01 0.19 0.09 0.00 0.24 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.08 0.22 0.47 0.54 0.81 0.65
N1 0.03 0.00 0.32 0.28 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.36 0.30 0.23 0.27 0.84 0.35
N3 0.03 0.00 0.40 0.24 0.00 0.20 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.31 0.39 0.22 0.32 0.49 0.21
N6 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.29 0.12 0.36 0.37 1.19 0.63
N7 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.20 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.14 0.12 0.48 0.56 1.08 0.73
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.22 0.20 0.49 0.32
O2' 0.01 0.37 0.01 0.02 0.14 0.05 0.06 0.04 0.11 0.25 0.26 0.37 0.08 0.19 0.06 0.00 0.03 0.07 0.05 0.07 0.36 0.09
O3' 0.02 0.36 0.03 0.02 0.23 0.03 0.23 0.07 0.30 0.08 0.36 0.31 0.29 0.14 0.10 0.03 0.00 0.03 0.07 0.16 0.61 0.25
O4' 0.01 0.39 0.01 0.02 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.22 0.30 0.39 0.12 0.12 0.02 0.07 0.03 0.00 0.05 0.18 0.09 0.08
O5' 0.07 0.23 0.07 0.05 0.20 0.01 0.31 0.01 0.29 0.47 0.23 0.22 0.36 0.48 0.22 0.05 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.36 0.06 0.09 0.15 0.08 0.29 0.08 0.26 0.54 0.27 0.32 0.37 0.56 0.20 0.07 0.16 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.62 0.28 0.36 0.62 0.26 0.92 0.25 0.99 0.81 0.84 0.49 1.19 1.08 0.49 0.36 0.61 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.25 0.10 0.14 0.30 0.03 0.51 0.03 0.49 0.65 0.35 0.21 0.63 0.73 0.32 0.09 0.25 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00