ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48637

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.002, 0.007, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.002, 0.015, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.036 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.029
OP2 B 0, 0.167, 0.387, 0.608, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.387 std_dev=0.220
P B 0, 0.204, 0.451, 0.698, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.451 std_dev=0.247
O4' A 0, -0.102, 0.336, 0.775, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.336 std_dev=0.438
C2' A 0, -0.109, 0.360, 0.828, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.360 std_dev=0.469
OP1 B 0, 0.180, 0.689, 1.197, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.689 std_dev=0.509
O3' B 0, 0.169, 0.681, 1.193, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.681 std_dev=0.512
OP2 A 0, 0.100, 0.684, 1.268, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.684 std_dev=0.584
P A 0, 0.119, 0.722, 1.325, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.722 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.058, 0.673, 1.288, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.673 std_dev=0.615
C3' A 0, -0.151, 0.532, 1.215, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.532 std_dev=0.683
C4' A 0, -0.167, 0.524, 1.216, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.524 std_dev=0.692
OP1 A 0, 0.159, 0.861, 1.563, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.861 std_dev=0.702
O2' A 0, -0.224, 0.510, 1.244, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.510 std_dev=0.734
C4' B 0, 0.102, 0.886, 1.670, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.886 std_dev=0.784
O5' A 0, -0.001, 0.790, 1.581, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.790 std_dev=0.791
O5' B 0, 0.060, 0.885, 1.709, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.885 std_dev=0.824
O2' B 0, 0.003, 0.844, 1.685, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.844 std_dev=0.841
C5' B 0, 0.040, 0.897, 1.753, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.897 std_dev=0.857
C5' A 0, -0.135, 0.780, 1.695, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.780 std_dev=0.915
O3' A 0, -0.178, 0.744, 1.666, 2.719 max_d=2.719 avg_d=0.744 std_dev=0.922
C2' B 0, -0.276, 0.864, 2.005, 3.374 max_d=3.374 avg_d=0.864 std_dev=1.140
O4' B 0, -0.198, 1.290, 2.779, 4.361 max_d=4.361 avg_d=1.290 std_dev=1.488
C1' B 0, -0.406, 1.246, 2.899, 4.835 max_d=4.835 avg_d=1.246 std_dev=1.653
C8 B 0, -0.896, 1.454, 3.803, 6.667 max_d=6.667 avg_d=1.454 std_dev=2.349
N9 B 0, -0.878, 1.482, 3.843, 6.707 max_d=6.707 avg_d=1.482 std_dev=2.361
N7 B 0, -1.346, 1.799, 4.943, 8.806 max_d=8.806 avg_d=1.799 std_dev=3.145
C4 B 0, -1.387, 1.843, 5.074, 9.030 max_d=9.030 avg_d=1.843 std_dev=3.230
N3 B 0, -1.532, 2.019, 5.570, 9.923 max_d=9.923 avg_d=2.019 std_dev=3.551
C5 B 0, -1.683, 2.034, 5.751, 10.321 max_d=10.321 avg_d=2.034 std_dev=3.717
C2 B 0, -2.069, 2.375, 6.820, 12.287 max_d=12.287 avg_d=2.375 std_dev=4.445
C6 B 0, -2.206, 2.448, 7.103, 12.836 max_d=12.836 avg_d=2.448 std_dev=4.654
N1 B 0, -2.421, 2.591, 7.603, 13.777 max_d=13.777 avg_d=2.591 std_dev=5.012
N6 B 0, -2.451, 2.746, 7.943, 14.349 max_d=14.349 avg_d=2.746 std_dev=5.197

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.22 0.03 0.01 0.20 0.54 0.24 0.22
C2 0.03 0.00 0.23 0.25 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.14 0.19 0.40 0.24 0.17
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.06 0.01 0.13 0.17 0.18 0.02 0.17 0.39 0.00 0.01 0.07 0.01 0.35 1.01 0.60 0.61
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.30 0.00 0.26 0.01 0.20 0.18 0.30 0.24 0.02 0.01 0.33 0.02 0.04 0.63 0.12 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.25 0.16 0.00 0.01 0.23 0.33 0.36 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.15 0.05 0.03 0.09 0.24 0.01 0.10 0.00 0.01 0.28 0.03 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.26 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.36 0.16 0.00 0.10 0.25 0.33 0.35 0.27
C5' 0.08 0.10 0.17 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.14 0.07 0.10 0.14 0.07 0.17 0.13 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.20 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.34 0.09 0.00 0.15 0.22 0.36 0.27 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.02 0.01 0.19 0.42 0.23 0.17
N3 0.03 0.00 0.17 0.30 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.10 0.20 0.35 0.30 0.20
O2 0.05 0.00 0.39 0.24 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.15 0.01 0.22 0.18 0.43 0.21 0.16
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.25 0.24 0.36 0.07 0.34 0.14 0.12 0.29 0.00 0.02 0.28 0.17 0.24 1.02 0.67 0.57
O3' 0.22 0.07 0.01 0.01 0.16 0.01 0.16 0.17 0.09 0.03 0.10 0.15 0.02 0.00 0.20 0.16 0.22 0.35 0.08 0.04
O4 0.03 0.01 0.07 0.33 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.20 0.00 0.01 0.23 0.33 0.40 0.29
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.10 0.22 0.17 0.16 0.01 0.00 0.06 0.19 0.07 0.07
O5' 0.20 0.19 0.35 0.04 0.23 0.01 0.25 0.01 0.22 0.19 0.20 0.18 0.24 0.22 0.23 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.54 0.40 1.01 0.63 0.33 0.28 0.33 0.03 0.36 0.42 0.35 0.43 1.02 0.35 0.33 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.24 0.60 0.12 0.36 0.03 0.35 0.01 0.27 0.23 0.30 0.21 0.67 0.08 0.40 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.17 0.61 0.23 0.26 0.06 0.27 0.01 0.20 0.17 0.20 0.16 0.57 0.04 0.29 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.45 3.37 1.25 0.64 2.64 0.55 2.75 0.41 3.19 1.80 3.48 2.95 3.20 2.24 1.98 0.98 0.25 1.01 0.39 0.30 0.08 0.18
C2 1.57 3.74 1.19 0.67 2.98 0.61 3.31 0.44 3.90 2.16 4.08 3.17 4.04 2.78 2.24 0.87 0.29 1.20 0.49 0.22 0.13 0.21
C2' 0.85 2.83 0.78 0.17 2.04 0.06 2.22 0.24 2.71 1.27 3.00 2.34 2.81 1.75 1.39 0.61 0.25 0.37 0.50 0.37 0.29 0.36
C3' 0.71 2.24 0.74 0.29 1.67 0.14 1.83 0.30 2.20 1.11 2.39 1.87 2.29 1.49 1.17 0.55 0.09 0.35 0.28 0.38 0.21 0.20
C4 1.43 3.09 1.03 0.66 2.64 0.58 3.03 0.42 3.44 2.13 3.43 2.67 3.67 2.73 2.07 0.74 0.37 1.17 0.49 0.17 0.17 0.22
C4' 0.86 2.12 0.87 0.42 1.61 0.36 1.65 0.34 1.94 1.04 2.16 1.86 1.95 1.32 1.18 0.71 0.19 0.57 0.31 0.52 0.20 0.26
C5 1.35 2.72 1.03 0.68 2.39 0.56 2.66 0.44 2.94 1.94 2.95 2.41 3.05 2.40 1.92 0.76 0.40 1.09 0.42 0.19 0.12 0.19
C5' 0.41 1.23 0.48 0.16 0.88 0.13 0.91 0.19 1.10 0.51 1.25 1.05 1.11 0.69 0.60 0.44 0.07 0.22 0.30 0.61 0.24 0.31
C6 1.39 2.84 1.16 0.72 2.45 0.57 2.63 0.45 2.92 1.86 3.01 2.54 2.97 2.28 1.94 0.86 0.37 1.05 0.39 0.25 0.09 0.18
N1 1.50 3.38 1.23 0.69 2.76 0.58 2.96 0.44 3.39 1.98 3.58 2.95 3.44 2.48 2.10 0.91 0.30 1.11 0.42 0.25 0.10 0.18
N3 1.54 3.55 1.11 0.66 2.91 0.60 3.33 0.43 3.89 2.22 3.96 3.02 4.14 2.89 2.22 0.80 0.32 1.22 0.52 0.19 0.16 0.22
O2 1.61 4.04 1.21 0.65 3.08 0.62 3.41 0.44 4.12 2.18 4.42 3.36 4.30 2.82 2.28 0.88 0.26 1.22 0.50 0.23 0.13 0.21
O2' 1.07 3.26 1.00 0.28 2.30 0.08 2.45 0.19 3.01 1.42 3.40 2.70 3.09 1.91 1.59 0.91 0.17 0.51 0.56 0.52 0.46 0.48
O3' 0.72 2.21 0.77 0.36 1.61 0.23 1.77 0.37 2.15 1.07 2.36 1.82 2.26 1.44 1.13 0.62 0.12 0.38 0.23 0.46 0.26 0.24
O4 1.38 2.96 0.94 0.63 2.53 0.56 2.95 0.41 3.37 2.10 3.33 2.54 3.67 2.72 2.00 0.69 0.39 1.17 0.50 0.16 0.20 0.23
O4' 1.44 2.84 1.32 0.78 2.31 0.73 2.30 0.59 2.59 1.58 2.84 2.59 2.55 1.88 1.80 1.07 0.46 1.10 0.46 0.53 0.21 0.31
O5' 0.28 1.10 0.36 0.07 0.81 0.07 0.88 0.23 1.06 0.50 1.16 0.92 1.10 0.69 0.53 0.30 0.02 0.08 0.35 0.55 0.29 0.33
OP1 0.15 0.39 0.10 0.03 0.23 0.21 0.33 0.29 0.43 0.22 0.44 0.28 0.51 0.32 0.09 0.07 0.02 0.30 0.24 0.82 0.47 0.42
OP2 0.05 0.60 0.07 0.07 0.45 0.38 0.58 0.45 0.70 0.36 0.70 0.47 0.78 0.53 0.26 0.03 0.01 0.27 0.40 0.55 0.47 0.37
P 0.04 0.58 0.14 0.01 0.40 0.20 0.49 0.27 0.60 0.31 0.64 0.45 0.66 0.44 0.23 0.10 0.00 0.17 0.29 0.71 0.41 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.27 0.17 0.67 0.32
C2 0.04 0.00 0.29 0.37 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.34 0.17 0.44 0.14 1.03 0.40
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.15 0.03 0.07 0.11 0.13 0.15 0.22 0.30 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.34 0.33 0.08
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.24 0.01 0.23 0.02 0.28 0.16 0.34 0.33 0.28 0.18 0.12 0.02 0.01 0.02 0.28 0.54 0.28 0.24
C4 0.02 0.01 0.15 0.24 0.00 0.04 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.17 0.09 0.46 0.14 0.95 0.38
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.07 0.09 0.04 0.08 0.03 0.23 0.01 0.00 0.01 0.25 0.34 0.10
C5 0.01 0.02 0.07 0.23 0.01 0.03 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.04 0.56 0.13 1.05 0.41
C5' 0.10 0.22 0.11 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.25 0.31 0.23 0.19 0.26 0.30 0.21 0.12 0.18 0.00 0.01 0.28 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.28 0.00 0.04 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.25 0.08 0.56 0.13 1.12 0.44
C8 0.01 0.01 0.15 0.16 0.01 0.11 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.15 0.09 0.58 0.12 0.88 0.36
N1 0.03 0.00 0.22 0.34 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.32 0.14 0.51 0.13 1.11 0.43
N3 0.04 0.00 0.30 0.33 0.01 0.09 0.02 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.29 0.16 0.39 0.14 0.94 0.37
N6 0.01 0.00 0.09 0.28 0.01 0.04 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.12 0.27 0.06 0.60 0.15 1.18 0.46
N7 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.08 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.18 0.17 0.04 0.62 0.12 1.01 0.40
N9 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.03 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.01 0.44 0.14 0.84 0.35
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.23 0.11 0.12 0.10 0.18 0.07 0.10 0.12 0.18 0.10 0.00 0.03 0.11 0.18 0.44 0.33 0.17
O3' 0.13 0.34 0.01 0.01 0.17 0.01 0.18 0.18 0.25 0.15 0.32 0.29 0.27 0.17 0.03 0.03 0.00 0.15 0.26 0.81 0.38 0.41
O4' 0.00 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.09 0.14 0.16 0.06 0.04 0.01 0.11 0.15 0.00 0.32 0.21 0.76 0.46
O5' 0.27 0.44 0.21 0.28 0.46 0.01 0.56 0.01 0.56 0.58 0.51 0.39 0.60 0.62 0.44 0.18 0.26 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.14 0.34 0.54 0.14 0.25 0.13 0.28 0.13 0.12 0.13 0.14 0.15 0.12 0.14 0.44 0.81 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.67 1.03 0.33 0.28 0.95 0.34 1.05 0.31 1.12 0.88 1.11 0.94 1.18 1.01 0.84 0.33 0.38 0.76 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.32 0.40 0.08 0.24 0.38 0.10 0.41 0.02 0.44 0.36 0.43 0.37 0.46 0.40 0.35 0.17 0.41 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00