ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48638

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C2' A 0, -0.007, 0.150, 0.307, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.150 std_dev=0.157
O4' A 0, -0.017, 0.145, 0.308, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.145 std_dev=0.162
C4' A 0, -0.005, 0.259, 0.523, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.259 std_dev=0.264
C3' A 0, -0.001, 0.271, 0.542, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.271 std_dev=0.272
P B 0, 0.033, 0.356, 0.680, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.356 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.006, 0.376, 0.745, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.376 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.125, 0.570, 1.016, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.570 std_dev=0.445
C5' A 0, -0.020, 0.431, 0.881, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.431 std_dev=0.450
O5' A 0, 0.047, 0.611, 1.176, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.611 std_dev=0.565
O5' B 0, 0.150, 0.751, 1.352, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.751 std_dev=0.601
OP2 B 0, 0.014, 0.656, 1.299, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.656 std_dev=0.642
C3' B 0, -0.025, 0.911, 1.847, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.911 std_dev=0.936
P A 0, -0.036, 0.976, 1.988, 2.899 max_d=2.899 avg_d=0.976 std_dev=1.012
O2' B 0, -0.019, 1.051, 2.121, 3.013 max_d=3.013 avg_d=1.051 std_dev=1.070
C2' B 0, -0.096, 0.986, 2.068, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.986 std_dev=1.082
C5' B 0, 0.046, 1.139, 2.232, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.139 std_dev=1.093
O3' B 0, -0.056, 1.067, 2.191, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.067 std_dev=1.124
OP2 A 0, -0.009, 1.154, 2.318, 3.246 max_d=3.246 avg_d=1.154 std_dev=1.163
OP1 A 0, -0.112, 1.181, 2.474, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.181 std_dev=1.293
C4' B 0, -0.089, 1.230, 2.548, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.230 std_dev=1.318
O4' B 0, -0.203, 1.458, 3.120, 4.803 max_d=4.803 avg_d=1.458 std_dev=1.661
C1' B 0, -0.321, 1.346, 3.014, 4.832 max_d=4.832 avg_d=1.346 std_dev=1.668
N9 B 0, -0.402, 1.651, 3.704, 5.921 max_d=5.921 avg_d=1.651 std_dev=2.053
C8 B 0, -0.396, 1.877, 4.151, 6.520 max_d=6.520 avg_d=1.877 std_dev=2.274
C4 B 0, -0.493, 1.973, 4.439, 7.094 max_d=7.094 avg_d=1.973 std_dev=2.466
N3 B 0, -0.505, 2.082, 4.669, 7.444 max_d=7.444 avg_d=2.082 std_dev=2.587
N7 B 0, -0.471, 2.313, 5.098, 7.943 max_d=7.943 avg_d=2.313 std_dev=2.784
C5 B 0, -0.525, 2.328, 5.181, 8.166 max_d=8.166 avg_d=2.328 std_dev=2.853
C2 B 0, -0.578, 2.454, 5.487, 8.697 max_d=8.697 avg_d=2.454 std_dev=3.033
C6 B 0, -0.599, 2.728, 6.056, 9.496 max_d=9.496 avg_d=2.728 std_dev=3.328
N1 B 0, -0.625, 2.741, 6.108, 9.624 max_d=9.624 avg_d=2.741 std_dev=3.367
N6 B 0, -0.639, 3.172, 6.982, 10.818 max_d=10.818 avg_d=3.172 std_dev=3.810

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.17 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.03 0.07 0.03 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.03 0.02 0.16 0.19 0.33 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.15 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.11 0.21 0.14
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.06 0.06 0.13 0.18 0.01 0.01 0.12 0.00 0.11 0.16 0.21 0.14
C4 0.03 0.03 0.04 0.11 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.03 0.19 0.32 0.43 0.33
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.03 0.02 0.10 0.00 0.01 0.08 0.07 0.06
C5 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.01 0.05 0.18 0.33 0.41 0.34
C5' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.15 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.13 0.11 0.04 0.02 0.17 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.15 0.26 0.32 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.12 0.17 0.27 0.22
N3 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.02 0.02 0.17 0.25 0.38 0.27
O2 0.04 0.01 0.15 0.18 0.03 0.08 0.03 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.21 0.03 0.01 0.16 0.15 0.30 0.20
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.10 0.18 0.12
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.12 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.15 0.21 0.03 0.00 0.14 0.02 0.17 0.25 0.23 0.15
O4 0.03 0.03 0.05 0.12 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.00 0.04 0.21 0.36 0.46 0.35
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.10 0.10 0.10 0.14
O5' 0.06 0.16 0.06 0.11 0.19 0.01 0.18 0.00 0.15 0.12 0.17 0.16 0.07 0.17 0.21 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.19 0.11 0.16 0.32 0.08 0.33 0.09 0.26 0.17 0.25 0.15 0.10 0.25 0.36 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.33 0.21 0.21 0.43 0.07 0.41 0.01 0.32 0.27 0.38 0.30 0.18 0.23 0.46 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.23 0.14 0.14 0.33 0.06 0.34 0.02 0.29 0.22 0.27 0.20 0.12 0.15 0.35 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.57 0.32 0.51 0.27 0.57 0.27 0.75 0.22 0.64 0.97 0.43 0.35 0.75 0.99 0.69 0.61 0.48 0.43 0.47 0.42 0.63 0.29
C2 0.73 0.71 0.65 0.34 0.93 0.28 1.20 0.24 1.15 1.35 0.91 0.67 1.32 1.47 0.98 0.84 0.52 0.54 0.46 0.45 0.58 0.27
C2' 0.46 0.19 0.43 0.21 0.46 0.19 0.67 0.17 0.57 0.91 0.32 0.22 0.71 0.94 0.59 0.52 0.41 0.34 0.46 0.48 0.57 0.27
C3' 0.26 0.16 0.31 0.12 0.20 0.12 0.38 0.11 0.27 0.66 0.02 0.14 0.39 0.66 0.36 0.38 0.32 0.19 0.41 0.45 0.51 0.23
C4 0.54 0.54 0.57 0.36 0.71 0.19 0.95 0.19 0.91 1.09 0.71 0.50 1.08 1.20 0.75 0.80 0.51 0.35 0.39 0.47 0.46 0.25
C4' 0.24 0.24 0.33 0.14 0.11 0.13 0.26 0.13 0.13 0.54 0.10 0.18 0.23 0.51 0.29 0.43 0.29 0.20 0.42 0.36 0.55 0.24
C5 0.37 0.26 0.41 0.34 0.39 0.18 0.56 0.17 0.50 0.74 0.33 0.27 0.62 0.78 0.46 0.64 0.52 0.21 0.40 0.46 0.51 0.25
C5' 0.04 0.52 0.27 0.11 0.21 0.07 0.13 0.07 0.24 0.25 0.41 0.45 0.20 0.21 0.08 0.43 0.15 0.09 0.36 0.29 0.51 0.19
C6 0.36 0.20 0.34 0.26 0.34 0.15 0.50 0.15 0.41 0.72 0.24 0.23 0.52 0.74 0.44 0.53 0.53 0.23 0.44 0.43 0.57 0.27
N1 0.57 0.40 0.52 0.29 0.63 0.23 0.83 0.20 0.75 1.05 0.53 0.41 0.87 1.09 0.73 0.68 0.52 0.41 0.46 0.44 0.60 0.28
N3 0.71 0.76 0.66 0.37 0.95 0.26 1.24 0.23 1.21 1.37 0.97 0.70 1.40 1.51 0.98 0.88 0.51 0.51 0.44 0.47 0.50 0.26
O2 0.84 0.89 0.70 0.36 1.11 0.34 1.41 0.29 1.38 1.51 1.12 0.83 1.58 1.67 1.13 0.87 0.51 0.63 0.48 0.45 0.59 0.28
O2' 0.49 0.21 0.45 0.22 0.50 0.22 0.71 0.18 0.61 0.94 0.35 0.25 0.75 0.98 0.63 0.52 0.40 0.38 0.45 0.46 0.61 0.27
O3' 0.18 0.27 0.27 0.07 0.10 0.10 0.31 0.09 0.20 0.59 0.12 0.21 0.33 0.60 0.28 0.36 0.25 0.13 0.39 0.46 0.49 0.20
O4 0.53 0.60 0.58 0.37 0.74 0.18 0.99 0.19 0.99 1.08 0.79 0.54 1.17 1.23 0.75 0.82 0.48 0.32 0.34 0.45 0.35 0.23
O4' 0.46 0.16 0.45 0.26 0.35 0.27 0.47 0.22 0.34 0.73 0.17 0.20 0.42 0.70 0.50 0.53 0.45 0.37 0.47 0.38 0.60 0.30
O5' 0.19 0.46 0.39 0.25 0.28 0.11 0.28 0.19 0.31 0.37 0.39 0.41 0.31 0.35 0.25 0.47 0.01 0.12 0.50 0.26 0.51 0.29
OP1 0.25 0.56 0.04 0.12 0.36 0.41 0.29 0.42 0.38 0.16 0.50 0.52 0.34 0.18 0.24 0.27 0.00 0.41 0.19 0.62 0.22 0.33
OP2 0.08 0.26 0.06 0.06 0.11 0.10 0.05 0.12 0.08 0.16 0.18 0.24 0.04 0.14 0.06 0.07 0.01 0.10 0.23 0.57 0.09 0.31
P 0.10 0.39 0.09 0.02 0.20 0.14 0.11 0.12 0.19 0.09 0.32 0.36 0.15 0.06 0.08 0.20 0.01 0.14 0.16 0.47 0.16 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.10 0.27 0.18 0.14
C2 0.04 0.00 0.20 0.14 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.41 0.30 0.17 0.12 0.19 0.06 0.08
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.08 0.15 0.16 0.20 0.05 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.40 0.40 0.22
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.11 0.14 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.42 0.21 0.13
C4 0.02 0.02 0.09 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.17 0.08 0.11 0.17 0.12 0.09
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.34 0.07 0.06
C5 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.12 0.04 0.13 0.19 0.18 0.07
C5' 0.02 0.14 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.07 0.14 0.12 0.12 0.08 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.36 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.06 0.13 0.20 0.17 0.06
C8 0.01 0.02 0.15 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.06 0.11 0.12 0.20 0.27 0.09
N1 0.04 0.00 0.16 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.33 0.25 0.12 0.12 0.17 0.11 0.06
N3 0.04 0.00 0.20 0.14 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.39 0.28 0.16 0.11 0.21 0.06 0.09
N6 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.15 0.03 0.14 0.26 0.22 0.07
N7 0.02 0.02 0.11 0.09 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.15 0.06 0.05 0.14 0.26 0.27 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.11 0.18 0.17 0.11
O2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.19 0.01 0.10 0.05 0.19 0.20 0.33 0.39 0.14 0.15 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.49 0.57 0.27
O3' 0.09 0.30 0.01 0.00 0.17 0.02 0.12 0.02 0.18 0.06 0.25 0.28 0.15 0.06 0.09 0.02 0.00 0.06 0.11 0.43 0.18 0.11
O4' 0.00 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.06 0.11 0.12 0.16 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.26 0.10 0.09
O5' 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.02 0.13 0.01 0.13 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.11 0.11 0.11 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.19 0.40 0.42 0.17 0.34 0.19 0.36 0.20 0.20 0.17 0.21 0.26 0.26 0.18 0.49 0.43 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.06 0.40 0.21 0.12 0.07 0.18 0.23 0.17 0.27 0.11 0.06 0.22 0.27 0.17 0.57 0.18 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.08 0.22 0.13 0.09 0.06 0.07 0.02 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.11 0.27 0.11 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00