ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48639

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.017, 0.051, 0.085, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.051 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.008, 0.049, 0.091, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.049 std_dev=0.041
OP2 B 0, 0.099, 0.583, 1.068, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.583 std_dev=0.484
P B 0, 0.074, 0.667, 1.261, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.667 std_dev=0.594
O4' A 0, -0.018, 0.579, 1.176, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.579 std_dev=0.597
OP1 B 0, 0.027, 0.687, 1.347, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.687 std_dev=0.660
C2' A 0, -0.029, 0.649, 1.327, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.649 std_dev=0.678
P A 0, 0.144, 0.830, 1.516, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.830 std_dev=0.686
O3' A 0, 0.081, 0.797, 1.514, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.797 std_dev=0.717
C3' A 0, 0.024, 0.759, 1.494, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.759 std_dev=0.735
C4' A 0, 0.018, 0.790, 1.563, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.790 std_dev=0.772
O5' A 0, 0.121, 1.007, 1.893, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.007 std_dev=0.886
OP2 A 0, 0.206, 1.299, 2.391, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.299 std_dev=1.093
O2' A 0, -0.073, 1.055, 2.182, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.055 std_dev=1.128
C5' A 0, -0.037, 1.134, 2.306, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.134 std_dev=1.172
OP1 A 0, 0.170, 1.500, 2.830, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.500 std_dev=1.330
O5' B 0, -0.067, 1.912, 3.890, 4.641 max_d=4.641 avg_d=1.912 std_dev=1.979
N6 B 0, 0.174, 2.544, 4.913, 5.656 max_d=5.656 avg_d=2.544 std_dev=2.370
C6 B 0, -0.284, 2.591, 5.467, 6.341 max_d=6.341 avg_d=2.591 std_dev=2.875
N1 B 0, 0.090, 2.971, 5.852, 6.445 max_d=6.445 avg_d=2.971 std_dev=2.881
C5' B 0, -0.262, 2.720, 5.701, 6.684 max_d=6.684 avg_d=2.720 std_dev=2.981
C5 B 0, -0.015, 3.114, 6.243, 7.162 max_d=7.162 avg_d=3.114 std_dev=3.129
N7 B 0, 0.540, 3.682, 6.824, 7.440 max_d=7.440 avg_d=3.682 std_dev=3.142
C2 B 0, 0.356, 3.630, 6.903, 7.368 max_d=7.368 avg_d=3.630 std_dev=3.273
C8 B 0, 0.502, 4.053, 7.604, 8.401 max_d=8.401 avg_d=4.053 std_dev=3.551
N3 B 0, 0.109, 3.776, 7.443, 8.151 max_d=8.151 avg_d=3.776 std_dev=3.667
C4 B 0, -0.510, 3.235, 6.979, 8.015 max_d=8.015 avg_d=3.235 std_dev=3.745
N9 B 0, -0.131, 3.790, 7.710, 8.834 max_d=8.834 avg_d=3.790 std_dev=3.921
C4' B 0, -0.397, 3.671, 7.738, 8.916 max_d=8.916 avg_d=3.671 std_dev=4.067
O4' B 0, -0.380, 3.736, 7.851, 8.803 max_d=8.803 avg_d=3.736 std_dev=4.116
C1' B 0, -0.366, 4.205, 8.776, 10.065 max_d=10.065 avg_d=4.205 std_dev=4.571
C3' B 0, -0.500, 4.148, 8.796, 10.143 max_d=10.143 avg_d=4.148 std_dev=4.648
C2' B 0, -0.517, 4.498, 9.513, 11.022 max_d=11.022 avg_d=4.498 std_dev=5.015
O3' B 0, -0.635, 4.764, 10.163, 11.846 max_d=11.846 avg_d=4.764 std_dev=5.399
O2' B 0, -0.744, 5.235, 11.215, 13.111 max_d=13.111 avg_d=5.235 std_dev=5.980

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.09 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.21 0.02 0.01 0.28 0.72 0.49 0.24
C2 0.02 0.00 0.21 0.19 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.02 0.10 0.45 0.94 0.67 0.29
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.03 0.02 0.19 0.22 0.24 0.03 0.14 0.40 0.00 0.05 0.02 0.02 0.56 0.59 1.15 0.68
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.16 0.01 0.10 0.07 0.08 0.09 0.20 0.24 0.02 0.01 0.17 0.01 0.28 0.47 0.76 0.42
C4 0.02 0.01 0.03 0.16 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.10 0.00 0.05 0.57 1.16 0.84 0.35
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.08 0.19 0.02 0.05 0.01 0.01 0.30 0.18 0.08
C5 0.03 0.01 0.19 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.12 0.01 0.13 0.58 1.17 0.88 0.36
C5' 0.09 0.14 0.22 0.07 0.11 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.13 0.16 0.06 0.13 0.11 0.03 0.01 0.14 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.15 0.01 0.16 0.54 1.07 0.82 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.03 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.13 0.01 0.01 0.45 0.92 0.67 0.29
N3 0.02 0.01 0.14 0.20 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.10 0.02 0.06 0.52 1.06 0.76 0.32
O2 0.05 0.01 0.40 0.24 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00 0.39 0.15 0.02 0.20 0.39 0.83 0.60 0.26
O2' 0.03 0.16 0.00 0.02 0.25 0.19 0.38 0.06 0.37 0.15 0.15 0.39 0.00 0.06 0.27 0.09 0.41 0.68 1.11 0.66
O3' 0.21 0.11 0.05 0.01 0.10 0.02 0.12 0.13 0.15 0.13 0.10 0.15 0.06 0.00 0.10 0.15 0.10 0.38 0.54 0.27
O4 0.02 0.02 0.02 0.17 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.10 0.00 0.05 0.58 1.20 0.86 0.36
O4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.13 0.03 0.16 0.01 0.06 0.20 0.09 0.15 0.05 0.00 0.08 0.84 0.02 0.28
O5' 0.28 0.45 0.56 0.28 0.57 0.01 0.58 0.01 0.54 0.45 0.52 0.39 0.41 0.10 0.58 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.72 0.94 0.59 0.47 1.16 0.30 1.17 0.14 1.07 0.92 1.06 0.83 0.68 0.38 1.20 0.84 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.67 1.15 0.76 0.84 0.18 0.88 0.34 0.82 0.67 0.76 0.60 1.11 0.54 0.86 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.29 0.68 0.42 0.35 0.08 0.36 0.02 0.34 0.29 0.32 0.26 0.66 0.27 0.36 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 0.89 1.71 1.65 0.42 0.68 0.54 0.61 0.33 1.01 0.53 0.80 0.73 1.13 0.60 2.03 2.16 0.33 0.81 0.43 0.36 0.28
C2 0.39 0.47 0.96 0.86 0.31 0.18 0.53 0.21 0.45 0.70 0.39 0.36 0.70 0.82 0.43 1.24 1.21 0.48 0.63 0.44 0.29 0.24
C2' 0.38 0.97 1.38 1.59 0.31 0.68 0.88 0.74 0.84 1.30 0.87 0.61 1.28 1.55 0.56 1.61 2.22 0.32 1.01 0.33 0.19 0.65
C3' 0.28 1.17 1.37 1.56 0.32 0.52 0.82 0.52 0.77 1.36 0.91 0.86 1.16 1.56 0.53 1.67 2.28 0.37 0.66 0.48 0.26 0.25
C4 0.30 0.30 0.49 0.38 0.22 0.19 0.24 0.09 0.08 0.42 0.20 0.27 0.15 0.43 0.31 0.67 0.59 0.62 0.46 0.45 0.22 0.17
C4' 0.88 1.20 2.14 2.15 0.49 1.01 0.41 0.83 0.10 1.07 0.70 1.12 0.59 1.15 0.63 2.54 2.82 0.34 0.79 0.45 0.55 0.23
C5 0.35 0.21 0.94 0.83 0.19 0.20 0.28 0.21 0.13 0.54 0.18 0.08 0.15 0.50 0.38 1.02 1.06 0.43 0.63 0.43 0.25 0.23
C5' 1.06 1.32 2.41 2.47 0.70 1.26 0.42 1.05 0.22 1.02 0.83 1.29 0.37 1.00 0.76 2.71 3.18 0.49 0.88 0.28 0.59 0.34
C6 0.57 0.48 1.42 1.32 0.35 0.49 0.39 0.47 0.14 0.75 0.29 0.42 0.27 0.72 0.55 1.54 1.65 0.33 0.78 0.42 0.31 0.28
N1 0.54 0.63 1.38 1.27 0.34 0.45 0.48 0.42 0.29 0.82 0.39 0.54 0.57 0.91 0.52 1.62 1.67 0.37 0.74 0.43 0.32 0.27
N3 0.34 0.19 0.58 0.46 0.33 0.11 0.45 0.01 0.38 0.53 0.25 0.17 0.43 0.57 0.40 0.83 0.73 0.60 0.51 0.45 0.25 0.19
O2 0.40 0.59 0.94 0.86 0.37 0.18 0.63 0.21 0.61 0.78 0.52 0.46 0.97 0.95 0.46 1.28 1.24 0.48 0.64 0.44 0.30 0.24
O2' 0.45 0.84 1.39 1.62 0.35 0.75 0.90 0.87 0.86 1.29 0.77 0.53 1.37 1.55 0.61 1.62 2.25 0.30 1.19 0.46 0.46 0.90
O3' 0.32 1.22 1.32 1.52 0.31 0.48 0.81 0.49 0.71 1.42 0.89 0.91 1.15 1.62 0.55 1.64 2.23 0.38 0.62 0.47 0.28 0.25
O4 0.42 0.66 0.23 0.30 0.33 0.46 0.28 0.34 0.13 0.55 0.38 0.62 0.44 0.64 0.38 0.39 0.31 0.75 0.28 0.44 0.18 0.10
O4' 1.05 1.24 2.18 2.01 0.76 0.94 0.54 0.74 0.28 1.03 0.75 1.23 0.43 1.04 0.84 2.58 2.52 0.47 0.75 0.59 0.73 0.25
O5' 1.87 1.67 3.21 3.33 1.43 2.06 1.03 1.74 0.85 1.36 1.21 1.81 0.61 1.17 1.51 3.49 4.03 1.29 1.46 0.31 0.23 0.69
OP1 0.54 0.81 1.79 2.09 0.29 0.96 0.53 0.58 0.68 0.63 0.74 0.67 0.94 0.81 0.20 2.20 3.17 0.09 0.32 1.26 1.15 0.72
OP2 2.06 1.51 3.25 3.60 1.58 2.47 1.34 2.29 1.11 1.69 1.23 1.69 0.92 1.46 1.78 3.31 4.29 1.60 2.04 0.79 0.71 1.29
P 1.64 1.23 2.90 3.24 1.10 2.03 0.79 1.69 0.60 1.18 0.86 1.36 0.47 0.98 1.27 3.11 4.16 1.16 1.32 0.23 0.26 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.09 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.35 0.25 0.26 0.22
C2 0.07 0.00 0.49 0.56 0.02 0.27 0.03 0.32 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.61 0.63 0.33 0.23 0.69 0.48 0.18
C2' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.25 0.03 0.10 0.15 0.20 0.27 0.36 0.50 0.12 0.16 0.01 0.01 0.04 0.02 0.61 0.15 0.60 0.50
C3' 0.01 0.56 0.01 0.00 0.30 0.00 0.27 0.03 0.32 0.43 0.45 0.54 0.30 0.37 0.17 0.04 0.01 0.02 0.49 0.16 0.62 0.37
C4 0.04 0.02 0.25 0.30 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.31 0.17 0.45 0.28 0.13 0.16
C4' 0.03 0.27 0.03 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.17 0.29 0.21 0.26 0.19 0.27 0.12 0.15 0.08 0.01 0.01 0.27 0.15 0.08
C5 0.01 0.03 0.10 0.27 0.00 0.17 0.00 0.34 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.27 0.25 0.08 0.67 0.26 0.14 0.45
C5' 0.09 0.32 0.15 0.03 0.17 0.01 0.34 0.00 0.29 0.62 0.24 0.31 0.37 0.60 0.27 0.03 0.09 0.02 0.01 0.11 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.32 0.01 0.17 0.02 0.29 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.36 0.34 0.16 0.61 0.32 0.11 0.38
C8 0.03 0.03 0.27 0.43 0.01 0.29 0.02 0.62 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.23 0.39 0.20 0.88 0.55 0.50 0.73
N1 0.06 0.00 0.36 0.45 0.01 0.21 0.02 0.24 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.51 0.51 0.26 0.42 0.49 0.31 0.18
N3 0.07 0.01 0.50 0.54 0.01 0.26 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.58 0.58 0.32 0.18 0.66 0.44 0.17
N6 0.03 0.01 0.12 0.30 0.02 0.19 0.03 0.37 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.33 0.31 0.12 0.72 0.41 0.19 0.55
N7 0.01 0.03 0.16 0.37 0.00 0.27 0.01 0.60 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.21 0.34 0.11 0.90 0.61 0.47 0.77
N9 0.01 0.02 0.01 0.17 0.01 0.12 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.13 0.14 0.02 0.56 0.04 0.19 0.33
O2' 0.02 0.61 0.01 0.04 0.33 0.15 0.27 0.03 0.36 0.23 0.51 0.58 0.33 0.21 0.13 0.00 0.04 0.13 0.39 0.10 0.44 0.35
O3' 0.03 0.63 0.04 0.01 0.31 0.08 0.25 0.09 0.34 0.39 0.51 0.58 0.31 0.34 0.14 0.04 0.00 0.05 0.46 0.23 0.78 0.43
O4' 0.01 0.33 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.16 0.20 0.26 0.32 0.12 0.11 0.02 0.13 0.05 0.00 0.25 0.53 0.38 0.38
O5' 0.35 0.23 0.61 0.49 0.45 0.01 0.67 0.01 0.61 0.88 0.42 0.18 0.72 0.90 0.56 0.39 0.46 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.69 0.15 0.16 0.28 0.27 0.26 0.11 0.32 0.55 0.49 0.66 0.41 0.61 0.04 0.10 0.23 0.53 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.48 0.60 0.62 0.13 0.15 0.14 0.35 0.11 0.50 0.31 0.44 0.19 0.47 0.19 0.44 0.78 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.18 0.50 0.37 0.16 0.08 0.45 0.02 0.38 0.73 0.18 0.17 0.55 0.77 0.33 0.35 0.43 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00