ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48640

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.028, 0.060, 0.092, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.060 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.016, 0.050, 0.085, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.050 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.080, 0.432, 0.945, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.432 std_dev=0.513
P B 0, 0.485, 1.001, 1.516, 1.400 max_d=1.400 avg_d=1.001 std_dev=0.515
C4 B 0, 0.518, 1.043, 1.567, 1.368 max_d=1.368 avg_d=1.043 std_dev=0.524
OP1 B 0, 0.441, 0.977, 1.512, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.977 std_dev=0.535
OP2 B 0, 0.349, 0.891, 1.433, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.891 std_dev=0.542
OP2 A 0, 0.338, 0.892, 1.447, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.892 std_dev=0.555
C2' A 0, -0.072, 0.502, 1.076, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.502 std_dev=0.574
C5 B 0, 0.527, 1.160, 1.793, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.160 std_dev=0.633
O3' A 0, 0.253, 0.892, 1.530, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.892 std_dev=0.639
C3' A 0, 0.031, 0.679, 1.326, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.679 std_dev=0.647
C3' B 0, 0.379, 1.031, 1.682, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.031 std_dev=0.652
O5' A 0, 0.516, 1.187, 1.859, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.187 std_dev=0.671
P A 0, 0.279, 0.965, 1.650, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.965 std_dev=0.685
C1' B 0, 0.372, 1.070, 1.767, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.070 std_dev=0.698
C2' B 0, 0.283, 0.990, 1.698, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.990 std_dev=0.707
O3' B 0, 0.356, 1.067, 1.779, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.067 std_dev=0.711
C6 B 0, 0.449, 1.172, 1.895, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.172 std_dev=0.723
C4' B 0, 0.569, 1.301, 2.033, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.301 std_dev=0.732
O4' B 0, 0.520, 1.267, 2.014, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.267 std_dev=0.747
O2' B 0, 0.383, 1.156, 1.930, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.156 std_dev=0.774
C5' B 0, 0.722, 1.502, 2.283, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.502 std_dev=0.781
C4' A 0, -0.124, 0.670, 1.464, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.670 std_dev=0.794
N9 B 0, 0.217, 1.022, 1.827, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.022 std_dev=0.805
O5' B 0, 0.697, 1.506, 2.315, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.506 std_dev=0.809
N6 B 0, 0.564, 1.378, 2.191, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.378 std_dev=0.814
O2' A 0, -0.178, 0.836, 1.850, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.836 std_dev=1.014
N3 B 0, 0.501, 1.571, 2.642, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.571 std_dev=1.070
OP1 A 0, 0.143, 1.215, 2.286, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.215 std_dev=1.072
N1 B 0, 0.508, 1.653, 2.798, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.653 std_dev=1.145
C5' A 0, -0.014, 1.181, 2.377, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.181 std_dev=1.195
C2 B 0, 0.447, 1.897, 3.347, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.897 std_dev=1.450
N7 B 0, 0.140, 1.597, 3.054, 4.333 max_d=4.333 avg_d=1.597 std_dev=1.457
C8 B 0, 0.109, 1.572, 3.034, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.572 std_dev=1.462

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.26 0.04 0.01 0.12 0.13 0.10 0.05
C2 0.03 0.00 0.19 0.25 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.02 0.10 0.17 0.12 0.23 0.14
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.05 0.01 0.18 0.16 0.22 0.02 0.12 0.35 0.00 0.02 0.05 0.01 0.41 0.51 0.49 0.45
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.32 0.01 0.30 0.00 0.24 0.21 0.30 0.22 0.03 0.01 0.34 0.02 0.23 0.29 0.10 0.19
C4 0.04 0.02 0.05 0.32 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.41 0.16 0.01 0.05 0.26 0.30 0.41 0.30
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.10 0.08 0.27 0.01 0.17 0.01 0.02 0.10 0.15 0.04
C5 0.04 0.02 0.18 0.30 0.00 0.23 0.00 0.32 0.01 0.03 0.01 0.03 0.50 0.20 0.02 0.14 0.29 0.33 0.40 0.34
C5' 0.04 0.10 0.16 0.00 0.26 0.01 0.32 0.00 0.28 0.13 0.17 0.08 0.09 0.17 0.28 0.01 0.01 0.10 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.24 0.01 0.22 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.15 0.02 0.17 0.24 0.22 0.27 0.24
N1 0.02 0.01 0.02 0.21 0.03 0.10 0.03 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.08 0.03 0.03 0.16 0.10 0.17 0.13
N3 0.04 0.01 0.12 0.30 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.02 0.24 0.09 0.01 0.07 0.21 0.20 0.33 0.22
O2 0.04 0.01 0.35 0.22 0.03 0.08 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.22 0.03 0.19 0.16 0.11 0.17 0.09
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.41 0.27 0.50 0.09 0.44 0.20 0.24 0.20 0.00 0.05 0.43 0.20 0.25 0.41 0.55 0.35
O3' 0.26 0.10 0.02 0.01 0.16 0.01 0.20 0.17 0.15 0.08 0.09 0.22 0.05 0.00 0.19 0.16 0.24 0.17 0.13 0.17
O4 0.04 0.02 0.05 0.34 0.01 0.17 0.02 0.28 0.02 0.03 0.01 0.03 0.43 0.19 0.00 0.05 0.27 0.35 0.47 0.34
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.17 0.03 0.07 0.19 0.20 0.16 0.05 0.00 0.13 0.11 0.20 0.14
O5' 0.12 0.17 0.41 0.23 0.26 0.02 0.29 0.01 0.24 0.16 0.21 0.16 0.25 0.24 0.27 0.13 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.13 0.12 0.51 0.29 0.30 0.10 0.33 0.10 0.22 0.10 0.20 0.11 0.41 0.17 0.35 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.23 0.49 0.10 0.41 0.15 0.40 0.21 0.27 0.17 0.33 0.17 0.55 0.13 0.47 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.14 0.45 0.19 0.30 0.04 0.34 0.02 0.24 0.13 0.22 0.09 0.35 0.17 0.34 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 1.06 0.47 0.26 0.52 0.24 0.27 0.36 0.46 0.38 0.86 0.92 0.27 0.30 0.31 0.66 0.24 0.23 0.51 0.36 0.25 0.30
C2 0.44 1.32 0.47 0.23 0.72 0.21 0.60 0.35 0.89 0.50 1.28 1.06 0.70 0.46 0.45 0.59 0.22 0.22 0.55 0.29 0.17 0.29
C2' 0.27 1.09 0.28 0.34 0.49 0.35 0.28 0.55 0.51 0.32 0.93 0.90 0.34 0.26 0.22 0.44 0.35 0.27 0.72 0.63 0.58 0.60
C3' 0.26 0.95 0.28 0.31 0.44 0.30 0.28 0.41 0.48 0.32 0.82 0.79 0.36 0.25 0.23 0.37 0.31 0.27 0.41 0.37 0.43 0.29
C4 0.44 1.46 0.52 0.30 0.60 0.21 0.69 0.36 0.79 1.06 1.28 1.06 0.75 1.10 0.57 0.55 0.28 0.17 0.52 0.27 0.18 0.27
C4' 0.27 0.75 0.26 0.28 0.40 0.28 0.40 0.36 0.45 0.55 0.62 0.65 0.45 0.55 0.34 0.39 0.27 0.29 0.35 0.33 0.37 0.22
C5 0.48 1.26 0.58 0.37 0.47 0.28 0.57 0.42 0.58 1.14 1.03 0.93 0.54 1.08 0.59 0.60 0.33 0.24 0.51 0.28 0.28 0.28
C5' 0.40 0.70 0.37 0.35 0.50 0.35 0.48 0.37 0.52 0.54 0.64 0.63 0.49 0.51 0.46 0.32 0.29 0.40 0.30 0.34 0.51 0.26
C6 0.48 1.05 0.58 0.35 0.47 0.29 0.45 0.41 0.52 0.90 0.89 0.81 0.41 0.79 0.51 0.65 0.32 0.25 0.50 0.32 0.30 0.29
N1 0.43 1.15 0.51 0.26 0.61 0.23 0.45 0.37 0.65 0.55 1.03 0.95 0.46 0.46 0.41 0.63 0.25 0.20 0.53 0.32 0.24 0.30
N3 0.44 1.42 0.49 0.25 0.71 0.19 0.71 0.34 0.95 0.76 1.37 1.08 0.85 0.80 0.51 0.57 0.24 0.20 0.54 0.27 0.16 0.28
O2 0.44 1.42 0.43 0.21 0.76 0.22 0.61 0.34 0.96 0.27 1.40 1.14 0.76 0.22 0.42 0.58 0.20 0.27 0.56 0.29 0.16 0.30
O2' 0.45 1.11 0.47 0.24 0.51 0.23 0.30 0.45 0.44 0.43 0.87 0.94 0.24 0.39 0.36 0.75 0.23 0.22 0.70 0.73 0.74 0.68
O3' 0.27 0.91 0.27 0.30 0.46 0.30 0.48 0.39 0.59 0.56 0.80 0.74 0.61 0.59 0.35 0.37 0.34 0.30 0.35 0.37 0.49 0.30
O4 0.42 1.58 0.51 0.30 0.60 0.19 0.73 0.34 0.81 1.17 1.35 1.13 0.83 1.25 0.58 0.52 0.29 0.15 0.49 0.29 0.18 0.26
O4' 0.30 0.81 0.41 0.30 0.39 0.27 0.34 0.36 0.45 0.44 0.66 0.73 0.44 0.46 0.23 0.63 0.32 0.24 0.42 0.35 0.22 0.23
O5' 0.22 0.85 0.25 0.12 0.48 0.13 0.32 0.25 0.47 0.21 0.72 0.77 0.35 0.15 0.22 0.35 0.02 0.19 0.29 0.34 0.51 0.25
OP1 0.13 0.64 0.19 0.04 0.33 0.07 0.22 0.19 0.35 0.13 0.54 0.57 0.26 0.07 0.12 0.23 0.01 0.04 0.25 0.59 0.76 0.44
OP2 0.20 0.82 0.19 0.14 0.34 0.25 0.40 0.41 0.42 0.77 0.64 0.70 0.44 0.72 0.34 0.12 0.02 0.20 0.08 0.47 0.79 0.42
P 0.06 0.71 0.12 0.01 0.32 0.09 0.20 0.21 0.33 0.32 0.57 0.63 0.24 0.26 0.10 0.15 0.01 0.04 0.16 0.44 0.68 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.48 0.27
C2 0.05 0.00 0.22 0.51 0.01 0.66 0.02 1.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.44 0.48 0.56 1.27 1.35 1.36 1.40
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.03 0.11 0.10 0.17 0.22 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.51 0.21
C3' 0.01 0.51 0.01 0.00 0.21 0.01 0.06 0.02 0.15 0.35 0.36 0.50 0.06 0.26 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.21 0.50 0.23
C4 0.03 0.01 0.11 0.21 0.00 0.26 0.01 0.35 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.19 0.19 0.27 0.44 0.27 0.33 0.29
C4' 0.02 0.66 0.01 0.01 0.26 0.00 0.05 0.01 0.19 0.43 0.47 0.65 0.08 0.31 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.23 0.26 0.09
C5 0.03 0.02 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.09 0.38 0.28 0.55 0.29
C5' 0.05 1.05 0.03 0.02 0.35 0.01 0.07 0.00 0.28 0.74 0.74 0.98 0.12 0.58 0.15 0.03 0.02 0.03 0.02 0.28 0.08 0.04
C6 0.04 0.01 0.11 0.15 0.02 0.19 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.16 0.21 0.44 0.21 0.31 0.24
C8 0.02 0.02 0.10 0.35 0.01 0.43 0.01 0.74 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.30 0.33 1.07 1.19 1.48 1.25
N1 0.05 0.01 0.17 0.36 0.01 0.47 0.02 0.74 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.34 0.35 0.41 0.90 0.91 0.90 0.94
N3 0.05 0.00 0.22 0.50 0.00 0.65 0.01 0.98 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.42 0.45 0.57 1.14 1.14 1.07 1.17
N6 0.05 0.02 0.09 0.06 0.03 0.08 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.14 0.09 0.13 0.41 0.24 0.43 0.22
N7 0.02 0.02 0.06 0.26 0.01 0.31 0.01 0.58 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.12 0.23 0.21 0.92 1.08 1.38 1.11
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.40 0.38 0.67 0.43
O2' 0.01 0.44 0.01 0.02 0.19 0.03 0.09 0.03 0.19 0.20 0.34 0.42 0.14 0.12 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.18 0.46 0.15
O3' 0.01 0.48 0.01 0.00 0.19 0.01 0.07 0.02 0.16 0.30 0.35 0.45 0.09 0.23 0.05 0.04 0.00 0.01 0.28 0.34 0.59 0.32
O4' 0.01 0.56 0.01 0.02 0.27 0.01 0.09 0.03 0.21 0.33 0.41 0.57 0.13 0.21 0.03 0.03 0.01 0.00 0.25 0.28 0.34 0.26
O5' 0.25 1.27 0.07 0.09 0.44 0.03 0.38 0.02 0.44 1.07 0.90 1.14 0.41 0.92 0.40 0.02 0.28 0.25 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.23 1.35 0.18 0.21 0.27 0.23 0.28 0.28 0.21 1.19 0.91 1.14 0.24 1.08 0.38 0.18 0.34 0.28 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.36 0.51 0.50 0.33 0.26 0.55 0.08 0.31 1.48 0.90 1.07 0.43 1.38 0.67 0.46 0.59 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 1.40 0.21 0.23 0.29 0.09 0.29 0.04 0.24 1.25 0.94 1.17 0.22 1.11 0.43 0.15 0.32 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00