ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48641

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.019
P B 0, 0.175, 0.449, 0.723, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.449 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.279, 0.667, 1.055, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.667 std_dev=0.388
OP2 B 0, 0.013, 0.451, 0.888, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.451 std_dev=0.437
O4' A 0, 0.604, 1.214, 1.825, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.214 std_dev=0.610
C2' A 0, 0.603, 1.213, 1.824, 1.628 max_d=1.628 avg_d=1.213 std_dev=0.611
O5' B 0, 0.085, 0.701, 1.318, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.701 std_dev=0.616
C5' B 0, 0.080, 0.742, 1.405, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.742 std_dev=0.663
C4' B 0, 0.043, 0.851, 1.658, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.851 std_dev=0.808
C3' B 0, 0.821, 1.658, 2.495, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.658 std_dev=0.837
O4' B 0, 0.823, 1.661, 2.499, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.661 std_dev=0.838
O2' A 0, 0.886, 1.779, 2.672, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.779 std_dev=0.893
C3' A 0, 0.898, 1.799, 2.700, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.799 std_dev=0.901
C4' A 0, 0.959, 1.922, 2.885, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.922 std_dev=0.963
O3' A 0, 1.109, 2.228, 3.347, 2.977 max_d=2.977 avg_d=2.228 std_dev=1.119
C1' B 0, 1.125, 2.294, 3.463, 3.110 max_d=3.110 avg_d=2.294 std_dev=1.169
C2' B 0, 1.153, 2.347, 3.541, 3.185 max_d=3.185 avg_d=2.347 std_dev=1.194
O3' B 0, 1.241, 2.488, 3.736, 3.231 max_d=3.231 avg_d=2.488 std_dev=1.248
O5' A 0, 1.235, 2.494, 3.753, 3.382 max_d=3.382 avg_d=2.494 std_dev=1.259
OP2 A 0, 1.277, 2.619, 3.961, 3.545 max_d=3.545 avg_d=2.619 std_dev=1.342
C5' A 0, 1.353, 2.723, 4.093, 3.656 max_d=3.656 avg_d=2.723 std_dev=1.370
P A 0, 1.405, 2.838, 4.271, 3.721 max_d=3.721 avg_d=2.838 std_dev=1.433
O2' B 0, 1.431, 2.884, 4.336, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.884 std_dev=1.453
N9 B 0, 1.314, 3.231, 5.147, 4.793 max_d=4.793 avg_d=3.231 std_dev=1.917
OP1 A 0, 1.863, 3.790, 5.717, 4.998 max_d=4.998 avg_d=3.790 std_dev=1.927
C8 B 0, 1.277, 3.336, 5.395, 5.164 max_d=5.164 avg_d=3.336 std_dev=2.059
C4 B 0, 1.572, 4.283, 6.994, 6.463 max_d=6.463 avg_d=4.283 std_dev=2.711
N7 B 0, 1.488, 4.354, 7.220, 6.826 max_d=6.826 avg_d=4.354 std_dev=2.866
N3 B 0, 1.746, 4.636, 7.527, 7.026 max_d=7.026 avg_d=4.636 std_dev=2.890
C5 B 0, 1.701, 4.975, 8.249, 7.616 max_d=7.616 avg_d=4.975 std_dev=3.274
C2 B 0, 2.091, 5.784, 9.478, 8.876 max_d=8.876 avg_d=5.784 std_dev=3.693
C6 B 0, 2.111, 6.194, 10.277, 9.520 max_d=9.520 avg_d=6.194 std_dev=4.083
N1 B 0, 2.299, 6.578, 10.856, 10.130 max_d=10.130 avg_d=6.578 std_dev=4.278
N6 B 0, 2.393, 7.029, 11.665, 10.772 max_d=10.772 avg_d=7.029 std_dev=4.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.02 0.02 0.07 0.16 0.16 0.10
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.00 0.11 0.13 0.15 0.24 0.14
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.08 0.08 0.02 0.08 0.15 0.00 0.07 0.03 0.01 0.18 0.29 0.33 0.25
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.04 0.14 0.09 0.13 0.07 0.01 0.01 0.17 0.01 0.07 0.20 0.15 0.10
C4 0.02 0.00 0.02 0.16 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.02 0.18 0.25 0.40 0.26
C4' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.04 0.13 0.10 0.05 0.07 0.00 0.02 0.14 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.01 0.06 0.20 0.30 0.41 0.30
C5' 0.04 0.10 0.08 0.04 0.10 0.00 0.15 0.00 0.14 0.06 0.09 0.17 0.04 0.12 0.11 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.18 0.08 0.01 0.09 0.17 0.23 0.31 0.24
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.02 0.10 0.15 0.22 0.14
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.15 0.18 0.32 0.19
O2 0.03 0.01 0.15 0.07 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.20 0.01 0.18 0.15 0.17 0.19 0.12
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.12 0.10 0.18 0.04 0.18 0.07 0.07 0.16 0.00 0.12 0.12 0.08 0.16 0.30 0.39 0.25
O3' 0.14 0.13 0.07 0.01 0.11 0.05 0.11 0.12 0.08 0.08 0.11 0.20 0.12 0.00 0.12 0.08 0.13 0.15 0.15 0.11
O4 0.02 0.00 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.00 0.02 0.19 0.29 0.45 0.29
O4' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.09 0.02 0.08 0.18 0.08 0.08 0.02 0.00 0.03 0.09 0.09 0.04
O5' 0.07 0.13 0.18 0.07 0.18 0.02 0.20 0.01 0.17 0.10 0.15 0.15 0.16 0.13 0.19 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.16 0.15 0.29 0.20 0.25 0.14 0.30 0.08 0.23 0.15 0.18 0.17 0.30 0.15 0.29 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.24 0.33 0.15 0.40 0.07 0.41 0.02 0.31 0.22 0.32 0.19 0.39 0.15 0.45 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.25 0.10 0.26 0.04 0.30 0.01 0.24 0.14 0.19 0.12 0.25 0.11 0.29 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.91 2.83 0.74 0.20 2.09 0.10 2.23 0.31 2.66 1.36 2.95 2.39 2.70 1.79 1.47 0.48 0.11 0.50 0.20 0.10 0.03 0.05
C2 1.08 3.30 0.66 0.23 2.48 0.14 2.76 0.20 3.32 1.70 3.59 2.72 3.41 2.25 1.75 0.33 0.15 0.70 0.12 0.10 0.03 0.03
C2' 0.63 2.44 0.61 0.11 1.75 0.20 1.91 0.48 2.33 1.09 2.59 2.02 2.42 1.51 1.17 0.43 0.15 0.20 0.27 0.21 0.15 0.18
C3' 0.64 2.19 0.69 0.15 1.58 0.09 1.70 0.29 2.05 1.02 2.29 1.84 2.11 1.37 1.09 0.53 0.09 0.27 0.19 0.02 0.11 0.06
C4 0.89 2.67 0.44 0.23 2.16 0.12 2.54 0.24 2.99 1.61 3.02 2.22 3.18 2.19 1.55 0.17 0.23 0.59 0.18 0.12 0.09 0.09
C4' 0.77 2.08 0.78 0.23 1.56 0.16 1.61 0.14 1.88 1.04 2.10 1.82 1.88 1.30 1.14 0.59 0.14 0.45 0.12 0.07 0.17 0.12
C5 0.73 2.30 0.42 0.23 1.86 0.14 2.13 0.37 2.48 1.35 2.55 1.93 2.61 1.82 1.33 0.22 0.27 0.42 0.27 0.14 0.10 0.12
C5' 0.47 1.31 0.60 0.15 1.01 0.11 1.04 0.09 1.20 0.67 1.33 1.16 1.21 0.85 0.73 0.46 0.11 0.26 0.10 0.06 0.23 0.16
C6 0.76 2.39 0.55 0.23 1.89 0.15 2.09 0.40 2.45 1.30 2.59 2.02 2.53 1.73 1.34 0.32 0.23 0.40 0.27 0.12 0.07 0.09
N1 0.93 2.87 0.66 0.22 2.20 0.09 2.39 0.30 2.83 1.48 3.06 2.42 2.89 1.95 1.55 0.37 0.16 0.54 0.20 0.11 0.04 0.06
N3 1.06 3.17 0.56 0.24 2.47 0.16 2.84 0.17 3.42 1.76 3.56 2.60 3.59 2.37 1.75 0.24 0.18 0.72 0.13 0.10 0.06 0.05
O2 1.17 3.62 0.71 0.23 2.60 0.19 2.88 0.15 3.53 1.76 3.91 2.93 3.62 2.32 1.83 0.37 0.12 0.77 0.09 0.09 0.02 0.02
O2' 0.66 2.68 0.63 0.09 1.87 0.24 2.06 0.56 2.56 1.13 2.87 2.17 2.68 1.61 1.22 0.49 0.13 0.19 0.34 0.29 0.26 0.28
O3' 0.75 2.45 0.78 0.21 1.73 0.07 1.84 0.27 2.24 1.10 2.53 2.04 2.30 1.46 1.20 0.64 0.16 0.36 0.20 0.07 0.12 0.05
O4 0.85 2.51 0.34 0.23 2.05 0.14 2.48 0.19 2.94 1.59 2.90 2.07 3.23 2.21 1.49 0.12 0.24 0.61 0.16 0.13 0.11 0.11
O4' 0.99 2.55 0.86 0.31 1.95 0.25 1.99 0.18 2.30 1.30 2.56 2.26 2.27 1.61 1.44 0.58 0.20 0.63 0.16 0.09 0.15 0.12
O5' 0.19 1.10 0.35 0.04 0.81 0.20 0.88 0.27 1.06 0.50 1.16 0.92 1.09 0.71 0.52 0.24 0.01 0.05 0.20 0.04 0.17 0.09
OP1 0.29 0.14 0.09 0.05 0.04 0.22 0.16 0.06 0.23 0.14 0.22 0.08 0.31 0.19 0.08 0.08 0.03 0.35 0.15 0.27 0.49 0.38
OP2 0.20 0.59 0.10 0.05 0.42 0.48 0.58 0.34 0.72 0.34 0.72 0.42 0.82 0.53 0.23 0.07 0.02 0.41 0.17 0.34 0.40 0.36
P 0.14 0.45 0.15 0.04 0.31 0.27 0.42 0.14 0.52 0.25 0.54 0.32 0.59 0.38 0.16 0.11 0.01 0.27 0.13 0.22 0.37 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.15 0.29 0.06
C2 0.03 0.00 0.18 0.28 0.00 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.34 0.10 0.06 0.26 0.57 0.20 0.39
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.09 0.05 0.13 0.13 0.19 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.23 0.21 0.26 0.15
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.25 0.00 0.29 0.03 0.32 0.21 0.32 0.24 0.34 0.26 0.18 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.13 0.16
C4 0.02 0.00 0.08 0.25 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.03 0.04 0.25 0.50 0.25 0.31
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.06 0.13 0.10 0.06 0.28 0.03 0.00 0.02 0.05 0.11 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.32 0.09 0.03 0.34 0.64 0.29 0.40
C5' 0.03 0.14 0.09 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.20 0.16 0.19 0.10 0.25 0.20 0.10 0.17 0.13 0.02 0.01 0.05 0.06 0.04
C6 0.01 0.00 0.05 0.32 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.36 0.12 0.04 0.36 0.73 0.27 0.47
C8 0.02 0.01 0.13 0.21 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.22 0.09 0.03 0.31 0.48 0.37 0.27
N1 0.01 0.01 0.13 0.32 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.36 0.12 0.05 0.33 0.69 0.23 0.47
N3 0.03 0.01 0.19 0.24 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.10 0.07 0.20 0.46 0.21 0.30
N6 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.13 0.02 0.25 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.37 0.17 0.04 0.43 0.83 0.30 0.55
N7 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.10 0.00 0.20 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.28 0.12 0.03 0.37 0.66 0.35 0.38
N9 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.04 0.02 0.21 0.37 0.29 0.21
O2' 0.02 0.34 0.01 0.01 0.28 0.28 0.32 0.17 0.36 0.22 0.36 0.30 0.37 0.28 0.19 0.00 0.03 0.19 0.10 0.19 0.08 0.07
O3' 0.22 0.10 0.03 0.01 0.03 0.03 0.09 0.13 0.12 0.09 0.12 0.10 0.17 0.12 0.04 0.03 0.00 0.17 0.13 0.21 0.35 0.32
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.19 0.17 0.00 0.10 0.19 0.29 0.02
O5' 0.07 0.26 0.23 0.04 0.25 0.02 0.34 0.01 0.36 0.31 0.33 0.20 0.43 0.37 0.21 0.10 0.13 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.15 0.57 0.21 0.10 0.50 0.05 0.64 0.05 0.73 0.48 0.69 0.46 0.83 0.66 0.37 0.19 0.21 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.20 0.26 0.13 0.25 0.11 0.29 0.06 0.27 0.37 0.23 0.21 0.30 0.35 0.29 0.08 0.35 0.29 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.39 0.15 0.16 0.31 0.01 0.40 0.04 0.47 0.27 0.47 0.30 0.55 0.38 0.21 0.07 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00