ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48642

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.001, 0.014, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O2 A 0, -0.003, 0.032, 0.066, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.032 std_dev=0.035
O4 A 0, -0.007, 0.032, 0.070, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.032 std_dev=0.039
P B 0, 0.072, 0.361, 0.649, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.361 std_dev=0.288
O4' A 0, -0.017, 0.291, 0.599, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.291 std_dev=0.308
C2' A 0, 0.030, 0.365, 0.699, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.365 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.101, 0.490, 0.879, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.490 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.001, 0.534, 1.067, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.534 std_dev=0.533
O2' A 0, 0.070, 0.673, 1.276, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.673 std_dev=0.603
C3' A 0, -0.245, 0.498, 1.242, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.498 std_dev=0.744
C4' A 0, -0.210, 0.573, 1.356, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.573 std_dev=0.783
O5' B 0, -0.069, 0.734, 1.537, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.734 std_dev=0.803
O3' A 0, -0.385, 0.700, 1.784, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.700 std_dev=1.084
O5' A 0, -0.009, 1.115, 2.239, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.115 std_dev=1.124
C5' A 0, -0.238, 0.900, 2.039, 3.087 max_d=3.087 avg_d=0.900 std_dev=1.139
OP2 A 0, -0.069, 1.252, 2.572, 3.478 max_d=3.478 avg_d=1.252 std_dev=1.321
C3' B 0, -0.266, 1.144, 2.554, 3.845 max_d=3.845 avg_d=1.144 std_dev=1.410
P A 0, -0.171, 1.245, 2.660, 3.871 max_d=3.871 avg_d=1.245 std_dev=1.416
C5' B 0, -0.284, 1.164, 2.613, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.164 std_dev=1.449
O3' B 0, -0.189, 1.285, 2.759, 4.053 max_d=4.053 avg_d=1.285 std_dev=1.474
O2' B 0, -0.306, 1.419, 3.145, 4.615 max_d=4.615 avg_d=1.419 std_dev=1.726
C2' B 0, -0.404, 1.387, 3.177, 4.819 max_d=4.819 avg_d=1.387 std_dev=1.790
C4' B 0, -0.487, 1.451, 3.389, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.451 std_dev=1.938
OP1 A 0, -0.494, 1.529, 3.552, 5.469 max_d=5.469 avg_d=1.529 std_dev=2.023
O4' B 0, -0.743, 1.756, 4.254, 6.665 max_d=6.665 avg_d=1.756 std_dev=2.499
C1' B 0, -0.789, 1.841, 4.471, 6.990 max_d=6.990 avg_d=1.841 std_dev=2.630
C8 B 0, -0.856, 2.004, 4.864, 7.614 max_d=7.614 avg_d=2.004 std_dev=2.860
N9 B 0, -0.961, 2.084, 5.130, 8.061 max_d=8.061 avg_d=2.084 std_dev=3.045
N7 B 0, -1.164, 2.508, 6.181, 9.719 max_d=9.719 avg_d=2.508 std_dev=3.673
C4 B 0, -1.332, 2.612, 6.556, 10.349 max_d=10.349 avg_d=2.612 std_dev=3.944
C5 B 0, -1.463, 2.870, 7.203, 11.382 max_d=11.382 avg_d=2.870 std_dev=4.333
N3 B 0, -1.542, 2.890, 7.323, 11.565 max_d=11.565 avg_d=2.890 std_dev=4.433
C2 B 0, -1.862, 3.430, 8.721, 13.794 max_d=13.794 avg_d=3.430 std_dev=5.291
C6 B 0, -1.848, 3.495, 8.837, 13.991 max_d=13.991 avg_d=3.495 std_dev=5.343
N1 B 0, -2.021, 3.750, 9.520, 15.075 max_d=15.075 avg_d=3.750 std_dev=5.771
N6 B 0, -2.038, 3.898, 9.833, 15.563 max_d=15.563 avg_d=3.898 std_dev=5.936

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.18 0.03 0.01 0.34 0.39 0.69 0.39
C2 0.03 0.00 0.12 0.32 0.01 0.14 0.01 0.40 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.11 0.01 0.06 0.17 0.21 0.70 0.29
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.03 0.17 0.08 0.20 0.04 0.06 0.26 0.00 0.05 0.06 0.03 0.32 0.42 0.80 0.44
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.43 0.00 0.38 0.02 0.29 0.26 0.41 0.26 0.02 0.00 0.46 0.02 0.17 0.12 0.51 0.11
C4 0.03 0.01 0.06 0.43 0.00 0.31 0.00 0.71 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.32 0.00 0.02 0.21 0.39 0.76 0.38
C4' 0.02 0.14 0.03 0.00 0.31 0.00 0.36 0.00 0.31 0.17 0.22 0.07 0.22 0.01 0.33 0.01 0.02 0.19 0.48 0.12
C5 0.03 0.01 0.17 0.38 0.00 0.36 0.00 0.76 0.00 0.02 0.00 0.01 0.40 0.33 0.01 0.05 0.26 0.35 0.68 0.34
C5' 0.08 0.40 0.08 0.02 0.71 0.00 0.76 0.00 0.64 0.41 0.57 0.24 0.15 0.09 0.77 0.02 0.02 0.32 0.39 0.04
C6 0.02 0.01 0.20 0.29 0.01 0.31 0.00 0.64 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.23 0.01 0.06 0.26 0.27 0.65 0.28
N1 0.02 0.00 0.04 0.26 0.01 0.17 0.02 0.41 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.11 0.01 0.02 0.23 0.25 0.67 0.30
N3 0.03 0.00 0.06 0.41 0.00 0.22 0.00 0.57 0.02 0.00 0.00 0.01 0.38 0.23 0.01 0.04 0.15 0.30 0.76 0.34
O2 0.05 0.00 0.26 0.26 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.38 0.09 0.01 0.10 0.20 0.19 0.69 0.29
O2' 0.03 0.33 0.00 0.02 0.41 0.22 0.40 0.15 0.34 0.25 0.38 0.38 0.00 0.11 0.43 0.24 0.17 0.23 0.79 0.31
O3' 0.18 0.11 0.05 0.00 0.32 0.01 0.33 0.09 0.23 0.11 0.23 0.09 0.11 0.00 0.38 0.06 0.42 0.36 0.63 0.40
O4 0.03 0.01 0.06 0.46 0.00 0.33 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.38 0.00 0.03 0.24 0.49 0.81 0.45
O4' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.10 0.24 0.06 0.03 0.00 0.40 0.48 0.64 0.45
O5' 0.34 0.17 0.32 0.17 0.21 0.02 0.26 0.02 0.26 0.23 0.15 0.20 0.17 0.42 0.24 0.40 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.39 0.21 0.42 0.12 0.39 0.19 0.35 0.32 0.27 0.25 0.30 0.19 0.23 0.36 0.49 0.48 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.69 0.70 0.80 0.51 0.76 0.48 0.68 0.39 0.65 0.67 0.76 0.69 0.79 0.63 0.81 0.64 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.29 0.44 0.11 0.38 0.12 0.34 0.04 0.28 0.30 0.34 0.29 0.31 0.40 0.45 0.45 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.15 3.01 0.90 0.45 2.39 0.34 2.63 0.10 3.06 1.73 3.23 2.57 3.16 2.22 1.77 0.61 0.34 0.80 0.38 0.15 0.15 0.16
C2 1.30 3.59 0.92 0.41 2.84 0.26 3.29 0.19 3.92 2.12 4.02 2.98 4.19 2.83 2.08 0.73 0.30 0.84 0.30 0.22 0.21 0.11
C2' 0.98 2.71 0.86 0.45 2.14 0.30 2.42 0.10 2.85 1.61 2.98 2.27 3.02 2.09 1.58 0.58 0.36 0.67 0.44 0.25 0.24 0.44
C3' 0.58 2.17 0.57 0.13 1.62 0.15 1.83 0.34 2.21 1.13 2.36 1.78 2.33 1.53 1.12 0.38 0.03 0.27 0.21 0.36 0.17 0.04
C4 1.01 2.92 0.66 0.34 2.45 0.26 2.99 0.45 3.48 2.00 3.38 2.42 3.82 2.75 1.81 0.57 0.33 0.58 0.21 0.24 0.21 0.16
C4' 0.66 2.07 0.61 0.21 1.58 0.18 1.69 0.32 1.99 1.06 2.16 1.77 2.04 1.39 1.12 0.39 0.07 0.39 0.28 0.42 0.32 0.13
C5 0.78 2.33 0.52 0.29 2.01 0.22 2.45 0.42 2.77 1.71 2.68 1.95 3.00 2.30 1.51 0.45 0.31 0.43 0.17 0.18 0.16 0.13
C5' 0.38 1.34 0.42 0.37 1.00 0.40 1.07 0.58 1.26 0.65 1.39 1.15 1.29 0.86 0.69 0.27 0.23 0.31 0.49 0.75 0.53 0.41
C6 0.86 2.40 0.59 0.27 2.06 0.10 2.40 0.22 2.71 1.66 2.69 2.05 2.87 2.18 1.55 0.43 0.25 0.53 0.26 0.15 0.14 0.13
N1 1.13 3.05 0.83 0.38 2.49 0.22 2.84 0.12 3.29 1.88 3.36 2.59 3.45 2.47 1.85 0.60 0.28 0.74 0.32 0.18 0.16 0.12
N3 1.23 3.49 0.83 0.38 2.81 0.24 3.35 0.34 3.98 2.17 3.99 2.88 4.35 2.95 2.05 0.69 0.31 0.76 0.25 0.25 0.23 0.14
O2 1.43 3.98 1.04 0.47 3.04 0.32 3.47 0.13 4.21 2.21 4.43 3.27 4.52 2.94 2.21 0.84 0.32 0.95 0.33 0.23 0.22 0.11
O2' 0.82 2.72 0.65 0.27 2.06 0.18 2.39 0.07 2.90 1.53 3.06 2.19 3.13 2.05 1.47 0.31 0.17 0.54 0.38 0.37 0.27 0.46
O3' 0.43 2.14 0.45 0.20 1.51 0.35 1.74 0.51 2.17 1.00 2.35 1.68 2.32 1.43 0.98 0.25 0.34 0.18 0.23 0.40 0.25 0.10
O4 0.95 2.85 0.61 0.36 2.38 0.35 2.98 0.57 3.49 1.98 3.36 2.33 3.94 2.78 1.74 0.56 0.37 0.53 0.21 0.26 0.23 0.22
O4' 1.10 2.55 0.91 0.50 2.10 0.44 2.21 0.23 2.50 1.52 2.65 2.27 2.52 1.87 1.60 0.60 0.37 0.82 0.42 0.19 0.20 0.19
O5' 0.29 0.94 0.49 0.17 0.83 0.05 0.98 0.19 1.10 0.73 1.07 0.79 1.18 0.93 0.63 0.55 0.02 0.15 0.38 0.20 0.33 0.40
OP1 0.26 0.30 0.26 0.04 0.19 0.19 0.21 0.06 0.26 0.13 0.28 0.29 0.30 0.21 0.12 0.39 0.02 0.32 0.19 0.40 0.57 0.53
OP2 0.35 0.55 0.37 0.22 0.47 0.45 0.59 0.36 0.69 0.42 0.66 0.46 0.77 0.57 0.36 0.35 0.01 0.40 0.13 0.35 0.41 0.36
P 0.14 0.26 0.24 0.03 0.25 0.18 0.39 0.08 0.44 0.30 0.39 0.16 0.53 0.41 0.17 0.30 0.01 0.21 0.18 0.25 0.40 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.10 0.14 0.33 0.11
C2 0.02 0.00 0.29 0.25 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.11 0.17 0.78 0.37 0.23
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.18 0.12 0.15 0.22 0.29 0.09 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.35 0.40 0.60 0.39
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.24 0.00 0.29 0.01 0.32 0.23 0.30 0.21 0.34 0.29 0.19 0.02 0.01 0.01 0.05 0.23 0.08 0.20
C4 0.01 0.01 0.14 0.24 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.11 0.06 0.16 0.69 0.39 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.17 0.07 0.03 0.13 0.16 0.09 0.27 0.04 0.00 0.00 0.17 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.07 0.03 0.24 0.95 0.43 0.28
C5' 0.04 0.07 0.18 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.19 0.12 0.05 0.19 0.21 0.09 0.06 0.19 0.02 0.00 0.29 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.09 0.06 0.26 1.06 0.42 0.32
C8 0.00 0.01 0.15 0.23 0.01 0.17 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.07 0.08 0.20 0.74 0.44 0.21
N1 0.02 0.00 0.22 0.30 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.09 0.22 0.96 0.39 0.29
N3 0.02 0.00 0.29 0.21 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.11 0.12 0.61 0.35 0.18
N6 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.11 0.04 0.29 1.21 0.44 0.37
N7 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.11 0.04 0.27 1.02 0.46 0.30
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.08 0.00 0.11 0.51 0.38 0.13
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.17 0.27 0.29 0.06 0.27 0.33 0.18 0.06 0.33 0.37 0.19 0.00 0.08 0.21 0.26 0.45 0.57 0.34
O3' 0.25 0.18 0.03 0.01 0.11 0.04 0.07 0.19 0.09 0.07 0.12 0.21 0.11 0.11 0.08 0.08 0.00 0.16 0.20 0.26 0.37 0.41
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.06 0.08 0.09 0.11 0.04 0.04 0.00 0.21 0.16 0.00 0.05 0.14 0.24 0.10
O5' 0.10 0.17 0.35 0.05 0.16 0.00 0.24 0.00 0.26 0.20 0.22 0.12 0.29 0.27 0.11 0.26 0.20 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.78 0.40 0.23 0.69 0.17 0.95 0.29 1.06 0.74 0.96 0.61 1.21 1.02 0.51 0.45 0.26 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.37 0.60 0.08 0.39 0.20 0.43 0.36 0.42 0.44 0.39 0.35 0.44 0.46 0.38 0.57 0.37 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.23 0.39 0.20 0.20 0.05 0.28 0.02 0.32 0.21 0.29 0.18 0.37 0.30 0.13 0.34 0.41 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00