ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48643

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.066, 0.229, 0.392, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.229 std_dev=0.163
C2' A 0, 0.106, 0.286, 0.465, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.286 std_dev=0.180
O2' A 0, 0.164, 0.401, 0.638, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.401 std_dev=0.237
C4' A 0, 0.143, 0.398, 0.653, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.398 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.172, 0.457, 0.742, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.457 std_dev=0.285
O3' A 0, 0.270, 0.660, 1.050, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.660 std_dev=0.390
P B 0, 0.248, 0.644, 1.039, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.644 std_dev=0.396
OP2 B 0, 0.040, 0.461, 0.881, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.461 std_dev=0.420
C5' A 0, 0.234, 0.697, 1.160, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.697 std_dev=0.463
O5' A 0, 0.218, 0.714, 1.209, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.714 std_dev=0.495
OP1 B 0, 0.313, 0.858, 1.403, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.858 std_dev=0.545
C4' B 0, 0.289, 0.862, 1.435, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.862 std_dev=0.573
C5' B 0, 0.275, 0.849, 1.422, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.849 std_dev=0.573
C3' B 0, 0.254, 0.830, 1.405, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.830 std_dev=0.576
O3' B 0, 0.213, 0.808, 1.404, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.808 std_dev=0.595
P A 0, 0.092, 0.688, 1.284, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.688 std_dev=0.596
OP2 A 0, 0.015, 0.636, 1.257, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.636 std_dev=0.621
O5' B 0, 0.251, 0.894, 1.537, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.894 std_dev=0.643
O2' B 0, 0.313, 1.064, 1.815, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.064 std_dev=0.751
C2' B 0, 0.178, 1.148, 2.119, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.148 std_dev=0.970
O4' B 0, 0.168, 1.212, 2.256, 2.873 max_d=2.873 avg_d=1.212 std_dev=1.044
C1' B 0, 0.103, 1.342, 2.582, 3.366 max_d=3.366 avg_d=1.342 std_dev=1.240
OP1 A 0, -0.196, 1.093, 2.382, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.093 std_dev=1.289
N9 B 0, -0.179, 1.776, 3.730, 5.085 max_d=5.085 avg_d=1.776 std_dev=1.955
C8 B 0, -0.319, 1.861, 4.040, 5.569 max_d=5.569 avg_d=1.861 std_dev=2.180
C4 B 0, -0.334, 2.291, 4.915, 6.756 max_d=6.756 avg_d=2.291 std_dev=2.625
N3 B 0, -0.215, 2.470, 5.154, 6.992 max_d=6.992 avg_d=2.470 std_dev=2.684
N7 B 0, -0.613, 2.341, 5.296, 7.396 max_d=7.396 avg_d=2.341 std_dev=2.955
C5 B 0, -0.631, 2.619, 5.870, 8.188 max_d=8.188 avg_d=2.619 std_dev=3.251
C2 B 0, -0.410, 3.034, 6.478, 8.874 max_d=8.874 avg_d=3.034 std_dev=3.444
C6 B 0, -0.841, 3.199, 7.239, 10.131 max_d=10.131 avg_d=3.199 std_dev=4.040
N1 B 0, -0.711, 3.402, 7.515, 10.435 max_d=10.435 avg_d=3.402 std_dev=4.113
N6 B 0, -1.163, 3.562, 8.287, 11.688 max_d=11.688 avg_d=3.562 std_dev=4.725

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.26 0.13 0.36 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.11 0.06 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.02 0.08 0.07 0.12 0.11 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.18 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.03 0.38 0.18 0.51 0.20
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.09 0.04 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.03 0.37 0.16 0.43 0.17
C5' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.21 0.01 0.21 0.00 0.17 0.11 0.17 0.09 0.04 0.03 0.22 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.31 0.15 0.28 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.23 0.11 0.26 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.01 0.33 0.17 0.46 0.17
O2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.02 0.21 0.12 0.33 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.11 0.04 0.04
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.14 0.01 0.12 0.03 0.09 0.06 0.13 0.10 0.04 0.00 0.15 0.01 0.14 0.34 0.09 0.09
O4 0.01 0.00 0.03 0.13 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.03 0.40 0.21 0.57 0.24
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.20 0.09 0.13
O5' 0.09 0.26 0.02 0.07 0.38 0.01 0.37 0.01 0.31 0.23 0.33 0.21 0.04 0.14 0.40 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.13 0.11 0.18 0.18 0.09 0.16 0.10 0.15 0.11 0.17 0.12 0.11 0.34 0.21 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.36 0.06 0.05 0.51 0.02 0.43 0.01 0.28 0.26 0.46 0.33 0.04 0.09 0.57 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.04 0.03 0.20 0.04 0.17 0.01 0.11 0.08 0.17 0.09 0.04 0.09 0.24 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.98 2.69 0.68 0.26 2.18 0.25 2.52 0.22 2.90 1.77 2.96 2.25 3.06 2.25 1.65 0.25 0.47 0.66 0.46 0.34 0.11 0.24
C2 0.94 2.80 0.49 0.13 2.31 0.18 2.85 0.15 3.35 1.97 3.29 2.26 3.68 2.63 1.72 0.13 0.50 0.63 0.42 0.26 0.07 0.20
C2' 0.84 2.58 0.66 0.23 2.03 0.17 2.40 0.22 2.83 1.66 2.90 2.10 3.06 2.17 1.51 0.25 0.42 0.50 0.40 0.32 0.15 0.20
C3' 0.66 2.05 0.63 0.24 1.67 0.14 1.98 0.22 2.30 1.42 2.32 1.69 2.49 1.83 1.25 0.22 0.32 0.34 0.39 0.42 0.14 0.20
C4 0.75 2.17 0.26 0.04 1.95 0.10 2.51 0.09 2.82 1.86 2.61 1.78 3.14 2.48 1.50 0.08 0.47 0.52 0.37 0.22 0.09 0.16
C4' 0.74 1.83 0.73 0.34 1.55 0.20 1.77 0.18 1.99 1.33 2.00 1.57 2.10 1.64 1.22 0.30 0.25 0.47 0.46 0.50 0.11 0.27
C5 0.74 1.91 0.29 0.03 1.82 0.12 2.25 0.13 2.42 1.77 2.24 1.63 2.61 2.25 1.46 0.07 0.49 0.51 0.41 0.27 0.08 0.21
C5' 0.51 1.15 0.66 0.39 1.07 0.16 1.26 0.18 1.36 1.04 1.30 1.00 1.46 1.24 0.90 0.25 0.13 0.32 0.48 0.63 0.15 0.35
C6 0.86 2.13 0.48 0.13 1.98 0.18 2.33 0.18 2.53 1.77 2.42 1.85 2.66 2.21 1.57 0.08 0.52 0.58 0.44 0.32 0.10 0.23
N1 0.94 2.61 0.56 0.18 2.22 0.20 2.64 0.18 3.00 1.87 2.96 2.18 3.19 2.42 1.68 0.15 0.51 0.63 0.44 0.31 0.09 0.22
N3 0.86 2.58 0.37 0.07 2.19 0.13 2.79 0.11 3.26 1.96 3.10 2.08 3.65 2.65 1.65 0.09 0.49 0.59 0.39 0.22 0.08 0.17
O2 0.97 3.01 0.52 0.15 2.39 0.19 2.94 0.16 3.55 1.99 3.56 2.38 3.95 2.67 1.76 0.16 0.50 0.66 0.42 0.25 0.07 0.19
O2' 0.94 2.74 0.75 0.29 2.11 0.22 2.45 0.22 2.92 1.69 3.05 2.22 3.15 2.19 1.57 0.35 0.37 0.59 0.44 0.34 0.15 0.22
O3' 0.59 1.94 0.65 0.28 1.55 0.14 1.87 0.24 2.19 1.33 2.21 1.57 2.40 1.73 1.16 0.27 0.20 0.28 0.41 0.48 0.18 0.24
O4 0.64 1.98 0.15 0.09 1.77 0.06 2.33 0.05 2.64 1.73 2.42 1.60 3.02 2.36 1.35 0.13 0.44 0.44 0.31 0.17 0.14 0.12
O4' 0.92 2.20 0.73 0.31 1.88 0.29 2.08 0.25 2.31 1.53 2.35 1.94 2.39 1.88 1.46 0.28 0.43 0.64 0.47 0.40 0.13 0.27
O5' 0.44 1.11 0.60 0.38 1.08 0.03 1.33 0.06 1.43 1.13 1.32 0.94 1.57 1.36 0.91 0.20 0.03 0.22 0.49 0.70 0.19 0.40
OP1 0.82 0.61 0.43 0.24 0.52 0.63 0.32 0.36 0.29 0.34 0.42 0.71 0.18 0.25 0.53 0.68 0.01 0.80 0.20 0.54 0.13 0.12
OP2 0.18 0.45 0.08 0.10 0.43 0.45 0.70 0.34 0.78 0.61 0.65 0.31 0.96 0.82 0.30 0.16 0.02 0.37 0.45 0.79 0.34 0.48
P 0.22 0.26 0.08 0.04 0.24 0.35 0.47 0.21 0.52 0.44 0.40 0.16 0.65 0.58 0.18 0.24 0.01 0.32 0.27 0.63 0.10 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.07 0.05 0.10
C2 0.04 0.00 0.13 0.23 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.20 0.06 0.27 0.16 0.74 0.38
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.09 0.09 0.14 0.06 0.08 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.09 0.20 0.17
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.23 0.00 0.30 0.03 0.30 0.32 0.26 0.20 0.33 0.35 0.21 0.01 0.01 0.01 0.07 0.24 0.25 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.23 0.00 0.09 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.21 0.18 0.02 0.24 0.12 0.67 0.34
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.08 0.04 0.15 0.20 0.10 0.17 0.01 0.01 0.03 0.15 0.26 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.30 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.28 0.02 0.34 0.15 0.99 0.48
C5' 0.03 0.15 0.03 0.03 0.17 0.01 0.25 0.00 0.25 0.27 0.20 0.12 0.29 0.32 0.16 0.13 0.05 0.03 0.01 0.17 0.33 0.01
C6 0.04 0.01 0.06 0.30 0.02 0.13 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.29 0.04 0.37 0.19 1.11 0.53
C8 0.01 0.00 0.09 0.32 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.33 0.03 0.29 0.06 0.80 0.37
N1 0.05 0.00 0.09 0.26 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.30 0.23 0.06 0.33 0.19 0.97 0.47
N3 0.03 0.01 0.14 0.20 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.16 0.05 0.21 0.12 0.55 0.30
N6 0.05 0.01 0.06 0.33 0.03 0.15 0.02 0.29 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.25 0.34 0.04 0.41 0.20 1.30 0.61
N7 0.00 0.01 0.08 0.35 0.01 0.20 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.13 0.37 0.02 0.38 0.13 1.11 0.53
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.17 0.00 0.16 0.06 0.48 0.23
O2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.21 0.17 0.20 0.13 0.25 0.08 0.30 0.29 0.25 0.13 0.10 0.00 0.04 0.15 0.05 0.22 0.23 0.07
O3' 0.04 0.20 0.03 0.01 0.18 0.01 0.28 0.05 0.29 0.33 0.23 0.16 0.34 0.37 0.17 0.04 0.00 0.02 0.13 0.50 0.31 0.05
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.15 0.02 0.00 0.12 0.14 0.11 0.10
O5' 0.07 0.27 0.13 0.07 0.24 0.03 0.34 0.01 0.37 0.29 0.33 0.21 0.41 0.38 0.16 0.05 0.13 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.16 0.09 0.24 0.12 0.15 0.15 0.17 0.19 0.06 0.19 0.12 0.20 0.13 0.06 0.22 0.50 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.74 0.20 0.25 0.67 0.26 0.99 0.33 1.11 0.80 0.97 0.55 1.30 1.11 0.48 0.23 0.31 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.38 0.17 0.07 0.34 0.03 0.48 0.01 0.53 0.37 0.47 0.30 0.61 0.53 0.23 0.07 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00