ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48645

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.018, 0.046, 0.075, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.014, 0.069, 0.124, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.069 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.091, 0.248, 0.405, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.248 std_dev=0.157
C2' A 0, 0.133, 0.352, 0.570, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.352 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.100, 0.322, 0.544, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.322 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.089, 0.313, 0.537, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.313 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.163, 0.433, 0.703, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.433 std_dev=0.270
C3' A 0, 0.175, 0.475, 0.775, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.475 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.204, 0.526, 0.848, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.526 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.216, 0.541, 0.866, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.541 std_dev=0.325
O2' A 0, 0.223, 0.548, 0.874, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.548 std_dev=0.325
P B 0, 0.232, 0.562, 0.892, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.562 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.245, 0.589, 0.933, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.589 std_dev=0.344
C5' A 0, 0.209, 0.628, 1.047, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.628 std_dev=0.419
P A 0, 0.128, 0.582, 1.036, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.582 std_dev=0.454
O3' A 0, 0.287, 0.800, 1.313, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.800 std_dev=0.513
OP1 B 0, 0.239, 0.772, 1.304, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.772 std_dev=0.532
C5' B 0, 0.178, 0.711, 1.244, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.711 std_dev=0.533
OP2 B 0, 0.326, 0.873, 1.419, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.873 std_dev=0.547
C3' B 0, 0.324, 0.977, 1.631, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.977 std_dev=0.653
C1' B 0, 0.398, 1.109, 1.819, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.109 std_dev=0.710
OP2 A 0, 0.374, 1.110, 1.845, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.110 std_dev=0.735
O3' B 0, 0.357, 1.118, 1.879, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.118 std_dev=0.761
C2' B 0, 0.429, 1.230, 2.030, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.230 std_dev=0.800
O2' B 0, 0.488, 1.321, 2.153, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.321 std_dev=0.832
N9 B 0, 0.383, 1.422, 2.461, 2.738 max_d=2.738 avg_d=1.422 std_dev=1.039
C4 B 0, 0.608, 1.775, 2.942, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.775 std_dev=1.167
C5 B 0, 0.558, 2.013, 3.467, 3.432 max_d=3.432 avg_d=2.013 std_dev=1.455
N3 B 0, 0.569, 2.115, 3.661, 4.193 max_d=4.193 avg_d=2.115 std_dev=1.546
C6 B 0, 0.696, 2.378, 4.059, 4.632 max_d=4.632 avg_d=2.378 std_dev=1.681
C8 B 0, -0.106, 1.637, 3.381, 4.468 max_d=4.468 avg_d=1.637 std_dev=1.743
N6 B 0, 0.670, 2.627, 4.585, 4.941 max_d=4.941 avg_d=2.627 std_dev=1.957
C2 B 0, 0.617, 2.578, 4.540, 5.302 max_d=5.302 avg_d=2.578 std_dev=1.961
N7 B 0, -0.030, 1.935, 3.900, 4.925 max_d=4.925 avg_d=1.935 std_dev=1.965
N1 B 0, 0.567, 2.582, 4.598, 5.555 max_d=5.555 avg_d=2.582 std_dev=2.016

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.02 0.09 0.15 0.17 0.12
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.11 0.13 0.09
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.12 0.09 0.10 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.15 0.08 0.11
C4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.16 0.01 0.04 0.09 0.14 0.19 0.12
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.18 0.02 0.04 0.10 0.12 0.17 0.12
C5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.10 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.16 0.03 0.03 0.09 0.11 0.14 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.01 0.09 0.12 0.14 0.10
N3 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.01 0.03 0.10 0.15 0.19 0.13
O2 0.02 0.01 0.06 0.10 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.11 0.02 0.04 0.08 0.14 0.16 0.11
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.09 0.11 0.06 0.10 0.05 0.04 0.10 0.12 0.00 0.04 0.11 0.10 0.07 0.17 0.09 0.09
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.16 0.01 0.18 0.05 0.16 0.09 0.13 0.11 0.04 0.00 0.15 0.01 0.16 0.27 0.13 0.20
O4 0.04 0.02 0.06 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.11 0.15 0.00 0.05 0.08 0.13 0.19 0.12
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.10 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.08 0.06
O5' 0.06 0.09 0.09 0.11 0.09 0.03 0.10 0.01 0.09 0.09 0.10 0.08 0.07 0.16 0.08 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.08 0.15 0.11 0.15 0.14 0.07 0.12 0.07 0.11 0.12 0.15 0.14 0.17 0.27 0.13 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.17 0.13 0.08 0.19 0.04 0.17 0.05 0.14 0.14 0.19 0.16 0.09 0.13 0.19 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.09 0.11 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.10 0.13 0.11 0.09 0.20 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 1.67 0.53 0.21 0.73 0.21 0.81 0.48 0.88 1.22 1.37 1.26 0.82 1.21 0.72 0.57 0.12 0.23 0.36 0.22 0.18 0.15
C2 0.57 1.74 0.53 0.23 0.85 0.20 1.10 0.46 1.15 1.49 1.51 1.31 1.25 1.61 0.85 0.52 0.13 0.24 0.38 0.22 0.21 0.15
C2' 0.47 1.65 0.47 0.16 0.69 0.21 0.79 0.52 0.90 1.20 1.38 1.25 0.89 1.20 0.66 0.49 0.12 0.18 0.32 0.27 0.22 0.20
C3' 0.32 1.55 0.36 0.10 0.56 0.22 0.58 0.55 0.72 1.04 1.25 1.20 0.68 0.99 0.49 0.39 0.13 0.10 0.28 0.28 0.33 0.27
C4 0.51 1.57 0.49 0.28 0.75 0.17 1.03 0.39 0.98 1.63 1.29 1.22 1.11 1.72 0.83 0.42 0.20 0.21 0.35 0.23 0.17 0.13
C4' 0.35 1.42 0.38 0.12 0.50 0.19 0.44 0.48 0.59 0.86 1.12 1.12 0.48 0.77 0.43 0.46 0.13 0.12 0.26 0.22 0.22 0.19
C5 0.49 1.49 0.50 0.30 0.65 0.14 0.88 0.41 0.79 1.60 1.15 1.19 0.86 1.58 0.80 0.42 0.21 0.19 0.37 0.26 0.15 0.14
C5' 0.19 1.25 0.26 0.11 0.38 0.19 0.22 0.44 0.44 0.69 0.95 1.02 0.29 0.56 0.25 0.34 0.16 0.08 0.25 0.24 0.27 0.23
C6 0.53 1.56 0.54 0.26 0.67 0.16 0.84 0.45 0.78 1.50 1.20 1.24 0.79 1.45 0.79 0.49 0.16 0.19 0.38 0.25 0.16 0.15
N1 0.56 1.69 0.55 0.23 0.78 0.19 0.95 0.46 0.96 1.44 1.39 1.29 0.97 1.47 0.81 0.53 0.13 0.22 0.38 0.23 0.18 0.16
N3 0.56 1.68 0.52 0.26 0.85 0.19 1.14 0.42 1.15 1.59 1.46 1.28 1.30 1.74 0.87 0.48 0.17 0.25 0.37 0.22 0.20 0.14
O2 0.58 1.77 0.53 0.22 0.89 0.22 1.11 0.47 1.23 1.40 1.60 1.32 1.35 1.53 0.83 0.54 0.11 0.26 0.38 0.21 0.22 0.16
O2' 0.44 1.59 0.40 0.08 0.67 0.18 0.75 0.50 0.90 1.07 1.37 1.18 0.89 1.09 0.61 0.47 0.11 0.16 0.31 0.25 0.19 0.17
O3' 0.26 1.51 0.29 0.11 0.56 0.26 0.58 0.60 0.75 0.95 1.24 1.17 0.72 0.92 0.44 0.32 0.21 0.10 0.29 0.33 0.42 0.34
O4 0.45 1.49 0.44 0.29 0.69 0.16 0.98 0.33 0.94 1.57 1.23 1.16 1.11 1.68 0.77 0.37 0.22 0.19 0.30 0.21 0.17 0.11
O4' 0.49 1.54 0.50 0.20 0.60 0.22 0.55 0.47 0.64 1.00 1.20 1.19 0.50 0.91 0.58 0.57 0.15 0.22 0.32 0.18 0.18 0.14
O5' 0.24 1.26 0.34 0.06 0.39 0.16 0.29 0.42 0.41 0.88 0.92 1.07 0.30 0.75 0.35 0.36 0.02 0.09 0.26 0.26 0.29 0.22
OP1 0.13 1.07 0.19 0.03 0.38 0.11 0.21 0.25 0.39 0.58 0.81 0.93 0.26 0.48 0.18 0.26 0.03 0.08 0.18 0.29 0.36 0.18
OP2 0.12 1.23 0.05 0.07 0.42 0.38 0.21 0.53 0.40 0.74 0.89 1.10 0.29 0.65 0.12 0.18 0.04 0.30 0.35 0.36 0.52 0.37
P 0.07 1.13 0.15 0.02 0.38 0.18 0.19 0.33 0.38 0.68 0.83 1.00 0.25 0.56 0.17 0.18 0.01 0.11 0.21 0.29 0.31 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.05 0.45 0.20
C2 0.02 0.00 0.31 0.87 0.00 0.75 0.01 1.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.90 0.44 0.62 0.86 0.51 0.74
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.00 0.15 0.12 0.24 0.32 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.12 0.37 0.22
C3' 0.01 0.87 0.00 0.00 0.37 0.01 0.15 0.02 0.34 0.46 0.65 0.85 0.22 0.31 0.08 0.03 0.01 0.01 0.33 0.29 0.23 0.23
C4 0.01 0.00 0.16 0.37 0.00 0.33 0.01 0.45 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.35 0.23 0.21 0.29 0.40 0.13
C4' 0.01 0.75 0.01 0.01 0.33 0.00 0.14 0.01 0.30 0.41 0.57 0.72 0.20 0.26 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.11 0.50 0.19 0.92 0.39
C5' 0.02 1.13 0.00 0.02 0.45 0.01 0.22 0.00 0.46 0.64 0.88 1.03 0.32 0.46 0.12 0.02 0.04 0.01 0.01 0.31 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.34 0.01 0.30 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.35 0.21 0.33 0.29 0.63 0.22
C8 0.01 0.01 0.12 0.46 0.01 0.41 0.00 0.64 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.43 0.22 1.15 0.67 1.68 1.09
N1 0.02 0.01 0.24 0.65 0.02 0.57 0.00 0.88 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.68 0.35 0.39 0.65 0.24 0.48
N3 0.02 0.01 0.32 0.85 0.00 0.72 0.01 1.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.83 0.44 0.55 0.75 0.39 0.63
N6 0.02 0.02 0.10 0.22 0.01 0.20 0.01 0.32 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.22 0.14 0.48 0.23 0.94 0.37
N7 0.01 0.01 0.06 0.31 0.01 0.26 0.00 0.46 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.31 0.10 1.04 0.60 1.69 1.00
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.50 0.14 0.83 0.42
O2' 0.01 0.15 0.01 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.08 0.09 0.11 0.15 0.07 0.08 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.02 0.20 0.09
O3' 0.01 0.90 0.01 0.01 0.35 0.01 0.15 0.04 0.35 0.43 0.68 0.83 0.22 0.31 0.06 0.05 0.00 0.01 0.24 0.35 0.10 0.17
O4' 0.01 0.44 0.01 0.01 0.23 0.00 0.11 0.01 0.21 0.22 0.35 0.44 0.14 0.10 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.11 0.24 0.12
O5' 0.21 0.62 0.27 0.33 0.21 0.01 0.50 0.01 0.33 1.15 0.39 0.55 0.48 1.04 0.50 0.07 0.24 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.86 0.12 0.29 0.29 0.09 0.19 0.31 0.29 0.67 0.65 0.75 0.23 0.60 0.14 0.02 0.35 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.51 0.37 0.23 0.40 0.07 0.92 0.26 0.63 1.68 0.24 0.39 0.94 1.69 0.83 0.20 0.10 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.74 0.22 0.23 0.13 0.07 0.39 0.02 0.22 1.09 0.48 0.63 0.37 1.00 0.42 0.09 0.17 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00