ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48647

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.002, 0.035, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.033
N1 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.047 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.018, 0.067, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.067 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.120, 0.433, 0.745, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.433 std_dev=0.312
C2' A 0, 0.129, 0.451, 0.773, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.451 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.147, 0.520, 0.894, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.520 std_dev=0.374
C4' A 0, 0.146, 0.527, 0.908, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.527 std_dev=0.381
OP1 B 0, 0.179, 0.634, 1.088, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.634 std_dev=0.455
O2' A 0, 0.185, 0.651, 1.117, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.651 std_dev=0.466
P B 0, 0.192, 0.683, 1.173, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.683 std_dev=0.491
C3' A 0, 0.197, 0.697, 1.198, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.697 std_dev=0.501
C5' B 0, 0.185, 0.735, 1.284, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.735 std_dev=0.549
O5' B 0, 0.227, 0.860, 1.493, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.860 std_dev=0.633
O3' A 0, 0.294, 1.045, 1.795, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.045 std_dev=0.751
C5' A 0, 0.316, 1.113, 1.910, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.113 std_dev=0.797
O5' A 0, 0.315, 1.131, 1.946, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.131 std_dev=0.816
C4' B 0, 0.606, 2.151, 3.696, 3.559 max_d=3.559 avg_d=2.151 std_dev=1.545
C3' B 0, 0.665, 2.357, 4.050, 3.894 max_d=3.894 avg_d=2.357 std_dev=1.692
P A 0, 0.674, 2.374, 4.074, 3.888 max_d=3.888 avg_d=2.374 std_dev=1.700
O3' B 0, 0.801, 2.814, 4.828, 4.598 max_d=4.598 avg_d=2.814 std_dev=2.014
OP1 A 0, 0.802, 2.848, 4.894, 4.715 max_d=4.715 avg_d=2.848 std_dev=2.046
OP2 A 0, 0.829, 2.881, 4.934, 4.624 max_d=4.624 avg_d=2.881 std_dev=2.052
O4' B 0, 0.942, 3.232, 5.522, 5.033 max_d=5.033 avg_d=3.232 std_dev=2.290
C2' B 0, 1.138, 3.920, 6.701, 6.165 max_d=6.165 avg_d=3.920 std_dev=2.781
N3 B 0, 1.263, 4.336, 7.409, 6.759 max_d=6.759 avg_d=4.336 std_dev=3.073
C1' B 0, 1.271, 4.360, 7.448, 6.770 max_d=6.770 avg_d=4.360 std_dev=3.088
C2 B 0, 1.368, 4.696, 8.025, 7.323 max_d=7.323 avg_d=4.696 std_dev=3.329
N9 B 0, 1.444, 4.943, 8.441, 7.603 max_d=7.603 avg_d=4.943 std_dev=3.498
C4 B 0, 1.464, 5.015, 8.566, 7.742 max_d=7.742 avg_d=5.015 std_dev=3.551
O2' B 0, 1.474, 5.068, 8.662, 7.931 max_d=7.931 avg_d=5.068 std_dev=3.594
N1 B 0, 1.708, 5.850, 9.992, 9.040 max_d=9.040 avg_d=5.850 std_dev=4.142
C8 B 0, 1.747, 5.971, 10.194, 9.099 max_d=9.099 avg_d=5.971 std_dev=4.224
C5 B 0, 1.822, 6.229, 10.637, 9.539 max_d=9.539 avg_d=6.229 std_dev=4.408
C6 B 0, 1.969, 6.735, 11.501, 10.328 max_d=10.328 avg_d=6.735 std_dev=4.766
N7 B 0, 2.017, 6.892, 11.767, 10.484 max_d=10.484 avg_d=6.892 std_dev=4.875
N6 B 0, 2.376, 8.123, 13.870, 12.416 max_d=12.416 avg_d=8.123 std_dev=5.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.09 0.24 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.00 0.14 0.19 0.37 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.16 0.31 0.14
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.02 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.16 0.24 0.11
C4 0.05 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.07 0.14 0.20 0.28 0.20
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04
C5 0.03 0.03 0.05 0.12 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.15 0.02 0.07 0.12 0.16 0.14 0.15
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.08 0.07 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01
C6 0.03 0.03 0.05 0.13 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.14 0.04 0.07 0.10 0.11 0.13 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.11 0.12 0.26 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.02 0.15 0.21 0.38 0.22
O2 0.02 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.14 0.14 0.01 0.02 0.14 0.21 0.44 0.22
O2' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.14 0.00 0.04 0.08 0.03 0.02 0.10 0.26 0.08
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.15 0.01 0.14 0.03 0.03 0.14 0.04 0.00 0.10 0.02 0.10 0.15 0.17 0.06
O4 0.05 0.02 0.07 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.07 0.15 0.22 0.28 0.22
O4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.07 0.02 0.14 0.03
O5' 0.08 0.14 0.04 0.04 0.14 0.01 0.12 0.00 0.10 0.11 0.15 0.14 0.02 0.10 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.19 0.16 0.16 0.20 0.06 0.16 0.02 0.11 0.12 0.21 0.21 0.10 0.15 0.22 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.24 0.37 0.31 0.24 0.28 0.14 0.14 0.08 0.13 0.26 0.38 0.44 0.26 0.17 0.28 0.14 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.09 0.20 0.14 0.11 0.20 0.04 0.15 0.01 0.11 0.13 0.22 0.22 0.08 0.06 0.22 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.44 0.48 0.27 0.67 0.24 0.82 0.20 0.79 0.84 0.60 0.45 0.85 0.91 0.70 0.43 0.12 0.38 0.15 0.13 0.10 0.11
C2 0.87 1.04 0.66 0.34 1.27 0.33 1.63 0.21 1.70 1.51 1.40 0.93 1.87 1.74 1.22 0.53 0.12 0.64 0.17 0.14 0.13 0.16
C2' 0.42 0.30 0.33 0.22 0.54 0.25 0.73 0.28 0.71 0.77 0.50 0.29 0.82 0.85 0.58 0.23 0.05 0.35 0.21 0.22 0.21 0.20
C3' 0.24 0.07 0.16 0.18 0.25 0.23 0.40 0.33 0.34 0.52 0.13 0.03 0.44 0.55 0.34 0.06 0.06 0.26 0.26 0.29 0.27 0.26
C4 0.88 0.83 0.60 0.29 1.24 0.32 1.69 0.22 1.63 1.73 1.20 0.78 1.87 1.97 1.29 0.43 0.20 0.70 0.19 0.16 0.15 0.19
C4' 0.13 0.29 0.13 0.13 0.01 0.15 0.08 0.20 0.04 0.23 0.19 0.20 0.07 0.21 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.10 0.10
C5 0.72 0.48 0.50 0.27 0.91 0.29 1.22 0.23 1.11 1.37 0.76 0.48 1.26 1.48 1.03 0.37 0.21 0.58 0.17 0.15 0.13 0.16
C5' 0.12 0.58 0.11 0.07 0.30 0.10 0.24 0.17 0.33 0.06 0.48 0.52 0.28 0.11 0.16 0.07 0.11 0.13 0.10 0.11 0.05 0.07
C6 0.63 0.38 0.50 0.29 0.76 0.28 0.99 0.23 0.89 1.10 0.60 0.40 0.99 1.17 0.86 0.39 0.16 0.48 0.17 0.14 0.12 0.13
N1 0.72 0.67 0.58 0.32 0.96 0.30 1.20 0.22 1.17 1.19 0.92 0.65 1.28 1.32 0.97 0.47 0.12 0.52 0.17 0.14 0.12 0.14
N3 0.95 1.08 0.67 0.33 1.39 0.34 1.86 0.22 1.90 1.75 1.50 0.97 2.16 2.04 1.36 0.51 0.16 0.72 0.18 0.16 0.15 0.19
O2 0.90 1.19 0.69 0.35 1.33 0.34 1.69 0.21 1.83 1.52 1.59 1.03 2.04 1.77 1.24 0.57 0.09 0.65 0.17 0.14 0.14 0.16
O2' 0.41 0.28 0.35 0.24 0.48 0.24 0.62 0.25 0.60 0.66 0.43 0.28 0.69 0.72 0.52 0.31 0.13 0.31 0.19 0.19 0.18 0.17
O3' 0.11 0.24 0.03 0.14 0.06 0.22 0.21 0.36 0.14 0.34 0.08 0.18 0.23 0.36 0.18 0.07 0.08 0.19 0.30 0.36 0.35 0.32
O4 0.91 0.87 0.58 0.26 1.28 0.31 1.79 0.21 1.74 1.87 1.28 0.79 2.05 2.16 1.35 0.40 0.24 0.74 0.19 0.17 0.15 0.21
O4' 0.38 0.09 0.40 0.23 0.33 0.19 0.39 0.18 0.31 0.50 0.15 0.15 0.33 0.49 0.42 0.41 0.18 0.25 0.14 0.13 0.09 0.10
O5' 0.08 0.50 0.11 0.07 0.21 0.11 0.09 0.20 0.18 0.10 0.36 0.47 0.11 0.07 0.05 0.13 0.01 0.11 0.10 0.11 0.04 0.05
OP1 0.41 0.68 0.48 0.18 0.53 0.07 0.46 0.12 0.51 0.33 0.61 0.67 0.46 0.36 0.43 0.55 0.01 0.22 0.12 0.03 0.11 0.09
OP2 0.18 0.29 0.08 0.18 0.08 0.39 0.22 0.61 0.13 0.46 0.15 0.26 0.23 0.43 0.24 0.20 0.01 0.34 0.50 0.39 0.18 0.36
P 0.09 0.44 0.18 0.01 0.21 0.12 0.11 0.25 0.18 0.11 0.33 0.43 0.13 0.08 0.08 0.26 0.00 0.04 0.15 0.08 0.05 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.21 0.36 0.29
C2 0.02 0.00 0.04 0.25 0.01 0.26 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.24 0.19 0.24 0.07 0.15 0.01
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.16 0.12
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.03 0.09 0.13 0.18 0.26 0.08 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.09 0.11 0.10 0.23 0.48 0.30
C4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.08 0.16 0.18 0.26 0.06 0.12 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.04 0.04 0.19 0.46 0.80 0.54
C5' 0.01 0.35 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.00 0.10 0.28 0.24 0.34 0.10 0.24 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.08 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.08 0.12 0.39 0.72 0.44
C8 0.02 0.02 0.03 0.13 0.02 0.16 0.02 0.28 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.10 0.11 0.44 0.71 1.06 0.84
N1 0.02 0.00 0.03 0.18 0.03 0.18 0.03 0.24 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.18 0.15 0.12 0.14 0.40 0.18
N3 0.02 0.00 0.04 0.26 0.01 0.26 0.02 0.34 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.23 0.20 0.24 0.10 0.12 0.02
N6 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.06 0.03 0.10 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.09 0.04 0.20 0.56 0.92 0.60
N7 0.03 0.02 0.04 0.10 0.01 0.12 0.02 0.24 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.11 0.08 0.05 0.41 0.75 1.14 0.85
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.20 0.37 0.63 0.47
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.08 0.05 0.11 0.05 0.00 0.01 0.04 0.09 0.11 0.11 0.08
O3' 0.02 0.24 0.00 0.01 0.09 0.03 0.04 0.05 0.09 0.10 0.18 0.23 0.09 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.15 0.23 0.31 0.21
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.08 0.11 0.15 0.20 0.04 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.15 0.21 0.32 0.28
O5' 0.13 0.24 0.02 0.03 0.10 0.03 0.19 0.01 0.12 0.44 0.12 0.24 0.20 0.41 0.20 0.09 0.15 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.21 0.07 0.07 0.07 0.23 0.08 0.46 0.04 0.39 0.71 0.14 0.10 0.56 0.75 0.37 0.11 0.23 0.21 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.36 0.15 0.16 0.04 0.48 0.04 0.80 0.07 0.72 1.06 0.40 0.12 0.92 1.14 0.63 0.11 0.31 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.01 0.12 0.03 0.30 0.04 0.54 0.02 0.44 0.84 0.18 0.02 0.60 0.85 0.47 0.08 0.21 0.28 0.01 0.02 0.01 0.00