ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48648

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.003, 0.031, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.013, 0.045, 0.076, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.045 std_dev=0.032
O3' A 0, 0.033, 0.123, 0.214, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.123 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.038, 0.130, 0.222, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.130 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.038, 0.140, 0.241, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.140 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.050, 0.172, 0.293, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.172 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.052, 0.176, 0.301, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.176 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.063, 0.222, 0.381, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.222 std_dev=0.159
O2' B 0, 0.071, 0.285, 0.499, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.285 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.078, 0.311, 0.544, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.311 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.081, 0.317, 0.554, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.317 std_dev=0.237
P B 0, 0.076, 0.318, 0.559, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.318 std_dev=0.242
C5' A 0, 0.098, 0.345, 0.592, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.345 std_dev=0.247
O5' B 0, 0.077, 0.329, 0.581, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.329 std_dev=0.252
OP1 B 0, 0.100, 0.355, 0.610, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.355 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.094, 0.354, 0.614, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.354 std_dev=0.260
C5' B 0, 0.092, 0.374, 0.657, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.374 std_dev=0.283
O5' A 0, 0.114, 0.398, 0.683, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.398 std_dev=0.284
O3' B 0, 0.125, 0.444, 0.764, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.444 std_dev=0.319
C4' B 0, 0.119, 0.439, 0.758, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.439 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.124, 0.448, 0.771, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.448 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.143, 0.490, 0.837, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.490 std_dev=0.347
O4' B 0, 0.137, 0.492, 0.847, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.492 std_dev=0.355
P A 0, 0.143, 0.500, 0.858, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.500 std_dev=0.357
N9 B 0, 0.143, 0.502, 0.862, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.502 std_dev=0.359
OP2 A 0, 0.145, 0.506, 0.868, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.506 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.162, 0.554, 0.947, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.554 std_dev=0.392
C4 B 0, 0.171, 0.601, 1.031, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.601 std_dev=0.430
C5 B 0, 0.177, 0.616, 1.054, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.616 std_dev=0.438
N3 B 0, 0.187, 0.664, 1.142, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.664 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.199, 0.692, 1.185, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.692 std_dev=0.493
OP1 A 0, 0.203, 0.707, 1.211, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.707 std_dev=0.504
N6 B 0, 0.208, 0.716, 1.225, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.716 std_dev=0.508
C2 B 0, 0.206, 0.734, 1.261, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.734 std_dev=0.527
N1 B 0, 0.213, 0.751, 1.289, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.751 std_dev=0.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03
O2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
O4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
O5' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.04
C2 0.03 0.07 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.08 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.02 0.05
C2' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.03 0.03
C3' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
C4 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.10 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.05
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03
C5 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.03 0.05
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02
C6 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.11 0.03 0.05
N1 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.02 0.05
N3 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.05
O2 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08 0.08 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.10 0.02 0.05
O2' 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04
O4 0.04 0.07 0.03 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.11 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.04
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04
O5' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02
OP1 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.11 0.07
P 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.09 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.11 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.06 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.02 0.09 0.10 0.08 0.05 0.10 0.11 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00