ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48649

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C4 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4 A 0, -0.004, 0.020, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.003, 0.022, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.026
O2 A 0, -0.001, 0.031, 0.063, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.031 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.034, 0.095, 0.224, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.095 std_dev=0.129
P B 0, -0.036, 0.121, 0.278, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.121 std_dev=0.157
C2' A 0, -0.037, 0.121, 0.279, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.121 std_dev=0.158
O5' B 0, -0.034, 0.128, 0.290, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.128 std_dev=0.162
C4' A 0, -0.051, 0.143, 0.338, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.143 std_dev=0.195
O2' A 0, -0.042, 0.153, 0.348, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.153 std_dev=0.195
OP2 B 0, -0.053, 0.164, 0.381, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.164 std_dev=0.217
O5' A 0, -0.053, 0.170, 0.393, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.170 std_dev=0.223
C3' A 0, -0.059, 0.173, 0.405, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.173 std_dev=0.232
P A 0, -0.069, 0.200, 0.468, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.200 std_dev=0.268
O3' B 0, -0.067, 0.208, 0.482, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.208 std_dev=0.275
C5' B 0, -0.071, 0.217, 0.505, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.217 std_dev=0.288
O3' A 0, -0.081, 0.239, 0.559, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.239 std_dev=0.320
OP1 B 0, -0.085, 0.235, 0.555, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.235 std_dev=0.320
C5' A 0, -0.088, 0.241, 0.570, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.241 std_dev=0.329
OP1 A 0, -0.092, 0.252, 0.596, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.252 std_dev=0.344
OP2 A 0, -0.099, 0.265, 0.630, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.265 std_dev=0.364
C3' B 0, -0.094, 0.280, 0.653, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.280 std_dev=0.374
C1' B 0, -0.104, 0.304, 0.712, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.304 std_dev=0.408
C4' B 0, -0.104, 0.304, 0.712, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.304 std_dev=0.408
C2' B 0, -0.111, 0.320, 0.752, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.320 std_dev=0.432
N9 B 0, -0.137, 0.368, 0.873, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.368 std_dev=0.505
N3 B 0, -0.139, 0.402, 0.942, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.402 std_dev=0.541
C4 B 0, -0.145, 0.407, 0.959, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.407 std_dev=0.552
C2 B 0, -0.155, 0.454, 1.062, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.454 std_dev=0.609
O2' B 0, -0.164, 0.455, 1.074, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.455 std_dev=0.619
O4' B 0, -0.169, 0.471, 1.110, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.471 std_dev=0.639
C8 B 0, -0.183, 0.469, 1.121, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.469 std_dev=0.652
N1 B 0, -0.180, 0.527, 1.234, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.527 std_dev=0.707
C5 B 0, -0.190, 0.522, 1.233, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.522 std_dev=0.712
C6 B 0, -0.208, 0.585, 1.377, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.585 std_dev=0.792
N7 B 0, -0.222, 0.578, 1.377, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.578 std_dev=0.800
N6 B 0, -0.263, 0.724, 1.710, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.724 std_dev=0.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.09 0.11 0.01
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.01 0.08 0.04 0.15 0.01
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.13 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.08
C4 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.16 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00
C5 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.09 0.01 0.15 0.00
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.10 0.05 0.12 0.02
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.13 0.01
N3 0.03 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.17 0.02
O2 0.04 0.00 0.12 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.10 0.00 0.01 0.07 0.05 0.15 0.01
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.14 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.12 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.03 0.12 0.10
O4 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.08 0.04 0.17 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.14 0.04 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.07 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.08 0.08 0.07 0.04 0.12 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.10 0.01 0.11 0.05 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.15 0.13 0.13 0.16 0.05 0.15 0.01 0.12 0.13 0.17 0.15 0.12 0.12 0.17 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.10 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.08 0.15 0.03 0.16 0.13 0.23 0.10 0.24 0.01 0.11 0.18 0.26 0.09 0.33 0.03 0.19 0.01 0.26 0.08 0.09
C2 0.10 0.02 0.02 0.15 0.14 0.23 0.25 0.25 0.22 0.36 0.11 0.01 0.30 0.39 0.19 0.47 0.03 0.37 0.04 0.28 0.14 0.05
C2' 0.02 0.10 0.10 0.17 0.03 0.19 0.14 0.29 0.10 0.24 0.01 0.10 0.18 0.26 0.09 0.26 0.08 0.20 0.03 0.20 0.10 0.06
C3' 0.04 0.06 0.14 0.20 0.05 0.21 0.14 0.34 0.11 0.23 0.01 0.06 0.17 0.25 0.11 0.13 0.12 0.19 0.07 0.13 0.12 0.02
C4 0.06 0.01 0.16 0.04 0.07 0.18 0.14 0.23 0.12 0.23 0.05 0.01 0.17 0.24 0.11 0.56 0.02 0.39 0.04 0.28 0.14 0.05
C4' 0.01 0.07 0.18 0.18 0.04 0.16 0.13 0.26 0.10 0.21 0.01 0.08 0.16 0.22 0.09 0.02 0.09 0.10 0.02 0.19 0.07 0.07
C5 0.02 0.09 0.21 0.01 0.02 0.12 0.04 0.22 0.02 0.12 0.04 0.09 0.07 0.13 0.02 0.56 0.06 0.27 0.01 0.27 0.09 0.09
C5' 0.04 0.02 0.22 0.19 0.07 0.16 0.13 0.28 0.11 0.19 0.04 0.02 0.15 0.20 0.10 0.15 0.13 0.08 0.05 0.13 0.08 0.04
C6 0.04 0.12 0.12 0.04 0.03 0.12 0.05 0.23 0.03 0.15 0.05 0.12 0.08 0.15 0.02 0.53 0.05 0.21 0.02 0.25 0.08 0.09
N1 0.03 0.07 0.00 0.12 0.05 0.17 0.15 0.24 0.12 0.26 0.02 0.07 0.19 0.27 0.10 0.47 0.00 0.26 0.01 0.27 0.10 0.08
N3 0.12 0.04 0.05 0.11 0.14 0.23 0.24 0.24 0.21 0.35 0.12 0.04 0.29 0.37 0.19 0.52 0.01 0.42 0.05 0.28 0.16 0.04
O2 0.14 0.07 0.09 0.18 0.20 0.25 0.34 0.26 0.30 0.44 0.17 0.06 0.40 0.48 0.25 0.39 0.05 0.39 0.05 0.28 0.16 0.04
O2' 0.01 0.13 0.12 0.18 0.02 0.18 0.13 0.28 0.10 0.24 0.03 0.12 0.18 0.26 0.09 0.20 0.08 0.17 0.01 0.21 0.09 0.06
O3' 0.04 0.07 0.16 0.20 0.05 0.21 0.14 0.36 0.11 0.23 0.01 0.07 0.17 0.24 0.11 0.06 0.14 0.17 0.09 0.09 0.14 0.01
O4 0.07 0.01 0.20 0.01 0.07 0.18 0.13 0.21 0.11 0.20 0.06 0.01 0.16 0.21 0.11 0.55 0.02 0.42 0.05 0.26 0.16 0.03
O4' 0.01 0.09 0.14 0.15 0.03 0.13 0.12 0.20 0.10 0.21 0.00 0.10 0.16 0.23 0.08 0.18 0.02 0.11 0.04 0.26 0.04 0.11
O5' 0.10 0.14 0.01 0.03 0.08 0.05 0.03 0.21 0.05 0.02 0.10 0.15 0.01 0.03 0.05 0.11 0.02 0.01 0.05 0.18 0.02 0.12
OP1 0.11 0.20 0.01 0.01 0.14 0.04 0.11 0.27 0.13 0.05 0.17 0.19 0.12 0.06 0.10 0.08 0.00 0.12 0.09 0.08 0.10 0.06
OP2 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.11 0.07 0.35 0.06 0.12 0.02 0.01 0.08 0.11 0.06 0.03 0.02 0.12 0.15 0.11 0.16 0.08
P 0.07 0.12 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.25 0.05 0.01 0.09 0.12 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.05 0.17 0.04 0.06
C2 0.02 0.00 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.10 0.12 0.07 0.21 0.02 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.13 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.32 0.48 0.26 0.37
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.16 0.27 0.10 0.22
C4 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.06 0.10 0.22 0.01 0.09
C4' 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.14 0.23 0.04 0.12
C5' 0.04 0.10 0.13 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.18 0.20 0.15 0.08 0.21 0.22 0.14 0.04 0.10 0.01 0.01 0.16 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.06 0.13 0.23 0.03 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.07 0.19 0.24 0.07 0.16
N1 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.10 0.10 0.22 0.01 0.08
N3 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.11 0.12 0.06 0.20 0.03 0.06
N6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.15 0.24 0.05 0.12
N7 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.19 0.25 0.08 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.12 0.22 0.02 0.11
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02 0.04 0.06 0.09 0.12 0.16 0.04 0.06 0.01 0.00 0.09 0.03 0.33 0.61 0.36 0.44
O3' 0.11 0.10 0.02 0.00 0.08 0.00 0.07 0.10 0.07 0.05 0.09 0.11 0.06 0.05 0.08 0.09 0.00 0.12 0.08 0.17 0.05 0.13
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.10 0.12 0.04 0.03 0.00 0.03 0.12 0.00 0.21 0.15 0.30 0.21
O5' 0.05 0.07 0.32 0.16 0.10 0.01 0.14 0.01 0.13 0.19 0.10 0.06 0.15 0.19 0.12 0.33 0.08 0.21 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.17 0.21 0.48 0.27 0.22 0.02 0.23 0.16 0.23 0.24 0.22 0.20 0.24 0.25 0.22 0.61 0.17 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.26 0.10 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.03 0.05 0.08 0.02 0.36 0.05 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.37 0.22 0.09 0.02 0.12 0.01 0.11 0.16 0.08 0.06 0.12 0.16 0.11 0.44 0.13 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00