ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48650

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4' A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N6 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C6 B 0, 0.000, 0.289, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
OP1 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C8 B 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O5' B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
P A 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C4 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.000, 0.375, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.375 std_dev=0.375
N9 B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
P B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
N3 B 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.415
OP1 A 0, 0.000, 0.424, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.424 std_dev=0.424
O4' B 0, 0.000, 0.467, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.000, 0.480, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.480 std_dev=0.480
C5' B 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
C4' B 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
C3' B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C2' B 0, 0.000, 0.557, 1.113, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.557 std_dev=0.557
O3' B 0, 0.000, 0.637, 1.273, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.637 std_dev=0.637
O2' B 0, 0.000, 0.679, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.679 std_dev=0.679
OP2 B 0, 0.000, 1.043, 2.085, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.043 std_dev=1.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.17 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.12 0.08 0.21 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.18 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.15 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.01 0.28 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.13 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.31 0.08
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.16 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.28 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.23 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.05 0.24 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.11 0.11 0.16 0.04
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.18 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.14 0.00
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.00 0.28 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.15 0.04
O5' 0.08 0.12 0.04 0.03 0.12 0.00 0.10 0.00 0.09 0.10 0.13 0.11 0.03 0.08 0.14 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.08 0.10 0.11 0.01 0.12 0.02 0.11 0.01 0.06 0.05 0.11 0.10 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.21 0.18 0.15 0.28 0.13 0.31 0.16 0.28 0.23 0.24 0.16 0.18 0.14 0.28 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.07 0.04 0.10 0.03 0.11 0.02 0.12 0.09 0.11 0.09 0.14 0.10 0.09 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.44 0.01
C2 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.50 0.04
C2' 0.06 0.08 0.05 0.02 0.07 0.00 0.09 0.04 0.10 0.07 0.09 0.07 0.13 0.09 0.07 0.06 0.01 0.05 0.04 0.08 0.44 0.03
C3' 0.07 0.10 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.11 0.07 0.11 0.08 0.14 0.08 0.07 0.06 0.01 0.05 0.04 0.12 0.40 0.04
C4 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.46 0.02
C4' 0.10 0.12 0.09 0.05 0.11 0.04 0.11 0.02 0.13 0.09 0.13 0.11 0.14 0.10 0.10 0.10 0.03 0.08 0.02 0.11 0.35 0.01
C5 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.43 0.01
C5' 0.09 0.10 0.08 0.05 0.09 0.04 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.03 0.07 0.02 0.17 0.26 0.00
C6 0.06 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.43 0.00
N1 0.06 0.07 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.47 0.02
N3 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.49 0.04
O2 0.04 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.52 0.05
O2' 0.05 0.07 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.13 0.08 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.50 0.05
O3' 0.08 0.12 0.06 0.02 0.09 0.01 0.10 0.04 0.13 0.08 0.13 0.10 0.15 0.09 0.08 0.07 0.01 0.06 0.03 0.07 0.44 0.03
O4 0.04 0.09 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.08 0.09 0.08 0.06 0.04 0.07 0.02 0.03 0.09 0.42 0.03
O4' 0.12 0.13 0.11 0.07 0.12 0.06 0.13 0.00 0.15 0.11 0.14 0.13 0.16 0.12 0.12 0.12 0.05 0.10 0.01 0.05 0.36 0.01
O5' 0.31 0.35 0.30 0.26 0.32 0.25 0.31 0.18 0.33 0.28 0.34 0.34 0.32 0.28 0.30 0.33 0.23 0.29 0.16 0.03 0.09 0.16
OP1 0.10 0.16 0.08 0.06 0.12 0.06 0.11 0.02 0.14 0.07 0.16 0.14 0.14 0.08 0.10 0.10 0.03 0.09 0.00 0.23 0.11 0.03
OP2 0.09 0.04 0.08 0.13 0.09 0.15 0.12 0.21 0.10 0.15 0.05 0.05 0.14 0.17 0.11 0.04 0.13 0.12 0.24 0.47 0.34 0.21
P 0.09 0.14 0.08 0.04 0.10 0.03 0.08 0.02 0.11 0.05 0.14 0.13 0.09 0.04 0.08 0.11 0.02 0.07 0.04 0.25 0.19 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.17 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.17 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.30 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.24 0.35 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.22 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.11 0.02
C5' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.19 0.01
C8 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.12 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.22 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.10 0.00
N6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.23 0.02
N7 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.05
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.22 0.31 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.32 0.42 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.05
O5' 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.04 0.22 0.24 0.09 0.08 0.11 0.03 0.08 0.18 0.05 0.05 0.08 0.16 0.13 0.22 0.32 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.17 0.30 0.35 0.06 0.22 0.11 0.14 0.19 0.12 0.22 0.10 0.23 0.01 0.08 0.31 0.42 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00