ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48651

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
P B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
OP1 B 0, 0.000, 0.561, 1.121, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.000, 0.568, 1.137, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.568 std_dev=0.568
OP2 B 0, 0.000, 0.621, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.621 std_dev=0.621
O5' B 0, 0.000, 0.688, 1.376, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.688 std_dev=0.688
C5' B 0, 0.000, 0.848, 1.697, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.848 std_dev=0.848
C3' B 0, 0.000, 1.182, 2.365, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.182 std_dev=1.182
O4' A 0, 0.000, 1.241, 2.482, 2.482 max_d=2.482 avg_d=1.241 std_dev=1.241
C4' B 0, 0.000, 1.286, 2.571, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.286 std_dev=1.286
C2' A 0, 0.000, 1.356, 2.711, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.356 std_dev=1.356
C4' A 0, 0.000, 1.596, 3.192, 3.192 max_d=3.192 avg_d=1.596 std_dev=1.596
C3' A 0, 0.000, 1.853, 3.706, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.853 std_dev=1.853
O2' B 0, 0.000, 1.938, 3.877, 3.877 max_d=3.877 avg_d=1.938 std_dev=1.938
O2' A 0, 0.000, 2.028, 4.055, 4.055 max_d=4.055 avg_d=2.028 std_dev=2.028
C2' B 0, 0.000, 2.105, 4.210, 4.210 max_d=4.210 avg_d=2.105 std_dev=2.105
O3' A 0, 0.000, 2.192, 4.384, 4.384 max_d=4.384 avg_d=2.192 std_dev=2.192
O4' B 0, 0.000, 2.377, 4.753, 4.753 max_d=4.753 avg_d=2.377 std_dev=2.377
C1' B 0, 0.000, 2.897, 5.794, 5.794 max_d=5.794 avg_d=2.897 std_dev=2.897
C5' A 0, 0.000, 3.084, 6.168, 6.168 max_d=6.168 avg_d=3.084 std_dev=3.084
C8 B 0, 0.000, 3.459, 6.917, 6.917 max_d=6.917 avg_d=3.459 std_dev=3.459
N9 B 0, 0.000, 3.689, 7.379, 7.379 max_d=7.379 avg_d=3.689 std_dev=3.689
O5' A 0, 0.000, 3.897, 7.793, 7.793 max_d=7.793 avg_d=3.897 std_dev=3.897
N7 B 0, 0.000, 4.506, 9.012, 9.012 max_d=9.012 avg_d=4.506 std_dev=4.506
C4 B 0, 0.000, 4.969, 9.938, 9.938 max_d=9.938 avg_d=4.969 std_dev=4.969
P A 0, 0.000, 5.345, 10.689, 10.689 max_d=10.689 avg_d=5.345 std_dev=5.345
C5 B 0, 0.000, 5.470, 10.939, 10.939 max_d=10.939 avg_d=5.470 std_dev=5.470
N3 B 0, 0.000, 5.682, 11.363, 11.363 max_d=11.363 avg_d=5.682 std_dev=5.682
OP1 A 0, 0.000, 5.871, 11.741, 11.741 max_d=11.741 avg_d=5.871 std_dev=5.871
OP2 A 0, 0.000, 6.273, 12.545, 12.545 max_d=12.545 avg_d=6.273 std_dev=6.273
C6 B 0, 0.000, 6.835, 13.670, 13.670 max_d=13.670 avg_d=6.835 std_dev=6.835
C2 B 0, 0.000, 6.928, 13.856, 13.856 max_d=13.856 avg_d=6.928 std_dev=6.928
N6 B 0, 0.000, 7.476, 14.952, 14.952 max_d=14.952 avg_d=7.476 std_dev=7.476
N1 B 0, 0.000, 7.544, 15.088, 15.088 max_d=15.088 avg_d=7.544 std_dev=7.544

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.01 0.00 0.32 0.08 0.55 0.34
C2 0.02 0.00 0.16 0.20 0.02 0.14 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.30 0.33 0.33 0.70 0.32
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09 0.15 0.01 0.10 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.45 0.22 0.05
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.32 0.01 0.30 0.01 0.24 0.19 0.28 0.12 0.03 0.00 0.34 0.03 0.06 0.33 0.11 0.10
C4 0.01 0.02 0.01 0.32 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.04 0.36 0.15 0.00 0.07 1.08 0.54 1.85 1.27
C4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.19 0.00 0.37 0.00 0.37 0.09 0.02 0.41 0.27 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.03 0.01
C5 0.00 0.02 0.12 0.30 0.00 0.37 0.00 0.61 0.00 0.01 0.00 0.02 0.57 0.02 0.00 0.30 1.38 0.99 2.23 1.67
C5' 0.01 0.30 0.09 0.01 0.28 0.00 0.61 0.00 0.59 0.10 0.11 0.78 0.15 0.16 0.30 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.24 0.00 0.37 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00 0.01 0.55 0.07 0.00 0.35 1.24 0.83 1.86 1.45
N1 0.00 0.00 0.01 0.19 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.67 0.14 1.06 0.72
N3 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.20 0.01 0.17 0.62 0.04 1.16 0.68
O2 0.02 0.01 0.29 0.12 0.04 0.41 0.02 0.78 0.01 0.00 0.03 0.00 0.40 0.20 0.04 0.58 0.21 0.93 0.00 0.30
O2' 0.03 0.08 0.00 0.03 0.36 0.27 0.57 0.15 0.55 0.17 0.09 0.40 0.00 0.03 0.38 0.19 0.17 0.35 0.21 0.00
O3' 0.20 0.15 0.02 0.00 0.15 0.00 0.02 0.16 0.07 0.01 0.20 0.20 0.03 0.00 0.19 0.11 0.01 0.16 0.03 0.13
O4 0.01 0.02 0.01 0.34 0.00 0.20 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.04 0.38 0.19 0.00 0.06 1.14 0.62 2.03 1.38
O4' 0.00 0.30 0.01 0.03 0.07 0.00 0.30 0.00 0.35 0.01 0.17 0.58 0.19 0.11 0.06 0.00 0.29 0.06 0.44 0.38
O5' 0.32 0.33 0.11 0.06 1.08 0.00 1.38 0.00 1.24 0.67 0.62 0.21 0.17 0.01 1.14 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.33 0.45 0.33 0.54 0.12 0.99 0.05 0.83 0.14 0.04 0.93 0.35 0.16 0.62 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.55 0.70 0.22 0.11 1.85 0.03 2.23 0.07 1.86 1.06 1.16 0.00 0.21 0.03 2.03 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.34 0.32 0.05 0.10 1.27 0.01 1.67 0.01 1.45 0.72 0.68 0.30 0.00 0.13 1.38 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.15 3.21 1.11 0.74 2.24 0.42 2.16 0.21 2.62 1.20 3.10 2.81 2.54 1.56 1.54 0.77 0.27 0.77 0.01 0.18 0.35 0.16
C2 1.44 4.01 1.29 0.83 2.85 0.53 2.93 0.28 3.55 1.72 4.07 3.38 3.53 2.23 2.01 0.88 0.23 0.99 0.11 0.06 0.25 0.07
C2' 0.75 2.79 0.69 0.45 1.78 0.21 1.72 0.11 2.20 0.76 2.71 2.35 2.14 1.11 1.11 0.37 0.06 0.48 0.16 0.20 0.57 0.27
C3' 1.03 2.70 1.00 0.95 1.90 0.71 1.84 0.70 2.23 1.04 2.63 2.35 2.18 1.34 1.34 0.63 0.67 0.87 0.42 0.37 0.00 0.33
C4 1.51 3.74 1.24 0.78 2.92 0.58 3.10 0.33 3.63 1.91 3.93 3.23 3.63 2.46 2.13 0.85 0.09 1.09 0.16 0.01 0.22 0.03
C4' 1.57 3.03 1.62 1.49 2.34 1.18 2.24 1.05 2.56 1.52 2.93 2.77 2.49 1.77 1.83 1.31 1.27 1.36 0.79 0.49 0.30 0.57
C5 1.47 3.28 1.23 0.80 2.68 0.60 2.68 0.35 3.03 1.69 3.30 2.98 2.94 2.10 2.00 0.83 0.09 1.08 0.14 0.05 0.29 0.07
C5' 2.17 3.29 2.21 2.21 2.76 1.95 2.64 1.84 2.89 2.05 3.19 3.11 2.81 2.23 2.35 1.93 2.09 2.05 1.51 1.07 0.89 1.21
C6 1.38 3.22 1.26 0.83 2.50 0.56 2.41 0.31 2.77 1.46 3.14 2.95 2.66 1.81 1.82 0.86 0.18 0.98 0.09 0.12 0.32 0.11
N1 1.35 3.58 1.25 0.82 2.59 0.51 2.55 0.27 3.04 1.49 3.51 3.13 2.96 1.91 1.83 0.86 0.24 0.93 0.08 0.12 0.30 0.11
N3 1.51 4.07 1.29 0.81 2.98 0.55 3.15 0.30 3.81 1.88 4.26 3.42 3.84 2.46 2.13 0.88 0.16 1.06 0.14 0.02 0.22 0.04
O2 1.42 4.11 1.28 0.83 2.86 0.50 2.97 0.27 3.66 1.72 4.22 3.41 3.69 2.26 2.00 0.87 0.26 0.96 0.11 0.06 0.23 0.06
O2' 0.08 2.12 0.01 0.26 1.04 0.43 0.94 0.53 1.43 0.03 1.99 1.67 1.35 0.31 0.37 0.19 0.60 0.18 0.84 0.81 1.26 0.93
O3' 0.31 1.90 0.30 0.35 1.12 0.13 1.10 0.20 1.48 0.36 1.86 1.55 1.46 0.64 0.61 0.09 0.16 0.21 0.05 0.01 0.38 0.07
O4 1.51 3.64 1.18 0.71 2.91 0.57 3.21 0.33 3.78 2.02 3.95 3.12 3.88 2.64 2.16 0.82 0.04 1.11 0.19 0.10 0.16 0.02
O4' 1.77 3.39 1.82 1.50 2.64 1.13 2.52 0.88 2.87 1.72 3.26 3.13 2.77 2.00 2.07 1.50 1.14 1.43 0.66 0.29 0.19 0.40
O5' 2.64 3.61 2.62 2.79 3.21 2.57 3.16 2.60 3.36 2.64 3.57 3.45 3.31 2.83 2.87 2.17 2.62 2.62 2.30 1.97 1.75 2.09
OP1 3.00 3.47 2.87 3.12 3.23 3.21 3.11 3.27 3.21 2.79 3.38 3.41 3.12 2.85 3.04 2.62 3.06 3.17 2.84 2.18 2.00 2.45
OP2 3.76 4.31 3.53 3.91 4.19 3.95 4.22 4.21 4.33 3.91 4.37 4.22 4.33 4.05 4.00 2.96 3.52 3.94 3.93 3.53 3.34 3.73
P 3.33 3.88 3.21 3.52 3.67 3.48 3.60 3.55 3.71 3.25 3.84 3.81 3.65 3.36 3.46 2.79 3.39 3.45 3.19 2.69 2.50 2.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.58 0.39 0.36
C2 0.06 0.00 0.36 0.46 0.02 0.12 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.59 0.15 0.25 1.40 0.75 0.76
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.20 0.01 0.07 0.02 0.14 0.20 0.27 0.38 0.08 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.31 0.05 0.06
C3' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.25 0.00 0.13 0.02 0.23 0.22 0.37 0.44 0.17 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.07 0.34 0.15
C4 0.02 0.02 0.20 0.25 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.28 0.06 0.24 1.25 0.70 0.70
C4' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.13 0.11 0.13 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.10 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.28 1.44 0.83 0.82
C5' 0.04 0.23 0.02 0.02 0.20 0.00 0.24 0.00 0.27 0.14 0.26 0.19 0.29 0.21 0.14 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.14 0.23 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.27 0.04 0.30 1.58 0.89 0.89
C8 0.03 0.02 0.20 0.22 0.01 0.02 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.26 0.13 0.22 1.06 0.68 0.65
N1 0.04 0.00 0.27 0.37 0.02 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.47 0.11 0.29 1.56 0.85 0.86
N3 0.06 0.00 0.38 0.44 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.55 0.16 0.22 1.22 0.65 0.66
N6 0.00 0.01 0.08 0.17 0.01 0.13 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.19 0.00 0.32 1.68 0.97 0.96
N7 0.02 0.01 0.12 0.11 0.01 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.09 0.26 1.34 0.84 0.80
N9 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.20 0.98 0.58 0.57
O2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.10 0.03 0.02 0.03 0.06 0.12 0.14 0.23 0.03 0.08 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.08 0.05 0.00
O3' 0.02 0.59 0.01 0.01 0.28 0.02 0.13 0.02 0.27 0.26 0.47 0.55 0.19 0.15 0.02 0.02 0.00 0.02 0.38 0.36 0.69 0.44
O4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.11 0.16 0.00 0.09 0.02 0.03 0.02 0.00 0.22 0.45 0.44 0.35
O5' 0.14 0.25 0.09 0.26 0.24 0.01 0.28 0.00 0.30 0.22 0.29 0.22 0.32 0.26 0.20 0.06 0.38 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.58 1.40 0.31 0.07 1.25 0.08 1.44 0.00 1.58 1.06 1.56 1.22 1.68 1.34 0.98 0.08 0.36 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.75 0.05 0.34 0.70 0.03 0.83 0.00 0.89 0.68 0.85 0.65 0.97 0.84 0.58 0.05 0.69 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.36 0.76 0.06 0.15 0.70 0.04 0.82 0.00 0.89 0.65 0.86 0.66 0.96 0.80 0.57 0.00 0.44 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00