ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48652

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
OP1 A 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
P A 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O3' B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O2' B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C4' A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C5 B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C3' A 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
P B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O4' B 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C4' B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5' A 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C2 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
N6 B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C5' B 0, 0.000, 0.411, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.411 std_dev=0.411
N1 B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
O3' A 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
OP1 B 0, 0.000, 0.583, 1.167, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.583 std_dev=0.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.14 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.14 0.07
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.16 0.00 0.12 0.00 0.09 0.09 0.17 0.11 0.01 0.01 0.17 0.01 0.09 0.10 0.11 0.09
C4 0.04 0.02 0.06 0.16 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.20 0.00 0.03 0.13 0.08 0.04 0.08
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.03 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.04 0.13 0.09 0.05 0.09
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.02 0.03 0.10 0.08 0.02 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05
N3 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.06
O2 0.03 0.01 0.05 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.07 0.00
O3' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.20 0.00 0.15 0.03 0.10 0.09 0.20 0.12 0.02 0.00 0.22 0.00 0.09 0.12 0.10 0.10
O4 0.04 0.03 0.07 0.17 0.00 0.09 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.22 0.00 0.04 0.14 0.09 0.05 0.09
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.12 0.05 0.10
O5' 0.02 0.07 0.07 0.09 0.13 0.00 0.13 0.00 0.10 0.06 0.10 0.03 0.01 0.09 0.14 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.04 0.09 0.07 0.08 0.05 0.07 0.01 0.02 0.12 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.02 0.14 0.11 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.10 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.07 0.09 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.06 0.01 0.00 0.10 0.09 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.19 0.10 0.10 0.14 0.10 0.13 0.06 0.14 0.10 0.17 0.17 0.12 0.10 0.12 0.07 0.10 0.12 0.14 0.15 0.02 0.01
C2 0.08 0.14 0.06 0.07 0.12 0.06 0.13 0.01 0.15 0.08 0.15 0.12 0.14 0.10 0.09 0.04 0.08 0.09 0.08 0.25 0.06 0.08
C2' 0.06 0.24 0.03 0.01 0.14 0.02 0.16 0.02 0.22 0.08 0.26 0.18 0.22 0.11 0.09 0.01 0.00 0.06 0.10 0.21 0.02 0.03
C3' 0.01 0.14 0.05 0.04 0.08 0.03 0.12 0.02 0.17 0.05 0.18 0.08 0.20 0.10 0.03 0.11 0.05 0.00 0.14 0.10 0.14 0.06
C4 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.30 0.11 0.13
C4' 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.11 0.01 0.03 0.13 0.04 0.11 0.07
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.25 0.04 0.08
C5' 0.20 0.08 0.21 0.13 0.13 0.12 0.09 0.06 0.06 0.13 0.05 0.13 0.03 0.10 0.16 0.26 0.08 0.15 0.09 0.01 0.12 0.07
C6 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.19 0.00 0.03
N1 0.08 0.13 0.07 0.08 0.11 0.07 0.11 0.03 0.11 0.08 0.13 0.12 0.09 0.08 0.09 0.04 0.09 0.10 0.11 0.20 0.01 0.03
N3 0.06 0.09 0.04 0.06 0.08 0.04 0.08 0.01 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.29 0.10 0.11
O2 0.09 0.18 0.06 0.06 0.14 0.06 0.17 0.01 0.22 0.11 0.22 0.15 0.23 0.13 0.11 0.04 0.06 0.10 0.07 0.27 0.07 0.08
O2' 0.15 0.29 0.13 0.10 0.19 0.11 0.17 0.06 0.21 0.11 0.27 0.24 0.19 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.17 0.02 0.00
O3' 0.04 0.11 0.08 0.05 0.06 0.04 0.11 0.02 0.17 0.05 0.17 0.05 0.22 0.10 0.02 0.15 0.07 0.02 0.17 0.04 0.20 0.11
O4 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.33 0.15 0.16
O4' 0.04 0.02 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.07 0.16 0.05 0.07 0.06
O5' 0.01 0.08 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.04 0.09 0.05 0.09 0.06 0.02 0.07 0.00 0.03 0.24 0.07 0.25 0.18
OP1 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01 0.09 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.18 0.28 0.22
OP2 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.28 0.14 0.32 0.25
P 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.08 0.06 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.24 0.12 0.26 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.10 0.07
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.04 0.01 0.16 0.13 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.01
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.06 0.05
C4 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.20 0.17 0.12
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.27 0.23 0.17
C5' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.27 0.23 0.17
C8 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.27 0.24 0.20
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.22 0.18 0.12
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.00 0.14 0.12 0.07
N6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.32 0.28 0.22
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.12 0.31 0.28 0.22
N9 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.20 0.17 0.13
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.09 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.15 0.13
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.07 0.04
O5' 0.05 0.01 0.03 0.10 0.05 0.01 0.08 0.00 0.06 0.13 0.02 0.00 0.09 0.12 0.07 0.06 0.16 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.12 0.16 0.08 0.04 0.20 0.04 0.27 0.03 0.27 0.27 0.22 0.14 0.32 0.31 0.20 0.00 0.06 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.02 0.06 0.17 0.01 0.23 0.02 0.23 0.24 0.18 0.12 0.28 0.28 0.17 0.01 0.15 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.01 0.05 0.12 0.01 0.17 0.01 0.17 0.20 0.12 0.07 0.22 0.22 0.13 0.04 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00