ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48653

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O2 A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
OP1 A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
P A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O5' A 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
OP2 A 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
P B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
OP1 B 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
OP2 B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
O5' B 0, 0.000, 0.494, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.494 std_dev=0.494
O4' B 0, 0.000, 0.523, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.523 std_dev=0.523
C8 B 0, 0.000, 0.540, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C3' B 0, 0.000, 0.585, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.585 std_dev=0.585
C5' B 0, 0.000, 0.589, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.589 std_dev=0.589
N7 B 0, 0.000, 0.597, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.597 std_dev=0.597
O3' B 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
C1' B 0, 0.000, 0.606, 1.212, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.606 std_dev=0.606
N9 B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C2' B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C5 B 0, 0.000, 0.699, 1.399, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.699 std_dev=0.699
C4 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
O2' B 0, 0.000, 0.712, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.712 std_dev=0.712
N3 B 0, 0.000, 0.824, 1.648, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.824 std_dev=0.824
C6 B 0, 0.000, 0.829, 1.657, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.829 std_dev=0.829
N6 B 0, 0.000, 0.860, 1.720, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.860 std_dev=0.860
N1 B 0, 0.000, 0.921, 1.841, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.921 std_dev=0.921
C2 B 0, 0.000, 0.922, 1.844, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.922 std_dev=0.922

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03
C5' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02
O2 0.06 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.06 0.07 0.03 0.05 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.07 0.07
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.06 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.12 0.00 0.07 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.19 0.13 0.10 0.19 0.16 0.18 0.19 0.17 0.19 0.18 0.20 0.15 0.17 0.19 0.11 0.10 0.21 0.17 0.04 0.01 0.03
C2 0.19 0.18 0.13 0.11 0.18 0.17 0.18 0.21 0.17 0.19 0.17 0.19 0.15 0.18 0.19 0.10 0.10 0.22 0.17 0.01 0.03 0.04
C2' 0.17 0.16 0.11 0.08 0.17 0.13 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.18 0.12 0.15 0.17 0.10 0.08 0.19 0.14 0.03 0.05 0.01
C3' 0.16 0.15 0.09 0.06 0.15 0.10 0.14 0.09 0.13 0.16 0.13 0.16 0.10 0.14 0.16 0.08 0.06 0.18 0.11 0.02 0.10 0.02
C4 0.11 0.11 0.05 0.03 0.12 0.10 0.14 0.16 0.13 0.15 0.12 0.11 0.13 0.15 0.12 0.01 0.02 0.16 0.12 0.04 0.03 0.00
C4' 0.16 0.15 0.09 0.06 0.16 0.10 0.14 0.09 0.13 0.15 0.14 0.17 0.11 0.13 0.16 0.09 0.06 0.18 0.11 0.03 0.11 0.02
C5 0.11 0.12 0.04 0.02 0.13 0.09 0.15 0.15 0.15 0.16 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.01 0.00 0.16 0.13 0.01 0.03 0.01
C5' 0.14 0.13 0.06 0.01 0.14 0.05 0.13 0.01 0.12 0.14 0.12 0.14 0.10 0.12 0.14 0.06 0.02 0.15 0.07 0.01 0.16 0.06
C6 0.15 0.15 0.08 0.05 0.16 0.12 0.17 0.18 0.17 0.18 0.16 0.16 0.16 0.18 0.16 0.05 0.03 0.19 0.16 0.02 0.01 0.03
N1 0.18 0.18 0.12 0.10 0.19 0.16 0.18 0.20 0.18 0.19 0.18 0.19 0.16 0.18 0.19 0.10 0.09 0.22 0.18 0.03 0.02 0.04
N3 0.15 0.14 0.09 0.07 0.15 0.14 0.15 0.19 0.14 0.16 0.14 0.14 0.13 0.16 0.15 0.06 0.07 0.19 0.14 0.03 0.03 0.01
O2 0.22 0.21 0.16 0.15 0.21 0.21 0.20 0.24 0.20 0.22 0.20 0.22 0.17 0.20 0.22 0.14 0.15 0.26 0.20 0.03 0.04 0.05
O2' 0.16 0.15 0.10 0.08 0.15 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.17 0.09 0.12 0.16 0.10 0.08 0.17 0.13 0.03 0.06 0.00
O3' 0.15 0.13 0.08 0.05 0.14 0.08 0.12 0.05 0.10 0.14 0.11 0.15 0.07 0.11 0.15 0.08 0.07 0.17 0.09 0.02 0.13 0.03
O4 0.08 0.08 0.02 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.11 0.13 0.09 0.08 0.11 0.13 0.10 0.02 0.01 0.14 0.09 0.07 0.04 0.01
O4' 0.19 0.19 0.13 0.10 0.19 0.15 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.15 0.17 0.19 0.11 0.09 0.21 0.17 0.05 0.04 0.02
O5' 0.15 0.16 0.08 0.03 0.16 0.06 0.14 0.02 0.14 0.15 0.15 0.17 0.11 0.13 0.16 0.08 0.03 0.16 0.09 0.04 0.12 0.03
OP1 0.22 0.25 0.14 0.08 0.23 0.10 0.21 0.05 0.22 0.21 0.23 0.25 0.19 0.19 0.23 0.16 0.08 0.19 0.12 0.08 0.11 0.01
OP2 0.22 0.26 0.16 0.08 0.25 0.07 0.23 0.01 0.23 0.22 0.25 0.26 0.20 0.20 0.24 0.18 0.08 0.17 0.14 0.17 0.05 0.06
P 0.21 0.24 0.14 0.07 0.22 0.08 0.20 0.03 0.21 0.20 0.22 0.24 0.18 0.18 0.22 0.15 0.07 0.18 0.12 0.10 0.09 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.04
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.09 0.02 0.00 0.13 0.06 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.15 0.05 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C5 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.20 0.05 0.11
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.03 0.01 0.07 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.03 0.01 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.08 0.02 0.01 0.21 0.07 0.12
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.03 0.08
N1 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.09 0.02 0.00 0.17 0.07 0.11
N3 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.00 0.12 0.06 0.08
N6 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.01 0.01 0.23 0.06 0.12
N7 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.22 0.05 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.03 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.10 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.08 0.00 0.09 0.08 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.04 0.08
O5' 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.13 0.01 0.03 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.18 0.17 0.12 0.23 0.22 0.13 0.02 0.03 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.06 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.00 0.03 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.07 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00