ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48654

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C5' A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C1' B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O5' A 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
P B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O5' B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O3' B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C4 B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C3' B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
P A 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.000, 0.465, 0.930, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.465 std_dev=0.465
OP1 B 0, 0.000, 0.512, 1.024, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.512 std_dev=0.512
C4' B 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.000, 0.522, 1.044, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.522 std_dev=0.522
N9 B 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
OP2 A 0, 0.000, 0.621, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.621 std_dev=0.621
C5 B 0, 0.000, 0.688, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.688 std_dev=0.688
C5' B 0, 0.000, 0.919, 1.839, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.919 std_dev=0.919
N6 B 0, 0.000, 0.930, 1.860, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.930 std_dev=0.930
N1 B 0, 0.000, 1.234, 2.469, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.234 std_dev=1.234
N3 B 0, 0.000, 1.592, 3.184, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.592 std_dev=1.592
C8 B 0, 0.000, 1.816, 3.631, 3.631 max_d=3.631 avg_d=1.816 std_dev=1.816
C2 B 0, 0.000, 1.960, 3.921, 3.921 max_d=3.921 avg_d=1.960 std_dev=1.960
N7 B 0, 0.000, 1.962, 3.925, 3.925 max_d=3.925 avg_d=1.962 std_dev=1.962

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.23 0.13
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.17 0.31 0.18
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.14 0.07
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.25 0.36 0.23
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.26 0.37 0.23
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.23 0.34 0.21
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.17 0.30 0.18
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.21 0.34 0.21
O2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.28 0.15
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.04 0.05
O4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.27 0.37 0.23
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.11 0.21 0.13
O5' 0.08 0.10 0.03 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.12 0.11 0.11 0.09 0.01 0.08 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.11 0.17 0.06 0.05 0.25 0.04 0.26 0.10 0.23 0.17 0.21 0.13 0.00 0.03 0.27 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.31 0.14 0.06 0.36 0.06 0.37 0.03 0.34 0.30 0.34 0.28 0.11 0.04 0.37 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.07 0.02 0.23 0.02 0.23 0.00 0.21 0.18 0.21 0.15 0.04 0.05 0.23 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.13 0.23 0.04 0.09 0.25 0.06 0.49 0.08 0.01 0.11 0.12 0.04 0.01 0.06 0.32 0.05 0.26 0.16 0.03 0.11 0.01
C2 0.10 0.38 0.26 0.03 0.05 0.24 0.29 0.49 0.17 0.46 0.22 0.25 0.39 0.57 0.20 0.29 0.08 0.25 0.11 0.07 0.16 0.05
C2' 0.05 0.35 0.20 0.09 0.12 0.27 0.01 0.53 0.10 0.15 0.27 0.28 0.00 0.16 0.01 0.34 0.00 0.26 0.16 0.02 0.12 0.01
C3' 0.00 0.28 0.16 0.14 0.08 0.32 0.01 0.57 0.07 0.16 0.21 0.22 0.00 0.16 0.03 0.29 0.04 0.29 0.16 0.03 0.09 0.02
C4 0.09 0.86 0.25 0.07 0.03 0.26 0.41 0.50 0.16 0.86 0.52 0.65 0.53 1.01 0.29 0.21 0.11 0.27 0.05 0.16 0.18 0.10
C4' 0.02 0.29 0.14 0.16 0.05 0.31 0.07 0.53 0.02 0.26 0.20 0.25 0.06 0.25 0.08 0.29 0.05 0.29 0.16 0.07 0.08 0.04
C5 0.07 0.81 0.23 0.06 0.06 0.29 0.36 0.55 0.12 0.84 0.47 0.66 0.43 0.94 0.27 0.18 0.10 0.29 0.07 0.12 0.17 0.08
C5' 0.06 0.12 0.09 0.20 0.00 0.34 0.05 0.57 0.00 0.15 0.08 0.09 0.03 0.14 0.08 0.22 0.08 0.31 0.14 0.07 0.07 0.03
C6 0.06 0.57 0.24 0.03 0.03 0.30 0.28 0.57 0.10 0.62 0.32 0.47 0.31 0.70 0.21 0.22 0.09 0.30 0.11 0.05 0.14 0.03
N1 0.07 0.32 0.25 0.01 0.03 0.27 0.23 0.52 0.12 0.40 0.18 0.24 0.26 0.48 0.17 0.28 0.07 0.28 0.13 0.03 0.14 0.03
N3 0.11 0.67 0.26 0.06 0.01 0.24 0.38 0.49 0.18 0.70 0.41 0.47 0.52 0.84 0.26 0.25 0.10 0.25 0.08 0.12 0.18 0.09
O2 0.11 0.11 0.26 0.01 0.10 0.22 0.22 0.46 0.19 0.27 0.02 0.05 0.32 0.34 0.16 0.32 0.07 0.23 0.11 0.06 0.16 0.05
O2' 0.06 0.70 0.20 0.10 0.17 0.23 0.10 0.46 0.07 0.42 0.50 0.56 0.16 0.49 0.06 0.38 0.00 0.22 0.18 0.06 0.11 0.03
O3' 0.02 0.44 0.12 0.18 0.09 0.32 0.07 0.57 0.06 0.31 0.32 0.35 0.06 0.32 0.08 0.29 0.08 0.29 0.16 0.04 0.09 0.02
O4 0.09 0.97 0.25 0.09 0.05 0.25 0.44 0.47 0.16 0.96 0.59 0.74 0.59 1.12 0.32 0.18 0.11 0.26 0.02 0.22 0.19 0.14
O4' 0.01 0.11 0.20 0.08 0.04 0.28 0.02 0.49 0.01 0.08 0.07 0.11 0.02 0.08 0.01 0.30 0.03 0.28 0.17 0.08 0.08 0.05
O5' 0.05 0.29 0.15 0.07 0.12 0.13 0.03 0.27 0.09 0.13 0.21 0.28 0.02 0.12 0.01 0.27 0.00 0.09 0.35 0.32 0.15 0.27
OP1 0.02 0.20 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.15 0.18 0.01 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.47 0.58 0.42 0.49
OP2 0.16 0.05 0.18 0.10 0.21 0.04 0.34 0.13 0.30 0.48 0.16 0.05 0.37 0.49 0.29 0.10 0.01 0.03 0.53 0.51 0.46 0.52
P 0.06 0.14 0.09 0.01 0.12 0.04 0.12 0.10 0.13 0.09 0.15 0.13 0.12 0.10 0.09 0.10 0.00 0.01 0.45 0.48 0.33 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.11
C2 0.03 0.00 0.32 0.10 0.00 0.49 0.00 0.86 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.48 0.02 0.54 0.74 0.98 1.13 1.04
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.16 0.00 0.06 0.02 0.13 0.17 0.25 0.32 0.07 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.30 0.14 0.24
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.06 0.10 0.01 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.38 0.41 0.16 0.32
C4 0.01 0.00 0.16 0.03 0.00 0.21 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.03 0.28 0.07 0.10 0.26 0.16
C4' 0.00 0.49 0.00 0.00 0.21 0.00 0.05 0.00 0.17 0.32 0.36 0.48 0.09 0.22 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.19 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.10 0.32 0.33 0.20 0.30
C5' 0.02 0.86 0.02 0.01 0.32 0.00 0.05 0.00 0.27 0.57 0.63 0.80 0.12 0.42 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.34 0.01
C6 0.02 0.00 0.13 0.01 0.01 0.17 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.04 0.21 0.08 0.02 0.10 0.01
C8 0.01 0.01 0.17 0.13 0.01 0.32 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.25 0.07 0.31 1.00 1.10 0.93 1.08
N1 0.03 0.00 0.25 0.06 0.01 0.36 0.00 0.63 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.03 0.40 0.40 0.60 0.73 0.63
N3 0.03 0.00 0.32 0.10 0.00 0.48 0.00 0.80 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.47 0.02 0.56 0.70 0.83 0.99 0.92
N6 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.04 0.13 0.30 0.29 0.20 0.27
N7 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.22 0.00 0.42 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.16 0.07 0.19 0.90 1.03 0.91 1.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.36 0.39 0.21 0.34
O2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.21 0.01 0.07 0.01 0.18 0.25 0.36 0.47 0.10 0.16 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.15 0.02 0.09
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.35 0.42 0.20 0.32
O4' 0.00 0.54 0.01 0.00 0.28 0.00 0.10 0.00 0.21 0.31 0.40 0.56 0.13 0.19 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.09 0.25 0.07
O5' 0.13 0.74 0.27 0.38 0.07 0.01 0.32 0.00 0.08 1.00 0.40 0.70 0.30 0.90 0.36 0.09 0.35 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.19 0.98 0.30 0.41 0.10 0.18 0.33 0.28 0.02 1.10 0.60 0.83 0.29 1.03 0.39 0.15 0.42 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 1.13 0.14 0.16 0.26 0.19 0.20 0.34 0.10 0.93 0.73 0.99 0.20 0.91 0.21 0.02 0.20 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 1.04 0.24 0.32 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 1.08 0.63 0.92 0.27 1.01 0.34 0.09 0.32 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00