ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48665

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 11, 10, 5, 8, 6, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.035 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.032, 0.082, 0.131, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.082 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.036, 0.086, 0.136, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.086 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.066, 0.133, 0.200, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.133 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.063, 0.156, 0.249, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.156 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.069, 0.163, 0.257, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.163 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.073, 0.170, 0.267, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.170 std_dev=0.097
N4 B 0, 0.138, 0.279, 0.420, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.279 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.126, 0.277, 0.428, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.277 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.139, 0.293, 0.448, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.293 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.176, 0.335, 0.494, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.335 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.104, 0.265, 0.426, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.265 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.140, 0.309, 0.479, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.309 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.119, 0.298, 0.477, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.298 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.168, 0.347, 0.526, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.347 std_dev=0.179
O5' B 0, 0.235, 0.424, 0.613, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.424 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.131, 0.324, 0.517, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.324 std_dev=0.193
OP1 B 0, 0.202, 0.396, 0.591, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.396 std_dev=0.195
P B 0, 0.202, 0.398, 0.594, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.398 std_dev=0.196
C2 B 0, 0.124, 0.322, 0.520, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.322 std_dev=0.198
C2' B 0, 0.159, 0.359, 0.560, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.359 std_dev=0.201
O3' B 0, 0.200, 0.410, 0.621, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.410 std_dev=0.210
O2 B 0, 0.161, 0.378, 0.594, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.378 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.158, 0.377, 0.596, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.377 std_dev=0.219
P A 0, 0.235, 0.459, 0.684, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.459 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.185, 0.418, 0.651, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.418 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.171, 0.406, 0.641, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.406 std_dev=0.235
C5' B 0, 0.219, 0.454, 0.690, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.454 std_dev=0.235
OP2 B 0, 0.206, 0.445, 0.684, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.445 std_dev=0.239
OP2 A 0, 0.294, 0.534, 0.775, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.534 std_dev=0.241
O2' B 0, 0.203, 0.480, 0.757, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.480 std_dev=0.277
OP1 A 0, 0.268, 0.566, 0.865, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.566 std_dev=0.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.09 0.10 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.11 0.12 0.15 0.12
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.09 0.09 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.07 0.12 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.10 0.11 0.16 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.03 0.06 0.05 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.05 0.10 0.03 0.12 0.04 0.09 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.07 0.05 0.14 0.02 0.15 0.01 0.11 0.08 0.12 0.07 0.10 0.05 0.16 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.06 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.12 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.09 0.12 0.08 0.08 0.09 0.13 0.08 0.15 0.11 0.08 0.11 0.14 0.14 0.05 0.11 0.06 0.12 0.06 0.06
C2 0.14 0.12 0.13 0.09 0.10 0.10 0.17 0.10 0.18 0.14 0.10 0.11 0.14 0.14 0.06 0.14 0.10 0.12 0.08 0.08
C2' 0.12 0.09 0.12 0.09 0.07 0.09 0.11 0.09 0.14 0.10 0.08 0.11 0.15 0.14 0.06 0.11 0.09 0.13 0.07 0.08
C3' 0.12 0.09 0.12 0.08 0.08 0.07 0.12 0.07 0.14 0.11 0.08 0.11 0.15 0.15 0.05 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07
C4 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.09 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12
C4' 0.12 0.10 0.13 0.07 0.09 0.08 0.12 0.06 0.14 0.11 0.09 0.11 0.15 0.16 0.05 0.10 0.05 0.11 0.07 0.05
C5 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.15 0.15 0.16 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.09 0.09
C5' 0.12 0.11 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.11 0.10 0.11 0.16 0.14 0.04 0.10 0.07 0.11 0.08 0.06
C6 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.13 0.16 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07 0.07
N1 0.11 0.09 0.11 0.07 0.06 0.08 0.13 0.08 0.15 0.11 0.08 0.10 0.14 0.12 0.05 0.11 0.07 0.12 0.07 0.07
N3 0.13 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.16 0.11 0.17 0.13 0.09 0.10 0.12 0.12 0.07 0.13 0.12 0.13 0.10 0.11
O2 0.18 0.16 0.16 0.11 0.15 0.12 0.19 0.11 0.20 0.18 0.15 0.14 0.18 0.18 0.07 0.16 0.10 0.13 0.08 0.08
O2' 0.12 0.09 0.13 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10 0.14 0.11 0.08 0.11 0.14 0.14 0.07 0.11 0.11 0.14 0.09 0.10
O3' 0.14 0.11 0.13 0.08 0.10 0.08 0.14 0.08 0.16 0.13 0.09 0.11 0.15 0.16 0.05 0.11 0.07 0.13 0.07 0.07
O4 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.15 0.13 0.10 0.12 0.14 0.12 0.10 0.11 0.13 0.17 0.16 0.15 0.15
O4' 0.13 0.09 0.13 0.09 0.09 0.09 0.13 0.08 0.15 0.12 0.08 0.11 0.15 0.15 0.07 0.12 0.06 0.12 0.07 0.06
O5' 0.07 0.11 0.07 0.04 0.11 0.03 0.11 0.05 0.10 0.08 0.12 0.14 0.15 0.08 0.01 0.05 0.08 0.11 0.08 0.07
OP1 0.05 0.09 0.05 0.03 0.09 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.10 0.11 0.13 0.07 0.03 0.04 0.09 0.09 0.12 0.07
OP2 0.04 0.11 0.02 0.03 0.13 0.05 0.12 0.08 0.10 0.07 0.13 0.16 0.13 0.03 0.01 0.05 0.12 0.09 0.13 0.09
P 0.02 0.09 0.03 0.02 0.10 0.03 0.09 0.05 0.08 0.05 0.11 0.12 0.12 0.04 0.01 0.02 0.09 0.09 0.10 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.15 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.18 0.10 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.03 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.17 0.12 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.13 0.16 0.11 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.12 0.16 0.09 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.17 0.08 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.11 0.18 0.12 0.12
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.14 0.17 0.13 0.13
O2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.09 0.18 0.10 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.12 0.05 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.08 0.10 0.03 0.00 0.02 0.06 0.09 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.14 0.07 0.06
O5' 0.05 0.10 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.11 0.14 0.09 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.18 0.14 0.11 0.17 0.10 0.16 0.05 0.16 0.17 0.18 0.17 0.18 0.12 0.09 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.03 0.04 0.12 0.04 0.11 0.04 0.09 0.08 0.12 0.13 0.10 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.04 0.03 0.12 0.02 0.10 0.01 0.08 0.08 0.12 0.13 0.11 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00