ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48667

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 6, 2, 3, 2, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.026, 0.048, 0.070, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.048 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.068, 0.128, 0.188, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.128 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.043, 0.115, 0.186, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.115 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.045, 0.120, 0.194, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.120 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.091, 0.170, 0.249, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.170 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.078, 0.164, 0.249, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.164 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.071, 0.165, 0.260, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.165 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.071, 0.182, 0.294, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.182 std_dev=0.112
OP1 B 0, 0.106, 0.274, 0.443, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.274 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.075, 0.246, 0.418, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.246 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.075, 0.268, 0.461, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.268 std_dev=0.193
C5' B 0, 0.135, 0.338, 0.541, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.338 std_dev=0.203
P B 0, 0.113, 0.319, 0.525, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.319 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.132, 0.354, 0.576, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.354 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.128, 0.351, 0.574, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.351 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.102, 0.333, 0.564, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.333 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.134, 0.377, 0.619, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.377 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.094, 0.355, 0.616, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.355 std_dev=0.261
P A 0, 0.057, 0.320, 0.582, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.320 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.120, 0.390, 0.659, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.390 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.122, 0.392, 0.662, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.392 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.135, 0.406, 0.677, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.406 std_dev=0.271
OP2 A 0, 0.061, 0.350, 0.640, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.350 std_dev=0.289
C3' B 0, 0.140, 0.444, 0.749, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.444 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.099, 0.409, 0.719, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.409 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.138, 0.475, 0.811, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.475 std_dev=0.337
N4 B 0, 0.087, 0.430, 0.772, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.430 std_dev=0.342
O3' B 0, 0.149, 0.497, 0.844, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.497 std_dev=0.348
OP1 A 0, 0.051, 0.400, 0.750, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.400 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.150, 0.528, 0.906, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.528 std_dev=0.378
C2 B 0, 0.130, 0.509, 0.888, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.509 std_dev=0.379
N3 B 0, 0.117, 0.505, 0.892, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.505 std_dev=0.387
O2 B 0, 0.139, 0.631, 1.123, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.631 std_dev=0.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.07 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.09 0.09 0.13 0.10
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.09 0.08 0.12 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.08 0.07 0.13 0.08
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.12 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.09 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04
O4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.09 0.09 0.14 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.04 0.09 0.04 0.09 0.04 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.12 0.08 0.05 0.14 0.02 0.13 0.01 0.12 0.11 0.13 0.12 0.11 0.06 0.14 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.06 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10
C2 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.15 0.12 0.11 0.09 0.12 0.11 0.10
C2' 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.14 0.15 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12
C3' 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.15 0.15 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10
C4 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.09 0.13 0.11 0.10
C4' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.14 0.11 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08
C5 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.11 0.10
C5' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.07 0.10 0.08
C6 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10
N1 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10
N3 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.15 0.12 0.11 0.09 0.12 0.11 0.10
O2 0.13 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.18 0.15 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10
O2' 0.14 0.16 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.14 0.16 0.15 0.18 0.17 0.14 0.14 0.16 0.16 0.17 0.16
O3' 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.16 0.16 0.14 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11
O4 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.14 0.14 0.14 0.11 0.11 0.14 0.12 0.12
O4' 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.13 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08
O5' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09
OP1 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14 0.13 0.12 0.11 0.13 0.11
OP2 0.16 0.15 0.15 0.15 0.12 0.17 0.12 0.16 0.13 0.14 0.15 0.12 0.18 0.17 0.16 0.17 0.15 0.14 0.13 0.13
P 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.05 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.10 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.10 0.05 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.08 0.10 0.08
O2 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.10 0.07 0.17 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.06
O5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.05 0.09 0.10 0.09 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.08 0.05 0.09 0.10 0.09 0.04 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00